小麥重組自交系群體抽穗期QTL分析
抽穗期決定小麥品種的種植地區(qū)和季節(jié)適應(yīng)性,是小麥育種重要目標(biāo)性狀之一。影響小麥抽穗期的基因主要有3類:光周期基因、春化基因和早熟基因,其中光周期基因和春化基因都會(huì)與環(huán)境發(fā)生互作,而早熟基因并不受環(huán)境的影響,它獨(dú)立于環(huán)境[1-2]。一系列光周期基因以及其同源基因被分別定位在2D染色體(Ppd-D1)、2B染色體(Ppd-B1)和2A染色體(Ppd-A1)上,這些基因通過(guò)對(duì)日照長(zhǎng)短的不同反應(yīng)來(lái)決定小麥的抽穗期,而且都是控制短抽穗期的顯性基因[3-4]。前人研究發(fā)現(xiàn)基因Ppd-D1、Ppd-B1、Ppd-A1能分別縮短小麥抽穗期8 d、3 d和5 d[5]。在小麥其他染色體上也存在與抽穗期相關(guān)的QTL,例如在3D和4B染色體上存在能縮短抽穗期的基因[6]。春化反應(yīng)是指小麥必須通過(guò)一定低溫才能抽穗開(kāi)花。通過(guò)對(duì)冬小麥的遺傳分析發(fā)現(xiàn),控制小麥春化的基因主要有Vrn-1、Vrn-2、Vrn-3和Vrn-44種基因,它們通過(guò)不同顯隱性組合以及相互作用共同調(diào)控小麥的春化習(xí)性[7-12]。前3個(gè)春化基因已經(jīng)被分別克隆,它們各自的突變表型也被深入研究[13-17]。目前已在六倍體普通小麥所有染色體組中發(fā)現(xiàn)Vrn-1、Vrn-2和Vrn-3的同源基因,但是Vrn-4基因位點(diǎn)的自然變異僅在D基因組中被發(fā)現(xiàn),且還沒(méi)有被克隆的報(bào)道。Kippes等[18]在基因Vrn-4位點(diǎn)區(qū)段構(gòu)建了一個(gè)高密度遺傳圖譜,并將其精細(xì)定位在5D染色體著絲粒的0.09 cM區(qū)間內(nèi)。早熟基因決定了小麥花原基的數(shù)量,從而最終決定了小麥的產(chǎn)量[19]。與春化基因和光周期基因相比,早熟基因的研究定位報(bào)道較少,更沒(méi)有見(jiàn)到早熟基因被克隆的報(bào)道。研究發(fā)現(xiàn)在小麥染色體2B、3A、3D、4A、4D、5A和6B上存在早熟基因或與之相關(guān)的QTL[20]。Bullrich等[21]在一粒小麥(Triticum monococcum)的1Am染色體上發(fā)現(xiàn)一個(gè)控制抽穗期的主效QTL。Laurie等[22]研究發(fā)現(xiàn)在大麥幾乎所有染色體上都含有與早熟相關(guān)的QTL。揚(yáng)麥9號(hào)具有矮稈抗倒、早熟、籽粒較大等較好農(nóng)藝性狀,適合種植在長(zhǎng)江中下游流域[23],在育種中廣泛被用來(lái)配置雜交組合,具有重大的利用價(jià)值。因此,深入了解揚(yáng)麥9號(hào)抽穗期的遺傳特性對(duì)以后商業(yè)育種具有重要的價(jià)值。
1.1 試驗(yàn)材料
所選親本是揚(yáng)麥9號(hào)和CI12633,其中揚(yáng)麥9號(hào)是由江蘇里下河地區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所選育而成,其特點(diǎn)是千粒質(zhì)量較高,抽穗期較早,從播種到抽穗只需166 d左右;CI12633是提莫菲維小麥(T.timopheevii,2n=4x=28,AAGG)六倍體小麥的衍生系,其特點(diǎn)是抗小麥紋枯病,千粒質(zhì)量較低,抽穗期較長(zhǎng)(達(dá)到183 d左右)。本研究室于2003年利用這2個(gè)親本雜交得到F1代,后經(jīng)連續(xù)多年“一粒傳法”獲得F13代重組自交系(RIL),共184個(gè)株系作為本試驗(yàn)的材料。
1.2 田間種植
184個(gè)重組自交系群體及其雙親在2012—2015年度種植于江蘇里下河地區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所萬(wàn)福試驗(yàn)基地,每年播種的時(shí)間都定于10月25日。試驗(yàn)采用隨機(jī)區(qū)組設(shè)計(jì),每隔50個(gè)株系插入種植對(duì)照親本揚(yáng)麥9號(hào)和CI12633。試驗(yàn)3年,每年3次重復(fù),小區(qū)為雙行區(qū),行長(zhǎng)2.3 m,行距0.3 m,每行均勻播種35粒,出苗后保證每行密度相同,田間管理同大田。
1.3 DNA提取及分子標(biāo)記檢測(cè)
雙親及RIL群體基因組DNA提取參照Sharp等方法[24]。所用 SSR 標(biāo)記序列及擴(kuò)增條件參考R?der等[25]和 Somers等[26]的報(bào)道以及 http://wheat.pw.usda.gov上的信息。所有引物由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成,共計(jì)合成了2 834對(duì)SSR引物。利用這些引物對(duì)雙親間的多態(tài)進(jìn)行篩選,共篩選出 212對(duì)引物,擴(kuò)增條件分別參照Paux等[27]、Ellis等[28]和Fu等[29]的報(bào)道。
1.4 田間性狀的測(cè)定和數(shù)據(jù)分析
抽穗日期以50%以上植株的頂端第1小穗露出葉鞘的日期為準(zhǔn),從播種到抽穗的日數(shù)為抽穗期。數(shù)據(jù)分析采用Excel和SPSS軟件。
1.5 遺傳圖譜構(gòu)建和QTL分析
根據(jù)SSR引物擴(kuò)增結(jié)果,將與揚(yáng)麥9號(hào)帶型一致的標(biāo)記為A,與CI12633一致的標(biāo)記為B,缺失或者模糊的帶型記為“-”。利用軟件JoinMap4構(gòu)建遺傳連鎖圖譜。3年9次試驗(yàn)的抽穗期值作為QTL定位分析。根據(jù)構(gòu)建的連鎖圖譜利用WinQTL Cartograph2.5軟件采用復(fù)合區(qū)間作圖方法,檢測(cè)所有可能存在的QTL。當(dāng)閾值(LOD)大于2.5時(shí),就認(rèn)為可能存在一個(gè)QTL,同時(shí)計(jì)算每個(gè)QTL的貢獻(xiàn)率和加性效應(yīng)值。采用McCouch等[30]的方法命名QTL,即Q+性狀名稱縮寫(xiě)+染色體編號(hào)+編號(hào)(如有多個(gè)QTL)。作圖群體的標(biāo)記均遍及小麥21條染色體,可用于QTL定位。
2.1 小麥遺傳連鎖圖譜
利用JoinMap4軟件,分析212個(gè)SSR標(biāo)記之間的連鎖關(guān)系,根據(jù)已報(bào)道的作圖位置,最終將其中的191個(gè)SSR標(biāo)記定位在小麥21條染色體上。本圖譜全長(zhǎng)1 567.2 cM,標(biāo)記間平均距離8.2 cM,每個(gè)連鎖群上的標(biāo)記數(shù)為2(7D)~17(2A)個(gè),平均每個(gè)連鎖群含有約9.1個(gè)標(biāo)記。標(biāo)記數(shù)在3個(gè)染色體組間分布不均勻,A和B兩組的標(biāo)記數(shù)分別是D組的2倍,單個(gè)染色體上的標(biāo)記數(shù)目相差也很明顯,2A染色體上標(biāo)記數(shù)最多,達(dá)到17個(gè),而7D上只有2個(gè)(表1)。
表1 SSR標(biāo)記位點(diǎn)在小麥全染色體上的數(shù)量分布Table 1 The distribution of SSRmarker number on wheat chromosomes
2.2 RIL群體及其親本間的表型變異
在3年試驗(yàn)中,揚(yáng)麥9號(hào)的抽穗期顯著早于CI12633,差異達(dá)極顯著水平。從表 2可以看出2012—2013年度和2014—2015年度試驗(yàn)中,同一親本的抽穗期相差不大,但在2013—2014年度試驗(yàn)中,兩親本的生育期都延長(zhǎng)了2~3 d,這是由于在該年度中春季氣溫較低、雨水偏多等環(huán)境影響下其抽穗期變長(zhǎng)。說(shuō)明環(huán)境對(duì)抽穗期的影響較大。如圖1所示,RIL群體的抽穗期表現(xiàn)為連續(xù)變異,這是典型數(shù)量性狀的遺傳特點(diǎn)。3年試驗(yàn)中,抽穗期的偏度系數(shù)的絕對(duì)值均大于0,峰度的絕對(duì)值大于3,表現(xiàn)連續(xù)變異,但頻率分布略偏正態(tài)分布,其表型值偏向揚(yáng)麥9號(hào),變異系數(shù)變化范圍為23.7%~25.4%。
2.3 小麥抽穗期性狀的方差分析
方差分析結(jié)果(表3)表明,小麥抽穗期在RIL群體中遺傳分離存在差異性,符合QTL分析的基本條件。在分析群體中每年的RIL個(gè)體之間差異非常顯著(F>20,P<0.000 1),區(qū)組間達(dá)到顯著水平但沒(méi)有達(dá)到極顯著水平,這表明同年重復(fù)間存在差異,這可能是由于微環(huán)境對(duì)表型產(chǎn)生了一定影響。年度重復(fù)之間并沒(méi)有差異,說(shuō)明每個(gè)重組自交系的抽穗期在年度之間表現(xiàn)穩(wěn)定。
表2 小麥親本及其RIL群體在3年試驗(yàn)中的抽穗期表現(xiàn)Table 2 Heading date of two parents and their recombinant inbred line(RIL)population of wheat in three years
圖1 揚(yáng)麥9號(hào)與CI12633組合的重組自交系群體抽穗期頻率分布Fig.1 Frequency distributions of heading date in RIL of Yangmai9#and CI12633
表3 CI12633與揚(yáng)麥9號(hào)組合重組自交系群體的抽穗期方差分析結(jié)果Table 3 Analysis of variance of the heading date of the wheat RIL population of CI12633/Yangmai9#
2.4 小麥抽穗期的QTL分析
用復(fù)合區(qū)間作圖法對(duì)184個(gè)重組自交系群體在3年試驗(yàn)條件下的抽穗期進(jìn)行QTL定位分析,抽穗期QTL分析結(jié)果見(jiàn)表4和圖2。從表4可以看出,在3年試驗(yàn)中,共檢測(cè)到7個(gè)與抽穗期相關(guān)的QTL,各QTL中控制早抽穗的等位基因均來(lái)自親本揚(yáng)麥9號(hào)。在2012—2013年度到2014—2015年度9次重復(fù)試驗(yàn)中分別檢測(cè)到5個(gè)、4個(gè)、5個(gè)、6個(gè)、3個(gè)、5個(gè)、4個(gè)、5個(gè)、2個(gè)QTL,在各自的試驗(yàn)條件和環(huán)境影響下單個(gè)QTL分別可解釋抽穗期表型變異的7.6%~10.11%、6.36%~12.32%、7.65%~11.31%、6.57%~10.38%、8.25%~9.94%、5.76%~12.48%、8.35%~15.26%、5.86%~10.59%和 7.93%~13.83%。其中能在3年9次試驗(yàn)中都能穩(wěn)定被檢測(cè)到的抽穗期相關(guān)位點(diǎn)是位于4D染色體上的Qhd-4D,可解釋抽穗期表型變異的9.94%~15.26%。位于分子標(biāo)記barc148至gwm135之間的抽穗期相關(guān)位點(diǎn)Qhd-1A-1在3年9次試驗(yàn)中,能被檢測(cè)到7次,表型貢獻(xiàn)率為6.36%~10.83%。位于分子標(biāo)記Xgpw5191-1至Xmag1163之間的Qhd-4D在本試驗(yàn)中都能被穩(wěn)定檢測(cè)到,其表型貢獻(xiàn)率最高,為9.94%~15.26%。在分子標(biāo)記wmc728至gwm371之間的Qhd-5B在本試驗(yàn)中被檢測(cè)到7次,表型貢獻(xiàn)率為5.76%~9.68%。位于 6B染色體分子標(biāo)記barc178至barc248之間的Qhd-6B位點(diǎn),在9次試驗(yàn)中被檢測(cè)到5次,表型貢獻(xiàn)率為5.86%~8.47%。在7A染色體中,與抽穗期相關(guān)的QTL被檢測(cè)到2個(gè),分別位于分子標(biāo)記Xmag794至Xpsp3094之間和gwm282至wmc633之間,在9次試驗(yàn)中分別被檢測(cè)到3次和4次,表型貢獻(xiàn)率分別為7.26%~8.48%和8.25%~9.56%。本試驗(yàn)中檢測(cè)到的與抽穗期相關(guān)的QTL貢獻(xiàn)率都比較小,在20%以下,因此在小麥中抽穗期性狀是由微效基因共同控制的,并沒(méi)有檢測(cè)到主效QTL。
在對(duì)某一性狀進(jìn)行研究時(shí),通常會(huì)選擇在該性狀上具有巨大差異的親本配制遺傳群體,這樣的群體后代才能在該性狀上發(fā)生較大分離,便于對(duì)該目標(biāo)性狀進(jìn)行遺傳定位研究[31]。本試驗(yàn)中,揚(yáng)麥9號(hào)與CI12633在抽穗期上相差17 d左右。在遺傳群體中,抽穗期性狀分離較大,這表明兩親本中控制抽穗期的基因相差較大。目標(biāo)性狀在后代中發(fā)生分離的主要原因是由于兩者之間的基因發(fā)生了分離、純合和重組,不是因?yàn)閮H僅目標(biāo)性狀上的差異。本研究RIL群體中抽穗期性狀偏向揚(yáng)麥9號(hào),這是由于在歷年一粒傳的過(guò)程中,抽穗期非常遲的單株在成熟前遇到高溫或梅雨季節(jié),其生活率發(fā)生了改變,使得大多數(shù)遲熟單株丟失,導(dǎo)致遺傳群體里出現(xiàn)了大量偏向揚(yáng)麥9號(hào)的株系,該問(wèn)題目前已通過(guò)溫室栽培等手段進(jìn)行補(bǔ)救。
關(guān)于小麥抽穗期的QTL定位研究報(bào)道很多,到目前為止,至少有133個(gè)相關(guān)QTL被定位在普通小麥的所有染色體組上,其中B基因組被定位到的QTL數(shù)量最多,有55個(gè)以上。本試驗(yàn)定位在4D染色體上效應(yīng)最大的QTL(Qhd-4D)位于分子標(biāo)記Xgpw5191-1與Xmag1163之間,Griffiths等[32]、Zhang等[33]、Sourdille等[34]和 Shindo等[35]都在 4D 染色體上定位到與抽穗期相關(guān)的基因(3個(gè)抽穗期基因和1個(gè)春化基因),Qhd-4D很可能與其中之一為同一位點(diǎn),這需要進(jìn)一步驗(yàn)證。位于5B染色體上的Qhd-5B與春化基因同在一染色體上,但它位于分子標(biāo)記wmc728和gwm371之間,而春化基因并不在其內(nèi)。Hanocq等[36]和宋彥霞等[37]在5B染色體上分子標(biāo)記gwm371附近定位到一個(gè)早熟基因IEQTL_5B,該基因位置與本研究結(jié)果相似,推測(cè)很有可能為同一QTL。位于6B染色體上的分子標(biāo)記barc178和barc248之間的相關(guān)位點(diǎn)Qhd-6B,與 Griffiths等[32]在 6B染色體上定位到的抽穗期基因Meta-QTL.B的位置相近,根據(jù)Somers等[26]構(gòu)建的連鎖圖譜發(fā)現(xiàn)分子標(biāo)記wmc152和barc78之間的遺傳距離只有1 cM左右。通過(guò)查閱前人報(bào)道發(fā)現(xiàn)在染色體1A
上存在4個(gè)與抽穗期相關(guān)的QTL,其中有2個(gè)是早熟基因,本研究中所定位到的2個(gè)1A染色體上的QTL與其關(guān)系還有待于進(jìn)一步深入研究。前人曾報(bào)道在7A上存在多個(gè)與抽穗期相關(guān)的 QTL[32,35,38],其中早熟基因就有4個(gè),根據(jù)遺傳圖可以確定Qhd-7A-2與Meta-QTL.7A.1為不同位點(diǎn)。其他QTL之間的相關(guān)性還需繼續(xù)研究。
表4 9次試驗(yàn)中抽穗期QTL檢測(cè)結(jié)果Table 4 QTLs for heading date detected in 9 trials
小麥抽穗期屬于典型的數(shù)量性狀,由多個(gè)基因位點(diǎn)共同控制,因此其定位結(jié)果容易受環(huán)境的影響。本試驗(yàn)中每年檢測(cè)到的QTL數(shù)量和數(shù)目都不相同,同樣同一年的3次重復(fù)檢測(cè)到的QTL數(shù)量和數(shù)目也不盡相同,這有可能是由于不同小環(huán)境的影響所造成的,同一田塊中可能有部分地區(qū)溫度、肥力和光照等條件不均衡。因此本試驗(yàn)重復(fù)了3年9次試驗(yàn),以增加該群體里與抽穗期相關(guān)的QTL檢測(cè)的準(zhǔn)確性和精確度。
圖2 復(fù)合區(qū)間作圖法定位的小麥抽穗期QTLFig.2 QTLs detected by com posite intervalmapping(CIM)for heading date
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(責(zé)任編輯:張震林)
吳旭江1,2, 臧淑江1, 程 凱1, 張伯橋1, 張 勇1
(1.江蘇里下河地區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所/農(nóng)業(yè)部長(zhǎng)江中下游小麥生物學(xué)與遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,江蘇 揚(yáng)州 225007;2.揚(yáng)州大學(xué)糧食作物現(xiàn)代產(chǎn)業(yè)技術(shù)協(xié)同創(chuàng)新中心,江蘇 揚(yáng)州 225009)
為了對(duì)小麥抽穗期進(jìn)行QTL初步定位,并進(jìn)行遺傳分析,以CI12633×揚(yáng)麥9號(hào)重組自交系(RIL)為材料,在3年9次試驗(yàn)中,記載小麥抽穗期,采用復(fù)合區(qū)間作圖法進(jìn)行小麥抽穗期QTL分析。共檢測(cè)到7個(gè)QTL,分別位于1A、4D、5B、6B和7A 5條染色體上,貢獻(xiàn)率為5.76%~15.26%。其中位于4D染色體上分子標(biāo)記Xgpw5191至Xmag1163之間的Qhd-4D基因在3年9次試驗(yàn)中都被檢測(cè)到,是一個(gè)穩(wěn)定表達(dá)的與抽穗期相關(guān)的基因。同時(shí),不同環(huán)境條件下檢測(cè)到不同的抽穗期QTL,說(shuō)明環(huán)境對(duì)小麥抽穗期影響較大。
小麥;抽穗期;QTL
QTL mapping of heading date of wheat recombinant inbred line population
WU Xu-jiang1,2, ZANG Shu-jiang1, CHENG Kai1, ZHANG Bo-qiao1, ZHANG Yong1
(1.Institute of Agricultural Sciences of the Lixiahe District in Jiangsu Province/Key Laboratory ofWheat Biology and Genetic Breeding in the Middle and Lower Yangtze River,Ministry of Agriculture,Yangzhou225007,China;2.Co-Innovation Center for Modern Production Technology of Grain Crops,Yangzhou University,Yangzhou225009,China)
A recombinant inbred line(RIL)population derived from a cross between two common wheat cultivars CI12633/Yangmai9#was used for QTLmapping of heading date.Data was collected from 9 repeated trials in three years.Seven QTLs located on chromosomes 1A,4D,5B,6B and 7A were detected,contributing 5.76%to 15.26%to the total phenotypic variation by composite interval mapping(CIM).The geneQhd-4Don 4D,between markerXgpw5191andXmag1163,detected in all nine trials,was a stable expression gene related to heading date.Various QTLswere detected in different environments,suggesting that heading date is sensitive to environment.
wheat(Triticum aestivumL.);heading date;QTL
S512.103.2
A
1000-4440(2015)06-1199-07
吳旭江,臧淑江,程 凱,等.小麥重組自交系群體抽穗期QTL分析[J].江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào),2015,31(6):1199-1205.
10.3969/j.issn.1000-4440.2015.06.002
2015-07-29
江蘇省自然科學(xué)基金青年基金項(xiàng)目(BK20130457);揚(yáng)州市2014自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目(YZ2014067);江蘇省農(nóng)業(yè)科技自主創(chuàng)新基金項(xiàng)目[CX(13)2022];現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)基金項(xiàng)目(CARS-3-1-1);國(guó)家科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(2011BAD35B03)
吳旭江(1982-),男,江蘇鹽城人,博士,助理研究員,主要從事小麥遺傳育種研究。
張 勇,(E-mail)wheat@wheat.org.cn