付永,劉浩
(1.長(zhǎng)沙市公安局刑偵支隊(duì),湖南長(zhǎng)沙 410002;2.岳陽(yáng)市公安局刑偵支隊(duì),湖南岳陽(yáng) 414000)
·研究簡(jiǎn)報(bào)·
GoldeneyeTM DNA身份鑒定系統(tǒng)22NC在回族人群的法醫(yī)學(xué)調(diào)查
付永1,劉浩2
(1.長(zhǎng)沙市公安局刑偵支隊(duì),湖南長(zhǎng)沙 410002;2.岳陽(yáng)市公安局刑偵支隊(duì),湖南岳陽(yáng) 414000)
法醫(yī)遺傳學(xué);多態(tài)現(xiàn)象,遺傳;短串聯(lián)重復(fù)序列;回族
STR基因座及毛細(xì)管電泳檢測(cè)技術(shù)是目前法醫(yī)遺傳學(xué)中最常用的遺傳標(biāo)記及技術(shù)檢測(cè)手段[1]。目前市場(chǎng)上用于法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別及親權(quán)鑒定的試劑盒主要納入的STR基因座為CODIS基因座及歐洲標(biāo)準(zhǔn)化建設(shè)數(shù)據(jù)庫(kù)(European Standard Set,ESS)核心STR基因座。本研究采用的GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)22NC共包含20個(gè)非CODIS基因座(D19S253、D6S477、D22-GATA198B05、D15S659、D8S1132、D3S3045、D14S608、D17S1290、D3S1744、D2S441、D18S535、D13S325、D7S1517、D10S1435、D11S2368、D4S2366、D1S1656、D7S3048、D10S1248、D5S2500)、1個(gè)CODIS基因座D3S1358和性別基因座Amelogenin。其中,CODIS基因座D3S1358包含于日常檢案工作常用的STR檢測(cè)試劑盒中,該基因座的存在可以便于試劑盒之間結(jié)果的交叉驗(yàn)證,其余20個(gè)非CODIS基因座在突變及疑難案件中可以起到補(bǔ)充檢測(cè)的作用[2]。
據(jù)史料記載[3],公元十四世紀(jì)中葉以后,眾多的回族人相繼沿著陸路和水路進(jìn)入素稱“魚(yú)米之鄉(xiāng)”的楚湖之地,在湖南主要分布于常德市和邵陽(yáng)市。為進(jìn)一步規(guī)范法醫(yī)遺傳學(xué)在實(shí)際案件工作中的開(kāi)展及豐富相關(guān)群體的遺傳學(xué)數(shù)據(jù),本研究針對(duì)長(zhǎng)沙市100名回族健康無(wú)關(guān)個(gè)體,采用GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)22NC進(jìn)行分型檢測(cè)及統(tǒng)計(jì)分析,以期獲取21個(gè)STR基因座的應(yīng)用基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
1.1 樣本
收集長(zhǎng)沙市100名回族健康無(wú)關(guān)個(gè)體的血樣,其中男性50名,女性50名。對(duì)每名志愿者均進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)告知,并簽署知情同意書。
1.2 主要試劑與儀器
GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)22NC[基點(diǎn)認(rèn)知技術(shù)(北京)有限公司],甲酰胺(美國(guó)Thermo Fisher公司);9700型PCR擴(kuò)增儀、3130xl型基因分析儀(美國(guó)Thermo Fisher公司)。
1.3 PCR擴(kuò)增和STR分型
采用Chelex-100法進(jìn)行血樣DNA的提取[4]。采用10 μL體積進(jìn)行PCR擴(kuò)增,反應(yīng)體系包括:2.5× PCR反應(yīng)緩沖液Ⅱ4 μL,5×22NC引物混合物2μL,Taq聚合酶0.2μL,模板DNA(0.5~2ng),去離子水補(bǔ)足至10 μL。在9700型PCR擴(kuò)增儀上進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增條件為:95℃預(yù)變性11min;94℃30s,60℃60 s,70℃60s,30個(gè)循環(huán);60℃延伸30min;15℃保溫。
PCR產(chǎn)物變性后在3130xl型基因分析儀上進(jìn)行毛細(xì)管電泳,用GeneMapper?ID v3.2.1軟件對(duì)STR基因座進(jìn)行分型。
1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理
應(yīng)用PowerMarker v3.25軟件對(duì)21個(gè)常色體STR基因座進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)和等位基因分布頻率的計(jì)算;應(yīng)用Cervus v2.0軟件進(jìn)行雜合度(H)、個(gè)體識(shí)別率(DP)、二聯(lián)體非父排除率(PEduo)、三聯(lián)體非父排除率(PEtrio)和多態(tài)信息含量(PIC)等群體遺傳學(xué)參數(shù)的計(jì)算。
經(jīng)Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn),21個(gè)基因座的檢驗(yàn)P值均大于0.05,等位基因頻率分布見(jiàn)表1,群體遺傳學(xué)參數(shù)見(jiàn)表2。
21個(gè)STR基因座中共檢出193個(gè)等位基因,其中在D1S1656基因座檢出的等位基因數(shù)目最多(13個(gè))。21個(gè)基因座中,H值最小為0.7350(D3S1358),最大為0.8891(D7S3048);DP值最小為0.8674(D2S441),最大為0.9632(D7S3048);PIC最小為0.6772(D3S1358),最大為0.8671(D7S3048)。對(duì)21個(gè)STR基因座分別進(jìn)行了二聯(lián)體和三聯(lián)體案件中非父排除率的計(jì)算(表2),經(jīng)t檢驗(yàn),發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)參數(shù)之間差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.0001)。經(jīng)連鎖不平衡檢驗(yàn),GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)22NC中21個(gè)常染色體STR基因座之間相互獨(dú)立,采用乘積定律計(jì)算,累積個(gè)體識(shí)別率為1-1.41×10-24,二聯(lián)體累積非父排除率為1-4.17×10-6,三聯(lián)體累積非父排除率為1-1.51×10-9。以上多態(tài)信息數(shù)據(jù)均表明,該試劑盒中含有的21個(gè)STR基因座在回族人群中信息含量豐富,可作為補(bǔ)充試劑盒,對(duì)實(shí)際檢案及相關(guān)科研工作具有應(yīng)用價(jià)值。
表1 21個(gè)STR基因座在回族人群中的等位基因頻率分布(n=100)
表2 21個(gè)STR基因座在回族人群中的群體遺傳學(xué)參數(shù)(n=100)
[1]Butler JM.Advanced topics in forensic DNA typing:Methodology[M].Boston:Academic Press,2011.
[2]林源,闕庭志,趙珍敏,等.GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)22NC試劑盒的法醫(yī)遺傳學(xué)調(diào)查[J].法醫(yī)學(xué)雜志,2015,31(4):280-283.
[3]馬亮生.湖南回族的來(lái)源與變遷[J].寧夏社會(huì)科學(xué),1988,(1):24-26.
[4]Walsh PS,Metzger DA,Higuchi R.Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material[J].Biotechniques,1991,10(4):506-513.
DF795.2
B
10.3969/j.issn.1004-5619.2017.03.019
1004-5619(2017)03-0304-03
2016-10-31)
(本文編輯:張素華)
付永(1981—),男,主檢法醫(yī)師,主要從事法醫(yī)物證學(xué)研究;E-mail:767390258@qq.com