宋 晟 高 晗 嚴(yán) 禮 郭焜鵬 張海韻 王芳斌

(1. 食品安全監(jiān)測(cè)與預(yù)警湖南省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，湖南 長(zhǎng)沙 410117；2. 湖南省食品質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)研究院，湖南 長(zhǎng)沙 410117)

沙門氏菌廣泛分布于自然界，是一種屬于腸桿菌科的革蘭氏陰性桿菌，就邦戈?duì)柹抽T氏菌和腸道沙門氏菌這兩個(gè)物種而言，迄今就已發(fā)現(xiàn)2 500余種血清型。作為一種人畜共患的主要病原菌，沙門氏菌通常會(huì)引起發(fā)熱、嘔吐等不良反應(yīng)，是腹瀉病全球四大病因之一[1-2]。某種情況下，沙門氏菌甚至可以進(jìn)入血液，引發(fā)腦膜炎。為治療沙門氏菌病，通常采用抗微生物藥物，但大量抗生素的濫用，導(dǎo)致部分菌株產(chǎn)生耐藥性，使藥物失效[3-4]。人類患沙門氏菌病有可能是食用了被沙門氏菌污染的動(dòng)物源性食品，如蛋、肉、禽和奶等。對(duì)于沙門氏菌以及其他食源性致病菌的溯源研究，主要有傳統(tǒng)的沙門氏菌分離鑒定技術(shù)、多位點(diǎn)序列分型(Multi locus sequence typing，MLST)技術(shù)以及脈沖場(chǎng)凝膠電泳(Pulsed field gel electrophoresis，PFGE)，近年來，隨著新一代基因組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，基于全基因組測(cè)序分子分型技術(shù)廣泛應(yīng)用于食源性致病菌溯源中，具有快速精準(zhǔn)等技術(shù)優(yōu)勢(shì)[5-7]。

實(shí)驗(yàn)室對(duì)長(zhǎng)沙市銷售的生鮮雞肉、生鮮豬肉進(jìn)行了隨機(jī)取樣調(diào)查，依據(jù)GB 4789.4—2016分離、鑒定樣品中的沙門氏菌，以充分了解長(zhǎng)沙市銷售的生鮮雞肉、生鮮豬肉的污染狀況，為防治沙門氏菌所引起的食源性疾病提供參考依據(jù)，并對(duì)分離鑒定出的40株沙門氏菌，進(jìn)行全基因測(cè)序與分子溯源分析，研究其溯源關(guān)系、致病機(jī)理、耐藥機(jī)理，為沙門氏菌基因?qū)用娴纳钊胙芯刻峁┮欢ǖ脑囼?yàn)依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材料

鼠傷寒沙門氏菌標(biāo)準(zhǔn)菌株ATCC14028：實(shí)驗(yàn)室保存；

生鮮豬肉(24份，每份2 kg)、生鮮雞肉(27份，每份2 kg)：湖南省長(zhǎng)沙市各大農(nóng)貿(mào)市場(chǎng)；

緩沖蛋白胨水(BPW)、四硫酸鈉煌綠增菌液(TTB)、亞硒酸鹽胱氨酸增菌液(SC)、HE瓊脂：青島海博生物技術(shù)有限公司；

亞硫酸鉍瓊脂(BS)、木糖賴氨酸脫氧膽鹽瓊脂(XLD)、革蘭氏染色液試劑盒(Gram Stain)、三糖鐵瓊脂(TSI)、營養(yǎng)瓊脂(NA)：北京陸橋技術(shù)股份有限公司；

革蘭氏陰性菌鑒定試劑卡(GN)：法國Chromagar公司。

1.2 儀器

拍擊式均質(zhì)器：Masticator Silver型，西班牙IUL公司；

低溫培養(yǎng)箱：MIR-254L-PC型，日本松下電器產(chǎn)業(yè)株式會(huì)社；

全自動(dòng)微生物鑒定系統(tǒng)：VITEK 2 compact30型，法國生物梅里埃股份有限公司。

1.3 樣品的采集與處理

將采集的新鮮豬肉24份與整雞27份放入無菌均質(zhì)袋中，用BPW沖淋后，拍擊式均質(zhì)器拍擊豬肉2 min，用手搓揉整雞2 min，BPW淋洗液培養(yǎng)18 h。

1.4 增菌與分離培養(yǎng)

吸取1 mL培養(yǎng)18 h的BPW淋洗液，轉(zhuǎn)種至10 mL TTB中，(42±1) ℃培養(yǎng)24 h，同時(shí)吸取1 mL培養(yǎng)18 h的BPW淋洗液，轉(zhuǎn)種至10 mL SC中，(36±1) ℃培養(yǎng)24 h。從TTB與SC中各挑1環(huán)劃線至XLD、BS、HE平板。BS平板與XLD平板(36±1) ℃培養(yǎng)48 h，HE平板(36±1) ℃培養(yǎng)24 h。

1.5 生化試驗(yàn)

自選擇性瓊脂平板上挑取沙門氏菌典型菌落，接種三糖鐵，(36±1) ℃培養(yǎng)24 h。

1.6 革蘭氏染色

自選擇性瓊脂平板上挑取沙門氏菌典型菌落，經(jīng)生理鹽水稀釋，涂片固定后，革蘭氏染色，顯微鏡觀察細(xì)菌形態(tài)。

1.7 鑒定與菌株保存

自選擇性瓊脂平板上挑取典型菌落，接種營養(yǎng)瓊脂(36±1) ℃培養(yǎng)24 h，得到純化單菌落，采用全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)進(jìn)行菌種鑒定。單菌落經(jīng)營養(yǎng)瓊脂純化后用菌種保存管于-70 ℃保存。

1.8 全基因組測(cè)序

對(duì)40株沙門氏菌進(jìn)行基因組DNA的提取、測(cè)序、功能基因預(yù)測(cè)注釋等工作由廣州研科生物科技有限公司完成。

2 結(jié)果與分析

2.1 菌株形態(tài)、生化鑒定結(jié)果

分離獲得的40株典型菌株，在BS瓊脂培養(yǎng)基上，形態(tài)為棕褐色或黑色且有金屬光澤，菌落周圍呈黑色；在HE瓊脂培養(yǎng)基上，形態(tài)為藍(lán)綠色，帶黑色中心；在XLD瓊脂培養(yǎng)基上，形態(tài)為粉紅色，帶黑色中心。接種三糖鐵瓊脂，斜面紅色產(chǎn)堿，底層黃色產(chǎn)酸，產(chǎn)H2S瓊脂呈黑色，產(chǎn)氣，瓊脂中有氣泡；經(jīng)革蘭氏染色，油鏡可觀察，兩端鈍圓的紅色桿菌，革蘭氏陰性，經(jīng)全自動(dòng)微生物生化鑒定系統(tǒng)鑒定為沙門菌屬。

24份生鮮豬肉中有20份樣品檢出沙門氏菌，檢出率為83.3%；27份生鮮整雞中有20份樣品檢出沙門氏菌，檢出率為74.1%，說明零售生鮮豬肉與生鮮整雞沙門氏菌的污染率非常高。

2.2 40株沙門氏菌基因組基本信息

采用二代測(cè)序技術(shù)對(duì)40株沙門氏菌進(jìn)行全基因組測(cè)序，并進(jìn)行序列組裝。由表1可知，豬源性沙門氏菌的scaffold數(shù)目在24～71，基因組總長(zhǎng)度分布為3 842 688～5 019 323 bp，GC含量平均為54.08%。由表2可知，基因數(shù)在4 012～4 382，基因平均長(zhǎng)度在932～958 bp。雞源性沙門氏菌的scaffold數(shù)目在23～73，基因組總長(zhǎng)度分布為4 638 420～5 201 462 bp，GC含量平均為51.93%。基因數(shù)在4 016～4 476，基因平均長(zhǎng)度在930～959 bp。20株豬源性沙門氏菌基因組總長(zhǎng)度的平均值比20株雞源性沙門氏菌基因組總長(zhǎng)度的平均值小425 799 bp，而GC平均含量卻比20株雞源性沙門氏菌多2.15%，說明豬源性沙門氏菌與雞源性沙門氏菌在基因組層面存在差異，也暗示兩者來源不同，在運(yùn)輸與銷售環(huán)節(jié)的交叉污染可能性小，而飼養(yǎng)、屠宰運(yùn)輸環(huán)節(jié)豬與豬之間、雞與雞之間污染可能性大。

2.3 豬源性、雞源性沙門氏菌單拷貝直系同源基因分析

直系同源是指不同物種之間的某一部分序列具有同源性，例如蛋白質(zhì)的同源性，DNA序列的同源性，而單拷貝直系同源基因是指在不同物種中具有相同序列，相同功能，但基因組中拷貝數(shù)為1的基因。單拷貝直系同源基因，大部分為管家基因，在分子系統(tǒng)學(xué)中起重要的分子標(biāo)記作用，通常用于構(gòu)建生命樹的主干及主干和末梢之間的分枝[8]。分別對(duì)20株雞源性沙門氏菌與20株豬源性沙門氏菌的基因組信息進(jìn)行分析，統(tǒng)計(jì)基因家族、單拷貝直系同源基因、多拷貝直系同源基因、獨(dú)立旁系同源基因、其他直系同源基因。由表3、4可知，20株豬源性沙門氏菌共有3 988個(gè)基因家族，單拷貝直系同源基因數(shù)在2 170～2 191，雞源性沙門氏菌共有3 919個(gè)基因家族，單拷貝直系同源基因數(shù)在2 159～2 183。單拷貝直系同源基因主要包括內(nèi)肽酶活性基因、水解酶基因、蛋白質(zhì)分泌調(diào)節(jié)基因、核糖體結(jié)構(gòu)基因、谷氨酰-tRNA還原酶基因等。

表1 20株豬源性沙門氏菌基因組信息

2.4 基于單拷貝直系同源基因分別構(gòu)建豬源性、雞源性沙門氏菌系統(tǒng)進(jìn)化樹

基于單拷貝直系同源基因分別構(gòu)建豬源性沙門氏菌系統(tǒng)進(jìn)化樹(見圖1)，結(jié)果顯示20株豬源性沙門氏菌明顯聚集為5簇，F(xiàn)C10728、FC11983、FC10743、FC11961、FC11980 5株聚集為1簇，F(xiàn)C10733、FC12045、FC10701、FC10726 4株聚集為1簇，F(xiàn)C10738、FC10718、FC10717 3株聚集為1簇，F(xiàn)C10758、FC11967 2株聚集為1簇，F(xiàn)C10739、FC10745 2株聚集為1簇，另有4株FC10755、FC11958、FC10730、FC10702無明顯聚集。

FC10728、FC11983、FC10743、FC11961、FC11980 5株豬源性沙門氏菌聚集為1簇，但采樣點(diǎn)各不相同，說明該菌種在不同銷售點(diǎn)均存在污染，而污染源可能是來源于同一個(gè)屠宰基地或同一個(gè)養(yǎng)殖生產(chǎn)基地。FC10733與FC10701聚集為1簇，且來源于同一銷售點(diǎn)，說明銷售點(diǎn)存在交叉污染，或來源于同一供貨渠道。另有FC10707與FC10743，F(xiàn)C11983與FC119582分別來源于2個(gè)銷售點(diǎn)，且并不聚集，說明該銷售點(diǎn)所銷售的豬肉存在多株豬源性沙門氏菌污染的情況，可能是不同的供貨渠道所致。從同源性的程度來看，F(xiàn)C10701、FC10726與FC10733同源性極高，分別來源于2個(gè)銷售點(diǎn)，F(xiàn)C10717與FC10738同源性極高，分別來源于2個(gè)銷售點(diǎn)，F(xiàn)C10728與FC10743同源性極高，分別來源于2個(gè)銷售點(diǎn)，F(xiàn)C11961、FC11980與FC11983同源性極高，分別來源于3個(gè)銷售點(diǎn)，說明其銷售的豬肉分別來源于同一供貨渠道。

表2 20株雞源性沙門氏菌基因組信息

表3 20株豬源性沙門氏菌直系基因與旁系基因分析

基于單拷貝直系同源基因分別構(gòu)建雞源性沙門氏菌系統(tǒng)進(jìn)化樹(見圖2)，結(jié)果顯示20株雞源性沙門氏菌明顯聚集為5簇，F(xiàn)C10706、FC10707、FC10731、FC10736、FC11978、FC11982 6株聚集為1簇，F(xiàn)C10721、FC11960、FC11964、FC11987、FC12043 5株聚集為1簇，F(xiàn)C10754、FC11959、FC11988 3株聚集為1簇，F(xiàn)C10729、FC11981 2株聚集為1簇，另有4株FC10712、FC10727、FC10735、FC11951無明顯聚集。

FC10706、FC10707、FC10731、FC10736、FC11978、FC11982 6株雞源性沙門氏菌聚集為1簇，其中FC10706、FC10707與FC10731來源于同一品牌超市的2個(gè)分店且同源性極高，說明同一品牌超市的供貨渠道可能存在污染，導(dǎo)致分店銷售的雞肉污染同一沙門氏菌。FC11982與FC11959、FC11988與FC11960分別聚集成不同簇，但來源于同一銷售點(diǎn)，說明該銷售點(diǎn)所銷售的雞肉存在多株雞源性沙門氏菌污染的情況，可能是不同的供貨渠道所致，且存在交叉污染的可能。從同源性的程度來看，F(xiàn)C11960、FC12043、FC11987與FC11964同源性極高，分別來源于4個(gè)銷售點(diǎn)，F(xiàn)C10754與FC11959同源性極高，分別來源于2個(gè)銷售點(diǎn)，F(xiàn)C10728與FC10743同源性極高，分別來源于2個(gè)銷售點(diǎn)，F(xiàn)C10706、FC10707、FC10731、FC10736與FC11978同源性極高，分別來源于4個(gè)銷售點(diǎn)，說明其銷售的雞肉分別來源于同一供貨渠道。

表4 20株雞源性沙門氏菌直系基因與旁系基因分析

圖1 基于單拷貝直系同源基因構(gòu)建20株豬源性沙門氏菌系統(tǒng)進(jìn)化樹

圖2 基于單拷貝直系同源基因構(gòu)建20株雞源性沙門氏菌系統(tǒng)進(jìn)化樹

2.5 豬源性、雞源性沙門氏菌致病基因分析

通過數(shù)據(jù)比對(duì)與分析，發(fā)現(xiàn)20株豬源性沙門氏菌，20株雞源性沙門氏菌，共涉及15種致病基因，如表5和表6所示。整體比較而言，雞源性沙門氏菌致病基因較豬源性沙門氏菌多，20株雞源性沙門氏菌共有277個(gè)致病基因，而20株豬源性沙門氏菌共有271個(gè)致病基因。fimA、fimD、ipaH9.8、ipgD&sopB、K08303、ptrB、sipA&ipaA、sipB&ipaB&bipB、sipC&ipaC&bipC、sipD&ipaD&bipD、yeeJ11個(gè)基因?yàn)?0株豬源性沙門氏菌所共有；fimA、fimD、ipaH9.8、ipgD&sopB、K08303、ptrB、sipA&ipaA、sipB&ipaB&bipB、sipC&ipaC&bipC、sipD&ipaD&bipD、sptP、yeeJ12個(gè)基因?yàn)?0株雞源性沙門氏菌所共有。關(guān)于sopE基因，豬源性沙門氏菌中只有FC10730擁有，但雞源性沙門氏菌中有FC10706、FC10707、FC10712、FC10731、FC10736、FC11978 6株擁有該基因。

15種致病基因涉及多種致病機(jī)理。fimA，基因注釋為菌毛蛋白，特異性介導(dǎo)細(xì)菌對(duì)于骨髓源樹突狀細(xì)胞的粘附和侵襲作用[9]。fimD，基因注釋為外膜引入蛋白，位于菌毛頂端的蛋白，是所有血清型的共有蛋白，介導(dǎo)沙門氏菌直接粘附宿主細(xì)胞。yeeJ，基因注釋為黏附素，介導(dǎo)沙門氏菌對(duì)宿主細(xì)胞的粘附，對(duì)沙門氏菌的定植起重要作用，化學(xué)性質(zhì)方面，黏附素可能為沙門氏菌表面某種特定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或糖脂成分[10]。sipA&ipaA、sipB&ipaB&bipB、sipC&ipaC&bipC、sipD&ipaD&bipD，基因注釋分別為侵襲素A、侵襲素B、侵襲素C、侵襲素D，4個(gè)基因均位于致病島SPI-1，細(xì)菌進(jìn)入宿主上皮細(xì)胞的關(guān)鍵因子，是沙門氏菌的關(guān)鍵毒力因子。ipaH9.8，基因注釋為侵襲質(zhì)粒抗原，可抑制血小板的正常凝集，促使水腫[11-12]。sopB，基因注釋為磷脂酰肌醇-4,5-雙磷酸4-磷酸酶，是一種肌醇磷酸酶，在發(fā)病機(jī)理中起重要作用，當(dāng)沙門氏菌侵入人腸道上皮細(xì)胞并分泌sopB蛋白后，將激發(fā)3-磷酸肌醇激酶依賴性的信號(hào)傳導(dǎo)，從而使腸上皮細(xì)胞Cl-水平提高，打亂宿主的多種信號(hào)傳導(dǎo)途徑。K08303，基因注釋為蛋白酶，在上皮細(xì)胞起信號(hào)傳導(dǎo)作用。ptrB，基因注釋為寡肽酶B[13-14]。另有4個(gè)致病基因?yàn)閭€(gè)別沙門氏菌所有，其中sopE，只有7株沙門氏菌具有，該基因注釋為效應(yīng)蛋白，可介導(dǎo)肌動(dòng)蛋白集合，起細(xì)菌內(nèi)化作用；能刺激腸道上皮細(xì)胞導(dǎo)致炎癥和腹瀉，促進(jìn)炎癥細(xì)胞的趨化和增殖；破壞宿主細(xì)胞的肌動(dòng)蛋白，進(jìn)而使得細(xì)菌侵入；引起遲發(fā)性細(xì)胞毒作用，引起黏膜炎癥反應(yīng)。sopD，基因注釋為效應(yīng)蛋白，在入侵真核細(xì)胞中起協(xié)同作用。sptP，基因注釋為效應(yīng)蛋白，能引起至少兩種蛋白的去磷酸化，抑制肥大細(xì)胞的脫顆粒，導(dǎo)致抑制嗜中性粒細(xì)胞的聚集，阻止血管內(nèi)容物流如感染部位，從而引起細(xì)菌的全身性感染[15]。TROVE2&SSA2，基因注釋為SS-A / Ro核糖核蛋白，是一種RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體，功能上屬于一種紅斑狼瘡抗原，SS-A / Ro抗體可作為新生兒紅斑狼瘡(NLE)的血清學(xué)標(biāo)志[16]。

2.6 豬源性、雞源性沙門氏菌耐藥基因分析

通過數(shù)據(jù)比對(duì)與分析，發(fā)現(xiàn)20株豬源性沙門氏菌，20雞源性沙門氏菌，共涉及15種耐藥基因，如表7和表8所示。整體比較而言，雞源性沙門氏菌與豬源性沙門氏菌的耐藥基因分布情況基本類似，20株豬源性沙門氏菌共有294個(gè)耐藥基因，20株雞源性沙門氏菌共有293個(gè)耐藥基因。acrA、ampG、ampC&penP、norR、norV、norW、nsrR、ompC、ompF、tolC、YHB1&hmp、lepA、pagP、SIG2&rpoS14個(gè)耐藥基因?yàn)?0株豬源性沙門氏菌所共有；acrA、ampG、ampC&penP、norR、norV、norW、nsrR、ompC、ompF、tolC、YHB1&hmp、lepA、pagP、SIG2&rpoS14個(gè)耐藥基因?yàn)?0株雞源性沙門氏菌所共有，關(guān)于vanX基因，分別有14株豬源性沙門氏菌與13株雞源性沙門氏菌有該基因。

15種耐藥基因涉及多種耐藥機(jī)制。acrA，基因注釋為膜融合蛋白；TolC，基因注釋為外膜通道蛋白，兩者相互配合，形成主動(dòng)外排系統(tǒng)，由膜融合蛋白acrA捕獲抗菌藥物后，通過外膜通道蛋白TolC，將抗菌藥物運(yùn)轉(zhuǎn)至外界。ompC、ompF，基因注釋為外膜孔蛋白，細(xì)菌接觸抗菌藥物后，發(fā)生外膜孔蛋白o(hù)mpC、ompF的表達(dá)基因失活，造成孔蛋白丟失或嚴(yán)重減少，最終導(dǎo)致β-內(nèi)酰胺類藥物進(jìn)入菌體內(nèi)減少，切斷β-內(nèi)酰胺類藥物輸入細(xì)菌體內(nèi)的途徑，以產(chǎn)生耐藥性。ampC&penP，基因注釋為β-內(nèi)酰胺酶，可使使易感抗生素水解而滅活[17]。ampG，基因注釋為β-內(nèi)酰胺酶感應(yīng)信號(hào)傳感器，編碼一種依賴質(zhì)子動(dòng)力勢(shì)能的單要素滲透酶，起到向胞漿內(nèi)傳遞誘導(dǎo)信號(hào)的作用。AmpG蛋白是細(xì)胞黏肽循環(huán)中的關(guān)鍵蛋白。若ampG基因缺失，細(xì)菌會(huì)完全喪失AmpCβ-內(nèi)酰胺酶的誘導(dǎo)性或只表達(dá)低水平誘導(dǎo)[18]。YHB1&hmp、norR、norV、norW、nsrR，基因注釋分別為一氧化氮雙加氧酶、厭氧型一氧化氮還原酶轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子、厭氧型一氧化氮還原酶、一氧化氮還原酶FoRd-AND(+)、Rrf2家族轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子 & 一氧化氮敏感的轉(zhuǎn)錄阻遏物，沙門氏菌通過還原一氧化氮，實(shí)現(xiàn)對(duì)一氧化氮的脫毒，導(dǎo)致吞噬細(xì)胞無法殺死沙門氏菌，從而提高沙門氏菌對(duì)宿主的抗性[19]。PagP，基因注釋為?；D(zhuǎn)移酶，沙門氏菌細(xì)胞外膜的?；D(zhuǎn)移酶PagP，能將磷脂的C16碳脂肪酸鏈轉(zhuǎn)移到內(nèi)毒素分子的脂肪酸鏈上，形成次級(jí)脂肪酸鏈，PagP產(chǎn)生的內(nèi)毒素可以干擾TLR4的識(shí)別，使沙門氏菌對(duì)陽離子抗菌肽產(chǎn)生抗性[20]。SIG2 & rpoS是RNA聚合酶的主要識(shí)別因子，當(dāng)沙門氏菌處于逆境條件下sigma因子啟動(dòng)調(diào)控網(wǎng)，改變其對(duì)不同環(huán)境壓力的應(yīng)答，以克服脅迫環(huán)境。lepA，基因注釋為GTP結(jié)合蛋白，能識(shí)別錯(cuò)誤轉(zhuǎn)位的核糖體，使其有機(jī)會(huì)正確轉(zhuǎn)位。另有vanX為27株沙門氏菌具有，該基因注釋為D-丙氨酰-D-丙氨酸二肽酶，可將細(xì)胞胞壁中合成的D-丙氨酰-D-丙氨酸水解，導(dǎo)致細(xì)胞壁前質(zhì)末端的二肽發(fā)生結(jié)構(gòu)化變化，從而降低萬古霉素藥物分子跟細(xì)菌細(xì)胞壁前質(zhì)的結(jié)合力，以獲得對(duì)萬古霉素的耐藥性[21]。

表5 20株豬源性沙門氏菌致病基因分析?

3 結(jié)論

(1) 長(zhǎng)沙市零售的生鮮豬肉與生鮮整雞，沙門氏菌的污染率非常高，如缺乏必要的微生物學(xué)知識(shí)及防護(hù)措施知識(shí)，很容易引發(fā)交叉污染，發(fā)生沙門氏菌食物中毒事件，因此在日常的食品安全監(jiān)管以及衛(wèi)生督導(dǎo)工作中，應(yīng)加強(qiáng)沙門氏菌來源、防護(hù)、預(yù)防治療的教育工作，消費(fèi)者也應(yīng)增強(qiáng)衛(wèi)生防范意識(shí)。

(2) 通過對(duì)40株沙門氏菌進(jìn)行全基因組測(cè)序，統(tǒng)計(jì)基因家族、單拷貝直系同源基因、多拷貝直系同源基因、獨(dú)立旁系同源基因、其他直系同源基因相關(guān)信息，并以豬源性沙門氏菌2 170～2 191個(gè)單拷貝直系同源基因，雞源性沙門氏菌2 159～2 183個(gè)單拷貝直系同源基因，構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，實(shí)現(xiàn)了豬源性、雞源性沙門氏菌的全基因溯源。

(3) 通過對(duì)豬源性、雞源性沙門氏菌致病基因的預(yù)測(cè)可知，生鮮畜禽肉中篩選出的沙門氏菌含有多種毒力因子，包括侵襲基因、分泌效應(yīng)蛋白、黏附素、肌醇磷酸酶、菌毛蛋白、外膜引入蛋白、效應(yīng)分子，通過協(xié)同作用，產(chǎn)生綜合毒力。在基因?qū)用嫔详U明了沙門氏菌可能存在的致病基因與致病機(jī)制，提示了沙門氏菌潛在的致病風(fēng)險(xiǎn)，為藥物研發(fā)與疾病治療提供了分子基礎(chǔ)。多個(gè)耐藥基因，多種耐藥機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，說明養(yǎng)殖環(huán)節(jié)可能存在抗生素濫用的情況，加快高耐藥性毒株的產(chǎn)生，因此，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)監(jiān)管部門應(yīng)加大抗生素使用危害的宣傳力度，加強(qiáng)對(duì)養(yǎng)殖戶抗生素使用的監(jiān)管力度，從源頭減少抗生素的使用，降低對(duì)抗生素的依賴。