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DNA條形碼在本溪洋湖溝水生昆蟲鑒定中的應用

2019-07-10 09:29:59于丹王劍峰劉玉雙王京
安徽農(nóng)業(yè)科學 2019年11期
關鍵詞:水質

于丹 王劍峰 劉玉雙 王京

摘要 [目的]通過調查本溪市洋湖溝水生昆蟲的種類,評價洋湖溝地區(qū)太子河源頭的水質情況。[方法]2017年7月對洋湖溝水生昆蟲進行了采集,基于EPT豐富度、采用DNA條形碼及形態(tài)學特征對洋湖溝所采水生昆蟲進行鑒定。[結果]共得到11個種14條樣品序列,其隸屬于3目11科:蜉蝣目3種,襀翅目4種,毛翅目4種。[結論]鑒定結果顯示,洋湖溝地區(qū)EPT水生昆蟲種類較多,水質清潔,達到國家I類標準。

關鍵詞 洋湖溝;水生昆蟲;EPT;DNA條形碼;水質

中圖分類號 S186文獻標識碼 A

文章編號 0517-6611(2019)11-0056-04

doi:10.3969/j.issn.0517-6611.2019.11.018

開放科學(資源服務)標識碼(OSID):

Abstract [Objective]In order to investigate the species of aquatic insects in Yanghugou, Benxi, evaluate the water quality of the source of the Taizi River in Yanghugou area. [Method]Aquatic insects of Yanghugou were collected in July 2017. Based on the EPT richness, DNA barcode method and morphological features, the aquatic insects collected in Yanghugou were identified. [Result]A total of 14 sequences were obtained, totaling 11 species, belonging to 3 orders and 11 families. Among them, there are 3 species of the Ephemeroptera; 4 species of the Plecoptera; and 4 species of the Trichoptera. [Conclusion]The identification results show that there are many aquatic insects in the Yanghugou area, and the water quality is clean. It has reached the national class I standard.

Key words Yanghugou;Aquatic insects;EPT;DNA barcode;Water quality

基金項目 國家自然科學基金項目(31672332);遼寧省自然科學基金項目(201602525)。

作者簡介 于丹(1995—),女,遼寧錦州人,碩士研究生,研究方向:昆蟲DNA分類。*通信作者,副教授,博士,從事昆蟲分子系統(tǒng)學與形態(tài)學研究。

鳴謝 感謝揚州大學霍慶波博士對襀翅目昆蟲鑒定提供的幫助。

收稿日期 2019-03-22

洋湖溝村位于遼寧省本溪滿族自治縣與桓仁縣交匯處,屬長白山余脈的丘陵地帶,太子河發(fā)源于此地,流經(jīng)遼陽、鞍山市[1]。洋湖溝村森林植被茂密,物種豐富,至今還保存著原始次生林,作為源頭水,其地表水質應該達到國家I類標準[2]。

生物評價方法已經(jīng)成為評價水體質量的一個新方向,對水體環(huán)境質量進行評價的主要方法有指示生物、各種生物指數(shù)和多樣性指數(shù)[3],可用于水質監(jiān)測的水生昆蟲指示生物有100多種,其中應用較為廣泛的是分析鑒定底棲動物中3個敏感性的水生昆蟲類群種類,即蜉蝣目(Ephemeriptera)、襀翅目(Plecoptera)和毛翅目(Trichoptera)的種類(簡稱EPT)及數(shù)量情況,利用EPT豐富度可快速評價水質優(yōu)劣[4]。

三種EPT昆蟲的成蟲和稚蟲在形態(tài)學存在較大差異,準確快速的鑒定存在較大困難。DNA條形碼技術自2003年提出以來[5-6],已被廣泛應用于昆蟲的分子鑒定[7-8]。因此,此次調查旨在結合DNA條形碼和形態(tài)學特征,鑒別洋湖溝村太子河源頭水域中EPT水生昆蟲種類豐富度,從而評價洋湖溝地區(qū)的水質情況[1]。

1 材料與方法

1.1 材料

水生昆蟲樣品,2017年7月采集于遼寧省本溪縣洋湖溝村太子河支流,采用手抄網(wǎng)的方法進行采集,標本于80%乙醇中保存。

1.2 DNA提取、PCR擴增與測序

根據(jù)蟲體大小的不同,采用無損傷凍融法與粉碎法2種方法進行蟲體總DNA的提取。蟲體大于2 cm采用組織粉碎法(一只足)提取;蟲體小于2 cm的采用無損傷凍融法提取。選取DNA條形碼引物:LCO1490(5′-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3′)和HCO2198(5′-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3′)[9]。30 μL反應體系:ddH2O 21.25 μL,10 ×Taq Buffer 300 μL,dNTP 2.40 μL,上、下游引物各0.60 μL,Taq DNA Polymerase 0.15 μL(5 U/L),DNA模板2.00 μL。反應條件:預變性94 ℃ 4 min;變性94 ℃ 30 s,退火40~45 ℃ 1min,延伸72 ℃ 1 min,進行40個循環(huán);終延伸72 ℃ 7 min;最終保存于4 ℃。取5 μL PCR產(chǎn)物,采用1% 瓊脂糖膠電泳檢驗擴增效果。將得到的PCR產(chǎn)物送至上海生工測序公司,自帶引物進行純化和雙向測序。

1.3 測序結果的分析

用Chromas軟件觀看測序結果是否可用;用Seqman軟件對雙向測序結果進行拼接,用Mega 7.0軟件進行切齊。將切齊后的序列保存成一個TXT文本,采用 ClustalX 1.83軟件對基因序列進行比對分析。將其比對結果轉換成Mega格式,最后用Mega 7.0軟件,基于K2P(Kimura-2-Parameter)模型,構建近鄰結合樹(Neighbour-Joining Tree,NJ樹)[10]。

1.4 形態(tài)拍照

水生昆蟲標本拍照采用Leica M205C體視顯微鏡。

1.5 物種鑒別

1.5.1

DNA數(shù)據(jù)庫比對:將拼接得到的堿基序列在NCBI(National Center for Biotechnology Information)、EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)、DDBJ(DNA Data Bank of Japan)、Bold systems V4數(shù)據(jù)庫上進行比對,初步確定物種名稱。

1.5.1

形態(tài)學鑒定。經(jīng)DNA數(shù)據(jù)庫初步比對,同時結合形態(tài)學鑒別[11-18],確定昆蟲種類。

2 結果與分析

2.1 測序結果

共提取水生昆蟲30頭(包含相同種),經(jīng)分子試驗,有部分樣品DNA提取及PCR未成功,共送樣測序14個樣品,得到14條序列,11個種。有12條序列長度為658 bp,其余2條為657、659 bp。

2.2 基于COI序列構建的NJ樹

測序結果經(jīng)過Blast比對、構建近鄰結合樹(NJ樹)如圖1,相似度較高即親緣關系較近的種聚在一起,證明鑒定結果的準確性。

2.3 物種鑒別

所得序列經(jīng)比對,有些種類比對結果相似度較低,比對結果及相似度等信息見表1,并結合形態(tài)鑒定,共得水生昆蟲11種,其中蜉蝣目3種,襀翅目4種,毛翅目4種,見圖2~13。

3 結論

此研究結合DNA條形碼和形態(tài)學方法,對洋湖溝所采集的水生昆蟲進行鑒別并統(tǒng)計,共得到EPT昆蟲11種,其隸屬于3目11科:其中蜉蝣目3種,襀翅目4種,毛翅目有4種。EPT昆蟲為敏感性水生昆蟲,考慮到采集地區(qū)、采集季節(jié)及不同地區(qū)分類標準不同等因素,依據(jù)EPT種類豐富度評價水質標準[19-21],可以得出遼寧省洋湖溝村太子河源頭水質清潔,達到國家I類標準。

參考文獻

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