朱欽士 (美國南加州大學(xué)醫(yī)學(xué)院)
(上接2021 年第6 期第7 頁)
2015 年,Sherley 的實驗室用類似的方法(BrdU 和免疫熒光染色),比較小鼠毛囊干細(xì)胞分裂時2 個“子”細(xì)胞中組蛋白H2A 的1 個變種,H2A.Z 的存在情形,發(fā)現(xiàn)在保有永生DNA 鏈的“子”細(xì)胞中,H2A.Z 很容易被探測到,但在要分化的細(xì)胞中卻探測不到。細(xì)胞用鹽酸處理后,在2個細(xì)胞中都能探測到H2A.Z,說明在含永生DNA鏈的染色體上,H2A.Z 蛋白是暴露的,而在要分化的細(xì)胞中是被屏蔽的。這些結(jié)果表明,在干細(xì)胞不對稱分裂形成的2 個“子”細(xì)胞中,組蛋白H2A.Z的存在狀況是不一樣的。
Sherley 的實驗室還研究小鼠毛囊干細(xì)胞分裂時組蛋白H3 的甲基化狀態(tài)在“子”細(xì)胞中的分布情形。2014 年發(fā)表的一篇文章中,他們發(fā)現(xiàn)組蛋白H3 第4 位和第27 位的賴氨酸被3 個甲基修飾(分別為H3K4me3 和H3K27me3)的程度在保留干細(xì)胞特性的“子”細(xì)胞中要高得多,可作為這些干細(xì)胞的標(biāo)志。
2012 年,美國約翰·霍普金斯大學(xué)(Johns Hopkins University)Xin Chen 的實驗室用不同顏色的熒光蛋白分別標(biāo)記果蠅雄性生殖干細(xì)胞中“輩分”較高的和新合成的組蛋白H3,再觀察干細(xì)胞不對稱分裂后H3 在“子”細(xì)胞中的分布情形,發(fā)現(xiàn)保留干細(xì)胞特性的“子”細(xì)胞繼承原組蛋白H3,而新合成的H3 組蛋白則進(jìn)入要進(jìn)行分化的“子”細(xì)胞。不僅如此,原有的組蛋白H3 第3 位的纈氨酸是被磷酸化的(H3T3ph),而新合成的H3 第3 位的纈氨酸沒有被磷酸化。
這些結(jié)果表明,干細(xì)胞在進(jìn)行不對稱分裂時,不僅保留“輩分”大的DNA 鏈,還繼承與其相連的表觀遺傳修飾。這些修飾不僅能使繼承它們的“子”細(xì)胞保持干細(xì)胞的身份,也為干細(xì)胞分裂時染色體的不對稱分配提供依據(jù)。
要細(xì)胞識別DNA 的年齡,并且以此決定不同年齡的DNA 在“子”細(xì)胞中的分配方式,初看起似乎是不可能的事情。以“永生”DNA 鏈為模板合成的DNA 鏈攜帶的信息極為相似,核苷酸序列99.9%以上互補(bǔ),而且DNA 復(fù)制時在新合成鏈上產(chǎn)生的錯誤是隨機(jī)的,細(xì)胞不可能提前“知道”,也就無法發(fā)展出根據(jù)這少量序列的差別選擇性地分配DNA 的機(jī)制。要更好地理解這個問題,就需要知道細(xì)胞分裂時DNA 是如何分配至2 個“子”細(xì)胞中的。
在真核生物的細(xì)胞分裂時,細(xì)胞中的2 個彼此分開的中心粒(centrosome)向?qū)Ψ桨l(fā)出由微管(microtube)組成的細(xì)絲,它們的走向類似地球儀上的經(jīng)線,組成的結(jié)構(gòu)又像一個紡錘,所以又稱為“紡錘體”(spindle)。DNA 復(fù)制后,生成的2 份相同的DNA 通過它們的“著絲點(diǎn)”(centromere)彼此連接在一起。著絲點(diǎn)本身也是DNA 的一部分,上面結(jié)合許多蛋白質(zhì)分子。著絲點(diǎn)將DNA 分為“短臂”和“長臂”,通過著絲點(diǎn)連接的2 個染色體就像字母X 的形狀,也就是人們熟悉的染色體的樣子。
在細(xì)胞分配染色體時,所有的染色體都運(yùn)動至紡錘體中部的一個面上。這個面類似于地球的赤道面,所以,被稱為赤道面(equatorial plane)。在赤道面上,通過著絲點(diǎn)連在一起的2 份DNA 各自用其著絲點(diǎn)分別與紡錘體2 端的中心粒發(fā)出的微管相連。微管收縮,將2 份DNA“拉”向不同的中心粒,這2 份DNA 就彼此分開,在細(xì)胞分裂時進(jìn)入不同細(xì)胞的細(xì)胞核,此過程稱為“有絲分裂”(mitosis)。
如果在有絲分裂過程中分開的只是DNA,細(xì)胞是無法分辨2 份DNA 的年齡的,因為它們之間的核苷酸序列幾乎完全相同。但DNA 并不是裸露的,而是與組蛋白組成染色質(zhì),在細(xì)胞分裂時形成染色體。如果與不同年齡DNA 結(jié)合的組蛋白修飾狀況不同,細(xì)胞就可根據(jù)這些差別判斷DNA 的年齡,不對稱分配就變得可能。
模板DNA 和新合成的DNA 就像雙胞胎兄弟,穿同樣的衣服,彼此之間的差別就極小,幾乎無法辨別。但如果在雙胞胎兄弟穿的衣服上作出改變,例如,配戴上不同的徽章,就容易區(qū)分彼此。組蛋白的修飾,例如,前文談到的組蛋白的乙酰化、甲基化、和磷酸化,就相當(dāng)于在衣服上佩戴各種徽章,細(xì)胞即可識別它們。
要選擇性地分配DNA(染色體),只有染色體之間的差別還不夠,紡錘體中的2 個中心粒也需要有區(qū)別,這樣“輩分”高的DNA 才“知道”與哪個中心粒相連,從而進(jìn)入特定的“子”細(xì)胞。實際的情形也的確如此:細(xì)胞分裂時,每個“子”細(xì)胞只接收1 個中心粒,在下一次細(xì)胞分裂前,這個中心粒進(jìn)行復(fù)制,形成2 個中心粒,所以,2 個中心粒的“輩分”不同,類似于模板DNA 鏈和新合成DNA 鏈的“輩分”。這2 個“輩分”不同的中心粒所結(jié)合蛋白質(zhì)(例如,Ninein 和Cenexin)的情形也不同,這樣不同的中心粒就可與不同輩分的染色體相互識別,進(jìn)而通過微管相連,不同年齡的DNA就可有選擇性地進(jìn)入命運(yùn)不同的“子”細(xì)胞。
在動物體內(nèi),細(xì)胞的不對稱分裂和DNA 的選擇性分配只是干細(xì)胞特有的功能,一旦成為體細(xì)胞的前體細(xì)胞,再繁殖分化成為體細(xì)胞,這個功能就消失了,細(xì)胞改而進(jìn)行對稱分裂。其中一定有控制機(jī)制,決定細(xì)胞的分裂是否對稱。
在胚胎發(fā)育過程中,一個受精卵細(xì)胞要形成由數(shù)量極其龐大的細(xì)胞組成的生物體,在開始階段也是進(jìn)行對稱分裂,以增加干細(xì)胞的數(shù)量。例如,從受精卵(可看成是全能干細(xì)胞)形成囊胚期的內(nèi)細(xì)胞團(tuán)中,每一個細(xì)胞都是胚胎干細(xì)胞,在適當(dāng)?shù)臈l件下都可發(fā)育成為一個完整的生物體,這些內(nèi)細(xì)胞團(tuán)的細(xì)胞也是通過對稱分裂形成的。只有身體逐漸發(fā)育成熟,在每種組織中形成成體干細(xì)胞后,才開始不對稱分裂,以補(bǔ)充不斷消耗的體細(xì)胞。從發(fā)育期干細(xì)胞的對稱分裂轉(zhuǎn)變?yōu)椴粚ΨQ分裂,其中也一定有一個轉(zhuǎn)換機(jī)制。
而且即使是成體干細(xì)胞也不總是進(jìn)行不對稱分裂。不對稱分裂只是在需要干細(xì)胞補(bǔ)充體細(xì)胞時才發(fā)生。干細(xì)胞除不對稱分裂,也進(jìn)行對稱分裂,分裂形成的2 個“子”細(xì)胞都是干細(xì)胞,以彌補(bǔ)由各種原因引起的干細(xì)胞數(shù)量的下降。這也一定有一個控制機(jī)制。
然而,要研究這個機(jī)制很難,細(xì)胞進(jìn)行有絲分裂的過程極為復(fù)雜,控制因素非常多。要從中找出啟動非對稱分裂的因素,目前還是一個難以實現(xiàn)的目標(biāo),但是近年的科學(xué)研究已提供一些有趣的線索,表明細(xì)胞的不對稱分裂與以下因素有關(guān)。
9.1 DNA 的甲基化 在上一節(jié)中,筆者談到“永生”DNA 鏈含有較多的羥甲基化的胞嘧啶。2013年,美國加州大學(xué)伯克利分校(UC Berkeley)Michael Conboy 的實驗室表明,小鼠胚胎干細(xì)胞的不對稱分裂需要DNA 的甲基化。如果敲除甲基化酶Dnmt3(DNA methyltransferase-3),這些細(xì)胞就不再進(jìn)行不對稱分裂。
DNA 的甲基化狀況與組蛋白的修飾密切相關(guān),因此,這個結(jié)果無法區(qū)分細(xì)胞在不對稱分裂的過程中,依靠的是DNA 的甲基化狀況,還是組蛋白的修飾狀況。
9.2 蛋白p53 成體干細(xì)胞在體外培養(yǎng)時非常難以擴(kuò)張,因為其總是進(jìn)行不對稱分裂。每個干細(xì)胞分裂時只產(chǎn)生一個干細(xì)胞,另一個是要進(jìn)行分化的體細(xì)胞的前體細(xì)胞。前體細(xì)胞繁殖分化,形成大量的體細(xì)胞。這樣,干細(xì)胞的數(shù)量并不會隨著細(xì)胞分裂而不斷增加,其濃度反而會隨著培養(yǎng)時間延長體細(xì)胞的大量形成而不斷被稀釋,最后喪失干細(xì)胞系。
美國波士頓生物醫(yī)學(xué)研究所的James Sherley發(fā)現(xiàn),如果在干細(xì)胞中讓蛋白p53 恢復(fù)表達(dá),干細(xì)胞就會進(jìn)行對稱分裂,形成的后代細(xì)胞也都是干細(xì)胞,這就解決了在體外增殖成體干細(xì)胞的問題。
p53 是一種抗腫瘤蛋白,在DNA 被損傷至一定程度時會阻止細(xì)胞進(jìn)行分裂,防止這些細(xì)胞繁殖為癌細(xì)胞。p53 的一個信號傳遞鏈就是抑制磷酸次黃嘌呤脫氫酶(IMPDH)的活性,阻止它將黃嘌呤核苷(xanthosine)代謝掉。因此,在干細(xì)胞培養(yǎng)液中直接加入黃嘌呤核苷也能讓干細(xì)胞從不對稱分裂變?yōu)閷ΨQ分裂,達(dá)到干細(xì)胞增殖的目的。
9.3 蛋白激酶Pim-1 Pim-1 是一個蛋白激酶,能在其他蛋白質(zhì)分子的絲氨酸和蘇氨酸殘基的側(cè)鏈上加上磷酸根。在細(xì)胞進(jìn)行有絲分裂時,Pim-1 位于紡錘體的兩極,磷酸化與微管結(jié)合的蛋白NuMA,還與若干與有絲分裂有關(guān)的蛋白質(zhì)相互作用,包括與著絲點(diǎn)結(jié)合的蛋白HP-1(hetero‐chromatin protein 1)、給有絲分裂提供動力的動力蛋白dynein、動力蛋白激活蛋白dynactin 等,因此,是與DNA 的分配過程有密切關(guān)系的酶。2012 年,美國圣迭哥州立大學(xué)(San Diego State University)Mark Sussman 的實驗室用BrdU 標(biāo)記DNA 鏈的方法檢測心肌干細(xì)胞進(jìn)行不對稱分裂的狀況,發(fā)現(xiàn)增加Pim-1 的量能使不對稱分裂的幾率加倍,表明Pim-1 在干細(xì)胞保留“永生”DNA 鏈的過程中起重要作用。
9.4 組蛋白H3 上纈氨酸的磷酸化 2015 年,前面提到過的美國約翰·霍普金斯大學(xué)Xin Chen 的實驗室還表明,在雄性果蠅的生殖干細(xì)胞的分裂中,組蛋白H3 上纈氨酸的磷酸化狀態(tài)與細(xì)胞是否進(jìn)行不對稱分裂有直接關(guān)系。在H3 第3 位的纈氨酸被磷酸化時(H3T3ph),干細(xì)胞進(jìn)行不對稱分裂,帶有H3T3ph 修飾的組蛋白H3 與“輩分”高的DNA 在一起。如果將第3 位的纈氨酸變?yōu)椴荒鼙涣姿峄谋彼幔℉3T3A),細(xì)胞就從不對稱分裂變?yōu)閷ΨQ分裂。該結(jié)果被發(fā)表于《細(xì)胞》(Cell)雜志上,是組蛋白的修飾狀況與干細(xì)胞分裂方式直接相關(guān)的證明。
9.5 Wnt 信號鏈 2011 年,加拿大多倫多大學(xué)(University of Toronto)Cindi Morshead 的實驗室報道,在進(jìn)行不對稱分裂的小鼠神經(jīng)干細(xì)胞中,Wnt信號傳遞鏈的活性被抑制,而在進(jìn)行對稱分裂的神經(jīng)干細(xì)胞中,Wnt 信號傳遞鏈活躍。Wnt 是果蠅的翅膀缺失基因wg(wingless)和小鼠致癌基因intl(integration 1)2 個名稱的混合,因為在不同動物中發(fā)現(xiàn)的這2 個基因?qū)嶋H上是同一個基因,從線蟲、果蠅、小鼠到人中都高度保守,在動物胚胎發(fā)育和器官形成上起重要作用。在成體動物中,Wnt 信號看來是和保持干細(xì)胞增殖的特性(即通過對稱分裂增加干細(xì)胞的數(shù)量)有關(guān),而在干細(xì)胞進(jìn)行不對稱分裂時,Wnt 信號鏈必須被關(guān)掉。
9.6 左-右不對稱蛋白Lrd 最有趣的是干細(xì)胞的不對稱分裂居然與決定小鼠內(nèi)臟左-右不對稱的蛋白Lrd(left-right dynein)有關(guān)。敲除小鼠的lrd基因,小鼠內(nèi)臟位置左右不對稱(類似人的心臟在左邊,肝臟在右邊)的情形就被打亂,變成隨機(jī)的。前面談到的美國國立癌癥研究所的Amar Klar 發(fā)現(xiàn),降低小鼠胚胎干細(xì)胞中l(wèi)rd信使RNA(mRNA)的濃度,干細(xì)胞就不再進(jìn)行不對稱分裂,也不再保留永生的DNA。
目前,得到的研究結(jié)果還是零星的,彼此之間也沒有關(guān)系。這就像一張復(fù)雜的拼圖,只有少數(shù)幾片,還彼此不相連,然而這些結(jié)果已顯示,干細(xì)胞的不對稱分裂和保留“永生”DNA 鏈的過程是非常復(fù)雜的,要了解它還需要大量的研究工作,但目前對機(jī)制還認(rèn)識不足的狀況并不影響理解“永生”的DNA 鏈存在的事實。
“永生”的DNA 鏈,其實還和“永生”的生殖細(xì)胞一脈相承。
在干細(xì)胞中“永生”的DNA 鏈出現(xiàn)之前,所有的生物就已發(fā)展出永生的生殖細(xì)胞。生物的物種要延續(xù),必須要有將生命傳給后代的生殖細(xì)胞,而且由生殖細(xì)胞繁殖出的后代的壽命不會由于繁殖代數(shù)的增加而減少,否則物種就會凋亡。現(xiàn)在身體上的每一個細(xì)胞,都是幾十億年前那個單細(xì)胞“祖宗”連續(xù)不斷分裂的后代。從此意義上講,生殖細(xì)胞真的是“永生”的。
與此相反,組成生物身體的細(xì)胞,即體細(xì)胞,都是有壽命的。無論體細(xì)胞有多少防御和修復(fù)機(jī)制,都終將死亡。由體細(xì)胞組成的生物體也都有壽命,而且許多體細(xì)胞的壽命比生物體總的壽命要短。
但生殖細(xì)胞和體細(xì)胞含有完全相同的DNA,生殖細(xì)胞所含有的基因,體細(xì)胞都具有,為什么體細(xì)胞必然死亡,而生殖細(xì)胞卻能永生?答案是:生殖細(xì)胞具有與體細(xì)胞不同的表觀遺傳修飾。要更詳細(xì)地了解這個問題,可參見筆者的另一篇文章《為什么生殖細(xì)胞能永生?》,發(fā)表于2014 年5 月10 日《科學(xué)網(wǎng)》的博客,或《生物學(xué)通報》2014 年第5 期中的文章。
干細(xì)胞是隨著多細(xì)胞生物的出現(xiàn)而發(fā)展的,它們在身體發(fā)育完成后,執(zhí)行替補(bǔ)體細(xì)胞的任務(wù),完成這個任務(wù)的過程和由生殖細(xì)胞發(fā)展出體細(xì)胞相似,因此,可看作是生殖細(xì)胞在身體各個組織中的延伸或“派出部隊”。干細(xì)胞和生殖細(xì)胞都是分化程度很低的細(xì)胞,都有保持其“真身”的任務(wù),而且都是通過表觀遺傳修飾完成的。
干細(xì)胞數(shù)量不多,要在替補(bǔ)體細(xì)胞的同時保留自己,就要進(jìn)行不對稱分裂,其中的一個“子”細(xì)胞要繼承其干細(xì)胞的身份和任務(wù)。因此,在干細(xì)胞分裂時,作為干細(xì)胞后代的“子”細(xì)胞不僅要繼承干細(xì)胞的DNA,還必需繼承維持干細(xì)胞特性的表觀遺傳修飾,而這些表觀遺傳修飾是和干細(xì)胞中年齡較大的DNA 聯(lián)系在一起的,這就是干細(xì)胞分裂時要選擇性地保留“爺爺”輩DNA 的主要原因。干細(xì)胞在保留原有表觀遺傳修飾的同時,也就保留與這些表觀遺傳修飾相連的,DNA 鏈的“原件”,這樣既能保持干細(xì)胞的“真身”,又能大幅減少DNA 鏈通過復(fù)制過程導(dǎo)致的序列變化,降低癌細(xì)胞發(fā)生的可能性。由此,不得不佩服生物的“聰明”,生物演化的創(chuàng)造力也遠(yuǎn)超出想象。
然而,將干細(xì)胞所保留的DNA 鏈說成是“永生”的,則只有相對的意義。干細(xì)胞畢竟不是生殖細(xì)胞,而是會隨著生物體的死亡而死亡的,里面的DNA 鏈也就不可能“永生”。干細(xì)胞除進(jìn)行不對稱分裂,還會進(jìn)行對稱分裂,對稱分裂時DNA 復(fù)制造成的錯誤也會保留在后代的干細(xì)胞中。如果含有“原始文件”的干細(xì)胞由于某種原因死亡,而繼承帶有復(fù)制錯誤的DNA 鏈的干細(xì)胞后代存活下,也可導(dǎo)致“原始文件”的毀滅。因此,在本文中,可給“永生”二字加上引號。但若考慮到Cairns 提出“永生DNA 鏈”的概念時,只限于干細(xì)胞,而沒有考慮到干細(xì)胞還進(jìn)行對稱分裂的情況,就可理解他將干細(xì)胞保留的DNA 鏈稱為是“永生”的。因為在干細(xì)胞壽命的范圍內(nèi),被干細(xì)胞保留的DNA 鏈還真的可以是“永生”的。