黃瑩瑩,白 羽,王 艷,2*,孔海南(.上海交通大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院,上海 200240;2.上海交通大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院,上海 200025)
基于iTraq技術(shù)的加拿大一枝黃花提取物作用下銅綠微囊藻細(xì)胞差異表達蛋白
黃瑩瑩1,白 羽1,王 艷1,2*,孔海南1(1.上海交通大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院,上海 200240;2.上海交通大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院,上海 200025)
為研究加拿大一枝黃花提取物對藻類生長抑制作用的分子機理,應(yīng)用iTraq技術(shù)結(jié)合LC-MS-MS,分析了銅綠微囊藻細(xì)胞蛋白質(zhì)的差異表達.共鑒定出261種差異蛋白(變化倍數(shù)≥1.5),其中表達上調(diào)的220種,表達下調(diào)的41種.GO功能分類顯示,加拿大一枝黃花提取物通過影響細(xì)胞代謝過程、蛋白質(zhì)催化和結(jié)合功能等方式抑制藻細(xì)胞生長.KEGG通路分析表明,通路大類中富集程度位于前3位的均是代謝通路,包括能量代謝、碳水化合物代謝和氨基酸代謝,通路中富集程度最高的是糖酵解/糖異生通路.本研究發(fā)現(xiàn)了加拿大一枝黃花提取物對藻細(xì)胞生長抑制作用的分子靶點,為從分子層面闡明其抑藻作用提供參考,也為研究植物化感物質(zhì)的抑藻機理提供了新方法.
iTraq標(biāo)記;化感作用;差異表達蛋白組;抑藻機理
研究證實加拿大一枝黃花提取物能夠有效抑制藻類的生長[1-2],但其作用機理尚不清楚.目前,對植物化感物質(zhì)抑藻機理的研究多集中在細(xì)胞的生理生化過程,雖然分子水平的研究起步較晚,但研究者普遍認(rèn)為植物化感物質(zhì)能夠影響藻細(xì)胞基因和蛋白的合成和表達[3-5].從現(xiàn)有報道看,與植物化感物質(zhì)抑藻機理相關(guān)的分子水平研究多是從基因表達的角度來考慮[6-8],然而,蛋白質(zhì)是生理功能的執(zhí)行者,其特有的活動規(guī)律幾乎無法從基因水平的研究來獲知.
蛋白組學(xué)和基因組學(xué)技術(shù)已經(jīng)在臨床醫(yī)學(xué)、分子生物學(xué)和免疫學(xué)等領(lǐng)域的研究中得到普遍應(yīng)用,為從生物整體的蛋白和基因的表達及功能的角度闡明生命現(xiàn)象提供了依據(jù).然而,該類技術(shù)尚未在植物化感抑藻研究領(lǐng)域廣范展開.近年來,蛋白組學(xué)技術(shù)在原有基礎(chǔ)上改進和衍生出許多新的技術(shù),其中同位素標(biāo)記相對和絕對定量(iTraq)技術(shù)[9]是2004年美國AB SCIEX公司研發(fā)的一種最新的蛋白質(zhì)組學(xué)定量技術(shù),具有較好的定量效果、較高的重復(fù)性和工作通量,還提高了蛋白質(zhì)組的覆蓋率和鑒定的可信度.鑒于以上優(yōu)點,iTraq技術(shù)已經(jīng)被越來越多的研究者采用,已成功應(yīng)用于酵母菌株[10]、小鼠肝臟[11]、人體皮膚[12]、子宮內(nèi)膜組織[13]、肺腺癌細(xì)胞膜蛋白[14]等多種樣品的蛋白質(zhì)組的鑒定和定量研究,但目前尚無將iTraq技術(shù)應(yīng)用于植物化感物質(zhì)的抑藻機理的研究報道.
本文采用iTraq標(biāo)記結(jié)合LC-MS-MS技術(shù),對加拿大一枝黃花提取物作用下的銅綠微囊藻細(xì)胞全蛋白質(zhì)組進行鑒定,并對差異蛋白進行生物信息學(xué)分析,為從分子層面闡明加拿大一枝黃花提取物的抑藻機理提供參考.
1.1 藻種的培養(yǎng)
銅綠微囊藻(FACHB 942)購自中國科學(xué)院水生生物研究所淡水藻種庫.采用BG-11培養(yǎng)基在人工氣候室內(nèi)培養(yǎng),培養(yǎng)條件為:溫度(25±1)℃,光照強度3000~4000lx,光暗周期14L:10D,靜置培養(yǎng).
1.2 加拿大一枝黃花提取物的制備
在上海交通大學(xué)閔行校區(qū)采集加拿大一枝黃花當(dāng)年新出苗植株,植株生長土壤為潴育水稻土中的溝干泥、黃泥頭,土壤有機質(zhì)含量約為2%~3%,pH值呈中性或微堿性.加拿大一枝黃花提取物的制備采用以下方法[15]:植物葉片在80℃條件下烘干48h;取粉碎后的植物粗顆粒,用95%乙醇在室溫下避光提??;乙醇提取液過濾后,50℃下采用旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)濃縮,得到乙醇浸膏;乙醇浸膏用蒸餾水溫浸,攪拌使之懸浮,用石油醚反復(fù)萃取去除其中非極性組分,剩余溶液即為含有水溶性抑藻活性成分的提取物,4℃冷藏備用,使用前經(jīng)0.45μm微孔濾膜過濾.提取物的濃度以水溶性成分的濃度計算(g/L).
1.3 試劑和儀器
細(xì)胞裂解液含40mmol/L Tris/HCl pH7.4、8mol/L Urea、0.2mmol/L Na3VO4、1mmol/L EDTA、1mmol/L NaF、0.5mmol/L EGTA、4%CHAPS、20mmol/L DTT,使用前加入1mmol/L PMSF.還原液含6mol/L鹽酸胍和100mmol/L NH4HCO3.Solution A含98%超純水,2%乙腈,0.1%甲酸.iTRAQ?試劑盒由美國AB Sciex公司提供.
液相色譜為1100LC(美國安捷倫科技公司).LC-MS-MS為Dionex ultimate3000Nano LC(美國ThermoFisher Dionex公司)和On-line Nano Electrospray,maxis impact Q-TOF(德國Bruker公司).
1.4 實驗方法
1.4.1 實驗設(shè)置 BG11培養(yǎng)基置于250mL錐形瓶中,接入對數(shù)生長期的銅綠微囊藻,添加0.2g/L的加拿大一枝黃花提取物,對照不添加提取物.
1.4.2 全蛋白的制備 通過離心分別收集加拿大一枝黃花提取物作用3d的藻細(xì)胞和對照細(xì)胞,加入5mL 4℃預(yù)冷細(xì)胞裂解液,在冰上進行超聲破碎.將細(xì)胞破碎液在4℃下,15000r/min離心45min,取上清液,加入25mL的乙醇/丙酮/乙酸(50/50/0.1,V/V/V),-20℃沉淀過夜.沉淀后的細(xì)胞液在4℃下,15000r/min離心1h,沉淀用丙酮重懸,50℃下離心濃縮.用還原液重溶沉淀,-20℃保存?zhèn)溆?蛋白質(zhì)濃度采用Bradford法測定.1.4.3 酶解和標(biāo)記 200μg蛋白用還原液定容至100μL,采用iTRAQ?試劑盒進行酶解和標(biāo)記.酶解步驟如下:加入4μL Reducing Reagent,60℃水浴1h;加入2μL Cysteine-Blocking Reagent,室溫放置10min;將蛋白溶液加入10KD超濾管中,4℃下12000r/min離心20min,棄掉收集管底部溶液;加入100μL Dissolution Buffer,4℃下12000r/ min離心20min,棄掉收集管底部溶液;更換新的收集管,在超濾管中加入50μL(80μg/mL)胰蛋白酶液,37℃反應(yīng)過夜.標(biāo)記步驟如下:超濾管在4℃下12000r/min離心20min;在超濾管中加入50μL Dissolution Buffer,4℃下12000r/min離心20min,重復(fù)1次;合并收集管底部濾液,用Dissolution Buffer定容至100μL;iTraq試劑平衡至室溫,每管中加入150μL乙醇;取100μg酶解產(chǎn)物,加入全部iTraq試劑,室溫反應(yīng)2~3h;加入100μL超純水終止反應(yīng);分別取加拿大一枝黃花提取物作用的藻細(xì)胞和對照細(xì)胞的標(biāo)記后的酶解產(chǎn)物,等體積混合,50℃離心濃縮,-20℃保存?zhèn)溆?
1.4.4 多肽混合物高pH反相分級 將標(biāo)記樣品用120μL流動相A復(fù)溶,12000r/min離心20min,通過液相色譜分離樣品.色譜柱為Durashell-C18柱(4.6mm×250mm,5μm),柱溫為20℃;進樣量為100μL;流動相A為pH10的20mmol/L甲酸胺,流動相B為pH10的20mmol/L甲酸胺和80%的乙腈;流速為0.8mL/min;檢測波長為214nm.采用梯度洗脫:0~5min,5%流動相B;5~30min,5%~15%流動相B;30~45min,15%~38%流動相B;45~46min,38%~90%流動相B;46~54.5min,90%流動相B;54.5~55min,90%~5%流動相B;55~65min,5%流動相B.從8min開始收集洗脫物,每個樣品約1mL,60min結(jié)束收集,共收集42份洗脫物.洗脫物分別在50℃離心濃縮,得到樣品粉末,-20℃保存?zhèn)溆?
1.4.5 蛋白質(zhì)分析 分離所得的樣品分別用30μL Solution A復(fù)溶.依據(jù)樣品收集的時間,將樣品合并為6份,通過LC-MS-MS進行蛋白質(zhì)檢測.色譜條件:捕集柱(trap column)為C18柱(0.1mm×2cm,5μm),流速為10μL/min;分析柱(Analytical Column)為C18柱(0.075mm×0.15cm,3μm),流速為400nL/min;柱溫為50℃;流動相A為含0.1%甲酸的超純水,流動相B為0.1%甲酸的乙腈.采用梯度洗脫:0~2min,2%~8%流動相B;2~75min,8%~20%流動相B;75~93min,20%~35%流動相B;93~98min,35%~80%流動相B;98~118min,80%流動相B.質(zhì)譜檢測條件:電離模式為正離子nanospray模式;質(zhì)譜檢測方式為MS全掃描及MS/MS掃描,掃描范圍50~2500amu;母離子設(shè)為350~1500m/z.
蛋白鑒定采用Mascot 2.4軟件鑒定多肽分子,肽段質(zhì)量誤差(Peptide mass tolerance)為20ppm,串聯(lián)質(zhì)譜誤差(MS/MS tolerance)為0.05Da,允許最大的胰酶漏切位點數(shù)(Max missed cleavages)為2個,NCBInt數(shù)據(jù)庫選用Microcystis aeruginosa.fasta.Mascot結(jié)果采用Scaffold 4軟件過濾,蛋白陽性結(jié)果錯誤率(Protein FDR)≤2%,肽段陽性結(jié)果錯誤率(Peptide FDR)≤1%.得到表達差異量的結(jié)果,變化倍數(shù)(Fold Change Ratio)1.5倍以上,認(rèn)為二者之間差異有統(tǒng)計學(xué)意義.
1.4.6 生物信息學(xué)分析 采用blast2go 2.7.0將變化倍數(shù)1.5倍以上的差異蛋白和參考菌株M.aeruginosa NIES-843的全蛋白質(zhì)分別與NCBInt數(shù)據(jù)庫比對,對應(yīng)蛋白分別在基因本體(Gene Ontology,GO)3個分支——生物過程(Biological Process),分子功能(Molecular Function)和細(xì)胞組件(Cellular Component)——進行功能上的分類統(tǒng)計.
從KEGG網(wǎng)站下載了M.aeruginosa NIES-843的蛋白序列和其它相關(guān)信息作為KEGG分析的參照數(shù)據(jù)集,將差異蛋白序列和參照數(shù)據(jù)集進行序列相似性比對,采用相似度≥30%且evalue≤1×10-10進行雙向最佳匹配(Bi-direction Best Hit,BBH).通過參照集的ID號映射到KEGG Pathway maps,以參照數(shù)據(jù)集的全部蛋白質(zhì)為參照在通路水平和通路大類的水平進行計算P值,與此同時計算Z-score.Z-score>0且P<0.05,即顯著富集.
通過BBH結(jié)果將匹配到的差異蛋白質(zhì)定位到M.aeruginosa NIES-843基因組上,獲得編碼基因的相關(guān)信息.
2.1 蛋白鑒定和差異蛋白篩選
以未經(jīng)加拿大一枝黃花提取物作用的藻細(xì)胞為對照,共鑒定出576種差異蛋白,而差異倍數(shù)達到1.5倍的差異蛋白共261種,占到所鑒定的蛋白總數(shù)的45.3%,其中表達上調(diào)的差異蛋白220種,表達下調(diào)的蛋白41種,上調(diào)蛋白數(shù)是下調(diào)蛋白數(shù)的5.4倍.表1顯示了上調(diào)和下調(diào)前10位的蛋白.
2.2 GO功能分類和顯著性分析
基因本體(GO)是一個在生物信息學(xué)中廣泛使用的本體,基因產(chǎn)物在數(shù)據(jù)庫中被賦上GO的詞條,進而可以到數(shù)據(jù)庫中去查詢這些生物學(xué)的相關(guān)信息.通過GO功能分類對蛋白功能進行聚類分析,第二層GO功能分類結(jié)果見表2.鑒定到的差異蛋白中193種能對應(yīng)到生物過程,其第二層功能分類中180種蛋白參與代謝過程,占93%,第三層分支中,最多蛋白參與的是有機物代謝過程和初級代謝過程,均有109種蛋白,其次是生物合成過程(80種)和細(xì)胞代謝過程(78種).鑒定到的差異蛋白中191種能對應(yīng)到分子功能,其第二層功能分類以催化和結(jié)合為主,分別有160和134種相關(guān)蛋白.催化功能的下層分支中,水解酶和轉(zhuǎn)移酶最多,分別為45和38種蛋白;結(jié)合功能的下層分支中,具有與雜環(huán)化合物和有機環(huán)狀化合物結(jié)合功能的蛋白最多,均有80種蛋白,其次是具有與小分子結(jié)合功能的蛋白(71種).鑒定到的差異蛋白中81種能對應(yīng)到細(xì)胞組件.第二層GO分支中,這81種蛋白均屬于細(xì)胞(cell),其中的39種蛋白還同時屬于大分子復(fù)合物.第三層GO功能細(xì)胞分支中,有75種蛋白屬于細(xì)胞部分(cell part);第三層GO功能大分子復(fù)合物分支中,有30種蛋白屬于蛋白質(zhì)復(fù)合物.這說明加拿大一枝黃花提取物作用下藻細(xì)胞的代謝過程顯著變化,蛋白的催化功能和結(jié)合功能受到明顯影響,而差異蛋白主要位于胞內(nèi).
表1 銅綠微囊藻差異蛋白中差異倍數(shù)前10位的蛋白Table 1 Top 10 fold change ratios in differentially expressed proteins of M.aeruginosa
以M.aeruginosa NIES-843的全蛋白為參照,采用fisher’s exact test檢驗實驗細(xì)胞在GO功能上的差異,得到的P值通過Bonferroni correction進行矯正.表3顯示了富集度最高的5個功能分支.相比參考物種,代謝過程、小分子結(jié)合和細(xì)胞內(nèi)組件在分別生物過程、分子功能和細(xì)胞組件功能分支中差異蛋白富集程度最高.在GO功能分類中,能對應(yīng)到生物過程的差異蛋白中超過90%與代謝過程相關(guān),下層分支中分解代謝過程、初級代謝過程、有機物代謝過程、生物合成過程和細(xì)胞代謝過程顯著富集,與這些過程相關(guān)的蛋白質(zhì)代謝、碳水化合物代謝、細(xì)胞生物合成、有機質(zhì)生物合成和細(xì)胞大分子生物合成等過程同樣顯著富集.同樣顯著富集還有抗氧化活性,其對應(yīng)的差異蛋白占2.30%(6種),遠高于參照物種的0.19%,包括1種過氧化物酶、2種過氧化氫酶和3種谷胱甘肽還原酶,與前期研究中抗氧化系統(tǒng)對加拿大一枝黃花提取物的響應(yīng)的結(jié)論一致[1].
表2 銅綠微囊藻細(xì)胞差異蛋白的第二層GO功能分類Table 2 Level 2 of GO terms in differentially expressed proteins of M.aeruginosa
表3 GO功能分類中生物過程、分子功能和細(xì)胞組件前5位富集度的功能分類Table 3 Top 5 enrichment GO terms in biological process,molecular function and cellular component
2.3 KEGG通路分析
KEGG是由京都大學(xué)生物信息學(xué)中心于1995年建立的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫,其中的Pathway數(shù)據(jù)庫可以計算或預(yù)測出蛋白質(zhì)在對各種細(xì)胞活動的交互作用,包括圖解的細(xì)胞生化過程和同系保守的子通路等信息.BBH結(jié)果顯示有183種(70.8%)蛋白對應(yīng)到參照數(shù)據(jù)集,共對應(yīng)到60條KEGG通路,這些通路分別對應(yīng)15個通路大類,表4顯示了富集程度位于前5位的通路大類,其中位于前3位的均是執(zhí)行代謝功能的通路大類,包括能量代謝、碳水化合物代謝和氨基酸代謝.60條通路中的22條顯著富集,表5顯示了富集程度位于前10位的通路,其中糖酵解/糖異生通路富集度最高,其次是氨酰-tRNA酶生物合成合成通路、氮代謝通路和纈氨酸、亮氨酸和異亮氨酸生物合成通路.結(jié)果進一步說明加拿大一枝黃花提取物對藻細(xì)胞代謝過程的影響最顯著的是能量代謝.差異蛋白對應(yīng)到的15各通路大類中有10個屬于代謝過程(4個顯著富集),這與GO功能的結(jié)果類似.研究證實光合系統(tǒng)是植物化感抑藻物質(zhì)影響藻細(xì)胞生長的重要靶點[16-18],結(jié)果顯示在對應(yīng)KEGG通路中有3個與細(xì)胞光合生理相關(guān),包括光合作用、光合作用-天線蛋白和碳固定,分別涉及6、5和5種蛋白.
表4 銅綠微囊藻細(xì)胞差異蛋白前5位顯著富集的通路大類Table 4 Top 5 enrichment KEGG pathway classes in differentially expressed proteins of M.aeruginosa
表5 銅綠微囊藻細(xì)胞差異蛋白前10位顯著富集的通路Table 5 Top 10 enrichment KEGG pathways in differentially expressed proteins of M.aeruginosa
2.4 基因組定位
將BBH得到的183種差異蛋白質(zhì)分別定位到M.aeruginosa NIES-843基因組上,得到各蛋白對應(yīng)編碼基因的相關(guān)信息.表6為上調(diào)和下調(diào)前5位的蛋白對應(yīng)的編碼基因.
2.5 差異蛋白的生物信息學(xué)分析
根據(jù)生物信息學(xué)分析結(jié)果,加拿大一枝黃花提取物對藻細(xì)胞的作用是多方面的,其能夠同時影響多種物質(zhì)代謝合成及干擾不同的生理生化反應(yīng)的進行,通過這些信息還能夠進一步解析差異蛋白的功能.
表達上調(diào)的蛋白中,1-(5-phosphoribosyl)-5-((5-phosphoribosylamino)methylideneamino)imidazole-4-carboxamide isomerase的差異最大,實驗組為對照組的32.3倍.根據(jù)生物信息學(xué)分析,該酶由hisA基因編碼,參與生物合成,具有催化功能,在KEGG通路中參與組氨酸代謝.上調(diào)差異倍數(shù)第二的是6-磷酸果糖激酶(6-phosphofructokinase),差異倍數(shù)為22.2.該酶是糖酵解途徑的限速酶,負(fù)責(zé)催化ATP上的磷?;D(zhuǎn)移給6-磷酸果糖,生成1,6-二磷酸果糖和ADP,但會受到高濃度ATP的抑制[19].根據(jù)生物信息學(xué)分析,該酶編碼基因可定位于M.aeruginosa NIES-843基因組上WP_002770220.1位置,與細(xì)胞內(nèi)多種物質(zhì)(包括核酸堿基、雜環(huán)化合物、含氮化合物、芳香族化合物等)的代謝過程相關(guān),具有催化和結(jié)合功能,在KEGG通路中參與糖酵解/糖異生、果糖和甘露糖代謝、半乳糖代謝、甲烷代謝.上調(diào)差異倍數(shù)第三的是熱休克蛋白(Heat shock protein),差異倍數(shù)為22.1.熱休克蛋白是生物體或細(xì)胞在不良環(huán)境因素作用下產(chǎn)生的具有高度保守性的應(yīng)激蛋白,不僅能為熱損傷所誘導(dǎo),而且能為許多其它應(yīng)激刺激所誘導(dǎo),包括生理、病理、環(huán)境乃至機械刺激等方面,如缺氧、葡萄糖缺乏、重金屬、代謝抑制因子、氧自由基、病毒感染、寄生蟲感染[20].研究證實加拿大一枝黃花提取物作用下銅綠微囊藻會產(chǎn)生過量的活性氧,進而形成氧脅迫[1],這可能是導(dǎo)致熱休克蛋白上調(diào)的原因.根據(jù)生物信息學(xué)分析,該蛋白由dnaK基因編碼,與細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)和大分子的代謝過程相關(guān),參與應(yīng)激反應(yīng),具有與二磷酸核苷和核苷酸結(jié)合的功能,在KEGG通路中參與RNA降解.
表6 銅綠微囊藻差異蛋白中差異倍數(shù)前5位的蛋白對應(yīng)的編碼基因Table 6 Gene of top 5 fold change ratios in differentially expressed proteins of M.aeruginosa
差異蛋白中差異倍數(shù)最小的為0.4,即表達下調(diào)最顯著,包括3種蛋白:50S核糖體亞基蛋白L23(50S ribosomal subunit protein L23)、谷氨酰胺合成酶(glutamine synthetase)以及陰離子轉(zhuǎn)運ATP酶(Anion-transporting ATPase,Similar to tr|P72799).50S核糖體亞基是原核細(xì)胞內(nèi)70S核糖體中的較大亞基,由5S rRNA、23S rRNA和約35種核糖體蛋白質(zhì)構(gòu)成,在原核翻譯中負(fù)責(zé)在tRNA轉(zhuǎn)運來的氨基酸分子之間形成肽鍵,50S核糖體亞基還是某些抗生素的結(jié)合位點,這些抗生素可通過阻斷肽鏈的延伸來抑制蛋白的質(zhì)生物合成,最終殺滅細(xì)菌[21-22].根據(jù)生物信息學(xué)分析,50S核糖體亞基蛋白L23由rplW基因編碼,與細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)代謝、合成過程和基因表達翻譯相關(guān),具有與RNA結(jié)合的功能,在KEGG通路中參與核糖體翻譯.谷氨酰胺合成酶是一種參與將無機氮同化為有機氮的酶,可以催化銨離子與谷氨酸反應(yīng)合成谷氨酰胺,同時消耗ATP[23].該酶由glnN基因編碼,與細(xì)胞內(nèi)生物合成和碳水化合物代謝相關(guān),具有催化功能,在KEGG通路中參與丙氨酸、天門冬氨酸和谷氨酸代謝、精氨酸和脯氨酸代謝、乙醛酸和二羧酸代謝、氮代謝和雙組分系統(tǒng).離子轉(zhuǎn)運ATP酶是廣泛存在于生物膜上的一種酶蛋白,參與離子的主動轉(zhuǎn)運.陰離子轉(zhuǎn)運ATP酶編碼基因可定位于M.aeruginosa NIES-843基因組上WP_002776170.1位置,與細(xì)胞內(nèi)多種物質(zhì)(包括核酸堿基、雜環(huán)化合物、含氮化合物、芳香族化合物等)的代謝過程相關(guān),具有與二磷酸核苷和核苷酸結(jié)合的功能以及轉(zhuǎn)移含磷基團的活性,但在KEGG通路沒有找到對應(yīng)通路.
3.1 通過對加拿大一枝黃花提取物作用下的銅綠微囊藻細(xì)胞蛋白質(zhì)組進行分離和鑒定,比較對照細(xì)胞和實驗細(xì)胞,共鑒定出576種差異蛋白,其中差異倍數(shù)達到1.5倍的差異蛋白共261種,包括220種表達上調(diào)的差異蛋白和41種表達下調(diào)的差異蛋白.
3.2 通過GO功能分類對蛋白功能分別進行3個分支的聚類分析.鑒定到的差異蛋白中193種能對應(yīng)到生物過程,其中180種蛋白參與代謝過程,占93%;鑒定到的差異蛋白中191種能對應(yīng)到分子功能,其中以催化和結(jié)合功能為主,分別有160和134種相關(guān)蛋白;鑒定到的差異蛋白中81種能對應(yīng)到細(xì)胞組件,第二層分支中這81種均屬于細(xì)胞,其中的39種蛋白還同時屬于大分子復(fù)合物.
3.3 差異蛋白中有183種能對應(yīng)到參照數(shù)據(jù)集,對應(yīng)15個通路大類,能匹配到60條KEGG通路中,其中22條顯著富集,位于前3位的均是執(zhí)行代謝功能的通路.
3.4 加拿大一枝黃花提取物于銅綠微囊藻細(xì)胞時,能夠同時影響多種物質(zhì)代謝合成途徑及干擾不同的生理生化反應(yīng),其中受到影響最大的是細(xì)胞的代謝功能,尤其是能量代謝和氨基酸代謝過程.
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Differentially expressed proteins in Microcystic aeruginosa with Solidago canadensis L.extracts using iTraq labeling technique.
HUANG Ying-ying1,BAI Yu1,WANG Yan1,2*,KONG Hai-nan1(1.School of Environmental Science and Engineering,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200240,China;2.School of Public Health,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200025,China).China Environmental Science,2015,35(6):1822~1830
To investigate antialgal mechanism of Solidago canadensis L.extracts,iTraq labeling technique coupled with LC-MS-MS was used to analyze differentially expressed proteins in Microcystic aeruginosa.261 differentially expressed proteins(fold change ratio≥1.5)were identified,in which 220 proteins were upregulated and 41proteins were down-regulated.GO function analysis showed that the extracts of S.canadensis inhibited the algal growth by affecting metabolism process,protein catalytic activity and binding function.KEGG pathway analysis showed that top 3 enrichment pathway classes were all related to metabolism,including energy,carbohydrate and amino acid metabolism,and glycolysis/gluconeogenesis was the top enrichment pathway.This study elucidated the molecular targets of the extracts of S.canadensis,thereby giving insight into the antialgal effects at the molecular level and providing a new way to study the antialgal mechanism of plant allelopathic compounds.
iTraq labeling;allelopathy;differentially expressed protein;antialgal mechanism
X172
A
1000-6923(2015)06-1822-09
黃瑩瑩(1984-),女,廣西柳州人,上海交通大學(xué)博士研究生,主要從事湖庫生態(tài)及藻類控制技術(shù)研究.發(fā)表論文2篇.
2014-10-30
國家自然科學(xué)基金(21077074)
* 責(zé)任作者,研究員,wangyan66@sjtu.edu.cn