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呼和浩特地區(qū)蒙古族人群19個(gè)STR基因座遺傳多態(tài)性

2017-12-20 11:28:49朱永強(qiáng)莫日根王月星張文廣
魅力中國(guó) 2017年46期
關(guān)鍵詞:基因座呼和浩特蒙古族

朱永強(qiáng)+莫日根+王月星+張文廣

本文應(yīng)用Goldeneye DNA身份鑒定系統(tǒng)20A擴(kuò)增試劑盒對(duì)呼和浩特地區(qū)346名蒙古族無(wú)關(guān)健康個(gè)體的血樣進(jìn)行19個(gè)STR基因座的復(fù)合擴(kuò)增、聯(lián)合檢測(cè),并利用AB3130XL遺傳分析儀對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè),用GeneMapper ID 3.2軟件進(jìn)行電泳后的基因分型,分型數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)統(tǒng)計(jì)分析,最終獲得呼和浩特地區(qū)蒙古族群體19個(gè)STR基因座的遺傳多態(tài)信息,完善了本地人群數(shù)據(jù)庫(kù),為本地區(qū)蒙古族群體法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別、親權(quán)鑒定中運(yùn)用相關(guān)參數(shù)提供了依據(jù)和可靠的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

一、材料與方法

(一)樣本來(lái)源

本實(shí)驗(yàn)所使用的樣本是根據(jù)知情同意的原則,采集生活居住在呼和浩特地區(qū)的蒙古族無(wú)關(guān)健康個(gè)體血樣346份,其中男性286份,女性60份。以上樣本均系本實(shí)驗(yàn)室DNA數(shù)據(jù)庫(kù)和日常受理案件積累。

(二)DNA提取及分型檢驗(yàn)

本實(shí)驗(yàn)采用Chelex-100法[1]提取個(gè)體血樣的DNA,并使用Goldeneye TM身份檢定系統(tǒng)20A擴(kuò)增試劑盒對(duì)提取的DNA模板進(jìn)行19個(gè)STR 基因座復(fù)合擴(kuò)增。按照商品試劑盒提供的試驗(yàn)配比,配制10 μl 的PCR反應(yīng)體系。用3130XL型遺傳分析儀進(jìn)行毛細(xì)管電泳,電泳結(jié)束后使用Genemapper ID V3.2軟件,進(jìn)行基因分型。

(三)統(tǒng)計(jì)學(xué)處理

采用法醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)軟件Modified-PowerState V12分析軟件[2]對(duì)實(shí)驗(yàn)獲得的數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行分析,統(tǒng)計(jì)出各基因座的等位基因頻率、雜合度(H)、個(gè)人識(shí)別能力(DP)、多態(tài)信息含量(PIC)、非父排除率(PE)和匹配概率(Pm)等群體遺傳學(xué)參數(shù)。

根據(jù)以上獲得的數(shù)據(jù),運(yùn)用相應(yīng)公式[3,4]計(jì)算出19個(gè)STR基因座的累積個(gè)體識(shí)別率(TDP),累積非父排除率(CEP),并用χ 2檢驗(yàn)各STR基因座是否符合Hardy—Weinberg平衡。

二、結(jié)果與討論

呼和浩特地區(qū)蒙古族群體346名無(wú)關(guān)個(gè)體在19個(gè)STR基因座共檢出217個(gè)等位基因和763種基因型。經(jīng)χ 2檢驗(yàn),19個(gè)STR基因座分布均符合Hardy—Weinberg平衡定律(P>0.05);各等位基因及其分布頻率見(jiàn)表1,相關(guān)遺傳學(xué)參數(shù)見(jiàn)表2。

本文發(fā)現(xiàn)本次呼和浩特地區(qū)蒙古族346名無(wú)關(guān)個(gè)體的調(diào)查檢測(cè)中,19個(gè)基因座共檢出217個(gè)等位基因和763種基因型。其中19個(gè)STR基因座中,檢出等位基因最多的基因座為PentaE,共計(jì)20個(gè),其次為D21S11和D18S51,均為17個(gè),等位基因最少的為T(mén)POX、D16S539、TH01和D13S317,均為7個(gè);D3S1358為8個(gè), CSF1PO、D8S1179、D7S820、D5S818和vWA均有9個(gè)等位基因; Penta D有11個(gè);D19S433有12個(gè);D2S1338有13個(gè);D12S391有14個(gè);D6S1043和FGA均為16個(gè)等位基因。

這19個(gè)STR基因座中檢測(cè)中,測(cè)得頻率最高的等位基因?yàn)門(mén)POX的等位基因8 ( 0.5448 ),其它依次為T(mén)H01的等位基因9(0.4913);CSF1PO的12 (0.3887); D3S1358的15 (0.3627); D7S820的11( 0.3454); D16S539的9(0.3338 );D5S818的11 (0.3295)。19個(gè)STR基因座單基因頻率最小為0.0014,最大為0.5448。

19個(gè)STR基因座個(gè)體識(shí)別力DP值最大為PentaE (0.9860),最小為T(mén)POX(0.7881) ;雜合度H值最大為Penta E (0.9220),最小為T(mén)POX( 0.5838); 認(rèn)為DP>0.9, H>0.7的基因座為具有高鑒別力的基因座[5],根據(jù)表2可見(jiàn),本次調(diào)查的19個(gè)STR基因座除了CSF1PO,D3S1358,TPOX和TH01四個(gè)基因座的DP值在0.7881至0.8801之間,H值在0.5838至0.7514之間,其多態(tài)性偏低,鑒別力較弱,信息量較少外,其余15個(gè)STR基因座都為高雜合度、高多態(tài)性、高信息量、高鑒別力的基因座。

本次呼和浩特地區(qū)蒙古族346名無(wú)關(guān)個(gè)體的調(diào)查檢測(cè)中,19個(gè)STR基因座多態(tài)性信息含量PIC值最大為PentaE(0.9151),最小為T(mén)POX(0.5494); 19個(gè)STR基因座非父排除率PE值最高為基因座PentaE(0.8405),最小為T(mén)POX(0.2719);匹配概率Pm最高的為T(mén)POX(0.2119),最小的為PentaE(0.0140)。

本次呼和浩特地區(qū)蒙古族346名無(wú)關(guān)個(gè)體的調(diào)查檢測(cè)中,19個(gè)STR基因座累積匹配率為1.594×10-23; 19個(gè)STR基因座的累積個(gè)體識(shí)別率TDP大于99.99999999999999999999%,19個(gè)STR基因座累積非父排除率CPE達(dá)0.999999990743111,在呼和浩特地區(qū)蒙古族人群中,該19個(gè)STR基因座構(gòu)成的檢測(cè)系統(tǒng)可以滿(mǎn)足該群體個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定的需要,在該群體中具有高度多態(tài)性。

經(jīng)χ 2檢驗(yàn),本次研究中所使用的19個(gè)STR基因座,其19個(gè)基因座的P值均大于0.05,均符合Hardy—Weiberg平衡。

觀察19個(gè)STR基因座,在D12S391、D21S11、D6S1043、D18S51、D7S820和D2S1338共6個(gè)基因座上共檢出9個(gè)微變異等位基因。這些特殊位點(diǎn)等位基因按Jhon M. Butler法[6,7]確定、命名, 由表1可知,這些微變異等位基因的頻率均小于0.0100。

劉淑萍等[46]對(duì)中國(guó)蒙古族群體(內(nèi)蒙古土默特左旗)6個(gè)STR基因座(vWA、FGA、Penta E、D6S1043、D2S1772、D7S3048)的遺傳多態(tài)性進(jìn)行調(diào)查的結(jié)果顯示,其DP值在0.9160~0.9826,H值在0.7945~0.9234之間,PIC值在0.7617~0.9161之間。本文與之比較,19個(gè)基因座中與之相同的基因座的DP值、H值、PIC值略有差異,但本文除與之相同的四個(gè)基因座(vWA、FGA、Penta E、D6S1043)外,另外增加了15個(gè)基因座檢出了更多的等位基因,更多的基因型,獲得了更多的群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)信息。endprint

參考文獻(xiàn):

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[6]Gill P. A new method of STR interpretation using inferential logie development of a criminal intelligence database[J].Int J LegMed, 1996, 109:14.

[7] John M. Butler(侯一平,劉雅誠(chéng),譯).法醫(yī)DNA分型STR遺傳標(biāo)記的生物學(xué)、方法學(xué)及遺傳學(xué)[M].北京:科學(xué)出版社,2007:99-100, 107-109,353.

[46]劉淑萍,畢力夫,蘇秀蘭. 中國(guó)蒙古族群體六個(gè)短串聯(lián)重復(fù)序列位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性[J]. 中華醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)雜志,2005,(02):222-223.

【作者簡(jiǎn)介】朱永強(qiáng),男,漢族,法醫(yī)師,學(xué)士學(xué)位,主要從事法醫(yī)DNA檢驗(yàn)工作。endprint

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