国产日韩欧美一区二区三区三州_亚洲少妇熟女av_久久久久亚洲av国产精品_波多野结衣网站一区二区_亚洲欧美色片在线91_国产亚洲精品精品国产优播av_日本一区二区三区波多野结衣 _久久国产av不卡

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx

AEBP1在膠質(zhì)母細胞瘤中的表達及臨床意義

2020-09-09 08:21:20茹曉宇程傳東
安徽醫(yī)科大學學報 2020年8期
關(guān)鍵詞:膠質(zhì)瘤通路數(shù)據(jù)庫

茹曉宇,程傳東, 計 穎

膠質(zhì)瘤起源于腦神經(jīng)膠質(zhì)細胞,是成人中樞神經(jīng)系統(tǒng)最常見的原發(fā)性惡性腫瘤,世界衛(wèi)生組織將膠質(zhì)瘤分為Ⅰ~Ⅱ級的低級別膠質(zhì)瘤和Ⅲ~Ⅳ的高級別膠質(zhì)瘤,其中高級別膠質(zhì)瘤占成人原發(fā)腦腫瘤75%[1],膠質(zhì)母細胞瘤(glioblastoma,GBM)屬于惡性程度極高的Ⅳ級膠質(zhì)瘤,僅0.71%患者生存超過10年[2],其致死率一直以來居中樞神經(jīng)系統(tǒng)惡性腫瘤之首,中位生存期在15個月左右,預(yù)后差[3]。脂肪細胞增強結(jié)合蛋白1(adipocyte enhancer-binding protein 1,AEBP1)最初被認為是負性調(diào)節(jié)脂肪生成的轉(zhuǎn)錄抑制劑,是一新型炎癥調(diào)控因子。越來越多研究發(fā)現(xiàn)AEBP1在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中也發(fā)揮重要作用。如在胃癌、膀胱癌中AEBP1高表達且降低患者預(yù)后[4-6]。近期在結(jié)直腸癌組織中也發(fā)現(xiàn)AEBP1表達水平與腫瘤分期、轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)及預(yù)后相關(guān),同時認為AEBP1可能成為具有化療耐藥性的結(jié)直腸癌患者的一種新治療方法[7]。AEBP1在GBM中研究甚少,僅一篇2012年發(fā)表研究認為在膠質(zhì)瘤細胞株中AEBP1基因抑制后,細胞增殖及存活能力受到影響,但AEBP1在GBM組織中表達水平、對患者預(yù)后等影響尚未有研究報道[8]。該研究擬通過對各類數(shù)據(jù)庫綜合挖掘,探究AEBP1在GBM中的表達水平及與各臨床病理特征的相關(guān)性,分析對患者預(yù)后的影響,并對AEBP1在GBM中可能的功能和作用信號通路進行預(yù)測,以期從新的視角進一步闡明GBM發(fā)生發(fā)展過程中的可能機制,為尋求GBM治療潛在的有效靶點,延長患者生存期提供依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 Oncomine數(shù)據(jù)庫分析Oncomine數(shù)據(jù)庫(https://www.oncomine.org/)是世界上目前最大的腫瘤基因芯片數(shù)據(jù)庫和整合數(shù)據(jù)挖掘平臺,通過Oncomine數(shù)據(jù)庫,可比較腫瘤組織和其正常組織中mRNA的差異表達。設(shè)定的主要篩選條件為:① 基因:AEBP1;② 分析類型:腫瘤vs正常組織;③ 腫瘤類型:中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤;④ 數(shù)據(jù)類型:mRNA。以P≤0.05,差異倍數(shù)≥1.5,排名≥10%為閾值。

1.2 GEPIA網(wǎng)站分析GEPIA數(shù)據(jù)庫(http://gepia.cancer-pku.cn)是由北京大學開發(fā)研究,整合TCGA、GTEx等數(shù)據(jù)庫信息的可視化網(wǎng)站[9]。通過該網(wǎng)站設(shè)置|log2FC|截斷值為1,P截斷值為0.01,再次分析AEBP1 mRNA在GBM中表達水平,進一步利用該數(shù)據(jù)庫生存分析功能探究AEBP1表達水平對GBM患者整體生存期(overall survival,OS)和無進展生存期(disease free survival,DFS)的影響。分組截斷值選擇中位數(shù)。

1.3 TCGA分析從TCGA數(shù)據(jù)庫(htps://www.cancer.gov/)中下載GBM患者的mRNA測序和臨床信息數(shù)據(jù),異檸檬酸脫氫酶1(isocitrate dehydrogenase,IDH1)基因突變信息從cBioPortal數(shù)據(jù)庫下載。在R中使用edge R包對原始數(shù)據(jù)進行歸一化處理及篩選在GBM中差異表達的基因,以|log2FC|>1且調(diào)整后P<0.05為篩選閾值。以AEBP1 mRNA表達水平的中位值為界,將GBM患者分為高表達和低表達組,分析AEBP1 mRNA表達水平與各臨床病理特征相關(guān)性,最后行Cox比例風險回歸分析,探究影響GBM患者生存的獨立危險因素。

1.4 人類蛋白圖譜分析人類蛋白質(zhì)圖譜(the human protein atlas,HPA) 主要是基于免疫組化分析的大型蛋白組數(shù)據(jù)庫(https://www.proteinatlas.org/),可提供約26 000種人蛋白質(zhì)的在組織及細胞中的分布信息[10]。選擇數(shù)據(jù)庫中AEBP1抗體(CAB009966) 對正常大腦組織和膠質(zhì)瘤組織免疫組化檢測結(jié)果進行分析,共包括3例正常腦組織和 12例膠質(zhì)瘤組織。

1.5 AEBP1及其共表達基因的GO和KEGG通路富集分析cBioPortal數(shù)據(jù)庫(http://www.cbioportal.org)是一個開放的分析癌癥基因數(shù)據(jù)的可視化工具,可進行多維度癌癥基因集數(shù)據(jù)的探索。利用cBioPortal數(shù)據(jù)庫Co-expression模塊在“Glioblastoma TCGA cell 2013”數(shù)據(jù)集中找出與AEBP1共表達的817個基因(Spearmans相關(guān)系數(shù)絕對值≥0.4)。隨后將AEBP1及其共表達817個基因上傳至WebGestalt 網(wǎng)站(http://www.webgestalt.org/option.php)行GO與KEGG通路富集分析,WebGestalt網(wǎng)站是GO功能注釋及KEGG通路富集分析一在線工具,更新及時,包涵較為全面的功能注釋數(shù)據(jù)庫。

1.6 統(tǒng)計學處理采用SPSS 24.0進行統(tǒng)計分析,Oncomine數(shù)據(jù)庫和GEPIA網(wǎng)站分析中的兩組間比較采用t檢驗。AEBP1表達水平對OS和DFS影響采用Kaplan-Meier(K-M)生存曲線進行分析,χ2檢驗或Fisher精確檢驗分析AEBP1表達水平與GBM各臨床病理特征相關(guān)性,在R中利用Survival包行多因素Cox回歸分析。P<0.05為差異有統(tǒng)計學意義。

2 結(jié)果

2.1 AEBP1 mRNA在GBM組織中表達水平根據(jù)設(shè)定條件,共篩選出11項數(shù)據(jù)集,排除非GBM的數(shù)據(jù)集,最終納入7項數(shù)據(jù)集包含AEBP1 mRNA在GBM中表達。結(jié)果7項數(shù)據(jù)集中均顯示AEBP1 mRNA在GBM組織中高表達,差異有統(tǒng)計學意義(P<0.01),見圖1A~G。進一步在GEPIA網(wǎng)站分析顯示,GBM組(n=163)較正常組(n=207)高表達,差異有統(tǒng)計學意義(P<0.01),見圖1H。

2.2 GEPIA網(wǎng)站分析AEBP1 mRNA表達水平對患者預(yù)后影響利用GEPIA網(wǎng)站繪制 K-M生存曲線顯示,對162例GBM患者分析,AEBP1 mRNA高表達患者(n=81)OS低于低表達患者(n=81),差異有統(tǒng)計學意義(P=3.9×10-5),見圖2A,且高表達患者有降低DFS趨勢,但差異無統(tǒng)計學意義(P=0.086)(圖2B)。

2.3 AEBP1 mRNA表達水平與臨床各病理特征的相關(guān)性從TCGA 數(shù)據(jù)庫中下載了588例GBM患者的mRNA測序數(shù)據(jù),根據(jù)設(shè)置條件通過edge R包得到了236個差異表達基因,其中AEBP1是GBM患者中上調(diào)基因(log2 FC=2.813 076,P=4.75×10-5)。進一步篩選出同時有AEBP1 mRNA表達值和完整臨床信息的病例總計160例,對AEBP1 mRNA表達與GBM各臨床病理特征的相關(guān)性進行分析,結(jié)果表明AEBP1 mRNA表達在不同性別、年齡、種族、術(shù)后是否行放療或化療以及KPS評分高低組中均無統(tǒng)計學差異(均P>0.05),但AEBP1 mRNA的表達與患者是否存在IDH1突變相關(guān)(P=0.005),見表1。

2.4 AEBP1 mRNA表達水平是GBM患者的獨立預(yù)后因素單因素分析發(fā)現(xiàn)AEBP1 mRNA的高表達(P=1.99×10-4)、術(shù)后未行放療(P=4.5×10-7)、術(shù)后未行化療(P=1.35×10-4)以及IDH1基因野生型(P=8.73×10-3)降低患者OS,差異均有統(tǒng)計學意義,年齡、性別、種族和KPS評分與患者預(yù)后無相關(guān)性(P>0.05)。隨后將上述P<0.05的因素納入多因素的Cox回歸模型中行進一步分析,結(jié)果顯示AEBP1 mRNA的高表達(HR=0.563 1(0.390 2,0.812 7),P=2.16×10-3)和放療(HR=3.925 5(1.559 6,9.880 6),P=3.69×10-3)均是患者OS的獨立影響因素,見表2。

2.5 AEBP1蛋白在膠質(zhì)瘤組織中的表達水平為了進一步在蛋白水平證實AEBP1在膠質(zhì)瘤組織中表達,在HPA數(shù)據(jù)庫中IHC信息發(fā)現(xiàn)在3例正常腦組織神經(jīng)膠質(zhì)細胞中均未見表達,見圖3A,12例膠質(zhì)瘤中有4例顯示AEBP1蛋白陽性表達,其中高級別膠質(zhì)瘤陽性3例, 低級別膠質(zhì)瘤陽性1例(圖3B)。此結(jié)果進一步證實AEBP1蛋白在膠質(zhì)瘤組織中陽性表達。

圖1 AEBP1 mRNA在GBM患者中表達上調(diào)

圖2 AEBP1 mRNA表達水平對GBM患者OS(A)和DFS(B)影響

2.6 AEBP1及其共表達基因的GO和KEGG通路富集分析對AEBP1及其共表達的817個基因進行GO功能富集分析,包括分子功能(molecular function,MF),生物過程(biological process,BP)和細胞組成(cellular component,CC)三個部分。結(jié)果顯示這些基因涉及的生物學過程主要為生物調(diào)節(jié)、代謝過程以及細胞增殖、繁殖、生長等;細胞組分分類中主要集中在細胞膜、細胞核等;涉及的分子功能主要包括蛋白質(zhì)結(jié)合、離子結(jié)合、核酸結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子活性等功能,見圖4A。對AEBP1及其共表達的817個基因進行KEGG通路富集分析,以直方展示了富集的前10條通路,可見富集比最高的通路為Hippo信號通路,其次是NF-κB 、TNF信號通路等,見圖4B。

圖3 AEBP1蛋白在正常腦組織(A)和膠質(zhì)瘤(B)中表達的IHC染色代表性圖片

表1 GBM患者AEBP1表達水平與各臨床參數(shù)的相關(guān)性(n)

3 討論

GBM是中樞神經(jīng)系統(tǒng)惡性腫瘤,標準的一線治療方式主要為手術(shù)切除,緩解顱內(nèi)高壓和壓迫引起癥狀,術(shù)后放療同步聯(lián)合替莫唑胺輔助化療。有限的治療手段目前不能滿足臨床治療的需求,GBM的發(fā)生發(fā)展機制仍尚不清楚,故對關(guān)鍵腫瘤標志物的識別可助于膠質(zhì)瘤的診斷及個性化治療。本研究擬通過生物信息分析探究AEBP1在GBM患者中的表達及對預(yù)后等影響,并預(yù)測AEBP1發(fā)揮作用的可能機制。

Oncomine數(shù)據(jù)庫篩選出的7項數(shù)據(jù)集均顯示相對正常的腦組織,GBM組織中AEBP1 mRNA過表達,且基因差異倍數(shù)均大于1.5,其中l(wèi)iang數(shù)據(jù)集差異倍數(shù)高達10.017,進一步GEPIA網(wǎng)站分析再次證實AEBP1的高表達。該結(jié)果是基于Oncomine這一大型綜合數(shù)據(jù)庫和GEPIA網(wǎng)站分析所得結(jié)論,結(jié)果可信度高,對后續(xù)的研究驗證具有重要的參考意義。利用HPA數(shù)據(jù)庫進一步證實AEBP1蛋白在膠質(zhì)瘤中陽性表達,且隨著膠質(zhì)瘤病理級別的提高,AEBP1的陽性率也隨之提高,但所納入樣本量較少。下一步研究擬對大樣本GBM患者組織行IHC染色,進一步研究AEBP1蛋白在GBM中表達及臨床意義。

表2 影響GBM患者OS的單因素和多因素Cox回歸分析

圖4 AEBP1及其共表達基因的(A)GO(MF、BP、CC)和(B)KEGG通路富集分析直方圖

GEPIA網(wǎng)站進行生存分析發(fā)現(xiàn)AEBP1 mRNA過表達降低GBM患者OS,其DFS也有降低的趨勢。為進一步探究AEBP1 mRNA高表達在GBM中的臨床意義,下載了TCGA數(shù)據(jù)庫中160例GBM 患者AEBP1 mRNA表達值及對應(yīng)臨床資料,分析發(fā)現(xiàn)AEBP1 mRNA表達在不同性別、年齡、種族、術(shù)后是否行放療或化療以及KPS評分高低組中均未見統(tǒng)計學差異,但卻發(fā)現(xiàn)與患者是否存在IDH1突變有統(tǒng)計學相關(guān)性。這一結(jié)論值得進一步深入探討分析。隨后行Cox生存回歸分析,單因素分析發(fā)現(xiàn)AEBP1 mRNA的表達水平、術(shù)后是否行放療或化療以及IDH1基因突變與否影響患者OS,多因素分析顯示AEBP1 mRNA表達水平及術(shù)后是否行放療是獨立的預(yù)后影響因素。這是目前首次報道AEBP1表達是GBM患者的獨立預(yù)后因子。該結(jié)果提示AEBP1參與了GBM的疾病進展的過程,對于發(fā)現(xiàn)新的GBM標志物,驗證疾病的相關(guān)機制和提出新的假設(shè)提供了新的機會。類似的,近期在結(jié)腸腺癌一項研究,單因素與多因素Cox回歸分析也發(fā)現(xiàn)AEBP1高表達降低患者OS[11]。多項研究已證實IDH1突變可見于GBM,可明顯改善患者預(yù)后, 是更有利生存結(jié)局的重要預(yù)測因子[12]。本研究單因素分析同樣證實IDH1突變患者OS增加,但多因素未證實IDHI突變狀態(tài)是GBM的獨立預(yù)后因子,可能與本研究納入Cox回歸模型分析的因素有關(guān)。

本研究也對AEBP1在GBM中的功能及可能參與信號通路進行預(yù)測。通過GO功能注釋發(fā)現(xiàn)AEBP1主要涉及生物調(diào)節(jié)、代謝過程以及腫瘤相關(guān)細胞增殖、繁殖、生長等生物學過程。KEGG通路富集分析排列前三位通路的分別是Hippo、NF-κB及TNF信號通路。其中NF-κB通路在GBM的重要作用近期發(fā)表在Cell上的一篇綜述再次被強調(diào)[13],AEBP1通過NF-κB信號通路在多種疾病中發(fā)揮作用已被研究報道,包括胃癌[4],結(jié)腸腺癌[11]等腫瘤。 在GBM中AEBP1是否通過NF-κB信號通路發(fā)揮作用及其具體的機制值得進一步深入研究。

猜你喜歡
膠質(zhì)瘤通路數(shù)據(jù)庫
數(shù)據(jù)庫
財經(jīng)(2017年2期)2017-03-10 14:35:35
數(shù)據(jù)庫
財經(jīng)(2016年15期)2016-06-03 07:38:02
數(shù)據(jù)庫
財經(jīng)(2016年3期)2016-03-07 07:44:46
數(shù)據(jù)庫
財經(jīng)(2016年6期)2016-02-24 07:41:51
DCE-MRI在高、低級別腦膠質(zhì)瘤及腦膜瘤中的鑒別診斷
磁共振成像(2015年8期)2015-12-23 08:53:14
Kisspeptin/GPR54信號通路促使性早熟形成的作用觀察
P21和survivin蛋白在腦膠質(zhì)瘤組織中的表達及其臨床意義
proBDNF-p75NTR通路抑制C6細胞增殖
Sox2和Oct4在人腦膠質(zhì)瘤組織中的表達及意義
通路快建林翰:對重模式應(yīng)有再認識
404 Not Found

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx
404 Not Found

404 Not Found


nginx
五指山市| 夏河县| 科技| 长宁县| 子洲县| 乳源| 土默特右旗| 晋州市| 德格县| 伊春市| 阿拉善盟| 绥江县| 沁阳市| 井研县| 怀来县| 石阡县| 镇康县| 娱乐| 九龙城区| 鲜城| 松潘县| 贵德县| 扶风县| 张家口市| 邯郸市| 澜沧| 安阳县| 库伦旗| 那曲县| 塔河县| 遵义市| 栖霞市| 佛坪县| 武定县| 保定市| 广水市| 东乡族自治县| 偏关县| 黄骅市| 澎湖县| 怀安县|