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牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌和牛結(jié)核分枝桿菌三重 PCR快速檢測(cè)方法的建立

2020-06-30 11:59:32姜玲玲楊麗娟孫啟躍徐景峨唐遠(yuǎn)江余國(guó)富鄒茂華吳位珩
貴州農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年5期
關(guān)鍵詞:殺性氏桿菌結(jié)核

楊 莉, 余 波, 張 濤, 姜玲玲,劉 鏡, 楊麗娟, 孫啟躍, 徐景峨,龍 玲, 唐遠(yuǎn)江, 余國(guó)富, 鄒茂華, 吳位珩*

(1.貴州省農(nóng)業(yè)科學(xué)院 畜牧獸醫(yī)研究所,貴州 貴陽(yáng) 550005; 2.貴州省清鎮(zhèn)市動(dòng)物疫病疫防控制中心,貴州 清鎮(zhèn) 551400; 3.貴州省黔西縣農(nóng)業(yè)農(nóng)村局,貴州 黔西 551500)

牛呼吸道疾病病原復(fù)雜,主要由牛支原體、牛結(jié)核分枝桿菌和牛巴氏桿菌等病原菌引起。牛支原體病常常繼發(fā)或混合感染牛巴氏桿菌,從而加重病情,感染牛呼吸急促、流涎、發(fā)燒、肺炎、急性胃腸炎以及內(nèi)臟器官?gòu)V泛出血,嚴(yán)重的造成死亡[1]。牛結(jié)核分枝桿菌主要是呼吸道傳播的慢性消耗性疾病,病牛在初期食欲正常,主要呈現(xiàn)頑固性的咳嗽,后期肺部病變嚴(yán)重時(shí),表現(xiàn)呼吸困難,咳嗽加重,流膿性鼻汁,胸部聽診有干性或濕性特征,有時(shí)可聽到摩擦音,病畜日漸消瘦、貧血等[2]。在臨床和病理解剖情況下,3種疾病難以區(qū)分,容易混淆。目前常用的實(shí)驗(yàn)室診斷方法有細(xì)菌學(xué)檢測(cè)、病原菌分離培養(yǎng)、生化試驗(yàn)、動(dòng)物回歸試驗(yàn)、免疫學(xué)診斷等,但這些方法所需時(shí)間長(zhǎng)、操作繁瑣、準(zhǔn)確性低,很難適應(yīng)臨床快速診斷的需要。因此,根據(jù)PCR原理,分別針對(duì)牛支原體oppD基因序列、牛多殺性巴氏桿菌Pm-kmt基因序列、牛結(jié)核分枝桿菌IS6110基因序列設(shè)計(jì)了特異性引物,建立快速、準(zhǔn)確檢測(cè)這3種疾病的PCR檢測(cè)方法。

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 菌株 牛支原體菌株由華中農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院惠贈(zèng),多殺性巴氏桿菌(cvcc1663)、牛分枝桿菌參考菌株[編號(hào)為93006(4)]、魏氏梭菌、禽源多殺性巴氏桿菌均購(gòu)自中國(guó)獸醫(yī)微生物菌種保藏中心,豬源支原體、嗜血桿菌、大腸桿菌、沙門氏菌、牛衣原體、羊衣原體、金色葡萄球菌DNA模板均由貴州省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所畜禽疫病研究室提供。

1.1.2 生化試劑及主要儀器

試劑:Lab-Aid 820核酸提取Mini試劑盒(試劑條、磁棒套、緩沖液ATL、洗脫液等)和DTT試劑均購(gòu)于廈門致善生物科技股份有限公司,Goldview核酸染料、蛋白酶K、十二烷基硫酸鈉、EDTA、Tris-HcL、瓊脂糖、DL2000 Marker、Premix Taq Version 2.0(E×Taq Version 2.0 plus dye)及去離子水購(gòu)于天根生化科技(北京)有限公司,PPLO肉湯培養(yǎng)基和PPLO固體培養(yǎng)基購(gòu)于青島高科技工業(yè)園海博生物技術(shù)有限公司,改良羅氏培養(yǎng)基購(gòu)自杭州創(chuàng)新生物檢控技術(shù)有限公司,特級(jí)馬血清、酵母粉和精氨酸胰蛋白胨購(gòu)自北京索萊寶科技有限公司。

儀器:核酸提取儀(Lab-Aid 820,廈門百維信生物科技有限公司),電子天平(AR2140,美國(guó)奧豪斯),高速離心機(jī)(D3024,北京大龍),pH測(cè)量?jī)x(Delta 320A/c,梅特勒-托利多),梯度PCR擴(kuò)增儀(BIOMETRA,德國(guó)),電泳儀(DDY-10C,北京六一生物科技有限公司),紫外透射儀、凝膠成像儀(BIO-RAD Gel Doc XR,美國(guó)伯樂),超純水器(ATZ-10-T,臺(tái)灣艾科蒲),紫外可見光度計(jì)(Implen NanoPhotomet,德國(guó)),移液器(芬蘭),移液頭、PCR離心管(美國(guó))。

1.2 引物的設(shè)計(jì)與合成

分別對(duì)牛支原體oppD基因序列(擴(kuò)增片段為226 bp,Genbank上的登錄號(hào)為AF130119.1)、牛多殺性巴氏桿菌Pm-kmt基因序列(擴(kuò)增片段為638 bp,登錄號(hào)為AF016259.1)、牛結(jié)核分枝桿菌IS6110基因序列(擴(kuò)增片段為478 bp,登錄號(hào)為X57835.2)應(yīng)用Primer Primer5.0基因分析軟件設(shè)計(jì)特異性引物,引物均由寶生物工程(大連)有限公司合成,具體引物如下:

牛支原體上引物:5′-ACGTGACTACTTCACCCTGAT-3′,下引物:5′-TAGACCGACTATTTCACCTTC-3′;牛多殺性巴氏桿菌上引物:5′-GCTGACATTACTGCTCTATCCGCTAT-3′,下引物:5′-GACGGCTAACATCATCATCCAA-3′;牛結(jié)核分枝桿菌上引物:5′-GATGGCGAACTCAAGGAGCACA-3′,下引物:5′-ACTGAGATCCCCTATCCGTATGGT-3′。

1.3 模板處理及基因組提取

1.3.1 參考菌株DNA的提取 牛支原體采用PPLO培養(yǎng)基培養(yǎng),牛多殺性巴氏桿菌采用LB培養(yǎng)基培養(yǎng),牛結(jié)核分枝桿菌采用改良羅氏培養(yǎng)基進(jìn)行培養(yǎng),魏氏梭菌和禽源多殺性巴氏桿菌采用LB培養(yǎng)基培養(yǎng)。取培養(yǎng)菌液1 500 μL于1.5 mL的離心管中,10 000 r/min離心2 min,棄上清液,收集沉淀。將試劑條的左邊第1孔溶液取出加入到收集的沉淀中,用移液管反復(fù)吹打使沉淀物充分懸浮,處理完畢后,將之取出在試劑條的左邊第1孔中,同時(shí)加入30 μL配制好的DTT溶液,混勻。將試管條架放入核酸提取儀中,試管條架推到位,按核酸提取Mini試劑盒使用說(shuō)明書中核酸提取儀操作步驟進(jìn)行。

1.3.2 臨床組織樣本DNA的提取 取樣本組織少許,用滅菌手術(shù)剪剪碎,加入900 μL生理鹽水,反復(fù)凍融3次,然后5 000 r/min離心5 min,取700~900 μL上清液,加入蛋白酶K 20 μL,10%SDS液100 μL,55℃水浴箱中加熱30 min至組織消化完全,取出冷卻。將核酸提取Mini試劑條在桌面輕輕磕碰,使各試劑落入管底,然后將試劑條放在試管條架上,撕去封管膜,在試劑條左邊第1孔中加入完全消化的組織液200 μL和30 μLDTT溶液,混勻。將試管條架放入核酸提取儀中,試管條架推到位,按核酸提取Mini試劑盒使用說(shuō)明書中核酸提取儀操作步驟進(jìn)行。

1.3.3 牛全血樣本DNA的提取 取待檢樣本全血1 mL于1.5 mL離心管中,10 000 r/min離心2~5 min,棄上清液,沉淀采用生理鹽水清洗2次,棄上清液。加入TE緩沖溶液200 μL,蛋白酶K 40 μL,裂解液160 μL,充分混勻,置60℃水浴15~20 min,加入無(wú)水乙醇200 μL,充分搖勻,簡(jiǎn)短離心去除管蓋內(nèi)壁的水珠。將上述溶液加入吸附柱中(吸附柱放入收集管中)12 000 r/min離心30秒,倒掉廢液,將吸附柱放入收集管中,向吸附柱中加入500 μL 70%乙醇,12 000 r/min離心30 s,倒掉廢液,用同樣方法,采用70%乙醇,再清洗1次,去廢液。將吸附柱放入收集管中,12 000 r/min離心2 min,倒掉廢液,將吸附柱放置室溫中5~10 min,晾干。將晾干的吸附柱放入干凈的收集管中,加入TE緩沖溶液60~100 μL,室溫放置5 min,12 000 r/min離心2 min,將溶液收集到冷藏管中,即為提取的DNA模板,于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.4 PCR體系的建立

1.4.1 單一PCR體系的建立 25 μL初始反應(yīng)體系:Premix Taq (E×Taq Version 2.0 plus dye)為12.5 μL,牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌DNA模板為2 μL,分別加入對(duì)應(yīng)的特異性引物各1 μL,加入dd H2O至25 μL,同時(shí)設(shè)陰性對(duì)照組。初始擴(kuò)增程序:94℃ 5 min預(yù)變性;94℃ 40 s,58℃ 40 s,72℃60 s,循環(huán)30次;72℃ 7 min延伸。在選擇最佳的退火溫度時(shí),設(shè)置梯度PCR,并對(duì)引物濃度、Mg2+濃度、模板DNA用量等重要參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化試驗(yàn),反應(yīng)結(jié)束后將擴(kuò)增產(chǎn)物取5~7 μL進(jìn)行2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。

1.4.2 三重PCR體系的建立 100 μL初始反應(yīng)體系: Premix Taq (E×Taq Version 2.0 plus dye)為50 μL,牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌DNA模板各4 μL,3對(duì)上、下引物各2 μL,加入ddH2O至100 μL,同時(shí)設(shè)陰性對(duì)照組。根據(jù)單一PCR體系,設(shè)置初始擴(kuò)增程序:94℃ 10 min預(yù)變性;94℃ 1 min,60℃ 50 s,72℃ 1 min,循環(huán)30次;72℃ 10 min延伸。同時(shí)在選擇最佳的退火溫度時(shí)設(shè)置梯度PCR,并對(duì)引物濃度、Mg2+濃度、模板DNA用量等重要參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化試驗(yàn),反應(yīng)結(jié)束后將擴(kuò)增產(chǎn)物取5~7 μL進(jìn)行2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。

1.5 PCR特異性試驗(yàn)

1.5.1 單一PCR特異性 分別用牛支原體菌株、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌、魏氏梭菌、禽源多殺性巴氏桿菌、豬源支原體、嗜血桿菌、大腸桿菌、沙門氏菌、牛衣原體、羊衣原體、金色葡萄球菌DNA為模板,加入相應(yīng)的單一PCR引物,按照單一PCR反應(yīng)體系進(jìn)行擴(kuò)增和凝膠電泳檢測(cè),同時(shí)設(shè)空白對(duì)照。

1.5.2 三重PCR特異性 在單一PCR試驗(yàn)的基礎(chǔ)上,進(jìn)行三重PCR特異性試驗(yàn)。依次以牛支原體菌株、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌、魏氏梭菌、禽源多殺性巴氏桿菌、豬源支原體、嗜血桿菌、大腸桿菌、沙門氏菌、牛衣原體、羊衣原體、金色葡萄球菌DNA為模板,分別加入單種引物各1 μL,或者3種引物等體積混合物6μL,單一PCR DNA模板量為2 μL,加入ddH2O至25 μL,同時(shí)設(shè)陰性對(duì)照組。三重PCR DNA模板量各為4 μL,加入ddH2O至100 μL,同時(shí)設(shè)陰性對(duì)照組。

1.6 三重 PCR敏感性試驗(yàn)

采用Nanophotometer微量核酸分析儀對(duì)提取的牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌的DNA模板進(jìn)行核酸含量測(cè)定。在進(jìn)行敏感性試驗(yàn)時(shí),按10倍稀釋法對(duì)DNA模板進(jìn)行稀釋后,各取4 μL模板混合,加入多重PCR反應(yīng)體系,加ddH2O補(bǔ)至100 μL,進(jìn)行PCR擴(kuò)增試驗(yàn),同時(shí)設(shè)空白對(duì)照。

1.7 三重 PCR重復(fù)性試驗(yàn)

將上述PCR檢測(cè)重復(fù)3次驗(yàn)證方法的重復(fù)性。

1.8 臨床樣本的三重 PCR檢測(cè)

對(duì)貴州省引進(jìn)的能繁母牛隔離場(chǎng)采集的牛鼻拭子樣品163份、凱里屠宰場(chǎng)采集的牛肺樣品10份、黔西牛場(chǎng)采集的病死牛肺樣品1份、某牛場(chǎng)采集的牛結(jié)核PPD陽(yáng)性樣本5份分別進(jìn)行單一牛支原體PCR檢查和三重PCR檢查;將采集的牛鼻拭子進(jìn)行24 h增菌后,進(jìn)行PCR方法檢查。

1.9 三重 PCR產(chǎn)物克隆測(cè)序及分析

將三重PCR擴(kuò)增片段經(jīng)膠回收,送生工生物工程(上海)股份有限公司進(jìn)行克隆和測(cè)序,并用BLAST程序?qū)enBank數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行序列的同源性比對(duì)。

2 結(jié)果與分析

2.1 三重 PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化

從圖1看出,三重PCR反應(yīng)在退火溫度為52.5~62℃時(shí)能得到比較清晰的PCR產(chǎn)物擴(kuò)增條帶,且各退火溫度PCR產(chǎn)物的擴(kuò)增條帶間影響不大。因此,確定該三重PCR退火溫度為60℃。反應(yīng)體系為100 μL,該三重PCR可出現(xiàn)清晰的擴(kuò)增條帶。在Mg2+濃度為3 mM時(shí),可得到均一、穩(wěn)定、清晰的擴(kuò)增條帶。比較各引物濃度的擴(kuò)增效果,結(jié)果確定該三重PCR反應(yīng)的最適合的濃度分別是:oppD為20 μM,Pm-kmt為20 μM,IS6110為20 μM。菌株模板DNA用量為4 μL,退火溫度為60℃,循環(huán)數(shù)為30次,擴(kuò)增出來(lái)的PCR產(chǎn)物,進(jìn)行2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),能夠形成明亮、清晰、均一的目的條帶。

注:M為Marker DL2000,1為陰性對(duì)照,2~9為退火溫度,分別為52℃、54℃、55℃、57℃、59℃、60℃、61℃、62℃。

Note: M, Marker DL2000; 1,negative control; 2~9,annealing temperature of 52℃, 54℃, 55℃, 57℃, 59℃, 60℃, 61℃ and 62℃.

圖1 各退火溫度 PCR產(chǎn)物的擴(kuò)增條帶

Fig.1 The amplification bands of PCR product at different annealing temperature

2.2 PCR的特異性

2.2.1 單一PCR的特異性 從圖2看出,設(shè)計(jì)的特異性均能擴(kuò)展出牛支原體、牛結(jié)核分枝桿菌、牛多殺性巴氏桿菌相應(yīng)的目標(biāo)條帶,分別是226 bp、638 bp和478 bp,與預(yù)期大小相符合。

注:M為Marker DL2000,1為陰性對(duì)照;2分別為標(biāo)準(zhǔn)牛支原體(A)、標(biāo)準(zhǔn)牛結(jié)核分枝桿菌(B)和標(biāo)準(zhǔn)牛多殺性巴氏桿菌(C);3分別為牛支原體分離株(A)、牛結(jié)核分離株(B)和牛巴氏桿菌分離株(C);4為牛結(jié)核分枝桿菌;5為牛支原體;6為牛源大腸桿菌;7為魏氏梭菌;8為禽源多殺性巴氏桿菌;9為豬源支原體;10為嗜血桿菌;11為豬大腸桿菌;12為沙門氏菌;13為牛源衣原體;14為羊源衣原體;15為金色葡萄球菌。

Note: M represents Marker DL2000; 1 respresents negative control; 2 respresents the standardmycoplasmabovis(A),pasteurellamultocida(B) andmycobacteriumtuberculosis(C) ; 3 respresents the isolated strain ofmycoplasmabovis(A),pasteurellamultocida(B) andmycobacteriumtuberculosis(C); 4 respresentsmycobacteriumbovis; 5 respresentsmycoplasmabovis; 6 respresentsBovinee.coli; 7 respresentsclostridiumwelchii; 8 respresentsPasteurellamultocidafrom poultry; 9 respresentsmycoplasmafrom pig; 10 respresentshaemophilus; 11 respresents swineescherichiacoli; 12 respresentssalmonella; 13 respresents cowchlamydia; 14 respresents sheepchlamydia; 15 respresentsstaphylococcusaureus.

圖2 牛支原體(A)、牛結(jié)核分枝桿菌(B)和多殺性巴氏桿菌(C)的特異性 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物

Fig.2 Specific PCR amplification products ofM.bovis(A),M.tuberculosis(B) andP.muttocida(C)

2.2.2 三重PCR的特異性 從圖3看出,三重PCR反應(yīng)體系能從混合模板和單獨(dú)模板中同時(shí)擴(kuò)增出牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌特異性目的條帶,各引物與模板之間沒有明顯的互相干擾。其他的病原菌魏氏梭菌、禽源多殺性巴氏桿菌、豬源支原體、牛源大腸桿菌、嗜血桿菌、大腸桿菌、沙門氏菌、牛衣原體、羊衣原體、金色葡萄球菌均未出現(xiàn)目的條帶,說(shuō)明該三重PCR特異性良好。

注:M為Marker DL2000,1為陰性對(duì)照,2為3種病原菌混合模板,3為牛巴氏桿菌分離株,4為牛結(jié)核分枝桿菌,5為牛支原體,6為牛源大腸桿菌,7為魏氏梭菌,8為禽多殺性巴氏桿菌,9為豬源支原體,10為嗜血桿菌,11為豬源大腸桿菌,12為沙門氏菌,13為牛源衣原體,14為金色葡萄球菌。

Note: M represents Marker DL2000; 1 respresents negative control; 2 respresents mixed pathogenic bacteria; 3 respresents bovinepasteurellaisolates; 4 respresentsmycobacteriumbovis; 5 respresentsmycoplasmabovis; 6 respresents Bovine e. coli; 7 respresents clostridium welchii; 8 respresentsPasteurellamultocidafrom poultry; 9 respresentsmycoplasmafrom pig; 10 respresentshaemophilus; 11 respresents swineescherichiacoli; 12 respresentssalmonella; 13 respresents cowchlamydia; 14 respresents sheepchlamydia; 15 respresentsstaphylococcusaureus.

圖3 三重 PCR特異性試驗(yàn)結(jié)果

Fig.3 Results of triple PCR specificity test

2.3 三重 PCR的敏感性

敏感性試驗(yàn)結(jié)果顯示:牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌的DNA模板最高稀釋倍數(shù)分別是10-4倍、10-4倍和10-6倍,對(duì)應(yīng)的牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌的DNA模板濃度分別是5.306×10-3ng/μL、3.075×10-2ng/μL和1.605×10-4ng/μL,三重PCR較單一PCR的靈敏度降低了100倍(圖4)。

注:M:Marker DL2000;1:陰性對(duì)照;2:原液;3:10-1倍稀釋液; 4:10-2倍稀釋液;5:10-3倍稀釋液;6:10-4倍稀釋液; 7:10-5倍稀釋液;8:10-6倍稀釋液 。

Note: M represents Marker DL2000; 1 respresents negative control; 2 represents the original solution; 3 respresents 10-1diluent; 4 respresents 10-2diluent; 5 respresents 10-3diluent; 6 respresents 10-4diluent; 7 respresents 10-5diluent; 8 respresents 10-6diluent.

圖4 三重 PCR敏感性試驗(yàn)結(jié)果

Fig.4 Results of triple PCR sensitivity test

2.4 三重 PCR的重復(fù)性

用建立的三重PCR方法重復(fù)檢測(cè)牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌DNA樣品,3次結(jié)果均一致,說(shuō)明方法的重復(fù)性良好。

2.5 三重 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物序列的同源性

擴(kuò)增的牛支原體oppD基因的226 bp片段、牛多殺性巴氏桿菌Pm-kmt基因的638 bp片段、牛結(jié)核分枝桿菌IS6110基因478 bp片段送檢測(cè)序結(jié)果分別與GenBank中已發(fā)表的牛支原體oppD基因(登錄號(hào):AF130119.1)、牛多殺性巴氏桿菌Pm-kmt基因(登錄號(hào):AF016259.1)、牛結(jié)核分枝桿菌IS6110基因(登錄號(hào):X57835.2)中相應(yīng)片段核苷酸序列同源性均在98%以上,表明該三重PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的序列是正確的。

2.6 臨床樣本檢測(cè)

163份牛鼻拭子樣品單一牛支原體PCR檢查出陽(yáng)性樣本60份,三重牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌PCR檢測(cè)陽(yáng)性樣本60份;牛鼻拭子進(jìn)行24 h增菌后牛支原體PCR陽(yáng)性檢出樣本65份,與未培養(yǎng)的樣本陽(yáng)性符合率為92.3%。凱里屠宰場(chǎng)采集的10份(頭)牛肺單一PCR檢測(cè)為陰性,三重PCR檢測(cè)也為陰性。黔西牛場(chǎng)采集的1份(頭)樣品單一PCR多殺性巴氏桿菌檢測(cè)為陽(yáng)性,三重PCR檢測(cè)也為陽(yáng)性。某牛場(chǎng)采集的5份(頭)牛結(jié)核PPD陽(yáng)性樣本中,牛結(jié)核單一PCR檢測(cè)陽(yáng)性樣本4份(頭),三重牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌、牛結(jié)核分枝桿菌PCR檢測(cè)陽(yáng)性樣本4份。表明,各樣本單一PCR檢查和三重PCR檢測(cè)陽(yáng)性符合率均為100%。

3 結(jié)論與討論

試驗(yàn)在對(duì)單一PCR進(jìn)行優(yōu)化后建立了三重PCR,通過優(yōu)化試驗(yàn),確定該三重PCR的最佳擴(kuò)增條件為:反應(yīng)最適的濃度分別是oppD為20 μM,Pm-kmt為20 μM,IS6110為20 μM。菌株模板DNA用量為4 μL,退火溫度為60℃,循環(huán)數(shù)為30。研究建立的三重PCR檢測(cè)方法具有準(zhǔn)確、特異、快速的特點(diǎn),可同時(shí)檢測(cè)牛支原體、牛多殺性巴氏桿菌和牛結(jié)核分枝桿菌3種呼吸道致病菌,并在臨床應(yīng)用上取得了較好的效果,各樣本三重PCR檢測(cè)結(jié)果與單一PCR檢查符合率為100%。

牛支原體oppD基因已被證實(shí)在牛支原體中高度保守且是牛支原體的特異性基因。2015年袁海文等[3]對(duì)牛支原體貴州流行株oppD/F基因進(jìn)行的克隆、測(cè)序及序列分析表明,牛支原體貴州株與湖北株、重慶株及內(nèi)蒙古株親緣關(guān)系最近,與牛支原體國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)株P(guān)G45處于同一進(jìn)化分支上,但已呈現(xiàn)進(jìn)化差異性,而與其他支原體如無(wú)乳支原體、關(guān)節(jié)炎支原體、鱷魚支原體親緣關(guān)系較遠(yuǎn),與絲狀支原體絲狀亞種SC型標(biāo)準(zhǔn)株親緣關(guān)系更遠(yuǎn);ATP結(jié)合蛋白o(hù)ppD/F基因和DNA聚合酶Ⅲ基因?yàn)槟繕?biāo)基因的PCR,已證實(shí)能夠較好地區(qū)別牛支原體與牛無(wú)乳支原體的感染[4]。趙自云等[5-7]研究表明,序列6110是結(jié)核分支桿菌基因組中的一個(gè)多拷貝的保守片段,該序列作為擴(kuò)增靶序列,有較高的敏感性和特異性,是分子生物學(xué)方法研究結(jié)核桿菌的首選片段。多殺性巴氏桿菌是具有異質(zhì)性特征的病原亞種群,常引起多種動(dòng)物以敗血癥和呼吸系統(tǒng)疾患為主的疾病。Kmt基因是多殺性巴氏桿菌的種特異性片段,因此,利用Kmt基因的PCR擴(kuò)增法檢測(cè)多殺性巴氏桿菌現(xiàn)已普遍被國(guó)內(nèi)外學(xué)者認(rèn)可[8-10]。綜上研究是試驗(yàn)針對(duì)牛支原體oppD基因序列、牛多殺性巴氏桿菌Pm-kmt基因序列、牛結(jié)核分枝桿菌IS6110基因序列設(shè)計(jì)了特異性引物的基礎(chǔ)。

臨床樣本進(jìn)行牛支原體分離培養(yǎng)需2~4 d,牛結(jié)核分枝桿菌分離培養(yǎng)需10~15 d,而牛多殺性巴氏桿菌的分離培養(yǎng)與上述2種病原菌一樣,培養(yǎng)復(fù)雜、費(fèi)時(shí),要求營(yíng)養(yǎng)高,分離培養(yǎng)陽(yáng)性率低,很難適應(yīng)目前基礎(chǔ)生產(chǎn)需要。建立的三重PCR檢測(cè)方法能直接出結(jié)果,單一PCR檢測(cè)方法與三重PCR檢測(cè)方法符合率高達(dá)100%,顯著加快了臨床樣本的診斷速度,可為牛呼吸系統(tǒng)疾病的流行病學(xué)調(diào)查及診斷提供實(shí)用技術(shù),具有推廣應(yīng)用價(jià)值。

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