在世界范圍內(nèi),前列腺癌是男性第二大常見惡性腫瘤及導(dǎo)致癌癥相關(guān)性死亡的第五大原因[1],在美國其發(fā)病率位居男性惡性腫瘤首位[2]。雄激素剝奪治療(androgen deprivation therapy,ADT)是晚期前列腺癌的重要治療手段,但幾乎所有患者經(jīng)治療后都會(huì)進(jìn)展為轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌(metastatic castration-resistant prostate cancer,mCRPC)[3],預(yù)后極差。雖然診治水平不斷進(jìn)步,但mCRPC仍不可治愈,迫切需有更新的方法用于診治及監(jiān)測等。
近年來在mCRPC中,對于循環(huán)腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)進(jìn)行了深入研究。ctDNA是從原發(fā)腫瘤、循環(huán)腫瘤細(xì)胞或轉(zhuǎn)移性腫瘤中釋放到血液的單鏈或雙鏈DNA,含有與原始腫瘤細(xì)胞相同的基因組成和異質(zhì)性[4],可作為獨(dú)特的遺傳標(biāo)記或生物標(biāo)志物,是一種具有廣泛應(yīng)用前景的工具。本文將對ctDNA在mCRPC中的檢測及應(yīng)用于耐藥機(jī)制和病情監(jiān)測等研究進(jìn)展進(jìn)行綜述。
無論腫瘤細(xì)胞還是正常細(xì)胞,其脫落到循環(huán)系統(tǒng)的DNA均稱為無細(xì)胞DNA(cell-free DNA,cfDNA),ctDNA則是從腫瘤細(xì)胞脫落到循環(huán)系統(tǒng)的cfDNA,長度一般不超過200個(gè)堿基對[5],其確切的起源和釋放機(jī)制尚不完全清楚,目前主要認(rèn)為與腫瘤細(xì)胞凋亡、壞死及腫瘤細(xì)胞的分泌釋放有關(guān)。根據(jù)腫瘤類型、腫瘤負(fù)荷或腫瘤分期的不同,在血液中發(fā)現(xiàn)ctDNA占cfDNA的比例為0.01%~90.00%,半衰期平均為2 h[6]。檢測血漿中ctDNA,可識(shí)別原發(fā)腫瘤中存在的點(diǎn)突變、拷貝數(shù)變異以及染色體和表觀遺傳學(xué)改變[7]。此外,基于ctDNA獲取便捷、樣本來源充足、可重復(fù)進(jìn)行檢測等特點(diǎn),可作為惡性腫瘤研究中具有巨大應(yīng)用潛力的工具。
ctDNA是通過聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)方法,如BEAMing、ARMS-PCR、微滴數(shù)字PCR(droplet digital PCR,ddPCR),或二代測序(next generation sequencing,NGS)方法檢測到的,幾種常見檢測方法的特點(diǎn)見表1,2。
表1 基于PCR檢測ctDNA的方法比較
表2 基于NGS檢測ctDNA的方法比較
在mCRPC患者中,ctDNA含量及可檢測性高,在75%患者中ctDNA分?jǐn)?shù)(ctDNA在cfDNA中的比例)>2%,約50%患者ctDNA分?jǐn)?shù)>30%[8-9],利用包括比較基因組雜交和單基因二代測序技術(shù),可在75%以上的患者中檢測出ctDNA[10]。
Sonpavde等[11]研究發(fā)現(xiàn),mCRPC患者的ctDNA改變主要包括非同義突變和擴(kuò)增,其中最常見的復(fù)發(fā)性體細(xì)胞突變基因包括TP53占36%、雄激素受體(androgen receptor,AR)占22%、腺瘤性息肉病桿菌(adenomatous polyposis coli,APC)占10%、神經(jīng)纖維蛋白1(neurofibromin 1,NF1)占9%,拷貝數(shù)增加最常見基因包括AR占30%、MYC占20%和BRAF占18%。Hahn等[12]進(jìn)一步檢測了患者在治療過程中ctDNA基因組的變化,發(fā)現(xiàn)ctDNA改變主要為核苷酸變異、拷貝數(shù)變異、插入/刪除、融合以及重新排列。該研究對未接受新治療的患者間隔1年進(jìn)行檢測,結(jié)果顯示基因組結(jié)構(gòu)并未隨時(shí)間推移而出現(xiàn)顯著性差異,與此相反,接受過1次新治療的患者出現(xiàn)更多的基因組改變,說明患者的ctDNA基因組結(jié)構(gòu)隨著治療的改變發(fā)生變化。
組織活檢可明確轉(zhuǎn)移病灶、獲取體細(xì)胞基因組特征,但通常是對單個(gè)轉(zhuǎn)移部位進(jìn)行活檢,不能解決克隆異質(zhì)性的問題。骨骼是mCRPC最常見的轉(zhuǎn)移部位,但骨組織活檢困難,不能獲得足量的腫瘤DNA,臨床效益并不高。檢測ctDNA能充分了解腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性,其結(jié)果也不會(huì)與轉(zhuǎn)移病灶的組織活檢相混淆。因此,ctDNA有望取代組織活檢,但兩者檢測到的基因組改變保持一致是必要的前提。有研究表明[10,13],mCRPC患者的cfDNA(可看作ctDNA粗略的替代品)突變或拷貝數(shù)變異與轉(zhuǎn)移病灶的體細(xì)胞基因組結(jié)構(gòu)具有一致性。Wyatt等[8]對前列腺癌患者的ctDNA研究發(fā)現(xiàn),對ctDNA中的72個(gè)臨床相關(guān)基因進(jìn)行靶向測序,與轉(zhuǎn)移病灶組織的外顯子測序數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,結(jié)果顯示轉(zhuǎn)移病灶組織中出現(xiàn)的所有體細(xì)胞突變同時(shí)存在于ctDNA中,對于一些關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因突變,如AR、SPOP、TP53等,兩者的一致性超過90%,此外共享突變的變體等位基因?qū)哟谓Y(jié)構(gòu)在兩者之間也高度相似。在另一個(gè)類似的研究中[12],ctDNA與轉(zhuǎn)移病灶組織的基因組改變一致率高達(dá)96%。因此,ctDNA檢測可識(shí)別轉(zhuǎn)移病灶組織中的基因組改變,取代組織活檢成為更好的工具。
阿比特龍和恩雜魯胺是mCRPC患者的首選藥物,但20%~40%患者在治療初期就表現(xiàn)出耐藥性,并且所有患者均不可避免地出現(xiàn)獲得性耐藥[14]。AR基因改變是患者產(chǎn)生耐藥性的主要機(jī)制,如AR擴(kuò)增和突變、AR共激活或共抑制修飾、AR剪接變異體等[15],mCRPC患者ctDNA中的AR基因改變易于檢測[8,11],因此可借助ctDNA研究mCRPC的耐藥性。
Romanel等[16]研究發(fā)現(xiàn),ctDNA中檢測到AR突變(包括L702H和T878A)或拷貝數(shù)增加的患者對阿比特龍療效較差,ctDNA中這些AR基因的改變可預(yù)測患者的耐藥性;與Azad等[17]的研究結(jié)論相一致,在對阿比特龍和恩雜魯胺產(chǎn)生耐藥的患者中,ctDNA可檢測到AR基因的拷貝數(shù)增加和突變。Annala等[18]研究還發(fā)現(xiàn),產(chǎn)生耐藥性患者的ctDNA外顯子3'攜帶截?cái)嗟腁R基因配體結(jié)構(gòu)域,證實(shí)ctDNA中AR基因的截?cái)嗯c原發(fā)性耐藥有關(guān)。但有研究表明[19],ctDNA中的AR基因擴(kuò)增并不排除良好的療效,意味著AR擴(kuò)增與耐藥性的關(guān)系仍需進(jìn)一步證實(shí)。通過ctDNA研究mCRPC的耐藥機(jī)制具有可行性,目前主要集中于AR基因的研究。因mCRPC的相關(guān)基因非常廣泛,耐藥機(jī)制復(fù)雜多樣,仍需對在耐藥機(jī)制中ctDNA的應(yīng)用進(jìn)行深入研究,未來有望利用ctDNA發(fā)現(xiàn)新的靶向藥物,克服患者的耐藥性,改善預(yù)后。
mCRPC患者在疾病進(jìn)展及接受治療的過程中,ctDNA的定量及基因組特征均可發(fā)生改變。研究表明,高濃度的ctDNA和高ctDNA分?jǐn)?shù)與患者預(yù)后不良及總體腫瘤負(fù)荷指數(shù)相關(guān)[16]。治療后ctDNA的下降程度亦與預(yù)后有關(guān),行AR導(dǎo)向治療患者的ctDNA分?jǐn)?shù)比基線或疾病進(jìn)展時(shí)更低,這部分患者表現(xiàn)出更好的預(yù)后,并且治療前ctDNA分?jǐn)?shù)較低的患者預(yù)后最好[18]。一項(xiàng)對轉(zhuǎn)移性前列腺癌患者進(jìn)行奧拉帕尼治療的TOPARP-A研究表明,治療8周后cfDNA(作為ctDNA的替代品)下降50%以上的患者,無進(jìn)展生存期和總生存期明顯延長[20]。ctDNA中較高數(shù)量的基因改變也預(yù)示著患者較差的預(yù)后,尤其是AR基因[11],但AR基因改變主要導(dǎo)致治療耐藥性的發(fā)生,這可能是造成較差預(yù)后的主要原因。ctDNA也可在前列腺癌轉(zhuǎn)移時(shí)發(fā)生變化,伴有骨轉(zhuǎn)移的患者[19],以及在新發(fā)轉(zhuǎn)移性前列腺癌尤其是內(nèi)臟轉(zhuǎn)移的患者中[21],ctDNA分?jǐn)?shù)明顯升高。長期以來,mCRPC最主要的監(jiān)測指標(biāo)是前列腺特異性抗原(prostate specific antigen,PSA),但PSA存在一些局限,如腫瘤Gleason評分較高或患者進(jìn)入晚期階段時(shí),PSA數(shù)值與腫瘤負(fù)荷相關(guān)性不高[22],敏感性和腫瘤特異性并不能達(dá)到100%,結(jié)果可能受感染或炎癥干擾等。ctDNA作為監(jiān)測疾病進(jìn)展及預(yù)后的工具,相比于PSA,其半衰期短,檢測結(jié)果所受干擾小,能及時(shí)反映與病情相關(guān)的基因信息,準(zhǔn)確性高,可作為全新的生物標(biāo)志物。
目前,ctDNA應(yīng)用于mCRPC尚未廣泛納入臨床實(shí)踐,主要仍集中于基因組分析及耐藥性機(jī)制研究。ctDNA還可用于疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制的研究,或用于前列腺癌的早期篩查和診斷以及開發(fā)新的治療手段。主要挑戰(zhàn)在于ctDNA的檢測率、NGS及ddPCR等技術(shù)檢測的敏感性仍不足以充分應(yīng)用于臨床,特別是在疾病早期階段,ctDNA的檢測率可能較低。此外,昂貴的價(jià)格也是這些技術(shù)投入使用所面臨的難題。