王金金，馬啟峰，倪志勇，范術(shù)麗*

（1.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院，新疆 烏魯木齊 830052；2.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所/ 棉花生物學(xué)國家重點實驗室，河南 安陽 455000）

棉花是紡織工業(yè)的主要原料，是最大的天然纖維來源，對我國及世界的經(jīng)濟都起著重要作用[1]。棉纖維的分化和起始是影響棉花產(chǎn)量和品質(zhì)的重要因素，開花前或開花當天所形成的突起以后發(fā)育成長纖維，開花后3 d 形成的突起發(fā)育成短絨，因此纖維原始細胞突起的時間、多少直接決定棉花的品質(zhì)和產(chǎn)量[2-4]。通過對突變體研究，目前比較接受的觀點是棉花的短絨主要受顯性光子基因N1或隱形光子基因n2控制[5]。Wan 等[6]通過轉(zhuǎn)基因方法驗證N1基因就是Gh-MML3_A12，該基因組位點的反義鏈也轉(zhuǎn)錄，形成順式天然反義轉(zhuǎn)錄本，進而影響短絨的形成。自1973年Kohel 報道N1基因以來[7]，經(jīng)歷 43年后終于將該基因克隆得到并進行功能驗證，而同樣控制短絨的n2基因至今未克隆得到。

microRNA（miRNA）是一種單鏈不編碼蛋白的小分子RNA，在真核生物基因表達調(diào)控中有著廣泛的作用。秀麗隱桿線蟲中的lin-4 是第一個被發(fā)現(xiàn)的miRNA[8]，由于miRNA 長度只有20～24 nt (nucleotide)，且作用時間短暫，具有一定的隱蔽性[9]，直到 2002年，miRNA 在模式植物擬南芥中首次被報道[10]。植物中的miRNA 大部分位于基因間隔區(qū)[11]，miRNA 的生物合成過程包括轉(zhuǎn)錄、加工和復(fù)合體裝載3個基本過程，是一個復(fù)雜而精細的過程[12]。miRNA 經(jīng)由 RNA 聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄和核酸內(nèi)切酶（DICER-LIKE1，DCL1）切割，再由S- 腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移酶 （HUA ENHANCER1，HEN1） 進行甲基化修飾，形成成熟miRNA[13-15]。成熟體miRNA招募 AGO（Argonaute）蛋白并形成復(fù)合體 （miRNA-induced silencing complex，RISC）[11]。最后 RISC 通過切割靶標mRNA 或是抑制靶標翻譯來負調(diào)控編碼基因的表達[11,16]。

在棉花中，miRNA 參與許多生物合成和代謝過程，包括胚胎的形態(tài)學(xué)建成、棉纖維和花器官的發(fā)育、病蟲害脅迫和高溫高鹽干旱脅迫應(yīng)答[17-24]。Barozai 等[25]用擬南芥中已知 pre-miRNA比對棉花EST 數(shù)據(jù)庫的方法鑒定了22個miRNA，屬于13個家族 ，其中有7個 miRNA（miR160、164、827、829、836、845和865） 第一次在棉花中被發(fā)現(xiàn)。Wang 等[26]以EST 數(shù)據(jù)庫為參考，通過同源基因搜索和實時定量PCR 驗證方法檢測出49個MiRNA 家族的73個 miRNA。隨著高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，Gong 等[27]用深測序方法從二倍體雷蒙德氏棉和亞洲棉中分別鑒定出 122個和127個miRNA，其中有 33個屬于保守miRNA。Liu 等[28]利用高通量測序方法從海島棉胚珠和纖維中得到47個保守MiRNA 家族、7個新的 miRNA，其中 miR160、miR167、miR171、miR172和miR827 在棉纖維起始階段表達量高，說明這些miRNA 可能參與纖維發(fā)育過程。

利用小RNA 測序技術(shù)在棉花中挖掘miRNA 基因的報道已越來越多[29-31]。新鄉(xiāng)小吉無絨有絮是一種有長纖維無短絨突變體，其表型與顯性光籽突變體N1類似，2002年在新鄉(xiāng)小吉無絨無絮棉田里發(fā)現(xiàn)[32]。目前對陸地棉纖維突變體的研究大多集中在徐州142 無絨無絮、顯性光籽突變體N1和隱形光籽突變體n2中[6,33-34]。本研究以新鄉(xiāng)小吉及其無絨有絮突變體開花當天的胚珠為材料，構(gòu)建小RNA 文庫，通過生物信息學(xué)的方法對小RNA 進行分離和鑒定，挖掘纖維起始相關(guān)的小RNA 及其靶基因，為纖維起始相關(guān)基因的篩選及今后棉纖維發(fā)育研究奠定基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗材料和RNA提取

試驗所用的材料為新鄉(xiāng)小吉的野生型（Wild type，WT）及其無絨有絮突變體（Fuzzless mutant，F(xiàn)LM）（圖1），其中新鄉(xiāng)小吉無絨有絮是一種有長纖維無短絨突變體，屬于纖維起始發(fā)育突變體。新鄉(xiāng)小吉與新鄉(xiāng)小吉無絨有絮的成熟種子表面僅存在一個表型的差異，即短絨的有無，且這兩個材料為近等基因系。材料種植于河南安陽中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所試驗基地，每個小區(qū)單行種植，3 次重復(fù)，常規(guī)大田管理。摘取兩個材料開花當天的胚珠，立即投入到液氮中，之后放于－70 ℃超低溫冰箱保存。進行3 次生物學(xué)重復(fù)。新鄉(xiāng)小吉的野生型開花當天胚珠的3個生物學(xué)重復(fù)分別為 WT-1、WT-2和WT-3，新鄉(xiāng)小吉無絨有絮突變體開花當天胚珠的3個生物學(xué)重復(fù)分別為 FLM-1、FLM-2和FLM-3。

采用Trizol RNA試劑盒 （Invitrogen，CA，USA） 分別提取兩個材料開花當天胚珠總RNA。用 Bioanalyzer 2100（Agilent，CA，USA）和 RNA 6000 Nano LabChip Kit（Agilent，CA，USA） 測 定總RNA 的質(zhì)量及純度，以保證后期測序的RNA樣品的合格性。

圖1 新鄉(xiāng)小吉WT（A 和C）和新鄉(xiāng)小吉無絨有絮FLM（B 和D）的表型Fig.1 Phenotype of WT（A and C）and FLM（B and D）

1.2 小RNA文庫構(gòu)建和數(shù)據(jù)分析

樣品檢測合格后，使用TruSeq Small RNA Sample Prep Kits（Illumina，San Diego，USA）試劑盒構(gòu)建文庫。利用連接酶在小RNA 兩端連上特異性的接頭，反轉(zhuǎn)錄合成cDNA。之后經(jīng)PCR 擴增，用一定濃度的PAGE 膠對PCR 產(chǎn)物切膠回收，最后溶于EB 溶液，完成文庫構(gòu)建。質(zhì)檢后在Illumina Hiseq2500 測序平臺測序。對 Illumina 測序所得原始數(shù)據(jù)進行過濾，首先去除接頭及低質(zhì)量的測序片段，并篩選出長度在20～25 nt 的序列。同時盡可能去除 mRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA 等非 miRNA 序列，最后剩余的數(shù)據(jù)即Clean reads，用于后續(xù)小RNA 數(shù)據(jù)分析，這樣即完成小RNA 測序（Small RNA sequencing,sRNA-seq）工作。

1.3 miRNA的差異表達分析及靶基因預(yù)測

將Clean reads 與miRBase 數(shù)據(jù)庫中收錄的已知miRNA 前體序列進行比對，從而鑒定已知miRNA 的詳細表達情況，同時得到miRNA 前體序列的長度及二級結(jié)構(gòu)等信息。利用miRDeep2軟件預(yù)測新的miRNA[35]。對6個樣本中已知和新miRNA 進行表達量的統(tǒng)計，并通過TPM（Transcripts per kilobase of exon model per million mapped reads）對全部miRNA 的表達量進行歸一化處理。算法公式：TPM=mapped readcount/Total reads×106。差異表達的 miRNA 的篩選標準為P≤0.05，且 |log2Fold change|≥1。

結(jié)合差異表達的miRNA 與陸地棉遺傳標準系TM-1 的基因序列信息，利用TargetFinder 軟件對已知和新miRNA 進行靶基因預(yù)測[36]。結(jié)合測序數(shù)據(jù)，進一步利用Blast 軟件對篩選出的差異靶基因序列與功能注釋數(shù)據(jù)庫Gene Ontology（GO）及KEGG 代謝通路數(shù)據(jù)庫比對，最終獲得差異靶基因的詳盡注釋信息。

1.4 miRNA熒光定量PCR分析

為了驗證小RNA 測序數(shù)據(jù)的可靠性，隨機選取 4個 miRNA（gra-MIR3476-p3、pc-5p-579-2660、tcc-miR172a_R+1_2ss1GA11TG、tcc-miR403a） 進行熒光定量PCR （Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction，qRT-PCR）驗證。根據(jù)所選miRNA 的序列，設(shè)計特異性的引物。選擇snRNA U6 作為內(nèi)參，利用 Trizol RNA 試劑盒（Invitrogen，USA） 分別提取 WT和FLM 開花當天胚珠的總 RNA。利用 TransScript miRNA First-Strand cDNA Synthesis SuperMix（TransGen Biotech Inc.，Beijing，China）試劑盒反轉(zhuǎn)錄成 cDNA，用得到的相應(yīng)cDNA 作為模板進行熒光定量PCR 驗證。利用Transgene 公司的TransStart? Top Green qPCR SuperMix 試劑盒對特定miRNA進行表達量分析。所選miRNA 的相對表達量采用 2-△△Ct法計算，設(shè)有 3 次技術(shù)重復(fù)。

2 結(jié)果與分析

2.1 miRNA測序基本信息

本研究構(gòu)建6個文庫進行小RNA 測序，其中包括3個生物學(xué)重復(fù)。結(jié)果顯示，6個文庫中共獲得82 761 288 條Reads，經(jīng)嚴格過濾后得到55 403 828 條 Clean reads。6個文庫 Clean reads 在5 949 810～12 157 913 條之間。過濾比例在52.74%～74.54%之間，平均為66.24%。

其中堿基GC 含量最高的是在FLM-1 樣本中達41.97%，最低的在WT-3 中為39.65%，平均為41.07%，符合基因組中的GC 含量（表1）。

表1 樣本數(shù)據(jù)信息Table 1 Information of sample data

miRNA 長度在不同物種間分布有所差異，在擬南芥和棉花中分布最多的為24 nt[37-38]，大豆和番茄中分布最多的為21 nt[39-40]。本研究中6個文庫中無論在野生型新鄉(xiāng)小吉還是在突變體新鄉(xiāng)小吉無絨有絮，miRNA 的長度主要分布在20～25 nt，在 24 nt 出現(xiàn)高峰，所占比例最高，最高達76.7%，與之前報道的一致，其他長度的miRNA 所占比例較低（圖2）。

2.2 miRNA的差異表達分析

對原始下機的測序數(shù)據(jù)進行過濾和篩選。共獲得 459個 miRNA，其中 301個 miRNA 可以比對到miRNA 數(shù)據(jù)庫中，屬于保守miRNA，158個miRNA 屬于新預(yù)測的 miRNA。利用 RNAfold 軟件對新預(yù)測的miRNA 的前體二級結(jié)構(gòu)進行預(yù)測，結(jié)果顯示它們均具有標志性的莖環(huán)結(jié)構(gòu)。301個保守 miRNA 屬于 52個家族；459個 miRNA中，相對于 WT，有 236個 miRNA 在 FLM 中上調(diào)表達，223個miRNA 下調(diào)表達。

圖2 miRNA 的長度分布Fig.2 Length distribution of miRNA

將獲得的 459個miRNA 用DEGseq 軟件進行差異表達分析，采用TPM 法將數(shù)據(jù)歸一化處理后，篩選出P≤0.05 且 |log2Fold change|≥1 的miRNA，兩個材料中共篩選出13個差異表達的miRNA，包括兩個新預(yù)測的miRNA（PC-5p-1049_1739、PC-5p-579_2660）； 其中有 5個miRNA 在突變體材料FLM 中上調(diào)表達，8個miRNA 下調(diào)表達。又對檢測得到的13個差異表達的miRNA 進行家族分析，探索其所屬的MiRNA 家族在其它物種中的存在情況，可以了解miRNA 在進化關(guān)系上的保守性。13個差異表達的 miRNA 中 4個屬于 MiR171_1 家族，2個屬于MiR172 家族，MiR159、MiR166、MiR403 家族的各有 1個，另外 4個 miRNA 屬于未知家族（表2）。

2.3 差異miRNA靶基因預(yù)測及功能分析

近些年，高通量測序技術(shù)迅速發(fā)展，隨之miRNA 靶基因的預(yù)測也快速發(fā)展，產(chǎn)生了很多預(yù)測miRNA 靶基因的軟件，有助于研究miRNA的具體功能。本研究利用針對植物物種的預(yù)測軟件TargetFinder 對顯著差異的13個miRNA 進行靶基因預(yù)測，最后有161個靶基因被預(yù)測到，其中7個miRNA 的39個靶基因有注釋，這些靶基因側(cè)重于編碼 HD-ZIP（Homeodomain-leucine zipper）、GRAS （Gibberellic acid insensitive，Repressor of GAI，Scarecrow）、AP2（APETALA2）家族的轉(zhuǎn)錄因子，并且這些靶基因的功能集中在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控階段，說明miRNA 在轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后進程中調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)基因來影響棉花纖維的起始發(fā)育（表3）。

對上述靶基因進行GO 數(shù)據(jù)庫注釋，結(jié)果顯示這些差異miRNA 的161個靶基因共涉及38個GO term。其中生物學(xué)進程中富集基因數(shù)最多的是細胞分化 （55 genes）、生物學(xué) 過 程（34 genes）、花藥發(fā)育 （24 genes）、花器官發(fā)育（23 genes）。說明這些靶基因參與細胞分化、花藥和花器官的發(fā)育。本試驗所用材料為開花當天的胚珠，而胚珠是花器官中的一部分，胚珠外表皮細胞發(fā)育成纖維，說明預(yù)測的這些靶基因很可能參與到棉花纖維的起始階段。細胞組分中富集基因數(shù)最多的為膜的整體成分（49 genes）、細胞膜（37 genes）、細胞質(zhì)（33 genes）。分子功能中富集基因最多的為金屬離子結(jié)合（41 genes）、蛋白結(jié)合（37 genes）、ATP 結(jié)合（29 genes）（如圖3 所示）。說明這些差異miRNA 的靶基因主要在細胞質(zhì)和細胞膜上與金屬離子及一些蛋白等結(jié)合轉(zhuǎn)錄激活調(diào)控下游基因，進而調(diào)控纖維發(fā)育過程。

圖3 預(yù)測的靶基因GO 功能分類圖Fig.3 GO classification of predicted target genes

2.4 對miRNA進行qRT-PCR驗證

為驗證miRNA 測序結(jié)果的準確性，采用加尾法熒光定量的方法檢測gra-MIR3476-p3、pc-5p-579-2660、tcc-miR172a_R+1_2ss1GA11TG、tcc-miR403a 這 4個 miRNA 的表達趨勢。4個miRNA 的相對表達量采用2-△△Ct法計算，設(shè)有 3次技術(shù)重復(fù)，結(jié)果顯示 gra-MIR 3476-p3、

pc-5p-579-2660、tcc-miR172a_R+1_2ss1GA11TG在兩個樣本中達到了極顯著差異水平，tcc-miR403a 在兩個樣本中差異顯著，并且熒光定量中miRNA 的表達量變化趨勢與測序數(shù)據(jù)結(jié)果一致（圖4），說明本研究中的測序數(shù)據(jù)真實可靠。

表2 13個差異表達的miRNA 的信息Table 2 Information of 13 different expression miRNA

表3 7個差異表達的miRNA 的靶基因Table 3 Target genes of 7 different expression miRNA

表3 （續(xù)）Table 3 (Continued)

圖 4 差異表達的miRNA 的qRT-PCR 驗證Fig.4 qRT-PCR validation of differential expression miRNA

3 討論

miRNA 作為一種重要的基因表達調(diào)控因子，廣泛參與植物的生長和發(fā)育、形態(tài)學(xué)建成及其它耐鹽耐旱耐高溫等脅迫信號的響應(yīng)。隨著生物信息學(xué)和生物技術(shù)的不斷發(fā)展，已有研究表明，miRNA 參與到棉花纖維發(fā)育過程中[41]。

Zhang 等[42]發(fā)現(xiàn)miR396 的靶標為胼胝質(zhì)合酶，并且在子葉、果枝嫩葉、花蕾、雌蕊與心皮（0 DPA）、花瓣 （0 DPA）、胚珠 （0 DPA）、胚珠 （2 DPA）、纖維（20 DPA）中均表達，表明 miR396 在棉花纖維分化和發(fā)育中起重要作用。Kwak 等[43]通過對徐州142 和徐州142 無絨無絮突變體測序發(fā)現(xiàn)，miR165/166、miR167、miR172 在突變株中表達更高。Liu 等[28]利用深度測序方法從海島棉得到 47個保守 miRNA 家族、7個新的 miRNA，發(fā) 現(xiàn) miR160、miR167、miR171、miR172、miR827 在纖維發(fā)育起始階段高表達。Naoumkina等[29]發(fā)現(xiàn)miR159 和miR164 在極短纖維突變體纖維細胞中的表達量較高，并且miR164 的靶標NAC（Gh_D11G0347）在纖維細胞中下調(diào)表達。

3.1 miRNA的靶標轉(zhuǎn)錄因子參與棉纖維起始發(fā)育

已有研究證明 MYB（Myeloblastosis）、NAC(NAM/ ATAF /CUC)和 HD-ZIP（Homeodomainleucine zipper） 這些轉(zhuǎn)錄因子的家族成員對棉花纖維發(fā)育具有一定的影響。本研究中，除靶基因Gh_A05G2939 外，差異表達的 cme-miR166i_R-1_1ss18CT 的靶基因均為HD-ZIP 家族轉(zhuǎn)錄因子，從轉(zhuǎn)錄水平上負調(diào)控靶基因。Walford 等[44]發(fā)現(xiàn)HD-ZIP 轉(zhuǎn)錄因子家族的一個基因GhHD-1 在胚珠和纖維發(fā)育早期表達量較高，當沉默該基因時纖維起始期推遲；過表達該基因時，種子表面起始的纖維數(shù)量增多。本研究中cme-miR166i、ghr-miR166b、gma-miR166a、gra-MIR166c 等屬于MiR166 家族的 miRNA 的靶基因均為 HD-ZIP類轉(zhuǎn)錄因子，說明該轉(zhuǎn)錄因子可能參與到纖維發(fā)育過程中。mtr-miR171c_1ss19AT 和tcc-miR171d_1ss1TC 同屬于 MiR171 家族，其靶基因均為GRAS 家族轉(zhuǎn)錄因子，這也是首次在棉花胚珠中發(fā)現(xiàn)GRAS 家族轉(zhuǎn)錄因子，具體功能需進一步實驗驗證。

Wan 等[6]用圖位克隆方法定位到顯性光子基因N1即GhMML3_A12，該基因組位點的正反兩條鏈都轉(zhuǎn)錄，形成順式天然反義轉(zhuǎn)錄本對，進而影響短絨的形成；Wu 等[33]克隆出控制長纖維發(fā)育的基因Li3即GhMML4_D12，該基因影響長纖維的形成。這兩個基因都編碼MYB 類的轉(zhuǎn)錄因子，進而影響短絨或長纖維的形成。Guan 等[41]證實 miR828和miR858 的靶基因為GhMYB2D，當GhMYB2D與miR828 的結(jié)合位點發(fā)生突變，可以恢復(fù)gl1 突變體的表型，說明miR828 通過靶向負調(diào)控GhMYB2D來影響葉表皮毛和纖維的發(fā)育。Wu 等[45]發(fā)現(xiàn)一個MYB 轉(zhuǎn)錄因子 Gh-Myb25 在纖維起始期特定表達，將該轉(zhuǎn)錄因子轉(zhuǎn)化到煙草后，煙草葉表皮毛數(shù)目相比野生型增多，并且表皮毛的分枝數(shù)量也有所增加。本研究中 ghr-miR172、gra-MIR166c、mesmiR319a、ppe-miR159、PC-3p-89741 這些 miRNA的靶基因均為MYB 類轉(zhuǎn)錄因子，gma-miR828a的靶基因也為MYB 類轉(zhuǎn)錄因子，與Guan 等[41]的研究結(jié)果一致。ghr-miR164、gma-miR164a、gra-MIR164a、mdm-miR164a 等 MiR164 家族的 miRNA 的靶基因大多數(shù)為 NAC 類轉(zhuǎn)錄因子。gma-miR164a 的其中一個靶基因Gh_D11G0347，與 Naoumkina 等[29]的研究一致，說明 miR164 通過調(diào)控該基因來影響棉花纖維起始發(fā)育。

除上述轉(zhuǎn)錄因子外，本研究還發(fā)現(xiàn)miR156的靶標 SPL 轉(zhuǎn)錄因子、MiR171 家族的靶基因GRAS 家族轉(zhuǎn)錄因子及其他一些靶標非特異的轉(zhuǎn)錄因子。其中發(fā)現(xiàn)ptc-miR167f 的一個靶基因Gh_D13G0769，該基因編碼FEZ 蛋白，屬于NAC轉(zhuǎn)錄因子家族，與擬南芥基因AT1G26870 同源，在擬南芥中調(diào)控根細胞分裂[46]，說明該基因在頂端生長中起著重要作用，有可能調(diào)控棉纖維細胞的分化發(fā)育。miRNA 靶向調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子來調(diào)控棉花纖維細胞的分化的機理還需要進一步的實驗驗證。

3.2 miRNA靶標植物激素類相關(guān)基因參與纖維起始發(fā)育

植物激素在細胞分裂與伸長、組織與器官分化、開花與結(jié)實、成熟與衰老、休眠與萌發(fā)以及離體組織培養(yǎng)等方面起著重要作用，對棉花纖維發(fā)育也有一定的影響。有研究表明生長素（Auxin，IAA）、油菜素內(nèi)酯（Brassinolide，BR）、乙烯（Ethylene）和赤霉素（Gibberellin，GA）等植物激素對棉花纖維的起始和伸長發(fā)育至關(guān)重要。

Zhang 等[47]用轉(zhuǎn)基因方法提高纖維起始期胚珠表皮的生長素含量，與野生型相比轉(zhuǎn)基因株系的胚珠表皮纖維細胞分化增多，衣分和纖維產(chǎn)量也得到了提高。本研究中 ath-miR160a、gmamiR160a 、tcc-miR160b 、tcc-miR167c 、ghrmiR167a、gma-miR167e 等的靶基因大部分為生長素響應(yīng)因子，說明MiRNA160 家族和MiRNA167 家族通過靶向調(diào)控生長素合成和代謝相關(guān)基因來調(diào)控棉花纖維細胞的發(fā)育。Yang 等[48]在TM-1 早期胚珠EST 庫中富集到一些 BR 合成（SMT1、SMT2s和BR6OX）以及信號傳導(dǎo)（BRI1s、BAK1s、BES1s、CPD） 途徑相關(guān)基因，說明BR 在纖維起始發(fā)育中也起著一定的作用。本研究中 gma-miR159d 的兩個靶基因Gh_A01G1454、Gh_D01G1695，編碼 BR 信號激酶，可能通過調(diào)控BR 信號通路中的基因來間接影響棉花胚珠細胞的分化。

4 結(jié)論

本研究結(jié)合高通量測序技術(shù)和生物信息學(xué)分析方法對新鄉(xiāng)小吉的野生型及其無絨有絮突變體0 DPA 的胚珠進行了小RNA 測序，共得到459個 miRNA，包括 301個保守 miRNA和158個新預(yù)測的miRNA。篩選出13個差異表達的miRNA，并進行了靶基因預(yù)測和分析，發(fā)現(xiàn)這些靶基因側(cè)重于編碼 HD-ZIP、GRAS、AP2 家族的轉(zhuǎn)錄因子，功能集中在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控階段。對靶基因進行GO 注釋發(fā)現(xiàn)，這些靶基因參與細胞分化、花藥發(fā)育、花器官發(fā)育等生物學(xué)過程。miRNA 通過負調(diào)控靶標轉(zhuǎn)錄因子和激素相關(guān)基因來影響纖維細胞的起始發(fā)育。該研究不僅為進一步深入研究miRNA 在纖維起始過程中的作用提供了豐富的資源，也為闡明棉花纖維突起的機制奠定了基礎(chǔ)。