于建才,王 偉,趙 娜(綜述),趙德超(審校)
(1.哈爾病醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院心內(nèi)八科,哈爾濱 150001; 2.承德醫(yī)學(xué)院研究生院,河北 承德 067000)
DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳修飾,在胚胎發(fā)育、造血系統(tǒng)及腫瘤等相關(guān)疾病發(fā)生過程中起重要作用[1]。高等動物體內(nèi)DNA甲基化主要是指DNA甲基轉(zhuǎn)移酶介導(dǎo)的在CpG二核苷酸胞嘧啶第5位碳原子上加入甲基基團(tuán)轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)的修飾過程[2],并且這個動態(tài)過程可以逆轉(zhuǎn)[3]。TET(ten eleven translocation)1是一種5mC羥基化酶,能啟動DNA去甲基化程序,調(diào)控胚胎干細(xì)胞的發(fā)育,并與腫瘤、精神、血液系統(tǒng)等疾病發(fā)病密切相關(guān)。
TET家族是重新調(diào)控已經(jīng)分化細(xì)胞的一種重要功能蛋白,在DNA去甲基過程和干細(xì)胞編程、抑制腫瘤細(xì)胞增殖等方面起關(guān)鍵作用[4]。人類TET蛋白家族共有3名成員:TET1,TET2和TET3,其中TET1發(fā)現(xiàn)最早,由Tahiliani等[5]在研究1例存在t(10,11)(q22,q23)異位的白血病患者中作為融合蛋白發(fā)現(xiàn)的。TET1是一種具有Cys-Xaa-Xaa-Cys(CXXC)氨基酸序列結(jié)構(gòu)域并能催化5mC的羥化酶[6]。它的N端擁有1個經(jīng)典的CXXC型鋅指結(jié)構(gòu)??拷麮端為一個催化中心,該催化中心含有3個Fe2+和1個α-酮戊二酸結(jié)合位點,具有5mC羥化酶的活性。另外,催化中心前還含有一段富含半胱氨酸的區(qū)域[7]。TET1是一種CpG-DNA結(jié)合蛋白,能夠啟動DNA去甲基化程序[1]。典型的TET1-CXXC結(jié)構(gòu)域能通過特定的大溝結(jié)構(gòu)來結(jié)合CpG-DNA序列,它往往構(gòu)成短縮的雙鏈β螺旋結(jié)構(gòu)[8](大約縮短2 Ao距離),以創(chuàng)造足夠的空間來允許5mC或5羥甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)的綁定[4]。TET1-CXXC結(jié)構(gòu)域能夠同時識別并結(jié)合未被修飾、5mC修飾和5hmC修飾的CpG-DNA[9]。
高等生物中DNA甲基化主要是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶介導(dǎo)的在胞嘧啶的第5位碳原子上加入甲基基團(tuán)生成5mC的過程,這一過程被認(rèn)為是基因沉默表達(dá)修飾[2]。TET1是一個活躍的5mC羥化酶,具備在體內(nèi)、體外羥化5mC為5hmC的活性,從而啟動DNA去甲基化過程,使DNA甲基化介導(dǎo)的基因沉默重新激活[1]。5hmC僅是5mC去甲基化過程中一個必備的中間體[9],5hmC的下一步轉(zhuǎn)化可能涉及兩個方面。一方面5hmC可在誘導(dǎo)活化脫氨酶(activation-induced deaminase,AID)催化下生成5羥甲基尿嘧啶(5-hydroxymethyluracil,5hmU),5hmU再被胸腺嘧啶-DNA糖基化酶(thymine-DNA glycosylase,TDG)識別并切除[10],再通過堿基切除修復(fù)(base excision repair,BER)途徑最終將該位點轉(zhuǎn)化為胞嘧啶,從而實現(xiàn)DNA去甲基化[11]。另一方面,TET1蛋白本身還具有將5hmC進(jìn)一步催化為5-甲酰胞嘧啶和5-羧基胞嘧啶的能力[12],生成的5-羧基胞嘧啶也可被TDG識別并切除[13],在BER機(jī)制下實現(xiàn)該位點胞嘧啶的形成[7,14]。綜上,在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶、TET1、AID、TDG及BER機(jī)制等的參與下,可以將DNA同一位點的3種堿基:胞嘧啶、5mC、5hmC實現(xiàn)動態(tài)的平衡,被認(rèn)為是DNA可逆性甲基化的一個可能機(jī)制。
TET1主要結(jié)合于胚胎干細(xì)胞基因組富含CpG啟動子的轉(zhuǎn)錄起始位點,調(diào)控CpG富集區(qū)啟動子的DNA甲基化水平,促進(jìn)胚胎干細(xì)胞多能性因子的轉(zhuǎn)錄,以及參與多梳蛋白PcG(polycomb group)靶向的發(fā)育因子的抑制[15]。TET1采用雙管齊下的方式保持胚胎干細(xì)胞的自我更新能力和多能性潛力。一方面,對分化基因保持“沉默”;另一方面也可對多能性基因保持“激活”[1]。TET1對分化基因轉(zhuǎn)錄保持“沉默”作用與核心蛋白復(fù)合體2(polycomb repressive complex 2,PRC2)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控密切相關(guān)。因為TET1靶基因很多也是PRC2的調(diào)控對象,提示TET1蛋白對靶基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制是通過招募PRC2到其靶基因的啟動子區(qū)而實現(xiàn)表達(dá)抑制效應(yīng)的[6]。在富集CpG區(qū),DNA甲基化會阻礙招募Eed/Ezh2/Suz12(PRC2亞基的核心)結(jié)合到染色質(zhì)的特定啟動子區(qū)[15]。而TET1猶如一把“鑰匙”,優(yōu)先結(jié)合于CpG富集區(qū)啟動子(這與TET1-CXXC結(jié)構(gòu)優(yōu)先結(jié)合CpG序列有關(guān)[16]),作用在PRC2靶點上游[17],對抗DNA甲基化,維持特定區(qū)域低甲基化水平,解除甲基化對PRC2的阻礙作用,為PRC2的結(jié)合打開“大門”。PRC2的結(jié)合會對組蛋白H3K27進(jìn)行甲基化,實現(xiàn)分化基因的沉默作用[4]。通常H3K27甲基化(H3K27me3)被看作是細(xì)胞具有多能性潛能的標(biāo)志之一[18]。另外,TET1還可以通過介導(dǎo)共抑制復(fù)合物Sin3A的招募,來確保這部分基因CpG高度甲基化狀態(tài),從而切斷分化基因轉(zhuǎn)錄途徑[19-20]。
4.1TET1與腎癌 TET1抑制腎癌786-O細(xì)胞無限增殖并調(diào)控細(xì)胞周期,這種作用與suz12(suppressor of zeste 12)蛋白表達(dá)的下調(diào)有關(guān)[21]。Suz12蛋白屬于多梳蛋白PcG(polycomb group)家族成員,是PRC2甲基化轉(zhuǎn)移酶活性不可或缺的亞基,在多種腫瘤(如乳腺癌和肝癌等)組織中都有表達(dá)[22]。Martín-Pérez等[23]研究發(fā)現(xiàn),suz12蛋白參與細(xì)胞周期及細(xì)胞增殖的調(diào)控,在套細(xì)胞淋巴瘤中下調(diào)suz12蛋白的表達(dá)可抑制套細(xì)胞增殖,并將細(xì)胞阻滯于G1期,因此干預(yù)suz12蛋白可調(diào)控腫瘤細(xì)胞的分裂周期。謝素紅等[21]通過應(yīng)用小干擾RNA沉默腎癌786-O細(xì)胞中TET1基因表達(dá),帶來786-O細(xì)胞中suz12蛋白的表達(dá)水平明顯下降,使腎癌786-O細(xì)胞克隆形成能力減弱,將細(xì)胞阻滯于G0/G1期,使釋放進(jìn)入S期的細(xì)胞數(shù)目相對減少,從而抑制786-O細(xì)胞的增殖過程。下調(diào)TET1蛋白表達(dá)水平能夠抑制腎癌786-O細(xì)胞的生長并影響細(xì)胞周期,使細(xì)胞的增殖能力明顯減弱,這對于腎癌的治療具有潛在的價值。
4.2TET1與前列腺癌、乳腺癌 前列腺癌、乳腺癌組織中DNA去甲基化的程度與腫瘤的進(jìn)展密切相關(guān)[24]。TET1在前列腺癌和乳腺癌組織中表達(dá)下調(diào),并且在異種移植模型中,發(fā)現(xiàn)TET1的消耗能促進(jìn)腫瘤細(xì)胞侵襲和生長,誘使癌轉(zhuǎn)移;加強(qiáng)TET1的表達(dá)則能降低細(xì)胞侵襲及異種移植瘤的形成[25]。TET1通過抑制金屬蛋白酶家族蛋白2和3的基因甲基化,維持基質(zhì)金屬蛋白酶組織抑制因子的表達(dá)來抑制癌細(xì)胞的侵襲[26]。因此可以從TET1對關(guān)鍵基因甲基化的抑制作用出發(fā),研究阻止腫瘤發(fā)展的新機(jī)制。
4.3TET1與白血病 最初TET1是在白血病患者染色體中作為融合蛋白被發(fā)現(xiàn),因此推測TET1與白血病發(fā)生相關(guān)[15]。例如發(fā)現(xiàn)部分急性髓系白血病患者含有囊括TET1 C端(含2-OG-Fe2+氧化酶結(jié)構(gòu)域)與混合譜系白血病(mixed lineage leukemia,MLL)N端(含CXXC結(jié)構(gòu)域)的MLL-TET1融合基因[27],提示TET1與白血病的發(fā)病有關(guān)。
4.4TET1與精神疾病 TET1與精神疾病(如精神分裂癥、自閉癥等)密切相關(guān)。在精神疾病患者基因中,存在頂葉皮質(zhì)TET1表達(dá)上調(diào),促使大腦谷氨酸脫羧酶67啟動子區(qū)5hmC水平升高,誘導(dǎo)活化AID/載脂蛋白B 信使RNA編輯酶表達(dá),下調(diào)并削弱5hmU堿基切除修復(fù)途徑,可能在某些精神疾病的病理生理機(jī)制中發(fā)揮作用[28]。
TET1蛋白的發(fā)現(xiàn)及研究,拓展了人們對于DNA可逆性甲基化及在胚胎干細(xì)胞調(diào)控、腫瘤疾病防治等方面的認(rèn)識。目前,國內(nèi)對于TET1的研究也很多,如Gao等[29]關(guān)于Tet1在誘導(dǎo)多能干細(xì)胞過程中的作用、中科院證實維生素C可以使表觀遺傳修飾酶TET1功能改變[30]等。從TET1研究入手,尋求針對相關(guān)疾病的發(fā)生機(jī)制與診療防治新靶向具有潛在價值。
[1] Zhang H,Zhang X,Clerk E,etal.TET1 is a DNA-binding protein that modulates DNA methylation and gene transcription via hydroxylation of 5-methylcytosine[J].Cell Res,2010,20(12):1390-1393.
[2] Tate PH,Bird AP.Effects of DNA methylation on DNA-binding proteins and gene expression[J].Curr Opin Genet Dev,1993,3(2):226-231.
[3] Metivier R,Gallais R,Tiffoche C,etal.Cyclical DNA methylation of a transcriptionally active promoter[J].Nature,2008,452(7183):45-50.
[4] Xu Y,Wu F,Tan L,etal.Genome-wide regulation of 5hmC,5mC,and gene expression by tet1 hydroxylase in mouse embryonic stem cells[J].Mol Cell,2011,42(4):451-464.
[5] Tahiliani M,Koh KP,Shen Y,etal.Converion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethyl cytosin in mammalian DNA by MLL partner TET1[J].Science,2009,324(5929):930-935.
[6] Ito SD,Ale ssio AC,Taranova OV,etal.Role of Tet proteins in 5mC to 5hmC conversion,EScell self-renewal and inner cell mass specification[J].Nature,2010,466(7310):1129-1133.
[7] Iyer LM,Tahiliani M,Rao A,etal.Prediction of novel families of enzymes involved in oxidative and other complex modifications of bases in nucleic acids[J].Cell Cycle,2009,8(11):1698-1710.
[8] Koh KP,Yabuuchi A,Rao S,etal.Tet1 and Tet2 regulate 5-hydroxymet hylcytosine production and cell lineage specification in mouse embryonic stem cells[J].Cell Stem Cell,2011,8(2):200-213.
[9] Cortellino S,Xu J,Sannai M,etal.Thymine DNA glycosylase is essential for active DNA demethylation by linked deaminationbase excision repair[J].Cell,2011,146(1):67-79.
[10] Guo JU,Su Y,Zhong C,etal.Hydroxylation of 5-mehylcytosion by TET1 promote active DNA demethylation in the adulet brain[J].Cell,2011,145(3):423-434.
[11] Ito S,Shen L,Dai Q,etal.Tet proteins can convert 5-mehylcytosion to 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine[J].Science,2011,333(6047):1300-1303.
[12] He YF,Li BZ,Li Z,etal.Tet-mediated formation of 5-carboxylcytosine and its excision by TDG,in mammalian DNA[J].Science,2011,333(6047):1303-1307.
[13] Nabel CS,Kohli RM.Molecular biology.Demystifying DNA demethylation[J].Science,2011,333(6047):1229-1230.
[14] Young RA.Control of the embryonic stem cell state[J].Cell,2011,144(6):940-954.
[15] Wu HD,Alessio AC,Ito S,etal.Dual functions of Tet1 in transcriptional regulation in mouse embryonic stem cells[J].Nature,2011,473(7347):389-393.
[16] Thomson JP.CpG islands influence chromatin structure via the CpG-binding protein Cfp1[J].Nature,2010,464(7291):1082-1086.
[17] Williams K,Christensen J,Pedersen MT,etal.TET1and hydroxymethylcytosine in transcription and DNA methylation fidelity[J].Nature,2011,473(7347):343-348.
[18] 郭曉強(qiáng),陸菁瀟,桂耀庭,等.組蛋白H3K27去甲基化酶與腫瘤發(fā)生[J].中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報,2011,27(8):706-711.
[19] Blackledge NP.CpG islands recruit a histone H3 lysine 36 demethylase[J].Mol Cell,2010,38(2):179-190.
[20] Williams K,Christensen J,Helin K.DNA methylation:TET proteins-guardians of CpG islands?[J].EMBO Rep,2011,13(1):28-35.
[21] 謝素紅,翁文浩,李智.TET1對腎癌786-O細(xì)胞增殖的影響及其相關(guān)機(jī)制[J].腫瘤,2012,12(32):962-968.
[22] Kirmizis A,Bartley SM.Identification of the polycomb group protein SU(Z)12 as a potential molecular target for human cancer therapy[J].Mol Cancer Ther,2003,2(1):113-121.
[23] Martín-Pérez D,Sanchez E,Maestre L,etal.Deregulated expression of the polycomb-group protein SUZ12 target genes characterizes mantle cell lymphoma[J].Am J Pathol,2010,177(2):930-942.
[24] Brothman AR,Swanson G,Maxwell TM,etal.Global hypomethylation is common in prostate cancer cells:a quantitative predictor for clinical outcome?[J].Cancer Genet Cytogenet,2005,156(1):31-36.
[25] Hsu CH,Peng KL,Kang ML,etal.TET1 suppresses cancer invasion by activating the tissue inhibitors of metalloproteinases[J].Cell Rep,2012,2(3):568-579.
[26] 程瑤,劉小珊.TET基因家族與DNA去甲基化[J].汕頭大學(xué)醫(yī)學(xué)院學(xué)報,2013,26(1):55-58.
[27] Lorsbach RB,Moore J,Mathew S,etal.TET1,a member of a novel proteinfamily,is fusedto MLL inacute myeloidleukemia containing thet(10;11)(q22;q23)[J].Leukemia,2003,17(3):637-641.
[28] Dong E,Gavin DP,Chen Y,etal.Upregulation of TET1 and downregulation ofAPOBEC3A and APOBEC3C in the parietal cortex of psychotic patients[J].Transl Psychiatry,2012,2:e159.
[29] Gao Y,Chen J,Li K,etal.Replacement of Oct4 by Tet1 during iPSC induction reveals an important role of DNA methylation and hydroxymethylation in reprogramming[J].Cell Stem Cell,2013,4(12):453-469.
[30] Chen J,Guo L,Zhang L,etal.Vitamin C modulates TET1 function during somatic cell reprogramming[J].Nat Genet,2013,45(12):1504-1509.