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人類首次發(fā)現(xiàn)專吃病毒的微生物

2020-11-16 08:44羅丁豪
電腦報(bào) 2020年41期
關(guān)鍵詞:食物鏈細(xì)菌海洋

羅丁豪

病毒體型微小,但無(wú)處不在。據(jù)估算,世界上病毒的數(shù)目大約是1031,比宇宙中的恒星總數(shù)還要多1億倍,總重量則與250億人的體重相當(dāng)。幾乎所有的物種,都會(huì)被病毒感染。但奇怪的是,病毒似乎處于食物鏈之外——病毒只顧著感染并蠶食生物,卻不會(huì)被生物當(dāng)成食物。因此,生物學(xué)家一直在尋找噬食病毒的生物。最近,他們終于在兩類原生生物的體內(nèi),找到了它們食用病毒的證據(jù)。

尋找“噬病毒體”

要找到食用病毒的生物,沒(méi)那么簡(jiǎn)單。此前,科學(xué)家就發(fā)現(xiàn)一些原生生物體內(nèi)有病毒的DNA,因此懷疑它們有可能吃下了病毒。但美國(guó)畢格羅海洋科學(xué)實(shí)驗(yàn)室(Bigelow Laboratory for Ocean Sciences)的拉穆納斯·斯特潘納烏斯卡斯(Ramunas Stepanauskas)研究員認(rèn)為,這些實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)的原生生物并不能代表自然界中的情況。為了了解在自然情況下原生生物是否真的以病毒為食,斯特潘納烏斯卡斯的團(tuán)隊(duì)決定前往海岸,搜集海洋浮游生物的信息。

左:聚胞動(dòng)物;右:皮膽蟲

海洋浮游生物是一類具有進(jìn)化和功能多樣性的單細(xì)胞真核生物。含葉綠素的原生生物對(duì)整體碳固定有顯著貢獻(xiàn),而不含葉綠素的異養(yǎng)生物和質(zhì)體混合營(yíng)養(yǎng)菌被認(rèn)為是原核生物和原生生物的重要捕食者。由于它們體型微小,種類繁多,其對(duì)生物地球化學(xué)循環(huán)的影響仍然知之甚少。

他們?cè)诿绹?guó)緬因州的海灣和地中海里總共采集了上千個(gè)樣本,并對(duì)這些樣本進(jìn)行了單細(xì)胞基因組(single-cell genomics)分析。發(fā)現(xiàn)這些原生生物來(lái)自十多個(gè)不同的門。其中,有兩類原生生物皮膽蟲(picozoan)和聚胞動(dòng)物(choanozoan)的樣本中,每一個(gè)個(gè)體都含有病毒DNA,相比之下細(xì)菌的DNA卻很少。這暗示這類原生生物是單獨(dú)攝取了病毒,而不是攝食被病毒感染的細(xì)菌而獲得這些DNA的。

雖然都是浮游原生生物,但這兩類生物之間的親緣關(guān)系比樹木和人類之間的親緣關(guān)系還要遠(yuǎn),因此病毒是不可能同時(shí)感染這兩類生物的所有個(gè)體的。這說(shuō)明這兩類生物極有可能以病毒為食。

雖然有些原生生物可能以細(xì)菌為食,而噬菌體(以細(xì)菌為宿主的病毒)會(huì)寄生在細(xì)菌中,從而一起成為原生生物的晚餐,但是皮膽蟲和聚胞動(dòng)物樣本中只有大量病毒DNA,卻很少出現(xiàn)細(xì)菌DNA,這足以排除“搭便車”的可能性。

并且,皮膽蟲長(zhǎng)度僅3微米,細(xì)菌的大小則為0.5到5微米,皮膽蟲的進(jìn)食“器官”根本不足以吞噬細(xì)菌,吃下病毒倒是綽綽有余。

研究團(tuán)隊(duì)稱,加上實(shí)驗(yàn)室研究,我們終于有證據(jù)證明,噬食病毒的原生生物的確存在。團(tuán)隊(duì)的分析結(jié)果于9月24日發(fā)表在《微生物學(xué)前沿》(Frontiers in Microbiology)期刊上。

不論是對(duì)于皮膽蟲還是聚胞動(dòng)物研究來(lái)說(shuō),這都是激動(dòng)人心的發(fā)現(xiàn)。一方面,聚胞動(dòng)物長(zhǎng)3到10微米,是動(dòng)物和真菌的近親,與海綿的鞭毛細(xì)胞(choanocyte)有著驚人的相似之處。而皮膽蟲自發(fā)現(xiàn)以來(lái),科學(xué)家都未弄清皮膽蟲究竟吃什么,畢竟它們的“嘴”連細(xì)菌都吃不下。

“病毒含有豐富的磷和氮,或許能給皮膽蟲和聚胞動(dòng)物的伙食增添一些重要的營(yíng)養(yǎng)元素。”畢格羅海洋科學(xué)實(shí)驗(yàn)室的生物信息學(xué)家朱莉婭·布朗(Julia Brown)指出。既然病毒不只消滅其他生物,還會(huì)反被其他生物消滅,在食物鏈中缺少的那一個(gè)節(jié)點(diǎn),如今也能補(bǔ)上了。

“病毒穿梭模型”的簡(jiǎn)化圖

填補(bǔ)生態(tài)圈空缺

對(duì)于生物學(xué)家來(lái)說(shuō),這項(xiàng)研究可能解決了一個(gè)重要問(wèn)題:原生生物能直接調(diào)控病毒的數(shù)量。此前,最常用于解釋海洋中病毒的角色的模型是“病毒分流模型”(viral shunt model)。這類簡(jiǎn)單的病毒-宿主-捕食者(virus-host-consumer)模型最后會(huì)導(dǎo)致病毒和微生物之間激烈的資源競(jìng)爭(zhēng),從而導(dǎo)致其中一方的勝利和另一方的消失。而這次發(fā)現(xiàn)的原生生物能直接噬食病毒的證據(jù),實(shí)際上穩(wěn)定了這三者之間的交互,維持了平衡。

這個(gè)最新發(fā)現(xiàn)則支持了“病毒穿梭模型”(viral shuttle model)。在這個(gè)模型中,病毒既將其宿主裂解成溶解有機(jī)物,送至食物鏈底端,又被小型浮游生物(例如皮膽蟲和聚胞動(dòng)物)食用,將自身包含的有機(jī)物送至食物鏈上端。

現(xiàn)在我們總算知道,就連“感染一切”的病毒,也會(huì)淪為小小單細(xì)胞生物的晚餐,在大自然的動(dòng)態(tài)平衡中,沒(méi)有誰(shuí)可以成為漏網(wǎng)之魚。而這項(xiàng)“改寫生物書”的發(fā)現(xiàn),或許能為海洋生態(tài)研究帶來(lái)全新的思考方式。而我自己的第一想法是能不能用來(lái)制作抗病毒的藥劑呢?

(本文經(jīng)授權(quán)轉(zhuǎn)載自“把科學(xué)帶回家”微信公眾號(hào),有刪節(jié))

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