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短期寬窄行種植模式下秸稈機械化還田潮土微生物多樣性特征

2021-06-30 13:53:14張新建解詩雨高賢彪
農(nóng)業(yè)工程 2021年5期
關鍵詞:桿菌屬菌門土樣

李 妍,吳 楠,張新建,解詩雨,高賢彪,吳 迪,馮 磊

(1.天津市農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境研究所,天津 300384; 2.天津農(nóng)學院工程技術(shù)學院,天津300384;3.天津市農(nóng)業(yè)發(fā)展服務中心,天津 300061)

0 引言

2020年6月8日,生態(tài)環(huán)境部、國家統(tǒng)計局、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部聯(lián)合發(fā)布的《第二次全國污染源普查公報》顯示:2017年,秸稈產(chǎn)生量8.05億t,秸稈可收集資源量6.74億t,秸稈利用量5.85億t[1]。農(nóng)作物秸稈能夠為土壤補充有機質(zhì)及氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫等營養(yǎng)元素,肥料化已經(jīng)成為秸稈資源最主要的利用方式。

華北地區(qū)現(xiàn)有的夏秋/冬春作物輪作體系主要采用均壟栽培,秸稈還田大部分采用兩種方式。一是秸稈粉碎翻壓還田,把作物秸稈通過機械化粉碎,均撒田間后進行耕地翻壓,大部分露在地表。由于秸稈量過大或不均勻?qū)е峦寥牢⑸锱c作物幼苗爭奪養(yǎng)分,甚至出現(xiàn)黃苗、死苗和減產(chǎn)等現(xiàn)象。秸稈在旱土翻壓還田后,上下茬作物種植時間間隔短,使土壤變得過松,影響下茬種子發(fā)芽生長,甚至出現(xiàn)吊根。秸稈中的蟲卵、帶菌體等一些病蟲害,在秸稈直接粉碎過程中無法殺死,沒有充足的腐熟時間,還田后留在土壤里,造成蟲害。二是秸稈粉碎直接覆蓋在地表還田。這種方式可以減少土壤水分的蒸發(fā),達到保墑的目的,但秸稈腐解和作物出苗同時進行,爭奪養(yǎng)分,秸稈腐解不完全,嚴重影響下茬作物出苗,同時給灌溉帶來不便,造成水資源的浪費。

天津市農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境研究所[2-3]發(fā)明了一種溝稈壟作栽培方法及秸稈撿拾開溝還田機。該方法是在夏秋季和冬春季作物壟上寬窄行周年交替種植,秸稈在種植行內(nèi)交替犁溝掩埋,溝內(nèi)施肥、灌水。我國華北地區(qū)氣候干旱,降雨量少,水資源缺乏,如在該地區(qū)寬窄行種植基礎上采用溝內(nèi)秸稈還田模式,對解決農(nóng)作物秸稈的資源化率、優(yōu)化灌溉用水、節(jié)省人工成本等方面具有非常重要的作用和意義。但該方法對華北地區(qū)潮土理化特性、作物產(chǎn)量和土壤生態(tài)等方面的研究仍十分有限。因此,本研究探索溝內(nèi)秸稈還田下土壤群落結(jié)構(gòu)的特點,為評價該寬窄行種植秸稈溝內(nèi)還田模式對改良土壤生態(tài)系統(tǒng)、進一步優(yōu)化寬窄行種植秸稈還田方法提供理論依據(jù)。

1 材料和方法

1.1 試驗地概況

試驗地位于天津市靜海區(qū)順民屯村(117°02’E,38°80’N)。該區(qū)域年平均氣溫11.9 ℃,年平均降水量590 mm,主要集中在7—8月,屬溫帶大陸性季風氣候。區(qū)域地勢平坦,海拔5 m,土壤類型為潮土。

1.2 試驗設計

2018年6月—2019年6月,在該地開展試驗研究。試驗種植作物為玉米/小麥輪作。秸稈埋溝具體方法:在6月小麥收獲后,在均壟栽培的田上設置寬窄行,寬行80 cm,窄行40 cm;窄行犁溝,麥秸填溝、施肥、溝土回填、灌水,窄行兩邊側(cè)播種玉米;10月玉米收獲后,寬行犁溝,將玉米秸稈埋入寬行溝內(nèi),寬行種植小麥。通過秸稈撿拾開溝還田機進行機械化操作,秸稈全量撿拾粉碎還田,還田深度35 cm。溝內(nèi)施肥用復合肥0.67 t/(hm2·a-1)(N-P2O5-K2O=20-10-15)。試驗共設3次重復,每個重復面積480 m2(寬24 m×長20 m)。每茬作物關鍵生育期溝內(nèi)灌水2~3次,每次灌水量900 m3/hm2。試驗后土壤理化性質(zhì)如表1所示。

表1 不同深度土壤理化性質(zhì)

1.3 樣品采集

試驗后,按照S型采樣法采集窄行和寬行土壤0~20、20~40和40~60 cm深度土層樣品進行土壤生物多樣性測定。分別混合為6個樣品,并分別標記為A1、A2、A3、B1、B2和B3。

1.4 微生物高通量測序

使用Power Soil DNA Isolation Kit(MOBIO Laboratories)試劑盒從樣品中提取總細菌DNA。通過260/280 nm和260/230 nm的比率評估DNA的質(zhì)量和數(shù)量。用引物擴增細菌16SrRNA基因的V3-V4區(qū)域,用正向引物(5′-ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3′)和反向引物(5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′)擴增基因。PCR產(chǎn)物通過VAHTSTM DNA Clean Beads純化。使用百邁克生物科技公司的Illumina Hiseq 2500平臺(PE250)對純化的合并樣品進行高通量測序分析。

1.5 統(tǒng)計分析方法

試驗數(shù)據(jù)采用Excel 2010進行整理統(tǒng)計,并以SPSS 19.0進行Pearson相關分析。使用百邁克生物云平臺完成微生物多樣性分析。Pearson相關性分析繪圖采用R 3.5.0。

2 結(jié)果與討論

2.1 微生物Alpha多樣性

微生物Alpha多樣性指數(shù)如表2所示。測序覆蓋深度(Coverage指數(shù))均在0.99以上,說明測序結(jié)果基本反映了樣本中微生物的真實情況。窄行土壤(A1~A3)的Chao1指數(shù)和ACE指數(shù)隨土壤深度的增加而減少,表明群落豐富度隨土樣深度增加而降低,這與OTU數(shù)目變化情況一致。相反,寬行(B1~B3)的Chao1指數(shù)和ACE指數(shù)隨土樣深度增加而增加。可能是由于窄行土壤處于休耕狀態(tài),淺層土壤受到還田秸稈的影響,部分微生物暫時不能適應這種生存環(huán)境,因而微生物豐富度較低,而深層土壤微生物受外界干擾較小。Shannon指數(shù)指示了樣品的細菌多樣性程度。寬行和窄行的土壤物種多樣性都隨土壤深度增加而降低,這與薩如拉等[4]的研究結(jié)果一致。同一深度下,寬行土樣的Shannon指數(shù)(6.16~6.33)高于窄行土壤(5.92~6.21),表明寬行土壤的物種多樣性普遍高于窄行。

表2 土樣微生物Alpha多樣性指數(shù)統(tǒng)計

通過對有效序列的聚類分析及數(shù)據(jù)庫比對,6個土樣共得到1 802個OTUs?;ò陥D(圖1)顯示6個土樣中所共有的OTU為779個,占總OTU的43.2%。只有2個土樣(A1和A3)特有的OTU≥10個,其余土樣中特有的OTU數(shù)目均<5個。

圖1 OTU分布韋恩圖Fig.1 OUT Venn graph

2.2 微生物Beta多樣性

微生物Beta多樣性分析是通過微生物群落構(gòu)成的比較,評估不同微生物群落間的差異情況。基于bray_curtis算法的主成分分析(PCoA)(圖2),根據(jù)兩點之間的距離判斷兩樣品微生物群落的差異性。第一主成分PC1的貢獻值32.71%,將寬行和窄行的樣品較好地分開,表明窄行和寬行土壤樣品菌群結(jié)構(gòu)存在明顯差異。第二主成分PC2的貢獻值22.13%,2個地區(qū)的深層土樣(A2,A3,B2,B3)都分布在下方區(qū)域,與表層土樣(A1和B1)距離較遠,說明不同深度土樣的微生物群落結(jié)構(gòu)存在較大的差異。UPGMA聚類分析結(jié)果(圖3)進一步驗證了PCoA分析結(jié)果,其中B2和B3群落結(jié)構(gòu)在0.164相似性水平上聚集于一起,表明群落結(jié)構(gòu)較其他樣品更為相似。而2個地區(qū)的表層土樣(A1和B1)的物種組成差異最大。

圖2 PCoA分析圖Fig.2 PCoA analysis chart

圖3 UPGMA聚類樹Fig.3 UPGMA Cluster tree

2.3 土壤微生物群落組成分析

由表3可知,6個土樣中微生物群落組成依據(jù)不同分類水平可分為29個菌門、74個綱、163個目、294個科、556個屬和619個種。

表3 樣品各等級物種統(tǒng)計

不同土樣中門水平上相對豐度排名前10位的物種如圖4所示。窄行和寬行土樣中的優(yōu)勢菌門均為變形菌門(Proteobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)、酸桿菌門(Acidobacteria)和放線菌門(Acitinobacteria),這與譚雪蓮等[5]的研究結(jié)果一致。其中變形菌門豐度最高,為41.1%~53.7%。傅敏等[6]的研究表明,作為相對豐度最高的變形菌門,為土壤系統(tǒng)的氮素及能量循環(huán)發(fā)揮重要作用。對比發(fā)現(xiàn),窄行變形菌門和擬桿菌門的相對豐度(分別為48.0%~53.7%和14.3%~16.2%)略高于寬行(變形菌門為41.1%~52.0%,擬桿菌門為9.0%~12.0%)。寬行中的芽單胞菌門(9.9%~13.0%)、酸桿菌門(8.1%~14.5%)、放線菌門(8.1%~10.0%)、綠彎菌門(Chloroflexi,2.5%~4.4%)和厚壁菌門(Firmicutes,2.3%~3.5%)5個物種的相對豐度均高于窄行。田勝營等[7]研究表明,小麥與玉米殘留秸稈中的微生物群落組成顯著不同,主要與其G+和G-不同有關。芽單胞菌門為革蘭氏陰性桿菌,是土壤9大細菌門類之一,其豐富度可作為土壤屬性變遷的生物學指標之一。在寬行此類細菌多于窄行,其原因可能是還田的秸稈很大程度上增加了土壤的碳氮含量,使土壤理化性質(zhì)發(fā)生改變。此外,有研究發(fā)現(xiàn)酸桿菌具有許多編碼纖維素酶和半纖維素分解酶的基因[8]。因此,寬行的酸桿菌相對豐度高于窄行,可能與來自高纖維素含量的秸稈所施環(huán)境壓力有關。

圖4 門水平上的群落分布Fig.4 Species distribution in the level of phylum

隨著土樣深度的增加,寬行的變形菌門和擬桿菌門的相對豐度逐漸升高,而酸桿菌門的相對豐度逐漸降低。疣微菌門(Verrucomicrobia)在兩種土樣中的相對豐度無明顯差別。對于棲熱菌門(Deinococcus-Thermus),窄行有少量檢出,但未存在于寬行。

在屬水平上(圖5),窄行和寬行土壤中的優(yōu)勢菌屬有溶桿菌屬(Lysobacter,相對豐度3.1%~12.2%),uncultured_bacterium_c_Subgroup_6(2.4%~6.5%),uncultured_bacterium_f_Gemmatimonadaceae(2.4%~5.7%),交替赤桿菌屬(Altererythrobacter,1.3%~5.0%)和鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonas,1.6%~3.9%)。

圖5 屬水平上的群落分布Fig.5 Species distribution in the level of genus

窄行和寬行的地表土壤(A1、B1)中的溶桿菌屬的相對豐度差別較小(分別為3.1%和3.2%)。隨著土壤深度增加(A2、B2),中層土壤溶桿菌屬的豐度高于地表土壤,且這一現(xiàn)象在窄行的中層土樣更為明顯(A2),可能是由于玉米秸稈還田量大,聚集了較多的溶桿菌屬而使其豐度升高[9]。ISAM T等[10]研究發(fā)現(xiàn),溶桿菌Lysobactersp.SB-K88產(chǎn)生一種對甜菜瘁倒病有拮抗作用的抗生素xanthobaccinA。FOLMAN L B等[11]從溶桿菌屬Lysobactersp.3.1T8上分離出一種對黃瓜瘁倒病具有防治效果的抗生素。KOBAYASHI D Y等[12]研究產(chǎn)酶溶桿菌C3時發(fā)現(xiàn)一種能夠控制病害的抗生素物質(zhì)(HSAF)。

寬行的交替赤桿菌屬的相對豐度隨深度增加而升高,且均低于窄行;在窄行不同深度的土樣中,其相對豐度并無明顯變化。馬聰?shù)萚13]研究證明,交替赤桿菌屬中菌株MH-B5對類固醇激素污染的咸水環(huán)境具有修復作用。

鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonas)屬于變形菌門。常安然等[14]研究表明,鞘氨醇單孢菌是降解土壤有毒物質(zhì)最有效的微生物菌屬之一。與交替赤桿菌屬相反,物種分布圖顯示寬行的鞘氨醇單胞菌相對豐度(3.0%~3.9%)普遍高于窄行(1.6%~2.8%),且與土壤深度無明顯關系。

2.4 微生物群落與土壤理化性質(zhì)的相關性

將土壤微生物群落與土壤理化性質(zhì)進行Pearson相關性分析(圖6,圖中*代表P<0.05,**代表P<0.01),結(jié)果顯示全氮、堿解氮、速效磷、速效鉀和有機質(zhì)與綠彎菌門(Chloroflexi)、酸桿菌門(Acidobacteria)、放線菌門(Acitinobacteria)和芽單胞菌門(Gemmatimonadetes)呈正相關,但與變形菌門(Proteobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)等呈現(xiàn)負相關關系,這與王晶等[15]研究秸稈炭化還田的結(jié)果相似。其中變形菌門與堿解氮呈極顯著負相關(相關系數(shù)r=-0.94,P<0.01)。周佳等[16]也發(fā)現(xiàn)水稻根際土中變形菌門相對豐度與堿解氮含量呈負相關。而綠彎菌門與堿解氮呈顯著正相關(r=0.87,P<0.05)。這說明變形菌門和綠彎菌門可能與土壤氮素的利用相關。變形菌門與全氮、速效磷和有機質(zhì)也呈顯著負相關(相關系數(shù)r=-0.87~-0.82,P<0.05)。此外,電導率與放線菌門和芽單胞菌門呈極顯著負相關(r=-0.95~-0.94,P<0.01),而與變形菌門呈顯著正相關(r=0.86,P<0.05)。

圖6 土壤理化性質(zhì)與細菌群落(門水平)的Pearson相關性分析Fig.6 Pearson relative analysis of soil physical and chemical properties and bacterial community composition(phylum level)

2.5 微生物功能預測分析

根據(jù)KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)代謝途徑的差異分析結(jié)果,在一級功能層共獲得6類生物代謝通路功能分析:代謝(metabolism)、遺傳信息處理(genetic information processing)、環(huán)境信息處理(environmental information processing)、細胞過程(cellular processes)、有機系統(tǒng)(organismal systems)和人類疾病(human diseases)。

其中,代謝和遺傳信息處理為其主要組成,占比分別為75.06%~75.32%和9.40%~9.47%。

對窄行和寬行的表層土樣A1和B1進行第2層級下KEGG代謝途徑分析發(fā)現(xiàn),共有40個二級功能層預測基因的拷貝數(shù)存在顯著差異(圖7)。其中B1土樣中,細胞運動(Cell motility),多糖生物合成和代 謝(Glycan biosynthesis and metabolism),次生產(chǎn)物代謝的生物合成(Biosynthesis of other secondary metabolites),能量代謝(Energy metabolism),碳水化合物代謝(Carbohydrate metabolism)等20個子功能預測基因拷貝數(shù)要顯著高于A1土樣。而A1土樣中,膜運輸(Membrane transport),氨基酸代謝(Amino acid metabolism)等子功能預測基因拷貝數(shù)要顯著高于B1土樣。

圖7 微生物群落KEGG代謝途徑差異分析Fig.7 EGG metabolic pathway difference analysis

秸稈還田進入土壤后,成為土壤微生物主要碳源,在秸稈碳源的刺激下,促進多數(shù)有機營養(yǎng)型微生物的增殖,從而導致土壤細菌、真菌、放線菌、硝化細菌和纖維素分解菌等的增加。已有研究報道秸稈直接還田過程中,土壤微生物主要利用的碳源為碳水化合物類、羧酸類和氨基酸類[17-18]。這與本文結(jié)果基本一致,即寬行B1土樣的碳水化合物代謝功能預測基因拷貝數(shù)要顯著高于窄行A1土樣。通過KEGG代謝途徑結(jié)果可知,各個樣品中微生物的碳水化合物代謝占比最多。王曉玥等[19]研究發(fā)現(xiàn),小麥玉米秸稈腐解0.5 a和1 a后,碳水化合物與土壤微生物相關性較高。王晶等[15]也發(fā)現(xiàn)秸稈直接還田處理土壤微生物碳源代謝活性最高。周運來等[20]研究小麥秸稈不同還田方式下土壤微生物碳代謝多樣性特征,認為隨著土層的加深(0~5、5~10和10~20 cm),微生物的碳源利用能力依次下降。

3 結(jié)論

(1)窄行土壤的微生物豐富度(Chao1指數(shù))隨土樣深度增加而降低,而寬行土壤的群落豐富度隨土壤深度的增加而增加。兩種土壤的微生物多樣性(Shannon指數(shù))都隨土壤深度增加而降低。在同一深度下,寬行土樣的物種多樣性要普遍高于窄行。窄行和寬行的土樣微生物群落構(gòu)成具有較大差異,同一地區(qū)的表層土壤與深層土壤的微生物群落結(jié)構(gòu)也存在明顯差異。

(2)6個土樣共檢測到1 802個OTUs,隸屬于29門、74綱、163目、294科和556屬。兩種土樣中的優(yōu)勢菌門為變形菌門、擬桿菌門、芽單胞菌門、酸桿菌門和放線菌門。窄行變形菌門和擬桿菌門的相對豐度略高于寬行,而芽單胞菌門、酸桿菌門、放線菌門、綠彎菌門和厚壁菌門低于寬行。在寬行,隨著土樣深度的增加,變形菌門和擬桿菌門的相對豐度逐漸升高,而酸桿菌門的豐度逐漸降低。在屬水平上,溶桿菌屬、交替赤桿菌屬和鞘氨醇單胞菌等為兩種土壤中的優(yōu)勢菌屬。

(3)土壤養(yǎng)分與微生物群落結(jié)構(gòu)組成具有一定的相關性。全氮、堿解氮、速效磷、速效鉀和有機質(zhì)與綠彎菌門、酸桿菌門、放線菌門和芽單胞菌門呈正相關,但與變形菌門、擬桿菌門等呈現(xiàn)負相關關系。其中變形菌門與堿解氮呈極顯著負相關。而綠彎菌門與堿解氮呈顯著正相關。變形菌門與全氮、速效磷和有機質(zhì)也呈顯著負相關。

(4)KEGG代謝途徑結(jié)果表明,土樣中微生物的碳水化合物代謝占比最多,且寬行表層土的碳水化合物代謝功能預測基因拷貝數(shù)要顯著高于窄行表層土樣。

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