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182 份東北地區(qū)受保護(hù)大豆品種DNA 指紋庫(kù)的構(gòu)建及分析

2019-11-22 04:53趙艷杰馮艷芳黃思思馬瑩雪李嬡嬡韓瑞璽
中國(guó)種業(yè) 2019年11期
關(guān)鍵詞:表型指紋圖譜

趙艷杰 馮艷芳 黃思思 馬瑩雪 李嬡嬡 張 蝶 鄧 超 韓瑞璽 唐 浩

(農(nóng)業(yè)農(nóng)村部科技發(fā)展中心,北京 100176)

近年來(lái),隨著人們品種權(quán)意識(shí)的日益增強(qiáng),且《種子法》中要求品種登記、審定、保護(hù)均需要通過(guò)特異性(可區(qū)別性,Distinctness)、一致性(Uniformity)和穩(wěn)定性(Stability)的測(cè)試(簡(jiǎn)稱(chēng)DUS測(cè)試),因此植物品種DUS 測(cè)試工作任務(wù)量不斷加大,加之我國(guó)培育、審定和保護(hù)大豆新品種速度的加快,大豆骨干親本的使用使得品種間的遺傳多樣性降低,單純依據(jù)表型性狀進(jìn)行品種田間檢驗(yàn)越來(lái)越困難,因此對(duì)DUS 測(cè)試技術(shù)的要求越來(lái)越高[1]。以分子標(biāo)記為基礎(chǔ)的DNA 指紋鑒定技術(shù)具有準(zhǔn)確可靠、簡(jiǎn)單快速的優(yōu)點(diǎn),指紋圖譜是鑒別品種的有力工具[2],因此建立以分子標(biāo)記為基礎(chǔ)的DNA 指紋圖譜能夠?yàn)樘禺愋裕蓞^(qū)別性)判定時(shí)輔助篩選近似品種和解決品種糾紛提供技術(shù)支持。

我國(guó)在大豆DNA 指紋圖譜構(gòu)建方面取得了一定的成果,田清震[3]利用AFLP 分子標(biāo)記技術(shù),建立了我國(guó)代表性野生大豆和栽培大豆種質(zhì)的指紋圖譜。趙洪錕等[4]利用RAPD 分子標(biāo)記技術(shù),構(gòu)建了64 份吉林省大豆骨干親本及主推品種的DNA 指紋圖譜。高明[5]利用SSR 分子標(biāo)記技術(shù)構(gòu)建了89 個(gè)吉林省推廣大豆品種的DNA 指紋圖譜,并進(jìn)行遺傳多樣性分析。徐海風(fēng)等[6]用45 對(duì)SSR 引物對(duì)43 份大豆品種(系)進(jìn)行遺傳相似性分析,并構(gòu)建指紋圖譜。陳亮等[7]從320 對(duì)SSR 標(biāo)記引物中篩選出由7個(gè)SSR 標(biāo)記構(gòu)建了吉林省新育成大豆品種的DNA指紋圖譜。徐冬雪等[8]以參加2016 年河北省區(qū)域試驗(yàn)的21 個(gè)大豆品系為材料,用62 對(duì)SSR 引物構(gòu)建了指紋圖譜。而針對(duì)東北地區(qū)申請(qǐng)保護(hù)大豆品種DNA 指紋圖譜構(gòu)建和遺傳多樣性分析還未見(jiàn)報(bào)道。

截止到2018 年11 月份,東北地區(qū)受保護(hù)的大豆品種數(shù)量占將近一半,本研究利用均勻分布于大豆染色體的40 對(duì)SSR 引物,對(duì)東北地區(qū)已獲得植物新品種權(quán)的182 份大豆品種進(jìn)行遺傳分析,同時(shí)構(gòu)建其DNA 指紋圖譜庫(kù),為DUS 測(cè)試中輔助篩選近似品種和解決品種糾紛奠定了基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料182 份來(lái)自東北地區(qū)申請(qǐng)植物新品種保護(hù)大豆授權(quán)品種(表1)。

1.2 DNA 提取從每個(gè)品種中取50 粒種子,放在裝有適量濕沙土的發(fā)芽盒內(nèi)于人工氣候培養(yǎng)箱發(fā)苗,每個(gè)樣品隨機(jī)取葉片20 片以上,液氮研磨后,用改良的CTAB 法提取種子DNA[9]。

1.3 SSR 標(biāo)記檢測(cè)及數(shù)據(jù)分析品種區(qū)分效果好、峰型易讀的40 對(duì)SSR 引物由黑龍江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物育種研究所推薦(表2),熒光引物由英濰捷基(上海)貿(mào)易有限公司合成。PCR 體系含1×TaqMan?Gene Expression Master Mix、30ng DNA,加ddH2O 補(bǔ)足20μL。95℃預(yù)變性5min,94℃變性45s,60℃退火45s,72℃延伸45s~1min 30s,共32 個(gè)循環(huán);72℃延伸10~15min,16℃條件下保存。將PCR 產(chǎn)物進(jìn)行適當(dāng)稀釋后,取1μL 稀釋液加8.5μL 去離子甲酰胺、0.5μL Liz-500 分子量?jī)?nèi)標(biāo),于A(yíng)BI 3730DNA 分析儀上進(jìn)行毛細(xì)管電泳檢測(cè)。利用北京市農(nóng)林科學(xué)院玉米中心開(kāi)發(fā)的SSR 指紋分析器采集擴(kuò)增產(chǎn)物的片段大小。采用Powermarker V3.25 軟件進(jìn)行聚類(lèi)分析,用Figtree 模塊生成聚類(lèi)圖。

2 結(jié)果與分析

2.1 SSR 標(biāo)記多態(tài)性分析分析182 份大豆品種40 對(duì)SSR 引物標(biāo)記多態(tài)性,共擴(kuò)增出266 種多態(tài)性基因型,每對(duì)引物的基因型表現(xiàn)從4~20 種不等,平均每對(duì)引物擴(kuò)增出11.05 種基因型。

2.2 遺傳多樣性分析利用Powermarker V3.25軟件進(jìn)行遺傳相似性分析,結(jié)果表明,182 個(gè)大豆品種間遺傳相似系數(shù)的變化范圍是0.4887(黑交00-1152 與野褐1 號(hào))~1.0000(龍墾335、合農(nóng)75 和合豐50 號(hào)),平均為0.7785。從聚類(lèi)分析結(jié)果(圖1)來(lái)看,182 份大豆品種可聚合為13 大類(lèi),龍墾331 單獨(dú)為一類(lèi);墾豐16、墾豆26 號(hào)、墾豆38、墾豆37、墾豆28、墾豆36、墾豆39、墾豆33 聚合在一起;黑農(nóng)70、黑農(nóng)64、黑農(nóng)68、黑農(nóng)66、黑農(nóng)69 聚合在一起,說(shuō)明上述8 個(gè)墾豆系列品種和5個(gè)黑農(nóng)系列品種遺傳基礎(chǔ)較窄。除此之外,合農(nóng)系列、吉育系列、綏農(nóng)系列品種分布較遠(yuǎn),說(shuō)明遺傳基礎(chǔ)較遠(yuǎn)。

龍墾335、合農(nóng)75 和合豐50 號(hào)具有相同的DNA指紋,查詢(xún)DUS 測(cè)試數(shù)據(jù)庫(kù)中3 個(gè)品種的田間表型數(shù)據(jù),合農(nóng)75 和合豐50 號(hào)在“下胚軸:花青甙顯色強(qiáng)度”等5 個(gè)性狀上有1 個(gè)代碼差異,表型相近,合農(nóng)75 和龍墾335 在“莖:茸毛密度”等14 個(gè)性狀上有1~3 個(gè)代碼差異,表型差異較大(表3)。

3 討論

大豆是高度自交結(jié)實(shí)作物,遺傳基礎(chǔ)狹窄。邱麗娟[10]發(fā)現(xiàn)18 個(gè)美國(guó)大豆品種提供了美國(guó)85%的育成品種的遺傳物質(zhì)。崔章林[11]分析了中國(guó)651 個(gè)大豆品種的系譜,認(rèn)為中國(guó)東北、黃淮海地區(qū)和南方3 大產(chǎn)區(qū)衍生品種最多僅38 個(gè)祖先親本。本研究利用40 對(duì)SSR 引物對(duì)182 份東北地區(qū)已授植物新品種保護(hù)權(quán)的品種進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)其平均相似系數(shù)為0.7785,遺傳基礎(chǔ)較窄,又由于育種采用大豆品種同質(zhì)化嚴(yán)重,加大了DUS 測(cè)試中特異性鑒定的難度。除此之外,8 個(gè)墾豆系列品種和5 個(gè)黑農(nóng)系列品種緊密聚合在一起,說(shuō)明同一育種單位育成的新品種遺傳多樣性低,因此在大豆的新品種選育上可考慮拓寬遺傳基礎(chǔ)。

表1 182 份來(lái)自東北地區(qū)申請(qǐng)植物新品種保護(hù)大豆授權(quán)品種

表2 SSR 標(biāo)記引物

圖1 182 份東北地區(qū)申請(qǐng)保護(hù)大豆品種UPGMA 聚類(lèi)圖

《種子法》中規(guī)定“農(nóng)業(yè)、林業(yè)主管部門(mén)可以采用國(guó)家規(guī)定的快速檢測(cè)方法對(duì)生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)的種子品種進(jìn)行檢測(cè),檢測(cè)結(jié)果可以作為行政處罰依據(jù)”。由于基因與性狀的關(guān)系并不都是簡(jiǎn)單的線(xiàn)性關(guān)系,基因與基因、基因與基因產(chǎn)物、基因與環(huán)境之間存在著復(fù)雜的相互關(guān)系,分子檢測(cè)結(jié)果與田間表型鑒定結(jié)果也無(wú)必然關(guān)聯(lián)。本研究中,龍墾335、合農(nóng)75 和合豐50 號(hào)DNA 指紋相同,合農(nóng)75 和合豐50 號(hào)表型相近,說(shuō)明了構(gòu)建大豆DNA 指紋數(shù)據(jù)庫(kù)在特異性(可區(qū)別性)判定時(shí)輔助篩選近似品種具有一定的參考意義;合農(nóng)75 和龍墾335 表型差距較大,說(shuō)明品種特異性(可區(qū)別性)的最終判定不能僅僅依靠分子鑒定,還需要依靠田間種植對(duì)比試驗(yàn)。

表3 龍墾335、合農(nóng)75 和合豐50 號(hào)的田間鑒定結(jié)果

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