由中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物所自主開發(fā)的AFSM(基因組隨機(jī)擴(kuò)增序列SNP多態(tài)性及甲基化多態(tài)性)技術(shù), 結(jié)合大數(shù)據(jù)分析優(yōu)勢(shì), 打造了熱帶作物基因大數(shù)據(jù)平臺(tái), 可大規(guī)模、低成本地構(gòu)建遺傳連鎖圖譜, 開展GWAS分析、演化分析、指紋圖譜以及高通量甲基化分析等, 在建立熱帶特色作物分子標(biāo)記育種平臺(tái)方面發(fā)揮了重要作用, 有效提升了中國熱科院在該領(lǐng)域的國際影響力。
據(jù)AFSM技術(shù)研發(fā)者夏志強(qiáng)副研究員介紹, 目前以該平臺(tái)為橋梁, 生物所已與美國普渡大學(xué)、 美國加州大學(xué)戴維斯分校、 CIAT、 EMBRAPA、 福建農(nóng)林大學(xué)、 海南大學(xué)等在內(nèi)的10余家國內(nèi)外研究機(jī)構(gòu)、 高校建立合作, 覆蓋木薯、 橡膠樹、 小桐子、 胡椒、 可可、 茶樹、 柱花草、 澳洲堅(jiān)果、 香蕉、 蘭花、 甘蔗、 土豆、 芭蕉芋、 薏仁、 節(jié)節(jié)麥等多種作物。
近年來, 生物所種質(zhì)與基因資源研究室已在木薯、 橡膠樹、 小桐子等作物上運(yùn)用該技術(shù)并發(fā)表代表性成果。 如對(duì)木薯群體展開全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS), 確定了36個(gè)農(nóng)藝性狀關(guān)聯(lián)的關(guān)鍵基因;在橡膠連鎖圖譜研究方面, 構(gòu)建了大約6 940個(gè)AFSM標(biāo)記遺傳連鎖圖譜與多個(gè)重要產(chǎn)膠相關(guān)QTL基因(該物種首個(gè)超高密度SNP定位QTL);開展了小桐子的遺傳連鎖圖譜構(gòu)建和QTL定位研究, 開發(fā)了含有3 422個(gè)AFSM標(biāo)記遺傳連鎖圖(該物種首個(gè)超高密度圖譜), 13個(gè)果實(shí)產(chǎn)量重要QTL等。
僅2018年以來, 夏志強(qiáng)副研究員相關(guān)基因組大數(shù)據(jù)研究成果陸續(xù)發(fā)表在《Nucleic Acids Research》、 《Biotechnology for Biofuels》、 《Industrial Crops & Products》、 《Frontiers in Plant Science》等國際期刊上, 累計(jì)影響因子24.585。
(摘自中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院網(wǎng), http://www.catas.cn/, 2018-08-21)