杜耀華　倪青山　王正志

摘要：?jiǎn)?dòng)子預(yù)測(cè)是研究基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的重要環(huán)節(jié)，但現(xiàn)有算法的預(yù)測(cè)正確率偏低。在深入分析啟動(dòng)子生物特征的基礎(chǔ)上，提出了一種基于支持向量機(jī)的枯草桿菌啟動(dòng)子預(yù)測(cè)算法，在啟動(dòng)子序列的組成特征、信號(hào)特征和結(jié)構(gòu)特征中選取9種典型特征作為預(yù)測(cè)的依據(jù)，對(duì)于信號(hào)特征，除了利用保守模式的一致序列，還考慮了間隔距離的分布信息。首先通過特征描述模型分別計(jì)算每種特征在啟動(dòng)子序列和非啟動(dòng)子序列中的得分，將特征得分組合成9維特征向量，再利用支持向量機(jī)在特征向量集上進(jìn)行訓(xùn)練和判別。對(duì)實(shí)際數(shù)據(jù)集進(jìn)行的刀切法測(cè)試驗(yàn)證了算法的有效性。對(duì)σ^A啟動(dòng)予的預(yù)測(cè)，平均正確率達(dá)到了90．7％；對(duì)幾種其它σ因子啟動(dòng)子的預(yù)測(cè)，平均正確率也超過了80％。算法不但有廣泛的適用性，還有良好的可擴(kuò)展性，能夠方便的容納新特征，使識(shí)別性能不斷提高。

關(guān)鍵詞：枯草桿菌；啟動(dòng)子預(yù)測(cè)；組合特征；支持向量機(jī)；刀切法

中圖分類號(hào)：Q527

文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A

文章編號(hào)：1007—7847(2005)04—0319—08