孫文文,柯紅利,阿周存
(1.大理大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,云南大理 671000;2.大理大學(xué)農(nóng)學(xué)與生物科學(xué)學(xué)院,云南大理 671003)
生精障礙是男性不育最常見病因,在其發(fā)病過程中,遺傳因素起著重要作用〔1〕。目前,已發(fā)現(xiàn)一些生精障礙的遺傳病因,但這些已知的遺傳病只能解釋一小部分病例,仍有大量的相關(guān)基因有待進(jìn)一步闡明〔2〕。作為一類基因表達(dá)的重要調(diào)控因子,MicroRNA(miRNA)通過與靶mRNA 的3′-UTRs堿基配對形成雙鏈,介導(dǎo)靶mRNA 裂解或抑制mRNA 翻譯形成蛋白質(zhì),從而在轉(zhuǎn)錄后水平的基因表達(dá)調(diào)控中發(fā)揮關(guān)鍵作用〔3〕。研究表明,miRNA 參與精子發(fā)生過程中許多基因轉(zhuǎn)錄后水平的表達(dá)調(diào)控,其異??赡軐?dǎo)致生精障礙〔4-6〕。因此,miRNA 基因也被認(rèn)為是一類新的生精障礙候選基因,研究鑒定生精障礙相關(guān)的miRNA 基因,對生精障礙遺傳病因的闡明具有重要意義。
miR-27a和miR-605基因是近些年來發(fā)現(xiàn)的與哺乳動物和人類精子發(fā)生密切相關(guān)的miRNA 基因,也被認(rèn)為是生精障礙和男性不育的重要候選基因〔7-9〕。目前,尚未有miR-27a和miR-605基因的多態(tài)性與嚴(yán)重生精障礙的研究報(bào)道。本研究在正常男性和嚴(yán)重生精障礙患者中,對miR-27a和miR-605基因內(nèi)的常見單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)位點(diǎn)rs895819 和rs2043556 的多態(tài)性分布進(jìn)行分析和比較,從基因變異的角度,初步探索miR-27a和miR-605基因與嚴(yán)重生精障礙的關(guān)系。
1.1 研究對象病例組由318例嚴(yán)重生精障礙患者組成,包括嚴(yán)重少精癥(精子密度小于5×106個∕mL)患者和無精癥患者,病例來自于四川大學(xué)華西醫(yī)院和大理大學(xué)第一附屬醫(yī)院。對照組包括234例精子密度正常的男性。所有研究對象均簽署知情同意書。
1.2 試劑和儀器DNA提取試劑盒(TIANGEN公司,批號:DP304);dNTPs(TaKaRa公司,批號:AJ30388A);PCR引物(上海生工生物工程股份有限公司);Taq DNA聚合酶(TaKaRa 公司,批號:DR001AM);限制性內(nèi)切酶DraⅢ和HinfI(Thermo Fisher 生物公司,批號:ER1231、ER0801);PCR 擴(kuò)增儀(Eppendorf 公司,型號:AG 22331 Hamburg);凝膠電泳儀(Bio-RAD 公司,型號:041BR);凝膠成像分析系統(tǒng)(Bio-RAD 公司,型號:Gel Doc100)。
1.3 方法
1.3.1 PCR 擴(kuò)增 用DNA 提取試劑盒(TIANamp Genomic DNA Kit)從200 μL 外周血中提取基因組DNA。miR-27a和miR-605的PCR 擴(kuò)增引物序列、擴(kuò)增片段長度、退火溫度見表1。PCR 擴(kuò)增反應(yīng)的體積為25 μL,反應(yīng)條件為:94 ℃預(yù)變性5 min,35個循環(huán)(94 ℃變性30 s,57~58 ℃退火30 s,72 ℃延伸40 s),最后72 ℃延伸5 min。
表1 PCR擴(kuò)增的引物序列和擴(kuò)增產(chǎn)物大小,RFLP分析所用的限制性內(nèi)切酶和等位基因的酶切片段長度
1.3.2 基因分型 利用限制性片段長度多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析方法對SNP rs895819和rs2043556進(jìn)行基因分型。取PCR 產(chǎn)物10 μL,用10 個單位的限制性內(nèi)切酶消化過夜,然后在2%(rs895819)和3%(rs2043556)的瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳。所用的限制性內(nèi)切酶、各等位基因的酶切片段見表1。通過對部分不同基因型的部分標(biāo)本進(jìn)行PCR 產(chǎn)物直接測序,對電泳分型結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。
1.3.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析 計(jì)數(shù)計(jì)算基因頻率和基因型頻率。用HWE 計(jì)算器進(jìn)行Hardy-Weinberg 平衡檢驗(yàn)。采用χ2檢驗(yàn)比較病例組和對照組之間等位基因和基因型頻率之間的差異,檢驗(yàn)水準(zhǔn)設(shè)為P<0.05。
miR-27a基因的SNP rs895819 等位基因頻率和基因型頻率分布在嚴(yán)重生精障礙患者和正常男性之間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05);miR-605基因的SNP rs2043556 等位基因頻率和基因型頻率分布在嚴(yán)重生精障礙患者和正常男性間的差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,嚴(yán)重生精障礙患者中rs2043556 的等位基因C 的頻率(36.2%vs.29.1%,P=0.013,OR=1.383,95%CI為1.070~1.788)和帶有等位基因C 的個體(TC∕CC)的頻率(57.2%vs.48.3%,P=0.037,OR=1.433,95%CI為1.021~2.012)顯著高于正常男性,而TT 基因型的頻率(42.8%vs.51.7%,P=0.037,OR=0.698,95%CI為0.497~0.980)則顯著低于正常男性。見表2。
表2 對照組和病例組SNP rs895819 和rs2043556的等位基因頻率和基因型頻率分布
Hardy-Weinberg 平衡檢驗(yàn)結(jié)果顯示,SNP rs895819 和rs2043556 的基因型分布在嚴(yán)重生精障礙患者和正常男性中符合Hardy-Weinberg 平衡,提示本研究的研究對象具有群體代表性。
SNP rs895819 和rs2043556 的電泳分型結(jié)果與測序結(jié)果一致,表明本研究RFLP 分型的結(jié)果準(zhǔn)確、可靠。見圖1。
圖1 SNP rs895819和rs2043556的電泳分型結(jié)果
本研究對生精障礙的候選基因miR-27a和miR-605的常見SNP rs895819 和rs2043556 的多態(tài)性與嚴(yán)重生精障礙的相關(guān)性進(jìn)行了調(diào)查。調(diào)查結(jié)果顯示,miR-27a基因的SNP rs895819 的等位基因頻率和基因型頻率分布在嚴(yán)重生精障礙患者和正常男性間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,提示SNP rs895819 的多態(tài)性與嚴(yán)重生精障礙不相關(guān)。然而,在miR-605基因的SNP rs2043556位點(diǎn)上,嚴(yán)重生精障礙患者的等位基因C 頻率和帶有等位基因C 的個體(TC∕CC)的頻率顯著高于正常男性,基因型TT的頻率則顯著低于正常男性。這些結(jié)果表明,SNP rs2043556的多態(tài)性與嚴(yán)重生精障礙相關(guān)聯(lián),基因型TT是嚴(yán)重生精障礙的保護(hù)性基因型(降低發(fā)病風(fēng)險),而等位基因C可能增加嚴(yán)重生精障礙的發(fā)病風(fēng)險。
上述結(jié)果顯示,SNP rs2043556 影響嚴(yán)重生精障礙的發(fā)病風(fēng)險,但具體原因尚未清楚。SNP rs2043556 是一個位于pre-miR-605結(jié)構(gòu)區(qū)域的C∕T變異。該變異影響轉(zhuǎn)錄后pre-miR-605的加工效率,進(jìn)而影響成熟miR-605的表達(dá)水平。與等位基因T 相比,等位基因C 的miR-605表達(dá)水平顯著降低〔10〕。有研究顯示,miR-605能在mRNA 水平和蛋白水平抑制靶基因MDM2表達(dá),其表達(dá)水平降低將導(dǎo)致MDM2過表達(dá)〔10-12〕。MDM2基因是一個在生精過程中發(fā)揮重要作用的基因,其過表達(dá)可能會對正常的生精功能造成較大的影響,導(dǎo)致生精障礙,如無精癥和嚴(yán)重少精癥〔13-14〕。因此,SNP rs2043556通過影響miR-605的表達(dá)水平,進(jìn)而引起miR-605一些在生精過程中有重要作用的靶基因的表達(dá)異常,最終影響正常的生精功能,導(dǎo)致生精障礙。這可能是SNP rs2043556 影響嚴(yán)重生精障礙發(fā)病風(fēng)險的原因之一。
本研究首次對miR-27a和miR-605基因的常見SNP rs895819 和rs2043556 多態(tài)性與嚴(yán)重生精障礙的關(guān)系進(jìn)行了調(diào)查,發(fā)現(xiàn)miR-605的SNP rs2043556的多態(tài)性與嚴(yán)重生精障礙相關(guān),其變異影響嚴(yán)重生精障礙的發(fā)病風(fēng)險,提示miR-605可能參與生精障礙的病理過程。研究結(jié)果有可能為生精障礙的遺傳病因?qū)W提供有價值的參考。