梁微微,李乃適
中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院 北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 北京協(xié)和醫(yī)院內(nèi)分泌科衛(wèi)生部內(nèi)分泌重點實驗室,北京100730
長鏈非編碼核糖核酸ANRIL與糖脂代謝性疾病
梁微微,李乃適
中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院 北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 北京協(xié)和醫(yī)院內(nèi)分泌科衛(wèi)生部內(nèi)分泌重點實驗室,北京100730
ANRIL;糖脂代謝
近年來隨著全基因組關(guān)聯(lián)研究 (Genome Wide Asso-ciation Study,GWAS)的深入,人們對染色體9p21基因區(qū)段的認(rèn)識大為增加[1-3]。盡管該區(qū)段最早在2007年被發(fā)現(xiàn)與冠狀動脈性心臟病 (coronary heart disease,CHD)發(fā)病密切相關(guān)[1,3],但此后的研究發(fā)現(xiàn)9p21區(qū)段不僅與2型糖尿病、心肌梗死密切相關(guān),也與腹主動脈瘤、外周血管病、卵巢癌、子宮內(nèi)膜異位、顱內(nèi)動脈瘤等多種疾病具有顯著相關(guān)性[4]。值得注意的是,染色體9p21區(qū)段中與CHD、2型糖尿病相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性 (single nucleotide polymorphism,SNP)位點幾乎都位于不編碼蛋白質(zhì)的“基因沙漠”中[3]。近期較深入的研究發(fā)現(xiàn),這些SNP位點大多位于一個新發(fā)現(xiàn)的長鏈非編碼 RNA(long noncoding RNA,lncRNA)ANRIL(lncRNA-INK4基因座反義鏈非編碼,antisense noncoding RNA in the INK4 locus)上[5]。本文對ANRIL及與其相關(guān)的糖脂代謝性疾病進(jìn)行綜述。
在染色體9p21區(qū)段與ANRIL編碼區(qū)域最近的蛋白編碼基因,是幾千堿基對 (kb)外的INK4b-ARF-INK4a基因座[6]。INK4b-ARF-INK4a基因座長約35 kb,內(nèi)含3種已知的抑癌基因[7]:INK4b(又稱 CDKN2B)、INK4a和ARF(兩個基因合稱CDKN2A),它們編碼依賴細(xì)胞周期蛋白的激酶抑制劑p15INK4b、p16INK4a及另一種蛋白質(zhì)p14ARF,這3種編碼蛋白參與細(xì)胞周期調(diào)控,其基因過表達(dá)與細(xì)胞增殖、細(xì)胞凋亡、腫瘤調(diào)控相關(guān)。
p15INK4bANRIL基因又稱CDKN2B-AS(CDKN2B-antisense),包含19個外顯子,長度約12.3 kb,可轉(zhuǎn)錄成一段長約3834 bp的與INK4b-ARF-INK4a基因座呈轉(zhuǎn)錄反義方向的RNA,即ANRIL[5]。ANRIL基因1號內(nèi)含子與CDKN2B的2個外顯子重疊,ANRIL基因1號外顯子5'端位于ARF基因轉(zhuǎn)錄起始位點上游約300 bp[5]。
目前,ANRIL的分子結(jié)構(gòu)尚不清晰。ANRIL由RNA聚合酶Ⅱ[8]轉(zhuǎn)錄而成,剪接成不同的亞型,大部分ANRIL亞型為線性結(jié)構(gòu),同時也存在一些圓形非多聚腺苷酸化的亞型[5]。有文獻(xiàn)報道ANRIL某些亞型具有組織特異性[5],提示了其功能的復(fù)雜性。
目前認(rèn)為,ANRIL具有調(diào)節(jié)INK4b-ARF-INK4a基因座基因表達(dá)的作用[8-10]。白血?。?1]、前列腺癌[8]等組織的觀察性研究發(fā)現(xiàn),ANRIL表達(dá)明顯上調(diào),而INK4a、INK4b基因表達(dá)與之呈負(fù)相關(guān),提示ANRIL可能具有調(diào)節(jié)INK4b-ARF-INK4a基因座基因表達(dá)的作用。Yap等[8]將ANRIL基因敲除,觀察到INK4a基因表達(dá)增強;Kotake等[12]利用小干涉RNA(small interfering RNA,siRNA)方法在W138細(xì)胞將ANRIL表達(dá)下調(diào),觀察到INK4b基因表達(dá)明顯增強,提示ANRIL具有參與INK4b-ARF-INK4a基因座的沉默調(diào)控功能。
Yap等[8]在體外細(xì)胞實驗中發(fā)現(xiàn),ANRIL可與多梳復(fù)合物1(polycomb repressive complex 1,PRC1)中的CBX7蛋白相互結(jié)合,影響CBX7蛋白募集,通過錨定作用激活組蛋白3第27位賴氨酸甲基化位點(H3K27me3),使H3K27甲基化,導(dǎo)致INK4a基因沉默表達(dá)。將ANRIL基因敲除,H3K27me3甲基化水平降低,同時觀察到INK4a基因表達(dá)上調(diào)。除了結(jié)合PRC1,Kotake等[12]報道 ANRIL可與 PRC2成員SUZ12蛋白特異性結(jié)合,影響PRC2向染色質(zhì)募集,調(diào)節(jié)INK4b基因沉默。Sato等[13]報道ANRIL在細(xì)胞周期及凋亡因子E2F1的介導(dǎo)下,對ARF基因產(chǎn)生沉默表達(dá)。可見,ANRIL對INK4b-ARF-INK4a基因座表達(dá)的影響是由多種分子通過復(fù)雜的調(diào)控機制作用而得以實現(xiàn)的。
2007年5月,Helgadottir等[1]在高加索人群中開展基于大樣本群體的CHD遺傳學(xué)研究,首次報道了一個與CHD相關(guān)的易感位點9p21.3。最近,F(xiàn)ramingham Heart Study(FHS)對281例心血管疾病患者全基因組DNA的9p21.3區(qū)域進(jìn)行直接測序,發(fā)現(xiàn)516個最小等位基因計數(shù)≥5的SNPs,其中322個SNPs位點位于轉(zhuǎn)錄區(qū)段內(nèi),占60.5%;300個SNPs位于內(nèi)含子編碼區(qū)域內(nèi),占58.1%;而僅有的22個位于外顯子編碼區(qū)域的SNPs中11個位于非編碼RNA ANRIL中[14]。從這些變異中篩選出126個SNPs并在7290例個體中進(jìn)行基因分型,結(jié)果發(fā)現(xiàn)一系列與多種心血管疾病關(guān)聯(lián)的遺傳變異 (rs4977574、rs1333045、rs1333046、rs10811661等),這些變異顯著影響著CHD的發(fā)生。
目前研究提示,與CHD相關(guān)的風(fēng)險等位基因能影響ANRIL的表達(dá)。Jarinova等[15]研究發(fā)現(xiàn)4個可能具有ANRIL增強子活性的保守區(qū)域 (CNS1-4),其中位于CNS3的兩個風(fēng)險等位純合變異可顯著增強大動脈平滑肌細(xì)胞中ANRIL的表達(dá)。另一項對1098例冠狀動脈疾病患者的外周血單核細(xì)胞全基因組9p21位點內(nèi)風(fēng)險等位基因研究結(jié)果顯示,其風(fēng)險等位基因可顯著改變ANRIL兩個轉(zhuǎn)錄本的轉(zhuǎn)錄[16]。這些實驗提示位于9p21的CHD關(guān)聯(lián)遺傳位點可能通過影響ANRIL的表達(dá),間接參與INK4b-ARF-INK4a基因調(diào)控。實驗表明,INK4b-ARF-INK4a基因參與了動脈粥樣硬化的發(fā)生過程。Gizard等[17]在頸動脈損傷小鼠模型及人平滑肌細(xì)胞中均觀察到INK4a基因能通過PPARα通路調(diào)節(jié)內(nèi)皮細(xì)胞增生。在小鼠中敲除INK4b-ARF-INK4a基因,心肌組織及頸動脈弓處內(nèi)皮細(xì)胞增生顯著增加,加劇了動脈粥樣硬化斑塊的形成,小鼠死亡率明顯升高[18]。
2007年,來自美國、英國、芬蘭的3項獨立的GWAS研究均報道了ANRIL與2型糖尿病相關(guān)[19-21]。此后,有多篇文獻(xiàn)報道了ANRIL區(qū)域與2型糖尿病相關(guān)的 SNPs(如 rs564398-A、rs10811661-T)[22-23]。目前認(rèn)為,ANRIL通過調(diào)節(jié)INK4b-ARF-INK4a基因,從多個機制共同參與了糖尿病的發(fā)病。有研究表明,過表達(dá)INK4b基因小鼠胰島細(xì)胞增殖減慢、凋亡增加,提示INK4b基因能夠影響胰島發(fā)生發(fā)育[24]。同時,INK4b-ARF-INK4a基因座可通過CDK4-pRB-E2F1通路調(diào)節(jié)胰島β細(xì)胞的胰島素分泌[25]。脂肪組織、肝臟、胰腺、血管內(nèi)皮慢性炎癥反應(yīng)是2型糖尿病發(fā)病的重要機制之一[26];有研究證實INK4b-ARF-INK4a基因具有調(diào)控淋巴細(xì)胞增殖、分化的效應(yīng),提示這可能是其參與2型糖尿病發(fā)病的機制之一。此外,有文獻(xiàn)表明INK4a基因可通過PKA-cAMP通路調(diào)節(jié)肝糖原異生過程[27]。
鑒于糖尿病、脂代謝紊亂和CHD的密切聯(lián)系,探討ANRIL和脂代謝紊亂的關(guān)系非常重要。目前尚無大型的人群研究或GWAS研究探討長鏈非編碼RNA ANRIL與脂代謝相關(guān)的研究報道,但已有一些小規(guī)模研究提示兩者可能具有相關(guān)性。Ahmed等[28]在294位亞裔人群中發(fā)現(xiàn),ANRIL基因rs1333094位點多態(tài)性可能與低密度脂蛋白的調(diào)節(jié)相關(guān)。此外,已有基礎(chǔ)研究提示非編碼RNA與脂肪組織發(fā)生相關(guān)[29]。ANRIL和脂代謝紊亂的內(nèi)在關(guān)系還有待進(jìn)一步研究。
以ANRIL為代表的lncRNA研究尚處于起步階段,但隨著研究的深入,相信會發(fā)現(xiàn)有越來越多的lncRNA參與了代謝性疾病的發(fā)生、發(fā)展。目前,lncRNA的作用尚未完全明確,隨著新一代測序技術(shù)、生物信息技術(shù)等的發(fā)展,lncRNA在代謝性疾病中的作用將得到更深入的研究,從而將為代謝性疾病的診斷和治療提供新的思路。
[1]Helgadottir A,Thorleifsson G,Manolescu A,et al.A common variant on chromosome 9p21 affects the risk of myocardial infarction[J].Science,2007,316:1491-1493.
[2]Saxena R,Voight BF,Lyssenko V,et al.Genome-wide association study of 14 000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls[J].Nature,2007,447:661-678.
[3]McPherson R,Pertsemlidis A,Kavaslar N,et al.A common allele on chromosome 9 associated with coronary heart disease[J].Science,2007,316:1488-1491.
[4]Pasmant E,Sabbagh A,Vidaud M,et al.ANRIL,a long,noncoding RNA,is an unexpected major hotspot in GWAS[J].FASEB J,2011,25:444-448.
[5]Pasmant E,Laurendeau I,Heron D,et al.Characterization of a germ-line deletion,including the entire INK4/ARF locus,in a melanoma-neural system tumor family:identification of ANRIL,an antisense noncoding RNA whose expression coclusters with ARF[J].Cancer Res,2007,67:3963-3969.
[6]Canepa ET,Scassa ME,Ceruti JM,et al.INK4 proteins,a family of mammalian CDK inhibitors with novel biological functions[J].IUBMB Life,2007,59:419-426.
[7]Matheu A,Maraver A,Collado M,et al.Anti-aging activity of the Ink4/Arf locus[J].Aging Cell,2009,8:152-161.
[8]Yap KL,Li S,Munoz-Cabello AM,et al.Molecular interplay of the noncoding RNA ANRIL and methylated histone H3 lysine 27 by polycomb CBX7 in transcriptional silencing of INK4a[J].Mol Cell,2010,38:662-674.
[9]El Messaoudi-Aubert S,Nicholls J,Maertens GN,et al.Role for the MOV10 RNA helicase in polycomb-mediated repression of the INK4a tumor suppressor[J].Nat Struct Mol Biol,2010,17:862-868.
[10]Popov N,Gil J.Epigenetic regulation of the INK4b-ARFINK4a locus:in sickness and in health[J].Epigenetics,2010,5:685-690.
[11]Yu W,Gius D,Onyango P,et al.Epigenetic silencing of tumour suppressor gene p15 by its antisense RNA[J].Nature,2008,451:202-206.
[12]Kotake Y,Nakagawa T,Kitagawa K,et al.Long non-coding RNA ANRIL is required for the PRC2 recruitment to and silencing of p15(INK4B)tumor suppressor gene[J].Oncogene,2011,30:1956-1962.
[13]Sato K,Nakagawa H,Tajima A,et al.ANRIL is implicated in the regulation of nucleus and potential transcriptional target of E2F1[J].Oncol Rep,2010,24:701-707.
[14]Johnson AD,Hwang SJ,Voorman A,et al.Resequencing and clinical associations of the 9p21.3 Region:A comprehensive investigation in the Framingham Heart Study[J].Circulation,2013,127:799-810.
[15]Jarinova O,Stewart AF,Roberts R,et al.Functional analysis of the chromosome 9p21.3 coronary artery disease risk locus[J].Arterioscler Thromb Vasc Biol,2009,29:1671-1677.
[16]Holdt LM,Beutner F,Scholz M,et al.ANRIL expression is associated with atherosclerosis risk at chromosome 9p21[J].Arterioscler Thromb Vasc Biol,2010,30:620-627.
[17]Gizard F,Amant C,Barbier O,et al.PPAR alpha inhibits vascular smooth muscle cell proliferation underlying intimal hyperplasia by inducing the tumor suppressor p16INK4a[J].J Clin Invest,2005,115:3228-3238.
[18]Visel A,Zhu Y,May D,et al.Targeted deletion of the 9p21 non-coding coronary artery disease risk interval in mice[J].Nature,2010,464:409-412.
[19]Saxena R,Voight BF,Lyssenko V,et al.Genome-wide association analysis identifies loci for type 2 diabetes and triglyceride levels[J].Science,2007,316:1331-1336.
[20]Zeggini E,Weedon MN,Lindgren CM,et al.Replication of genome-wide association signals in UK samples reveals risk loci fortype2 diabetes[J]. Science,2007,316: 1336-1341.
[21]Scott LJ,Mohlke KL,Bonnycastle LL,et al.A genome-wide association study of type 2 diabetes in Finns detects multiple susceptibility variants[J].Science,2007,316:1341-1345.
[22]Peng F,Hu D,Gu C,et al.The relationship between five widely-evaluated variants in CDKN2A/B and CDKAL1 genes and the risk of type 2 diabetes:a meta-analysis[J].Gene,2013,531:435-443.
[23]Al-Sinani S,Woodhouse N,Al-Mamari A,et al.Association of gene variants with susceptibility to type 2 diabetes among Omanis[J].World J Diabetes,2015,6:358-366.
[24]Krishnamurthy J,Torrice C,Ramsey MR,et al.Ink4a/Arf expression is a biomarker of aging[J].J Clin Invest,2004,114:1299-1307.
[25]Fajas L,Blanchet E,Annicotte JS.CDK4,pRB and E2F1: connected to insulin[J].Cell Div,2010,5:6.
[26]Dagenais M,Skeldon A,Saleh M.The inflammasome:in memory of Dr.Jurg Tschopp[J].Cell Death Differ,2012,19:5-12.
[27]Bantubungi K,Hannou SA,Caron-Houde S,et al.Cdkn2a/ p16Ink4a regulates fasting-induced hepatic gluconeogenesis through the PKA-CREB-PGC1alpha pathway[J].Diabetes,2014,63:3199-3209.
[28]Ahmed W,Ali IS,Riaz M,et al.Association of ANRIL polymorphism(rs1333049:C>G)with myocardial infarction and its pharmacogenomic role in hypercholesterolemia[J].Gene,2013,515:416-420.
[29]Hrdlickova B,de Almeida RC,Borek Z,et al.Genetic variation in the non-coding genome:Involvement of micro-RNAs and long non-coding RNAs in disease[J].Biochim Biophys Acta,2014,1842:1910-1922.
Q756
A
1674-9081(2015)06-0458-04
10.3969/j.issn.1674-9081.2015.06.013
2015-07-17)
李乃適 電話:010-69155073,E-mail:LNS@medmail.com.cn
2014年度留學(xué)人員科技活動項目擇優(yōu)資助項目 (重點類)