小鎮(zhèn)村本是個平凡的小鎮(zhèn)，可是，自從科學家尤納尼恩教授來到鎮(zhèn)上以后，這個平凡的小鎮(zhèn)就一下成為舉世矚目的地方。尤納尼恩教授運用科學方法，將蔗糖和香料還有各種美好的材料混在一起，希望創(chuàng)造出世界上最完美的女孩。怎料他一不小心將神秘的黑色化學物質也給加了進去，結果就創(chuàng)造了三位模樣可愛，嫉惡如仇，誓與罪犯周旋到底的飛天小女警。
　　雖然三位飛天小女警在打擊罪惡、伸張正義時非常團結，但她們的性格卻完全不同。花花是飛天小女警的領袖及代言人；泡泡是個樂天開朗的女孩子；毛毛則十分堅強，最喜歡教訓作惡多端的罪犯。
　　三位飛天小女警與尤納尼恩教授一起住在小鎮(zhèn)村外的郊區(qū)。尤納尼恩教授一心想將三位飛天小女警教育成普通的女孩子，可是他卻沒有辦法阻止她們與魔人啾啾、毛茸怪獸、阿米巴幫以及蟑螂教練等一幫壞蛋們斗智斗力。于是就發(fā)生了一系列驚險有趣的故事。
　　一合理安排，暢通無阻
　　花花是三個飛天小女警的頭頭，她對泡泡、毛毛說：“現(xiàn)在我們分別住在樓上的Ａ、Ｂ、Ｃ三個房間，每個房間都配備了兩把鑰匙。我們隨時都要準備和壞蛋戰(zhàn)斗，為了便于聯(lián)絡，我們每個人都可以到另外兩個房間去，你們說，該怎樣安排這六把鑰匙呢？”泡泡說：“這還算個事嗎？每人先取一把鑰匙自用。另一把可以掛在……”這時她發(fā)現(xiàn)有外人來了，就壓低了嗓門，花花、毛毛聽了泡泡的主意連連點頭，說：“就這么辦！”
　　二選擇線路，尋找魔人
　　魔人啾啾原本是在尤納尼恩教授身邊擔任助手的猴子，由于他的調皮導致飛天小女警意外誕生。飛天小女警誕生時的沖擊波使他的腦部突變，智能不同于平常人，于是離開了尤納尼恩教授，成為一名反面人物，專門和飛天小女警作對。飛天小女警千方百計尋找魔人啾啾，得知啾啾躲在一座建筑的密室里。飛天小女警進入大門，發(fā)現(xiàn)有三條通道，只有一條通道是和密室相通的，另兩條都是死胡同。毛毛找到了守門人詢問，但守門人是個啞巴，他寫了幾道奇怪的算式讓毛毛看，毛毛不知是什么意思。還是泡泡機靈，她看了看算式，很快就找到了正確的通道。
　　三發(fā)現(xiàn)寶盒，破譯密碼
　　飛天小女警順著秘密通道來到魔人啾啾隱藏的密室，哪知啾啾剛剛離開，原來密室里還有暗道通向樓外。由于走得匆忙，啾啾的一張密碼卡掉在了地上?；ɑㄕf：“啾啾和毛茸怪獸關系最為密切，他一定是逃往毛茸怪獸那里去了。這時他應該還沒到，我們用這張卡把毛茸怪獸引出來?！薄翱墒俏覀儾⒉恢浪拿艽a呀！”毛毛說。泡泡看了看那張卡，興奮地說：“我發(fā)現(xiàn)破譯這張卡的竅門了。你們看，卡上有16個圖案，分為4行，說明密碼有4組數(shù)字，每組是一個四位數(shù)。上面有10種不同的圖案，說明這些圖案代表１～10十個數(shù)字?！被ɑ?、毛毛都認為泡泡分析得對，就一起研究起來，終于把密碼破譯出來了，原來是5402、8159、3018、9867，于是他們根據(jù)這些密碼，用電話把毛茸怪獸引了出來。三個小女警立即向接頭地點撲去，等候即將出現(xiàn)在那里的毛茸怪獸。
　　四攻其一點，中心開花
　　沒想到，三個飛天小女警在前進中竟和蟑螂教練相遇了，蟑螂教練當時正在教它的徒弟們如何危害人類呢?；ɑㄕf：“這些害人精，我們到處找它找不到，今天它們倒在這兒出現(xiàn)了，我們先把它們收拾了再說?！庇谑切∨瘋冮_始向害蟲發(fā)動攻擊。蟑螂的隨從蒼蠅、蚊子、虱子、跳蚤、刺毛蟲、毒蜂、毒蜘蛛、蜈蚣、蝎子反應還挺快，一會兒就圍成了一個圓圈陣，把蟑螂包在中間。小女警們準備向最弱處下手，可是每個隨從都用盾牌擋在前面，看不清盾牌后邊是誰。好在每張盾牌前面都有數(shù)字，而且隨從的腳也露在了外面。于是小女警心中有數(shù)了，就一起向腳最多的害蟲發(fā)起攻擊，攻入圓陣中央，擊斃了蟑螂教練。群龍無首，害蟲們便一個個無可奈何地舉手投降了。
　　五怪樓一幢，畫出它來
　　貪生怕死的蒼蠅為了保命，把它的同黨阿米巴幫交出來了。阿米巴是一種專門導致痢疾的細菌，這種細菌就是由蒼蠅傳播的。蒼蠅把飛天小女警帶到了垃圾場，對她們說：“阿米巴幫就住在這兒，不過要用顯微鏡才能看見它們?！薄安挥媚阗M心了?！毙∨瘋冋襾盹@微鏡開始觀察起來。真沒想到阿米巴幫還有自己的大本營呢！這是幢樓房，當然也要靠顯微鏡才能看到?；ɑ◤恼婵词菆A形的，泡泡從側面看是正方形的，毛毛從上面看是三角形的。毛毛笑著說：“嘿，真是個怪模樣?！被ɑㄕf：“管它什么模樣，都要把它們徹底干凈地消滅掉！”說著就開始噴灑起藥水來，一會兒功夫就把阿米巴幫消滅了。
　　六穿越迷宮，一網(wǎng)打盡
　　魔人啾啾與毛茸怪獸碰面后，毛茸怪獸一詢問，才知道魔人啾啾并沒有給它打電話，三個飛天小女警正要追捕它們。毛茸怪獸對魔人啾啾說：“我知道一個地方有口窨井，從入口進去后是一個大迷宮，我們躲到那里去，包管她們找不到我們。”“這是個好主意。”魔人啾啾高興地說。但是狐貍再狡猾，也斗不過好獵手，機智勇敢的飛天小女警也鉆進了窨井迷宮，終于把那兩個壞蛋消滅了。