楊秀坤,鐘明亮,,景曉軍,張潔
(1. 哈爾濱工程大學(xué) 信息與通信工程學(xué)院,黑龍江 哈爾濱 150001;2. 北京郵電大學(xué) 信息與通信工程學(xué)院,北京100876)
傅里葉變換紅外顯微成像技術(shù)將紅外光譜技術(shù)和顯微技術(shù)相結(jié)合,能夠在不破壞樣品原始結(jié)構(gòu)的前提下,探測(cè)生物組織、高分子聚合物等樣本的化學(xué)組分及其分布信息,具有較高的空間分辨率和光譜分辨率,是一種快速、直接、綠色的微區(qū)分析技術(shù)。因而被廣泛用于生物醫(yī)學(xué)、材料化學(xué)、法庭科學(xué)以及食品安全[1~4]等領(lǐng)域。
由傅里葉變換紅外顯微成像技術(shù)獲得的紅外顯微圖像由成千上萬的光譜組成,每一個(gè)像素對(duì)應(yīng)一條完整的紅外光譜,每一個(gè)波數(shù)對(duì)應(yīng)一個(gè)濃度分布圖。包含了海量物質(zhì)的成分、濃度、分布等信息。傳統(tǒng)的紅外顯微圖像的分析方法主要通過選擇物質(zhì)的某個(gè)特征峰,用峰高或峰面積積分成像方式來獲得樣品組分的分布信息[5,6],該方法僅使用少量的光譜數(shù)據(jù),無法完整有效地獲取紅外光譜中的大量有用信息。同時(shí),對(duì)于很難找到合適的特征峰的復(fù)雜樣品或者未知組分樣品,該方法則不適用。因此如何快速從海量光譜數(shù)據(jù)中得到有用信息給光譜顯微圖像分析技術(shù)帶來了新的挑戰(zhàn)。
近年來,許多研究一直致力于探索紅外顯微圖像分析技術(shù)[7~10],其中,PCA光譜分解方法無需先驗(yàn)知識(shí),可以將數(shù)據(jù)分解為少量載荷光譜和得分圖來描述原始紅外顯微圖像,并提供可視化樣品顯微結(jié)構(gòu)特征和化學(xué)組分信息,因而得到了廣泛的應(yīng)用[11~13]。PCA方法需要先將原始二維空間圖像變成單一像素方向,才能構(gòu)造協(xié)方差矩陣,增加計(jì)算復(fù)雜度,針對(duì)這一缺點(diǎn),Yang等人在2004年首次提出了2DPCA方法[14],該方法對(duì)PCA方法進(jìn)行改進(jìn),可直接利用二維圖像數(shù)據(jù)構(gòu)造協(xié)方差矩陣。2DPCA用于特征提取可以降低協(xié)方差矩陣的復(fù)雜度,提高運(yùn)算速度,在人臉識(shí)別和圖像壓縮等應(yīng)用中表現(xiàn)出了更好的性能。本文在此算法的基礎(chǔ)上提出了一種基于光譜方向的2DPCA光譜分解方法,它利用紅外顯微圖像列(或行)像素對(duì)應(yīng)的二維光譜矩陣來構(gòu)造廣義協(xié)方差矩陣,使構(gòu)造的協(xié)方差矩陣包含不同通道分布圖之間的相關(guān)性,實(shí)現(xiàn)光譜數(shù)據(jù)的快速分解。
紅外顯微圖像能提供被測(cè)試樣品的化學(xué)組分及其空間分布信息,通??梢杂脭?shù)據(jù)立方體表示,其中二維是空間方向(像素位置x,y),一維是光譜方向(v)。圖像中任意一個(gè)像素的光譜濃度值由各個(gè)組分純光譜濃度的加權(quán)和得到,每個(gè)像素的濃度值因所含成分不同而各不相同,但構(gòu)成整個(gè)光譜圖像組分的純光譜都一樣,因此可以通過光譜分解來獲得與紅外顯微圖像中化學(xué)組分相關(guān)的光譜及其分布圖。
PCA光譜分解可以去除光譜間的相關(guān)性,可以用少量的載荷光譜以及對(duì)應(yīng)的得分圖來描述原始紅外顯微圖像豐富的光譜信息[11]。獲得的載荷光譜具有與純光譜相近的特征峰峰位和峰形,可以看作是抽象的純光譜;對(duì)應(yīng)的得分圖可以用于正確地代表與載荷光譜最相關(guān)的物質(zhì)在紅外顯微圖像中的分布趨勢(shì),可以看作抽象的濃度分布圖。
PCA的化學(xué)分析模型如下式所示:
其中,矩陣X為紅外顯微圖像,矩陣T為主分量矩陣構(gòu)成的得分矩陣,TP為投影特征矩陣構(gòu)成載荷矩陣,E為實(shí)驗(yàn)誤差。載荷矩陣的行向量為載荷光譜,得分矩陣的列向量可以重新組合為得分圖。
定義矩陣Bm×n×k為紅外顯微圖像,包含有k個(gè)通道,矩陣Ij為第j個(gè)通道的分布圖,大小為m×n。Yang等人提出的2DPCA利用二維空間構(gòu)造圖像協(xié)方差矩陣Gt
在2DPCA的基礎(chǔ)上,提出了基于光譜方向的2DPCA光譜分解方法,它用列(或行)像素對(duì)應(yīng)的二維光譜矩陣代替只包含空間方向的圖像數(shù)據(jù)來構(gòu)造協(xié)方差矩陣,使構(gòu)造的協(xié)方差矩陣包含不同通道間的相關(guān)性。
定義列光譜iA為紅外顯微圖像的第i列像素對(duì)應(yīng)二維光譜數(shù)據(jù)(如圖1所示),其大小m×k,用它代替分布圖Ij構(gòu)造協(xié)方差矩陣Ct
因此,2DPCA的化學(xué)分析模型為
如圖1所示,基于光譜方向的2DPCA可以將紅外顯微圖像分解為得分圖和載荷圖,得分圖由投影特征矩陣Z的二維空間矩陣構(gòu)成,可以用來表示物質(zhì)的分布情況;載荷圖由主分量矩陣TW的行向量構(gòu)成,它與得分圖代表物質(zhì)的光譜具有相近的特征峰峰位和峰形。因此,基于光譜方向的 2DPCA可以去除紅外顯微圖像不同通道間的相關(guān)性,實(shí)現(xiàn)光譜數(shù)據(jù)的快速分解。
圖1 2DPCA的化學(xué)分析模型
本文實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)是由美國Perkin Elmer公司生產(chǎn)的傅里葉變換紅外/近紅外成像系統(tǒng) Spotlight 400提供的兔子動(dòng)脈血管以及多層油漆片的中紅外顯微圖像。數(shù)據(jù)處理與仿真主要基于 Matlab7.11,所有程序均在 Celeron(R)Dual-Core CPU T3 000 1.80GHz、250GB硬盤和1.98GB內(nèi)存的某品牌筆記本電腦上運(yùn)行。
膽固醇在動(dòng)脈粥樣硬化的發(fā)生與發(fā)展過程中起著重要作用。通過對(duì)動(dòng)脈血管中膽固醇分布的研究,可以為醫(yī)學(xué)診斷提供參考。
實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù):兔子動(dòng)脈中紅外顯微圖像,成像面積為3 600μm×5 200μm,空間分辨率25μm×25μm,共有29 952像素。光譜分辨率4cm-1,波數(shù)范圍4 000~720cm-1,共有821個(gè)通道。
實(shí)驗(yàn)方法:PCA與2DPCA光譜分解方法。
采用2種光譜分解方法對(duì)兔子動(dòng)脈中紅外光譜進(jìn)行分析。取前8幀得分圖如圖2和圖3所示??梢钥闯鰣D2(f)和圖2(g)以及圖3(e)和圖3(f)均顯示在動(dòng)脈壁有斑塊物質(zhì)分布。為了確定該物質(zhì)是否為膽固醇,將圖2(f)和圖2(g)以及圖3(e)和圖3(f)對(duì)應(yīng)的載荷光譜與膽固醇標(biāo)準(zhǔn)譜圖進(jìn)行比較,結(jié)果如圖4所示。
圖4中的c為膽固醇標(biāo)準(zhǔn)譜,其中2 950~2 850cm-1區(qū)域?yàn)橹咀寮谆鶃喖谆纳炜s振動(dòng);1 460cm-1處的吸收帶為二甲脂C-H彎曲,1 377cm-1處為CH3的吸收帶;1 057cm-1為C-O的伸縮振動(dòng)[15]。
圖4中的a和b為PCA光譜分解得到與圖2(f)和圖2(g)得分圖對(duì)應(yīng)的載荷光譜;圖4中的d和e為2DPCA光譜分解得到與圖3(e)和圖3(f)得分圖對(duì)應(yīng)的載荷光譜。通過比較,可以看出載荷圖4中的a、b、d和e具有吸收峰與膽固醇的特征峰峰位基本相同、峰形大體一致,因此可以判斷分布于動(dòng)脈壁上的斑塊物質(zhì)為膽固醇。
圖2 PCA光譜分解的得分
圖3 2DPCA 光譜分解的得分
圖4 載荷光譜與膽固醇標(biāo)準(zhǔn)譜圖比較
在法庭科學(xué)領(lǐng)域,常常需要分析少量的多層油漆樣品,對(duì)于樣品中異常成分的檢測(cè)和分析,可以為偵查工作提供重要線索。紅外顯微成像技術(shù)具有較高的空間分辨率和光譜分辨率,能夠提供樣品的化學(xué)組分及微觀結(jié)構(gòu),結(jié)合光譜分解方法可以用于異常物質(zhì)的檢測(cè)和分析。
實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù):多層油漆樣品中紅外顯微圖像成像面積為 468.7μm×250μm,空間分辨率 6.25μm×6.25μm,共有3 000個(gè)像素。光譜分辨率8cm-1,波數(shù)范圍4 000~752cm-1,共有407個(gè)通道。
實(shí)驗(yàn)方法:PCA與2DPCA光譜分解方法。
采用2種光譜分解方法對(duì)多層油漆樣品中紅外顯微圖像進(jìn)行分析。取前8幀得分圖如圖5和圖6所示。油漆片圖5(a)與圖6(a)顯示為2層,但在5(f)與圖6(f)顯示為6層,同時(shí)這2個(gè)得分圖顯示的左上角異常物質(zhì)分布。通過對(duì)有異常物質(zhì)分布的得分圖對(duì)應(yīng)載荷光譜峰位峰形的分析,可以用來確定該物質(zhì)的化學(xué)組分。圖7中的a和b為圖5(f)與圖6(f)對(duì)應(yīng)的載荷光譜,圖7中的c為指紋的標(biāo)準(zhǔn)譜圖。
圖5 PCA 光譜分解的得分
圖6 2DPCA 光譜分解的得分
圖7中的c,吸收峰3 280cm-1為N-H的伸縮振動(dòng),吸收峰 2 920cm-1為 C-H的伸縮振動(dòng),1 655cm-1為羰基C=O伸縮振動(dòng)峰,吸收峰1 545cm-1為N-H平面彎曲[16],這與載荷光譜圖7中a和b的特征峰峰位基本相同、峰形大體一致,由此可以判斷該異常物質(zhì)為指紋。
圖7 載荷光譜與指紋標(biāo)準(zhǔn)譜圖比較
從以上2組實(shí)驗(yàn)可以看出2DPCA光譜分解與PCA光譜分解得到的得分圖和載荷結(jié)果相似,均可以用于已知化合物分布信息的提取和異?;衔锏臋z測(cè)。為了比較2組算法的性能優(yōu)劣,對(duì)2組實(shí)驗(yàn)中的2種算法提取不同特征數(shù)的運(yùn)算時(shí)間進(jìn)行比較,實(shí)驗(yàn)結(jié)果如表1所示。
表1 PCA算法與2DPCA算法性能比較
由表1數(shù)據(jù)可以看出:2組實(shí)驗(yàn)中2DPCA的運(yùn)算時(shí)間均小于 PCA的運(yùn)算時(shí)間,其中實(shí)驗(yàn) 1中2DPCA的運(yùn)算時(shí)間遠(yuǎn)小于PCA的運(yùn)算時(shí)間,而實(shí)驗(yàn)2中2DPCA的運(yùn)算時(shí)間略小于PCA的運(yùn)算時(shí)間。這是因?yàn)镻CA的協(xié)方差矩陣包含的是任意2個(gè)光譜之間的相關(guān)信息,算法復(fù)雜度隨光譜數(shù)增加而增大;2DPCA的協(xié)方差矩陣中包含的是不同通道分布圖之間的相關(guān)性,算法的復(fù)雜度隨通道數(shù)的增加而增大。所以,當(dāng)光譜數(shù)大于通道數(shù)時(shí),2DPCA光譜分解的效率高于 PCA光譜分解的效率,并且隨著光譜數(shù)與通道數(shù)比值增大,采用2DPCA進(jìn)行光譜分解的優(yōu)勢(shì)就更明顯。
本文提出一種基于光譜方向的2DPCA光譜分解方法,能夠直接利用原始圖像矩陣構(gòu)造協(xié)方差矩陣,將紅外顯微圖像分解為與化學(xué)組分相關(guān)載荷光譜及得分圖,實(shí)現(xiàn)目標(biāo)化合物的分布信息提取以及未知異常成分檢測(cè)。與PCA光譜分解相比, 2DPCA光譜分解更簡(jiǎn)單、直接,對(duì)于光譜數(shù)大于通道數(shù)的紅外顯微圖像,采用2DPCA進(jìn)行光譜分解的復(fù)雜度更小、運(yùn)算效率更高,并且隨著光譜數(shù)與通道數(shù)比值增大,2DPCA的優(yōu)勢(shì)更明顯。
[1] CAINE S, HERAUD P, TOBIN M J, et al. The application of Fourier transform infrared micro spectroscopy for the study of diseased central nervous system tissue[J]. NeuroImage, 2012,59(4):3624-3640.
[2] HONG Z H, CONG Y H, QI Z M, et al. Studying deformation behavior of a single spherulite with in-situ infrared micro spectroscopic imaging[J]. Polymer, 2012, 53(2): 640-647.
[3] DUBAND S, GOVIN A, DUMOLLARD J M, et al. Laryngeal teflonoma identified by Fourier- transform infrared micro spectroscopy after forensic autopsy: an interesting tool for foreign material identification in forensic cases[J]. Forensic Science International, 2012,214(1-3): 26-29.
[4] ROHMAN A, SISMININDARI, ERWANTO Y, et al. Analysis of pork adulteration in beef meatball using Fourier transforms infrared (FTIR)spectroscopy[J]. MeatScience, 2011, 88(1): 91-95.
[5] YANG T T, WENG S F, ZHENG N, et al. Histopathology mapping of biochemical changes in myocardial infarction by Fourier transform infrared spectral imaging[J]. Forensic Science International, 2011,207(1-3): 34-39.
[6] RAMKRISHNAN N, XIA Y, BIDTHANAPALLY A. Polarized IR microscopic imaging of articular cartilage[J]. Phys Med Biol, 2007,52(15): 4601-4614.
[7] SALZER R, SIESLER H W. Infrared and Raman Spectroscopic Imaging[M]. Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2009.
[8] WANG D, MA Z H, PAN L G, et al. The application of 2nd derivative in NIR and MIR micro-imaging of two plastic materials[J]. Advanced Materials Research, 2011,(295-297): 2607-2614.
[9] CARLOS C, MARETTO D A, POPPI R J, et al. Fourier transform infrared microspectroscopy as a bacterial source tracking tool to discriminate fecal E coli strains[J]. Microchemical Journal, 2011, 99(1):15-19.
[10] CAIRóS C, AMIGO J M, WATT R, et al. Implementation of enhanced correlation maps in near infrared chemical images: application in pharmaceutical research[J]. Talanta, 2009, 79(3): 657-664.
[11] KEENAN M R. Exploiting spatial-domain simplicity in spectral image analysis[J]. Surface and Interface Analysis, 2009, 41(2):79-87.
[12] XUE J H, LEE C, WAKEHAM S G, et al. Using principal components analysis (PCA) with cluster analysis to study the organic geochemistry of sinking particles in the ocean[J].Organic Geochemistry, 2011, 42(4):356-367.
[13] JUAN A D, MAEDER M, HANCEWICZ T, et al. Use of local rank-based spatial information for resolution of spectroscopic images[J]. Journal of Chemometrics, 2008, 22(5):291-298.
[14] YANG J, ZHANG D, FRANGI A F, et al. Two-dimensional PCA: a new approach to appearance-based face representation and recognition[J]. IEEE Trans PAMI, 2004, 26(1): 131-137.
[15] HOLMAN H Y, BJORNSTAD K A, MARTIN M C, et al.Mid-infrared reflectivity of experimental atheromas[J]. Journal of Biomedical Optics, 2008, 13(3):1-3.
[16] RICCI C, PHIRIYAVITYOPAS P, CURUM N, et al. Chemical imaging of latent fingerprint residues[J]. Applied Spectroscopy, 2007, 61(5):514-522.