董 超,米 陽,原晉波,史延茂
(1.河北省科學(xué)院 生物研究所,河北 石家莊 050081;2.河北工業(yè)大學(xué) 化工學(xué)院,天津 300130)
血栓導(dǎo)致的心腦血管病一般表現(xiàn)為心梗和中風(fēng),現(xiàn)在臨床的治療方案以溶栓為主,溶栓藥物包括鏈激酶(streptokinase,SK)、尿激酶(urokinase,UK)、蚓激酶、葡激酶、組織型纖溶酶原激活劑(tissue-type plasminogen activator,t-PA)和瑞替普酶,還有目前研究較熱的納豆激酶等,它們?cè)诓煌矫娲嬖谝欢ㄈ毕?,如有免疫反?yīng)、對(duì)血液纖維蛋白專一性差、半衰期短或價(jià)格昂貴等[1]。納豆激酶雖然無上述缺點(diǎn),但是由于出血傾向未有定論,目前還沒有藥品注冊(cè)登記[2]。尿激酶由于來源特殊,價(jià)格與成本差距較小,近年來已經(jīng)逐步退出市場(chǎng)。蚓激酶和蛇毒溶栓酶來自動(dòng)物,容易受養(yǎng)殖成本的影響。由于微生物發(fā)酵具有周期短、規(guī)模易擴(kuò)大、提取工藝可控等優(yōu)點(diǎn),所以微生物發(fā)酵生產(chǎn)臨床的纖溶酶逐漸成為主流。陸地微生物中一些產(chǎn)纖溶酶的菌株包括:枯草芽孢桿菌(納豆芽孢桿菌)、假單胞菌、鏈霉菌、根霉、曲霉和蛹蟲草真菌等[3-4]。
海洋蘊(yùn)藏著豐富的微生物資源,絕大多數(shù)的海洋微生物還沒被人類認(rèn)識(shí)和培養(yǎng)。由于海洋的高鹽、低溫、低營(yíng)養(yǎng)等特殊環(huán)境,海洋微生物的代謝途徑與陸地微生物差異較大,可以產(chǎn)生特殊結(jié)構(gòu)的次級(jí)代謝產(chǎn)物[5]。本研究采用加入抑制劑和誘導(dǎo)劑的篩選方法,從秦皇島海域和天津海濱的海水和海泥樣本中,獲得了分布特征差異較大的菌株,并且得到了一株產(chǎn)纖溶酶的鏈霉菌菌株,對(duì)該菌株進(jìn)行了初步的鑒定。針對(duì)海洋微生物產(chǎn)物的多樣性和新型溶栓藥物的開發(fā)進(jìn)行了探索。
1.1.1 樣品及化學(xué)試劑
牛纖維蛋白原:美國(guó)Sigma公司;凝血酶:石家莊市華瑞創(chuàng)新生物科技開發(fā)中心;注射用尿激酶:遼寧衛(wèi)星制藥廠有限責(zé)任公司;K2Cr2O7(分析純):天津市永大化學(xué)試劑有限公司;青霉素、桿菌肽:華北制藥集團(tuán)股份有限公司;四環(huán)素:北京賽孚制藥股份有限公司;環(huán)丙沙星、慶大霉素:新鄉(xiāng)市常樂制藥責(zé)任有限公司。海水取自渤海灣,取樣參數(shù)見表1。海泥取自天津?yàn)I海新區(qū)海灣,取樣參數(shù)見表2。
表1 渤海灣海水樣本取樣參數(shù)Table 1 Seawater sampling parameters in Bohai Bay
表2 天津?yàn)I海新區(qū)海灣海泥樣本取樣參數(shù)Table 2 Seamud sampling parameters in Tianjin Binhai New District Bay
1.1.2 培養(yǎng)基
Luria-Bertani(LB)海水培養(yǎng)基:蛋白胨10 g/L,酵母浸粉5 g/L,pH 7.0~7.2,用模擬海水配制,固體需要加瓊脂1.5%。
PB培養(yǎng)基:蛋白胨10 g/L,酵母膏5 g/L,NaCl 5 g/L,pH 7.0~7.2,固體需要加瓊脂1.5%。
高氏1號(hào)海水培養(yǎng)基:淀粉硝酸鹽培養(yǎng)基用模擬海水配制。
蛋白酶篩選培養(yǎng)基:LB固體培養(yǎng)基加入0.5%的滅菌奶粉。
纖溶酶篩選培養(yǎng)基:纖維蛋白原80 mg溶于75 mL 0.2 mol/L磷酸緩沖鹽溶液(phosphate buffered saline,PBS)中,凝血酶4 mg溶于5 mL同樣緩沖液中。將100 mL LB培養(yǎng)基化開,冷卻到50 ℃,先將纖維蛋白原溶液加入,攪拌,然后加入凝血酶,攪拌均勻。迅速倒平板,備用。
目標(biāo)菌株的搖床培養(yǎng):海水LB培養(yǎng)液裝量50 mL/250 mL,培養(yǎng)溫度24 ℃,轉(zhuǎn)速150 r/min,培養(yǎng)3 d,得發(fā)酵液。
模擬海水配方:NaCl 26.73 g/L,MgCl22.26 g/L,MgSO43.24 g/L,CaCl21.15 g/L,NaHCO30.20 g/L,KCl 0.72 g/L,NaBr 0.06 g/L,H3BO30.05 g/L,LiNO30.0013 g/L。
PW/10-002臺(tái)式保溫培養(yǎng)箱:重慶實(shí)驗(yàn)設(shè)備廠;BX41顯微鏡:日本Olympus公司;SKY2102C搖床:上海蘇坤設(shè)備有限公司;MyCycler PCR儀:美國(guó)伯樂公司;DYCP-31C電泳儀:北京六一儀器廠。
1.3.1 海水和海泥樣本的保存
海水取樣每瓶200 mL,先冷藏,然后每瓶分裝到50 mL滅菌離心管,取一瓶進(jìn)行實(shí)驗(yàn),其余液氮保存,以備重復(fù)或進(jìn)一步篩查。
1.3.2 樣本的預(yù)處理
從不同瓶的海水樣本中分別吸取1 mL,每10個(gè)瓶取10 mL,合并混勻,備用;海泥樣本或動(dòng)物帶泥沙分別稱質(zhì)量約10 g混合,再與模擬海水以質(zhì)量比1∶5混合,搖床振蕩30 min,備用。
1.3.3 樣本初篩
取海水樣本直接涂平板,取海泥樣本中加入0.1%吐溫-80,在25 ℃條件下培養(yǎng)。將各培養(yǎng)平板的菌株進(jìn)行初步分類(外觀、鏡檢)。
1.3.4 抑制細(xì)菌和真菌的樣本篩選[6]
取海水、海泥樣本分別加入滅菌的K2Cr2O7溶液使質(zhì)量濃度達(dá)到50 μg/mL、100 μg/mL、500 μg/mL、1 000 μg/mL、1 500 μg/mL、2 000 μg/mL、3 000 μg/mL,在25 ℃條件下振蕩8 h,涂平板,與1.3.3比較菌落數(shù)量的變化。
1.3.5 纖維蛋白的制備
在培養(yǎng)液中添加一定量的誘導(dǎo)底物,以利于目標(biāo)菌株的篩選。纖維蛋白的制備方法采用抗凝血漿凍融法[7]。
1.3.6 纖溶酶酶活的測(cè)定方法
纖溶酶活性測(cè)定方法參照改進(jìn)型瓊脂糖纖維蛋白平板法進(jìn)行測(cè)定[8]。
1.3.7 產(chǎn)蛋白酶的菌株條件篩選
將800 μg/mL K2Cr2O7處理的海泥樣本涂布于蛋白酶篩選培養(yǎng)基,25 ℃條件下培養(yǎng)2~5 d,觀察菌落透明圈。
1.3.8 產(chǎn)纖溶酶的菌株初篩
將纖維蛋白原220 mg和凝血酶11 mg加入模擬海水中配制成500 mL,加入1.3.7處理樣本的上清液5 mL,在25 ℃條件下?lián)u床培養(yǎng)7~10 d,取0.1 mL涂布于纖溶酶篩選培養(yǎng)基的平板,觀察菌落透明圈。
1.3.9 產(chǎn)蛋白酶菌株復(fù)篩
將1.3.7篩選得到有透明圈的菌落分別劃線接種到纖溶酶篩選培養(yǎng)基中,觀察菌落透明圈。
1.3.10 產(chǎn)纖溶酶菌株的菌落特征
將復(fù)篩所得的產(chǎn)纖溶酶菌株接入LB培養(yǎng)液中,25 ℃、140 r/min,培養(yǎng)15~18 h;同時(shí)接入LB固體培養(yǎng)基內(nèi),25 ℃,培養(yǎng)1~5 d,鏡檢。分別在顯微鏡下觀察液體內(nèi)菌絲和固體培養(yǎng)的菌株生長(zhǎng)狀態(tài)。
1.3.11 菌株生理生化鑒定
參照《放線菌快速鑒定與系統(tǒng)分類》、《伯杰細(xì)菌鑒定手冊(cè)》鑒定方法進(jìn)行生理生化鑒定。
1.3.12 菌株的16S rRNA鑒定
16S rRNA序列的測(cè)定由寶生物工程(大連)有限公司完成。將拼接好的序列于CNBI網(wǎng)站進(jìn)行Blast對(duì)比得到相近菌株,根據(jù)同源性選取模式菌株通過MEGA 5.1用Neighbor-Joining法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,Bootstrap檢測(cè)1 000次[9]。
1.3.13 目標(biāo)菌株的抑菌實(shí)驗(yàn)
MY0504的發(fā)酵液用0.45 μm濾膜過濾除菌,得到透明發(fā)酵濾液。采用3類菌株進(jìn)行發(fā)酵濾液的抑菌試驗(yàn)。致病菌:大腸桿菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌;益生菌:納豆芽孢桿菌、酵母菌;霉菌:黃曲霉、木霉、黑曲霉。實(shí)驗(yàn)方法按照牛津杯抑菌法[10]。
1.3.14 常用抗生素對(duì)目標(biāo)菌株的抑制作用
將MY0504菌株的孢子用接種環(huán)挑取少部分在10 mL無菌水中稀釋,高速搖勻,備用。將100 mL PB培養(yǎng)基化開降溫到45 ℃左右,加入2 mL備用的孢子菌液,搖勻,鋪平板。配制青霉素、四環(huán)素、環(huán)丙沙星、慶大霉素、桿菌肽溶液,取10 μL點(diǎn)到上述平板上,24 ℃恒溫培養(yǎng)3 d,測(cè)定抑菌圈的大小。
海水和海泥樣本的總體菌落分布和菌落特征如表3所示。海水的樣本直接涂布后,第2天可見芽孢類細(xì)菌,其生長(zhǎng)速度快,菌落大,顏色分別是無色和棕紅色;第3天可見小的細(xì)菌菌落,菌落小而圓,透明,鏡檢為弧菌。再繼續(xù)培養(yǎng)到5~6 d,在細(xì)菌菌落外出現(xiàn)白色霉菌菌絲;未見到放線菌落。海泥的樣本菌落數(shù)在106稀釋涂布后,菌落以芽孢類細(xì)菌為主,可能由于稀釋倍數(shù)太高,所以沒發(fā)現(xiàn)其他細(xì)菌、霉菌和放線菌。
表3 海水和海泥樣本的直接涂布菌落分類情況Table 3 Colonies classification of seawater and seamud samples by direct spreading method
由表3可知,芽孢類細(xì)菌是海洋樣本中的主要菌群,這可能與采樣區(qū)域距海岸較近、并且水深在10多米左右有關(guān),該菌群推測(cè)應(yīng)該是陸地微生物的海洋水域延伸。霉菌由于對(duì)碳源挑剔,喜歡酸性環(huán)境,所以在海洋樣本中較少;放線菌類由于太少,在海水直接涂布情況下不能篩出。針對(duì)海洋微生物的篩選,首先要去除陸地微生物的延伸擴(kuò)散影響,然后采取誘導(dǎo)或富集手段,才能得到目標(biāo)微生物。海泥樣本的芽孢菌菌落數(shù)大約是海水的106~107倍。
圖1 重鉻酸鉀對(duì)海泥菌落數(shù)量的抑制作用Fig.1 The suppression effect of potassium dichromate on the quantity of colony from sea mud
海泥樣本直接涂布數(shù)量太多,加入抑制劑K2Cr2O7后的菌落數(shù)量變化如圖1所示。由圖1可知,菌落數(shù)量隨著K2Cr2O7質(zhì)量濃度增高,菌落數(shù)呈近似級(jí)數(shù)降低,在K2Cr2O7質(zhì)量濃度500 μg/mL時(shí)菌落數(shù)量降至原來的25%左右。本實(shí)驗(yàn)采取800 μg/mL K2Cr2O7的質(zhì)量濃度來降低菌落數(shù)量,海泥樣本的菌落數(shù)可以降低到原來的5%左右。K2Cr2O7的抑菌效果與高氧化還原電位有關(guān),文獻(xiàn)報(bào)道K2Cr2O7的含量達(dá)到2.5%時(shí)處理18 h,芽孢桿菌均可以被殺滅,但是對(duì)放線菌等的抑菌效果較小[11]。
通過海泥樣本的蛋白酶平板篩選,發(fā)現(xiàn)3類菌株具有透明圈,通過鏡檢和外觀分辨,基本確定為表3中的兩種芽孢菌和弧形菌具有蛋白酶活性,結(jié)果見圖2。
圖2 牛奶蛋白平板菌落的生長(zhǎng)狀況Fig.2 The growth state of colonies in milk-protein plate
由圖2可知,將單菌落菌株在纖溶酶平板上劃線培養(yǎng),均沒有纖維蛋白溶解圈,這說明產(chǎn)蛋白酶的菌株均不能產(chǎn)纖溶酶。同時(shí)也從側(cè)面證明了酪蛋白篩選平板只能用作產(chǎn)蛋白酶菌株篩選,不能用于產(chǎn)纖溶酶菌株的篩選,而用纖維蛋白篩選平板比較合適。
海泥樣本通過K2Cr2O7篩選后,芽孢桿菌數(shù)量大幅度減少,并在模擬海水的高鹽環(huán)境中長(zhǎng)時(shí)間培養(yǎng)后,一些不耐高鹽環(huán)境的菌落被排除,這將有助于海洋菌株的篩選。纖維蛋白通常是相同二級(jí)結(jié)構(gòu)的多肽鏈,不同動(dòng)物之間的血纖肽可能氨基酸序列有差別,但是其支架結(jié)構(gòu)的連接鍵大同小異,這也是纖溶酶的作用位點(diǎn)[12]。由于海水環(huán)境營(yíng)養(yǎng)匱乏,采取加入纖維蛋白誘導(dǎo)物,可能會(huì)提高篩選得到分泌纖溶酶菌株的幾率。
結(jié)果顯示,在纖維平板培養(yǎng)4 d后長(zhǎng)出了不同于先前菌落的似放線菌株,命名為MY0504,并且菌落邊緣有明顯的透明圈,結(jié)果見圖3(照片為培養(yǎng)平板的背部圖),上部為MY0504菌株的透明圈,下部棕紅色為棕紅色芽孢菌株,周邊無透明圈,說明不能產(chǎn)生纖溶酶。
目標(biāo)菌株MY0504在LB培養(yǎng)基上生長(zhǎng)旺盛,結(jié)果見圖4。該試驗(yàn)證明采用添加抑制劑除去非目標(biāo)菌株和附加纖維蛋白誘導(dǎo)目標(biāo)菌株培養(yǎng)兩種方法相結(jié)合,從海泥樣本中可以篩選得到產(chǎn)纖溶酶的微生物菌株。目標(biāo)菌株的篩選采用單一手段比較困難,一般都要采取兩種以上的附加方法,可以大大提高目標(biāo)菌株的篩選幾率[13]。
圖3 纖維蛋白平板的菌落生長(zhǎng)狀況Fig.3 The growth state of colonies in fibrin plate
圖4 MY0504在LB培養(yǎng)基上的生長(zhǎng)狀況Fig.4 The growth state of strain MY0504 in LB culture
表4 分離株MY0504的生理生化特性Table 4 Biochemical and physiological characteristics of isolated strain MY0504
通過系列實(shí)驗(yàn)測(cè)定[14-15],該菌株培養(yǎng)條件為溫度15~40 ℃,pH 6~14,NaCl 1%~10%。其他生理生化指標(biāo)見表4。由表4可知,該菌株基本不利用淀粉和纖維素等碳源,可以利用銨基做氮源,分解碳源的酶系較少,分解氮源的酶相對(duì)較多。
圖5 MY05054菌株孢子絲的電鏡圖Fig.5 Electron micrographs of strain MY0504 spores
目標(biāo)菌株MY0504的孢子絲電鏡觀察結(jié)果如圖5所示。由圖5可知,目標(biāo)菌株MY0504孢子表面光滑,無刺有褶皺;孢子絲無螺旋,但是有分支。由菌絲狀態(tài)可以確定該菌株不屬于諾卡氏菌屬、動(dòng)孢菌屬、間孢囊菌屬和多形態(tài)放線菌屬,應(yīng)該屬于鏈霉菌屬或北里孢菌屬[16]。
目標(biāo)菌株MY0504的16S rDNA擴(kuò)增結(jié)果電泳圖見圖6。由圖6可知,其基因序列包含1 406 bp。菌株菌株MY0504測(cè)序結(jié)果見圖7,序列在美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心(national center of biotechnology information,NCBI)網(wǎng)站進(jìn)行Blast,對(duì)比發(fā)現(xiàn)菌株MY0504與鏈霉菌屬(Streptomyces)菌株高度相關(guān),認(rèn)定該菌株屬于鏈霉菌屬(Streptomyces),該菌株與S.albusNBRC 13689、S.canescens、S.canescens1、S.coelicolor、S.albidoflavus、S.limosus有較近的親緣關(guān)系。
圖6 MY0504菌株P(guān)CR擴(kuò)增結(jié)果Fig.6 PCR amplification results of strain MY0504
圖7 菌株16S rDNA 用NJ 法構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹Fig.7 Phylogenetic tree of 16S rDNA gene sequences from strain isolates using the Neighbor-Joining method
通過實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),3類菌都在牛津杯周圍正常生長(zhǎng),沒有任何抑菌圈出現(xiàn),說明MY0504基本不產(chǎn)抗生素。該菌株發(fā)酵產(chǎn)纖溶酶,如果發(fā)酵液中含有抗生素成分,會(huì)影響其藥物開發(fā)應(yīng)用,所以該菌株不產(chǎn)抗生素成分利于菌株在纖溶酶方面的開發(fā)應(yīng)用。
抗生素周邊某一直徑的抑菌圈表示對(duì)藥物敏感,小于或沒有說明該菌株對(duì)抗生素有抗性。采用Kirby-Bauer的檢測(cè)方法,參照各抗生素的敏感直徑得出MY0504的敏感程度如表5所示。由表5可知,該菌株對(duì)這5種抗生素比較敏感,所以該菌株的實(shí)驗(yàn)開發(fā)等是相對(duì)安全的,不會(huì)引起不可控制的感染等,這也利于該菌株的纖溶酶發(fā)酵應(yīng)用。
表5 菌株MY0504對(duì)常用抗生素的敏感程度Table 5 The sensitivity of strain MY0504 to general antibiotics
本研究采用低營(yíng)養(yǎng)、長(zhǎng)時(shí)間的培養(yǎng),同時(shí)只提供纖維蛋白做為營(yíng)養(yǎng)誘導(dǎo)物,篩選得到了產(chǎn)纖溶酶的鏈霉菌菌株MY0504。
通過16S rRNA鑒定、生理生化實(shí)驗(yàn)和電鏡觀測(cè),綜合鑒定MY0504屬于鏈霉菌屬(Streptomyces)菌株,該菌株與S.albusNBRC 13689、S.canescens、S.canescens1、S.coelicolor、S.albidoflavus、S.limosus有較近的親緣關(guān)系。
通過抗生素抑制法發(fā)現(xiàn),該菌株基本不產(chǎn)抗生素成分,同時(shí)對(duì)常用抗生素比較敏感,所以采用MY0504菌株開發(fā)纖溶酶是比較合適的。
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