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山東省紫椴遺傳多樣性AFLP分析

2014-12-24 10:00:34王東升邢世巖李際紅劉曉靜吳岐奎
關鍵詞:紫椴昆崳山多態(tài)

王東升,辛 紅,邢世巖,李際紅,劉曉靜,吳岐奎

(山東農業(yè)大學林學院,山東泰安271018)

紫椴(Tilia amurensis Ruprecht)是椴樹科(Tiliaceae)椴樹屬(Tilia L.)高大落葉喬木樹種,用途廣泛,經(jīng)濟價值高,為國家二級保護植物[1].由于對紫椴大規(guī)模采伐及其繁育困難,其數(shù)量逐年下降,許多優(yōu)良種質資源消失,導致紫椴資源遺傳多樣性不斷下降,遺傳基礎變得相對狹窄.目前對紫椴的研究主要集中在育種造林[2]、生態(tài)學[3]、木材結構[4]、優(yōu)良無性系選擇[5]等方面,在分子水平上的研究還不多.穆立薔等[6]通過ISSR技術對紫椴6個種群125個個體進行多樣性檢測,結果表明總的多樣性為93.85%,其具有較高的遺傳多樣性.劉贏男[7]通過ISSR分子標記技術對紫椴6個種群90個個體進行多樣性檢測,發(fā)現(xiàn)供試材料也具有較高的遺傳多樣性.林木基因資源是林木育種及林業(yè)可持續(xù)發(fā)展的物質基礎,通過對紫椴進行遺傳多樣性分析,構建聚類樹,以了解其系統(tǒng)發(fā)育,明確各種質資源間的親緣關系,最大效率進行種質資源的收集保存.AFLP方法多樣性高、重復性好[8],因此,本研究采用AFLP分子標記技術對山東省5個地區(qū)收集的紫椴進行遺傳多樣性和親緣關系分析,以期為紫椴種質資源的評價、早期選育、保存與保護提供依據(jù).

1 材料與方法

1.1 材料

于2012年5月上旬采集泰山后石塢(編號1-20)、嶗山北九水(編號21-25)、魯山雨林(編號26-30)、艾山南官山(編號31-42)、昆崳山環(huán)山路(編號43-62)的野生紫椴的正常生長、無病斑嫩葉,作為供試材料,共62份.每份材料單株采集,單株間相距10 m以上.用裝有變色硅膠的自封袋加以封存,封存過程中翻動2-3次,以保證葉片在12 h內達到完全干燥,用于DNA的提取.

1.2 試驗方法

1.2.1 DNA制備 稱取紫椴完全干燥葉片約50 mg,參照洪丕征[9]的CTAB法提取DNA.

1.2.2 AFLP體系的建立 酶切采用雙酶切(PstⅠ和MseⅠ),與連接同時進行,加入DNA模板200 ng、1 μL Adapter(10 mmol·L-1.PstⅠ接頭:5'> CTC GTA GAC TGC GTA CAT GCA < 3',5'> TGT ACG CAG TCT AC <3'.MseⅠ接頭:5'> GAC GAT GAG TCC TGA G <3',5'> TAC TCA GGA CTC AT <3')、2 μL PstⅠ/MseⅠ(5 U·μL-1)、1 μL T4 Ligase(5 U·μL-1)等構建20 μL 反應體系.將此體系在37 ℃保溫5 h,8℃保溫4 h,4℃下過夜.

以2 μL 酶切連接后的 DNA 產(chǎn)物為模板,加入 1 μL 預擴引物(10 μmol·L-1,PstⅠ 5'> GAC TGC GTA CAT GCA G <3',MseⅠ 5'>GAT GAG TCC TGA GTA A C <3')、0.5 μL Taq 酶(2 U·μL-1)等,構建25 μL預擴增體系.PCR擴增程序為:在94℃預變性2 min,隨后經(jīng)過94℃變性30 s,56℃退火30 s,72℃延伸80 s,持續(xù)30個循環(huán),之后72℃延伸5 min.

預擴產(chǎn)物稀釋20倍后作為選擴模板,加入篩選出的10 μmol·L-1的PstⅠ引物和MseⅠ引物各1 μL,0.5 μL的Taq酶(2 U·μL-1)構建25 μL的選擴增體系.按以下列程序進行PCR擴增:94℃變性30 s,65℃退火30 s,72℃延伸80 s,進行第一輪擴增,以后每輪循環(huán)溫度遞減0.7℃,共擴增12輪;接著進行94℃變性30 s,55℃退火30 s,72℃延伸80 s,擴增23輪;然后72℃延伸5 min;最后將選擴增產(chǎn)物進行4%聚丙烯酰胺電泳,得到電泳圖.

1.2.3 數(shù)據(jù)分析 電泳圖經(jīng)ABI 377 PRISM 377 sequencer測序儀檢測片段大小,采用GENESCAN軟件進行分析,擴增后清晰可辨的條帶記為“1”,無帶的記為“0”,構建“01”矩陣,以供下一步分析.利用POPGENE version 1.31軟件計算多態(tài)帶比例(PPB)、觀測等位基因數(shù)(Na)、觀測的有效等位基因數(shù)(Ne)、Nei's基因多樣性(H)、Shannon's信息指數(shù)(I).采用NTSYSpc version 2.10e軟件,得到相似系數(shù)SC矩陣.采用Dice系數(shù)非加權算術平均法(UPGMA)進行紫椴的聚類分析.

2 結果與分析

2.1 紫椴的AFLP分析

對9對多態(tài)性較好的引物進行擴增(圖1),共獲得1374個條帶,其中1370條為多態(tài)帶,平均多態(tài)帶比率為99.70%(表1),平均每對引物產(chǎn)生152條多態(tài)帶.引物不同則擴增效率不同.產(chǎn)生多態(tài)帶數(shù)量最少的引物是P-GAA/M-CAA,共擴增出127條;產(chǎn)生多態(tài)帶最多的引物是P-GAC/M-CAG,達171條.不同引物的多態(tài)帶百分率為99.20%-100.00%,說明AFLP標記在所分析的紫椴資源中多態(tài)性較好,是檢測紫椴遺傳多樣性的一種有效技術.檢測出位點遺傳多樣性指標 Na、Ne、H 和 I分別為1.9969、1.3404、0.2132、0.3405,均較大,顯示紫椴遺傳多樣性較高,遺傳變異相對廣泛.

圖1P-GAT/M-CTA擴增的紫椴AFLP圖譜Fig.1 AFLP profiles for singal plants of T.amurensis by P-GAT/M-CTA

表1 62個紫椴單株AFLP引物的多態(tài)性Table 1 The strip polymorphism of 62 single plants of T.amurensis after AFLP selective amplification

2.2 紫椴的特異性條帶

62個紫椴單株中有51個單株擴增出182條特異性條帶,占多態(tài)帶總數(shù)的13.3%,其中缺失帶為6條.56號單株擴增的特異性條帶最多,達到12條,包括1條缺失帶;其次是51號單株,擴增出11條特異性條帶,56號和51號單株都來自昆崳山.通過特異性條帶可將82.3%的紫椴單株辨別出來,說明AFLP技術在種質鑒定方面具有巨大潛力.9對引物擴增出的特異性條帶數(shù)為11-24,其中P-GAT/M-CAA擴增出的特異性條帶最多,達到24條;其次是 P-GAC/M-CAC、P-GAC/M-CAG、P-GAC/M-CT、P-GAT/M-CTA,都擴增出了23條特異性條帶;擴增出特異性條帶最少的是P-GAA/M-CAA,僅有11條.擴增出的條帶數(shù)量表明不同引物組合通過特異性條帶鑒別種質有效性的高低.

2.3 紫椴的遺傳相似性及其聚類分析

采用NTSYSpc version 2.10e軟件檢測62個紫椴單株間的相似性,相似系數(shù)為0.3911-0.7953,平均值為0.5761.1號與2號的相似性系數(shù)最大,說明1號與2號的親緣關系最近,這可能與這兩者來源地相同有關,它們都來自泰山后石塢.來自泰山的12號與來自昆崳山的56號的相似性系數(shù)最小,說明這兩者間的相似性較低,親緣關系較遠,這可能與它們來源地相距較遠、生長條件差異性較大有關.

對62個紫椴單株進行UPGMA聚類,在相似性系數(shù)為0.60處,將其分成12組.第1組包括1、2、3、7、10、11、12、14、15、17、18、19、20、31 號,共 14 個單株,其中來自泰山的有 13 個單株,來自艾山的有 1 個單株;第2 組包括5、6、13、21、22、23、24、25、26、28、30、37 號,共 12 個單株,來自泰山的有 3 個單株,魯山的有3 個單株,艾山的有1 個單株,嶗山的有 5 個單株;第 3 組包括 32、33、34、35、36、38、39、40、41、42、43、44、46、47、49、50、51、52、53、55、58、59、61、62 號,共24 個單株,其中來自艾山的有 10 個單株,來自昆崳山的有14個單株;第4組包括4、9、16號,共3個單株,均來自泰山;第5-9組各包括1個單株,分別是來自泰山的8號、昆崳山的54號、昆崳山的60號、昆崳山的57號、魯山的27號;第10組包括來自魯山的29號和來自昆崳山的48號單株;第11、12組各包括1個單株,分別是來自昆崳山的45號單株和來自昆崳山的56號單株.通過聚類分析可知,來源相同的單株并沒有嚴格地聚成一組,說明親緣關系與來源沒有嚴格的一致關系.來自昆崳山的紫椴分散在7個組中,說明昆崳山的紫椴變異范圍較廣泛.

3 小結與討論

本研究通過9對AFLP引物組合獲得了千余條穩(wěn)定而有效的條帶,這充分驗證了AFLP標記方法的可靠性、穩(wěn)定性和高效性.此外,采用機器讀帶,避免了人工讀帶誤差大的缺點,精確性大大提高.一般認為,P值超過50%,則認為該物種具有較豐富的遺傳多樣性[10].本研究檢測的紫椴遺傳多樣性達到99.70%,比劉贏男[7]和穆立薔等[6]通過ISSR技術檢測的結果都高,這可能與采用的方法不同有關.AFLP被認為是迄今為止最有效的分子標記[11].另外,供試材料的來源、樣本的大小都會對遺傳多樣性造成一定影響.遺傳多樣性能夠反映一個物種對環(huán)境的適應能力、生存能力.有的學者認為,特有或瀕危物種具有較低的遺傳多樣性[12-13].但更多的研究報道卻揭示,稀有或瀕危種并未表現(xiàn)出遺傳變異水平的下降,有些特有種甚至瀕危種也可能具有較高的遺傳多樣性[14-16],本研究也證明了這一點.因此單憑遺傳多樣性不能夠準確而充分地反映種群的生存狀態(tài),為進一步揭示遺傳多樣性與物種保護之間的關系,還需要將形態(tài)生理、生態(tài)學、分子水平的相關研究綜合起來進行分析.

圖2 62個紫椴單株基于AFLP分析的UPGMA聚類結果Fig.2 Dendrogram of UPGMA analysis of 62 signal plants of T.amurensis based on AFLP markers

51個單株擴增出了182條特異性條帶,占多態(tài)帶總數(shù)的13.3%,其中缺失帶為6條,可將82.3%的紫椴單株辨別出來.特異性條帶是某個單株的特有帶,是進行特殊性狀標記的基礎.因此,可利用特異性條帶進行種質資源的鑒定.這比依據(jù)表型性狀進行種質資源分類更加全面和精確,更能真實反映不同種質資源間的遺傳背景和遺傳差異.此外,通過比較條帶存在與否、條帶的數(shù)量可發(fā)現(xiàn)不同紫椴單株之間遺傳多樣性和親緣關系.差異帶數(shù)越多,單株間的遺傳相似性越低,遺傳多樣性越豐富,親緣關系越遠;反之,則相似性越大,親緣關系越近[17].特異性條帶的存在還可能與種質資源對環(huán)境的適應力有一定聯(lián)系,可以作為基因資源保護的一個依據(jù).

聚類分析一定程度上可以反映種質資源的起源和分類[18].62個單株相似系數(shù)為0.3911-0.7953,平均值為0.5761,在相似性系數(shù)為0.60處,可將所有單株分成12組,從個體的聚類圖上可以看出:來源相同的紫椴單株不能完全按照地域聚類.不同地區(qū)的紫椴在聚類圖中也沒有明顯界限,來源于昆崳山的種質分布于7個組中,表明供試昆崳山紫椴種質存在著較寬的遺傳基礎.這可能是紫椴的起源和親緣關系較為復雜所致,也可能是因為地區(qū)之間紫椴的廣泛交流導致了某些基因在不同地區(qū)種質間的滲入.

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