在平凡的夏日一天，大雄和好友們在空地上舉行獨角雞相撲比賽，雖然寄予了無數(shù)的厚望，可是大雄的獨角仙還是敗在胖虎的手下。他回到家后心有不甘，痛哭流涕。

哆拉A夢和哆拉美實在看不下去，拿出道具時光機幫大雄捕捉更強大的獨角仙。

誰知他們卻意外抓到了早在500年前就已經(jīng)滅絕的大型動物恐鳥，善良的小伙伴們不愿將恐鳥送回原處迎接滅亡的命運，于是一同前往了位于大海中央的奇跡之島。

奇跡之島是滅絕動物學(xué)家麗凱利博士主持開發(fā)、專門用作保護滅絕生物的島嶼。在這里，小伙伴們見到了巨犀、板齒犀、渡渡鳥、劍齒虎等只在圖片上才見過的生物。與此同時，他們還見到了和大雄長得一模一樣的神秘男孩達凱。

突然，一伙邪惡之人打破了奇跡之島的寧靜。來自未來的邪惡商人謝爾曼妄圖奪取黃金獨角仙，他和他的爪牙斯卡伊、史奈克、羅克將貪婪之手伸向小島。為了保護島上的動物和黃金獨角仙，哆拉A夢、大雄以及小伙伴們勇敢地迎接挑戰(zhàn)……