祝傳海
關(guān)于核磁共振,人們印象中使用最多的地方是醫(yī)院。醫(yī)療磁共振成像已經(jīng)成為人體內(nèi)各類系統(tǒng)的獨立影像手段:腦神經(jīng)系統(tǒng)、心血管系統(tǒng)獨特的三維影像采集,方便快捷、圖像清晰。很顯然,核磁共振在研究疾病、生物大分子等結(jié)構(gòu)和功能中發(fā)揮著不小的作用,是人類探索結(jié)構(gòu)生物學(xué)的有力武器。
事實上,從20世紀(jì)50年代至今,核磁共振領(lǐng)域的科學(xué)家已經(jīng)獲得了5次諾貝爾獎,分別代表了核磁共振發(fā)展的三個階段:第一個階段是核磁共振波譜原理與方法的發(fā)明時期,該領(lǐng)域的科學(xué)家獲得了兩次諾貝爾物理學(xué)獎;第二個階段是核磁共振在化學(xué)學(xué)科中的廣泛應(yīng)用,被大多數(shù)的化學(xué)家所掌握和認(rèn)可,并獲得了兩次諾貝爾化學(xué)獎;第三個階段是核磁共振在生物學(xué)和醫(yī)學(xué)中的廣泛應(yīng)用,使其成為醫(yī)學(xué)界一種無損的影像診斷工具,在2003年,核磁共振再一次獲得了諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎。
從物理原理、技術(shù)方法的建立,到化學(xué)、生物學(xué)、醫(yī)學(xué)的應(yīng)用研究,核磁共振的學(xué)科跨度越來越大,但科學(xué)家創(chuàng)新的步伐從未停止過。在這背后是無數(shù)科學(xué)家不懈努力的結(jié)果,北京大學(xué)藥學(xué)院研究員宇文泰然也是其中的一員。目前,他利用核磁共振等實驗和計算方法,對蛋白質(zhì)等生物大分子的結(jié)構(gòu),以及微觀動態(tài)性質(zhì)展開研究,期待能為相關(guān)疾病的藥物開發(fā)做出自己的貢獻。
結(jié)構(gòu)
什么是生物學(xué)的“結(jié)構(gòu)”?通俗來說,不同的組裝序列會帶來不一樣的結(jié)構(gòu),畢竟變形金剛和普通機器人就是不同的結(jié)構(gòu)。然而在生物學(xué)中,這個結(jié)構(gòu)遠(yuǎn)比變形金剛更復(fù)雜、更變化多端。著名的結(jié)構(gòu)生物學(xué)家施一公是這樣解釋的:“結(jié)構(gòu)生物學(xué)是研究生命科學(xué)的結(jié)構(gòu),研究生命科學(xué)中的最后一個組成單位,是打開蛋白質(zhì)和生物大分子的結(jié)構(gòu)之門。”
這似乎也是宇文泰然選擇結(jié)構(gòu)生物學(xué)的初衷。宇文泰然在北京大學(xué)的4年本科學(xué)習(xí),讀的是生命科學(xué)專業(yè),但比起動植物這樣的宏觀生物,微觀的生物大分子研究更能吸引他的目光。2008年,宇文泰然本科畢業(yè),他決定前往美國普渡大學(xué)攻讀博士學(xué)位,繼續(xù)追逐自己對生物大分子研究的夢想。
“在普渡大學(xué)的第一年,研究生需要在幾個實驗室進行輪轉(zhuǎn),了解不同的研究方向。”宇文泰然去了4個不同的實驗室,最后他選擇了使用核磁共振方法研究生物大分子結(jié)構(gòu)和微觀動態(tài)性質(zhì)的科研方向。在他看來,結(jié)構(gòu)決定了生物大分子的功能,所以解析高分辨率結(jié)構(gòu)是理解生物大分子工作機理最有力的工具。掌握核磁共振技術(shù),是研究生物大分子最好的辦法之一。
但其實,宇文泰然在去美國之前對核磁共振領(lǐng)域并沒有多少了解,一切于他而言,都是從零開始。“我在普渡大學(xué)的導(dǎo)師是一名俄羅斯人,在核磁理論基礎(chǔ)方面有很深的造詣?!倍砹_斯導(dǎo)師開了兩門和核磁共振有關(guān)的理論課,宇文泰然一節(jié)課都沒有落下,聽完了整個學(xué)期的課程,他慢慢對核磁共振領(lǐng)域有了初步的了解。
“因為核磁脈沖序列是所有核磁實驗的基礎(chǔ),如果要研究一個蛋白質(zhì)的性質(zhì),首先需要有寫好的脈沖序列才能夠做實驗。”一個核磁共振的儀器如果只是放在那里,是不會幫助研究人員分析出蛋白質(zhì)內(nèi)部結(jié)構(gòu)的,要有寫好的核磁脈沖序列才能夠讓儀器按照人們的想法進行分析。
就這樣,宇文泰然開始了主攻核磁脈沖序列開發(fā)的研究。在普渡大學(xué)的6年時間里,他開發(fā)了用于研究天然無序蛋白(intrinsically disordered proteins)的幾類核磁共振實驗方法。無序蛋白,指的是那些沒有穩(wěn)定三維結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)。因為沒有絕對穩(wěn)定的構(gòu)象,此類蛋白經(jīng)常參與調(diào)控細(xì)胞內(nèi)各組分的相互作用,例如參與DNA的轉(zhuǎn)錄等。然而,它們的錯誤表達也可能會導(dǎo)致細(xì)胞的變化,引起癌癥等嚴(yán)重的疾病。宇文泰然在博士期間開發(fā)出的基于15N探針的質(zhì)子去耦CPMG實驗(proton-decoupled CPMG)極大地提高了對于天然無序蛋白15N探針位點橫向弛豫速率測量的準(zhǔn)確度,從而對此類蛋白皮秒至納秒時間尺度分子動力學(xué)性質(zhì)的了解有了明顯改善。宇文泰然通過核磁共振實驗方法了解天然無序蛋白的結(jié)構(gòu)性質(zhì),可以為研究相關(guān)藥物、治療相關(guān)疾病提供新的思路。
發(fā)現(xiàn)
2014年,宇文泰然順利博士畢業(yè),一年后他前往加拿大多倫多大學(xué)生物化學(xué)系從事博士后工作。
在多倫多大學(xué)的4年時間里,宇文泰然繼續(xù)圍繞核磁共振實驗方法的開發(fā)做了很多工作。在這里,對他影響最深的是他的博士后導(dǎo)師?!八偸悄芎臀覀円黄鹩懻?,數(shù)據(jù)應(yīng)該怎么分析,實驗應(yīng)該怎么設(shè)計,論文應(yīng)該怎么寫,給出過許多具體的建議。”導(dǎo)師的盡心盡力讓宇文泰然覺得如果自己以后做了老師,也應(yīng)該是這個樣子。
2019年12月,宇文泰然回國,父母對他的牽掛,讓他選擇回到自己的母?!本┐髮W(xué),成為藥學(xué)院的一名教師。
“回國之前,我主要做的是核磁實驗方法的開發(fā),回國后我想盡量多做一些核磁共振在藥物開發(fā)方面的應(yīng)用研究?!睘榇?,宇文泰然選擇生物大分子別構(gòu)調(diào)節(jié)效應(yīng)機制的研究作為自己目前的主要研究方向。
“生物大分子發(fā)揮自己的活性作用,一般都有相應(yīng)的活性位點,這個位點可以起到特定的催化作用。”科研人員發(fā)現(xiàn),很多生物大分子具有一種別構(gòu)調(diào)節(jié)效應(yīng),他們設(shè)計出的小分子結(jié)合到生物大分子上可以直接影響生物大分子活性,但是其結(jié)合位點并非位于活性位點,而是在另外的某個位置。這個位點可能離活性位點很遠(yuǎn),也可能很近,但只要小分子結(jié)合上去,就能夠影響生物大分子的活性,從而發(fā)揮一定的作用。
“如果能夠基于此類小分子開發(fā)出藥物,它實際上會比直接結(jié)合到活性位點的藥物具有更多的優(yōu)勢?!庇钗奶┤唤忉尩?,這樣的藥物產(chǎn)生的抗藥性會更少,并且具有更好的選擇性。“選擇性更好是指,對蛋白質(zhì)這樣的生物大分子來說,它們往往是一個家族,如果只想影響其中的某一個成員,這種基于別構(gòu)調(diào)節(jié)效應(yīng)的小分子往往是更好的選擇。”
但現(xiàn)在生物大分子別構(gòu)調(diào)節(jié)研究的難點是,研究人員很難確定別構(gòu)調(diào)節(jié)位點究竟在哪里?!叭绻f別構(gòu)調(diào)節(jié)位點和活性位點之間是存在著某種聯(lián)系的,那我可不可以用核磁共振實驗方法來研究?”宇文泰然的猜想是,核磁共振方法可以用于檢測分子內(nèi)部的動態(tài)性質(zhì),即分子各個部位都有哪些特定的運動方式,進而能夠找到別構(gòu)調(diào)節(jié)位點和活性位點之間存在的關(guān)聯(lián),這對基于別構(gòu)調(diào)節(jié)位點的藥物設(shè)計會帶來很重要的幫助。
除此之外,做天然無序蛋白相關(guān)的藥物開發(fā)研究是宇文泰然的另一個研究方向?!昂舜殴舱駥嶒灧椒ㄏ啾扔谄渌芏鄬嶒灧椒ǎ歉m合研究無序蛋白的,可以獲得關(guān)于無序蛋白很多方面的信息?!?/p>
現(xiàn)在比較有名的阿爾茨海默病和帕金森病,導(dǎo)致它們產(chǎn)生的病變蛋白——β-淀粉樣蛋白和α-synuclein都是無序蛋白。由此可見無序蛋白作為藥物開發(fā)的應(yīng)用價值是很大的,這也是宇文泰然選擇無序蛋白作為研究對象的重要原因。
如今,距離宇文泰然回國一年多的時間,招收學(xué)生和建立實驗室也才剛剛步入軌道,他還有很多的研究尚未真正展開。但多年來的學(xué)習(xí)和研究經(jīng)歷讓宇文泰然非常清楚,對于結(jié)構(gòu)生物學(xué)來說,最重要的是理解生命,做出生物學(xué)發(fā)現(xiàn)。因此,面對如此眾多的生物未解之謎,科學(xué)技術(shù)手段的進步和應(yīng)用都是離未知更近一步的契機。對宇文泰然而言,如何把核磁共振技術(shù)更好地應(yīng)用到生物學(xué)發(fā)現(xiàn)和藥物開發(fā)中,去探索更有價值的事物,就是他最大的樂趣。