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基于迭代的磁共振指紋參數(shù)量化算法改進

2019-06-12 07:38:58商國燦
中小企業(yè)管理與科技 2019年11期
關鍵詞:空間數(shù)據(jù)字典指紋

商國燦

(中南民族大學生物醫(yī)學工程學院,武漢430070)

1 引言

MRF[1]作為一種全新的定量MRI 技術,可以通過一次數(shù)據(jù)采集同時獲得多種人體組織參數(shù),大大地提高了成像速度,并且改善了噪聲對圖像質(zhì)量的影響。但當前MRF 研究仍處于初期,參數(shù)量化不精確,尤其是T2 參數(shù)的量化,因此我們對參數(shù)量化算法進行研究。

由于高度欠采樣,直接匹配方法中多幀MRF 空域圖像(含偽影),再做字典與指紋匹配,圖像質(zhì)量很差;而迭代方法[2]則采用的高欠采樣的k 空間數(shù)據(jù)(真實數(shù)據(jù)),通過逐次迭代投影梯度方法來獲取較高質(zhì)量的多幀MRF 空域圖像,從而獲得質(zhì)量較優(yōu)的定量參數(shù)圖像,但運行時間太長,這兩者都不適合臨床推廣。為了進一步提高參數(shù)量化精度,本文采用迭代方法并采用覆蓋樹與逼近最近鄰搜索[3]來加速投影過程,從而提升圖像質(zhì)量,并同時加速參數(shù)量化的速度。

2 方法

與MRI 不同,MRF 采用偽隨機的數(shù)據(jù)采集方式,主要體現(xiàn)在翻轉角TR 和重復時間FA 的隨機組合上。MRF 技術主要包括數(shù)據(jù)采集、字典設計與生成和參數(shù)量化算法三部分。先通過脈沖序列進行高欠采樣,得到多幀高欠采樣k 空間數(shù)據(jù),然后進行反傅里葉變換,得到多幀空域圖像,對多幀圖像逐像素將信號值連起來,就是一條“指紋”信號,它用于區(qū)分不同的組織類型。然后采用TR,F(xiàn)A,{T1,T2,df}等參數(shù)進行字典設計,字典包括了所有組織類型的可能性。最后對字典和指紋進行奇異值壓縮(加速計算),對逐像素對指紋信號在字典中尋找最佳匹配,從而返回T1,T2,PD,B0 圖像。

2.1 字典建立

由于人體不同部位的組織類型不同,相應的T1,T2 值也不同,本文主要考慮了T1,T2,df(磁場的不均勻性)三種參數(shù),為了折中圖像質(zhì)量與計算時間,每條字典條目的長度為1000。按照最小值,步距,最大值分段來設置的,形如T1=[100:20:2000,2300:300:5000],T2=[20:5:100,110:10:200,400:200:3000],off=[-250:40:-190,-50:2:50,190:40:250]/1000。

考慮T1>T2,T1 與T2 的合理組合為3318,最終{T1,T2,df} 的參數(shù)組合為3318×55=182490 組??紤]磁場的不均勻性df,字典信號生成公式[4]如下式(1)(2)所示,施加180 度反轉脈沖后磁化矢量變?yōu)閙0=[0,0,-1]。設第i 個脈沖TRi/2 時刻磁化矢量為[mx,i,my,i,mz,i],第i+1 個脈沖TRi+1/2 時刻的磁化矢量為[mx,i+1,my,i+1,mz,i+1],時間間隔為t,考慮df 的影響,則兩個時刻的磁化矢量滿足公式:

字典的建立需要設定偽隨機變化的TR 和FA,F(xiàn)A 采用分段函數(shù)實現(xiàn),范圍為15~60 度,TR 的范圍為10~14ms,F(xiàn)A 和TR 都加了隨機加性噪聲。針對一組固定的{TR,F(xiàn)A},將上述{T1,T2,df}組合代入方程(1)(2),進行1000 次計算便可得到長度為1000 的字典信號,重復計算,便可得到大小為1000×182490 的字典,然后采用奇異值壓縮[5]將字典壓縮成200×182490。

2.2 模型建立與采集重建

采用BrainWeb 模型(第94 層)進行MRF 成像的數(shù)據(jù)仿真,大小為181×217×181,由于傅里葉變換要求矩陣大小為2的N 次方,通過填零處理將模型擴大為256×256。大腦模型由7 種不同組織組成,每種組織包含T1,T2,質(zhì)子密度和df 信息。

對上述模型,采用1000 組{TR,F(xiàn)A}構成的序列參數(shù),采用EPI 軌跡模擬1/16 高欠采樣數(shù)據(jù)采集,得到1000 幀高度欠采樣的k 空間數(shù)據(jù),并采用2D IFFT 進行重建,得到1000 幀圖像,然后逐像素獲取指紋信號,然后對長度為1000 的指紋信號實施奇異值壓縮,得到長度為200 的MRF 信號,供后續(xù)參數(shù)量化算法使用。

2.3 基于迭代的參數(shù)量化算法及改進

對BrainWeb 數(shù)據(jù)模型,將壓縮后的字典和高度欠采樣的k 空間數(shù)據(jù)Y 作為參數(shù)量化算法的輸入。高度欠采樣的信號模型如式(3)所示,Y 是高欠采k 空間數(shù)據(jù),X 是估計值,noise是噪聲,信號模型的主要任務是從Y 中恢復X。可采用式(4)所示的有約束凸優(yōu)化方法來解決該問題。

式(4)的最優(yōu)解可采用迭代投影梯度算法來求解,如式(5)(6)(7)所示,通過逐次迭代投影,從而獲取更精準的Xn+1及指紋信號。

投影的詳細步驟如式(8)~(11)所示,式(8)表明在字典中尋找像素位置處的最佳匹配條目,式(9)表示最佳匹配條目的索引號,式(10)用來計算質(zhì)子密度,式(11)表示投影更新。

自適應步長更新如式(12)所示,當ω<stepn時,則將步長變?yōu)閟tepn/2,然后重復前文梯度投影步驟及更新Xn+1,直到滿足ω>stepn,則進行下一次迭代。

終止條件則如式(13)所示,如果滿足式(13)則迭代程序結束;若迭代多次仍不滿足式(13),則當?shù)螖?shù)達到50 次時,迭代程序終止。最后在字典中逐像素搜索最佳匹配的條目,返回T1,T2,PD,B0 圖像。

覆蓋樹[6]是專門用于最近鄰搜索的一種數(shù)據(jù)結構,必須滿足嵌套、覆蓋和分離三個屬性,使得節(jié)點在不同的尺度上,形成了覆蓋多個尺度的數(shù)據(jù)網(wǎng),從而方便逼近最近鄰搜索的執(zhí)行,更快地找到最佳估計。逼近最近鄰搜索則如式(14)所示,式(14)表明查詢條目p 的不精確的最近鄰條目為q,當且僅當式等同于迭代算法中精確的逼近最近鄰搜索。

基于以上方法我們做出以下幾點改進:改進了{TR,F(xiàn)A}的設計,原文TR 設計成常數(shù)(10ms),這里設計成隨機噪聲;增大了EPI 采樣軌跡相鄰幀之間的k 空間行間隔,提高了數(shù)據(jù)的不連貫性;考慮了字典參數(shù)的條件,從而使得字典條目減少了幾萬條,從而大大地縮短計算時間;將搜索步長從改為,使得搜索步驟更加精細,從而提高量化精度。

圖1 BrainWeb 模型參數(shù)量化算法結果

3 結果

本文采用BrainWeb 模型數(shù)據(jù),分別對直接匹配法、迭代投影方法和改進方法進行算法實現(xiàn),T1,T2,PD,B0 的定量圖像結果如圖1 所示。

由圖1 可知,改進方法能夠極大地改善圖像質(zhì)量,尤其在腦部圖像的邊緣保護上,改進方法要比直接匹配方法和BLIP 方法好很多。直接匹配方法存在較嚴重的混疊偽影,BLIP 方法對混疊偽影有所改進,改進方法則基本上沒有混疊偽影。

4 結論

MRF 是一種全新的定量MRI 成像技術,其采用的特殊參數(shù)量化算法來獲取多種參數(shù)的精準量化圖像,但MRF 成像領域仍然有許多技術難點亟待攻克。改進的參數(shù)量化方法在大大改善T1、T2 圖像質(zhì)量同時提高了量化效率,為MRF 走向臨床提供了一定的技術支撐。

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