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病原學(xué)宏基因測(cè)序診斷難治性肺炎1例并文獻(xiàn)分析

2022-01-14 07:12陳玉簡(jiǎn)詹少鋒
關(guān)鍵詞:衣原體難治性病原體

陳玉簡(jiǎn),詹少鋒

(1.廣州中醫(yī)藥大學(xué)順德醫(yī)院呼吸科,廣東 佛山 528300;2.廣州中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院呼吸與危重癥,廣東 廣州 510405)

0 引言

鸚鵡熱衣原體是引起難治性肺炎的病原體,也可引起上呼吸道感染和慢性支氣管炎等。主要通過(guò)呼吸道傳播,由于傳統(tǒng)病原微生物技術(shù)的局限性,例如:檢測(cè)周期長(zhǎng)、靈敏度低、陽(yáng)性率低,往往難以準(zhǔn)確鑒別細(xì)菌,導(dǎo)致臨床誤診、漏診和延誤治療。近年來(lái),基于二代測(cè)序技術(shù)的宏基因組測(cè)序技術(shù)(mNGS)以其高通量、覆蓋范圍廣、速度快、靈敏度高等特點(diǎn),在病原微生物鑒定方面具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì),獨(dú)立于傳統(tǒng)的分離培養(yǎng),需要特殊的引物。本研究分析廣州中醫(yī)藥大學(xué)順德醫(yī)院借助mNGS確診的1例難治性鸚鵡熱肺炎患者,并對(duì)相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行復(fù)習(xí),旨在提高臨床對(duì)本病的認(rèn)識(shí)和鑒別診斷水平,應(yīng)提高臨床人員對(duì)使用mNGS鑒定復(fù)雜傳染病病原微生物的認(rèn)識(shí)?;茧y治性肺炎患者由于自身的免疫力下降,抵抗力減弱,極易在治療好轉(zhuǎn)的基礎(chǔ)之上,身體會(huì)再次感染到其他病原微生物,例如細(xì)菌和支原體,導(dǎo)致患者的肺臟會(huì)反復(fù)的感染,同時(shí)患者會(huì)出現(xiàn)明顯的高熱、刺激性干咳,伴隨一些例如呼吸困難等情況[1]。宏基因組測(cè)序是利用高通量測(cè)序技術(shù)和生物信息分析技術(shù)對(duì)樣本中的所有病原體進(jìn)行基因測(cè)序分析。它可以高效、快速、準(zhǔn)確地獲取樣品中的所有微生物信息[2]。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展,宏基因組測(cè)序在臨床傳染病的診斷和治療、病原體的檢測(cè)和預(yù)防等方面越來(lái)越普遍。使用。。本文對(duì)mNGs確診的1例難治性肺炎患者的診療結(jié)果,并進(jìn)行文獻(xiàn)分析,現(xiàn)報(bào)道如下。

1 病歷簡(jiǎn)介

患者,女,68歲,急性病程,因“發(fā)熱、咳嗽3天,突發(fā)意識(shí)喪失3小時(shí)”于2020-11-25就診于廣州中醫(yī)藥大學(xué)順德醫(yī)院?,F(xiàn)病史:(患者家屬代訴)患者于11-22日受涼后開(kāi)始出現(xiàn)發(fā)熱寒戰(zhàn),最高體溫38.5℃,伴咽痛、流清涕,咳嗽咳痰,痰量少色白,尿頻尿急尿痛,25日中午約11點(diǎn)許,被家屬發(fā)現(xiàn)患者暈倒在地,當(dāng)時(shí)患者意識(shí)模糊,對(duì)答欠清晰,伴小便失禁,口中無(wú)發(fā)出異響,無(wú)口吐白沫,無(wú)肢體抽搐,無(wú)惡心嘔吐,遂由家屬送我院急診。查體:體溫39.6℃,雙肺呼吸運(yùn)動(dòng)對(duì)稱,節(jié)律正常,觸覺(jué)語(yǔ)顫正常,無(wú)胸膜摩擦感,雙肺叩診清音,雙肺呼吸音粗,未聞及干濕性啰音。雙側(cè)瞳孔等大等圓,對(duì)光反應(yīng)靈敏,雙側(cè)瞳孔直徑2.5mm。輔助檢查:WBC 14.98×109/L,NEU 14.45×109/L,LY 0.28×109/L,超敏C反應(yīng)蛋白>5mg/L, C反應(yīng)蛋白 281.58mg/L,頭顱CT:左側(cè)基底節(jié)腔隙性腦梗塞,必要時(shí)頭顱MRI檢查。入院后予高流量氧療、先后予頭孢替安+環(huán)丙沙星、哌拉西林鈉他唑巴坦+環(huán)丙沙星抗感染及化痰退熱等治療?;颊呷苑磸?fù)發(fā)熱、血氧偏低,間有亂語(yǔ),于11-28號(hào)凌晨轉(zhuǎn)ICU進(jìn)一步治療。轉(zhuǎn)入后予無(wú)創(chuàng)通氣,哌拉西林舒巴坦聯(lián)合左氧氟沙星抗感染、奧司他韋抗病毒,化痰、霧化平喘、護(hù)胃、預(yù)防深靜脈血栓、營(yíng)養(yǎng)支持、免疫支持等治療。11-28號(hào)夜間患者呼吸急促,血氧下降,予氣管插管接呼吸機(jī)輔助通氣,11-29號(hào)患者呼吸、氧合仍較差,呼吸機(jī)參數(shù)要求高(FiO2100%,PEEP 18cmH2O),考慮患者ARDS,予鎮(zhèn)靜鎮(zhèn)痛肌松,機(jī)械通氣控制呼吸,并予俯臥位通氣,停用哌拉西林他唑巴坦,改亞胺培南聯(lián)合左氧氟沙星抗感染、繼續(xù)奧司他韋抗病毒治療;11-30號(hào)行左側(cè)胸腔穿刺置管引流術(shù),引出淡黃色胸水。12-01號(hào)患者發(fā)熱癥狀改善、感染指標(biāo)好轉(zhuǎn),予停用左氧氟沙星,逐步下調(diào)呼吸機(jī)參數(shù)及肌松用量;12-03號(hào)患者痰及胸水宏基因檢測(cè)回報(bào)有鸚鵡熱衣原體,予停用亞胺培南西司他丁及奧司他韋,改莫西沙星聯(lián)合多西環(huán)素抗感染治療,繼續(xù)予每天俯臥位通氣。12-05號(hào)因患者仍反復(fù)高熱,體溫最高40℃,加用舒普深聯(lián)合多西環(huán)素、莫西沙星抗感染治療,患者呼吸、氧合繼續(xù)改善,12-06號(hào)復(fù)查頭顱CT見(jiàn)左側(cè)中耳乳突炎,副鼻竇炎,胸部CT提示雙上肺滲出稍有吸收,下肺仍見(jiàn)斑片狀實(shí)變影,12-07號(hào)予停用肌松藥,暫停俯臥位通氣,繼續(xù)逐步下調(diào)呼吸機(jī)參數(shù);12-08停用鎮(zhèn)靜藥,患者神志嗜睡,可點(diǎn)頭示意;12-11號(hào)查凝血示PT,19.10sec;APTT,44.60sec,予補(bǔ)充維生素K;12-12予停用舒普深及低分子肝素,復(fù)查凝血功能好轉(zhuǎn)。12-13號(hào)復(fù)查胸部CT示:1、雙肺炎癥,雙肺上葉病變較前略進(jìn)展,下葉病變較前稍吸收。2、右側(cè)少量胸腔積液。12-14號(hào)順利脫呼吸機(jī)并拔除氣管插管,序貫無(wú)創(chuàng)通氣,12-15號(hào)改文丘里高流量給氧,12-16號(hào)改鼻導(dǎo)管中流量給氧。現(xiàn)患者精神好轉(zhuǎn),無(wú)發(fā)熱,呼吸平順,生命體征平穩(wěn),病情相對(duì)穩(wěn)定,治療前后CT片對(duì)比圖(圖1和圖2)。

圖1 治療前患者CT圖

圖2 治療后患者胸部CT圖

2 討論

鸚鵡熱衣原體是一種嚴(yán)格胞內(nèi)寄生的革蘭陰性病原體,生物學(xué)特性介于細(xì)菌與病毒之間,鳥(niǎo)類、家禽.家畜以及野生動(dòng)物均可感染,經(jīng)氣溶膠吸入或密切接觸可發(fā)生人畜傳染,可引起肺炎,呼吸困難等癥狀,嚴(yán)重的可能導(dǎo)致死亡,有的呈隱性感染狀態(tài)[3]。鸚鵡熱衣原體肺炎的臨床表現(xiàn)與肺炎衣原體相似,開(kāi)始時(shí)有發(fā)熱、寒戰(zhàn)、頭痛、出汗和許多其他常見(jiàn)的全身和呼吸道癥狀,如不適、關(guān)節(jié)痛、肌痛、咯血和咽炎[4]。文獻(xiàn)報(bào)道鸚鵡熱感染后可引起非典型性肺炎和敗血癥等疾病,鸚鵡熱衣原體肺炎病變通常集中在單側(cè)下肺,有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)在雙肺,或呈結(jié)節(jié)狀.粟粒樣,間質(zhì)樣改變[5]。鸚鵡熱衣原體肺炎的臨床癥狀多樣,不具有特異性,因而臨床快速確診對(duì)指導(dǎo)治療具有重要的意義。目前鸚鵡熱衣原體檢測(cè)方法有以下幾種:病原分離鑒定,免疫熒光,間接血凝抑制試驗(yàn).補(bǔ)體結(jié)合試驗(yàn)、ELISA、常規(guī) PCR 以及熒光PCR等[6]。

二代基因組測(cè)序是近年微生物的一種新型檢測(cè)技術(shù),具有通量高的特點(diǎn)。通過(guò)序列比對(duì)能夠快速、準(zhǔn)確地鑒定出微生物種屬等特點(diǎn),廣泛的應(yīng)用于宏基因組檢測(cè)未知病原的研究領(lǐng)域中,如遺傳性疾病、腫瘤、感染性疾病、人類白細(xì)胞抗原分析以及非侵襲性產(chǎn)前篩查等。二代基因測(cè)序目前已經(jīng)廣泛應(yīng)用于呼吸道疾病的檢測(cè)。2019年2月《宏基因組分析和診斷技術(shù)在急危重癥感染應(yīng)用的專家共識(shí)》mNGS在呼吸道感染患者使用中的主要適應(yīng)證包括:(1)在危急情況下,必須盡快鑒定病原體;(2)特殊患者,如免疫抑制宿主,結(jié)合基礎(chǔ)疾病和反復(fù)住院的嚴(yán)重感染患者,必須盡快識(shí)別病原體;(3)傳統(tǒng)的微生物檢測(cè)技術(shù)反復(fù)出現(xiàn)陰性反應(yīng),治療效果不佳。好的;(4)懷疑新病原體、感染風(fēng)險(xiǎn)的臨床指征;(5)懷疑感染特殊病原體;(6)長(zhǎng)期發(fā)熱和/或伴有其他臨床癥狀、病因不明的感染??蓪⑵涓爬榱衷瓌t:“疑難、危重、特殊”。mNGS在鸚鵡熱衣原體肺炎的確診中亦有應(yīng)用。邱崇榮等人通過(guò)基因二代測(cè)序確定了1例鸚鵡熱衣原體肺炎;趙仁淹等利用病原體二代測(cè)序輔助診斷鸚鵡熱衣原體重癥肺炎一例[7-8],證明了mNGS在鸚鵡熱衣原體肺炎的確診中的重要作用。

本例患者家中未飼養(yǎng)鸚鵡、雞、鴨等,臨床表現(xiàn)高熱,無(wú)明顯咳嗽、咳痰,考慮為非典型肺部感染,痰及胸水送宏基因檢測(cè),檢測(cè)到鸚鵡熱衣原體,隨后予停用亞胺培南西司他丁及奧司他韋,改變抗生素治療方案,隨后癥狀、體征、胸部CT等均見(jiàn)好轉(zhuǎn)。出院后隨訪,患者康復(fù),胸部CT肺部炎癥基本吸收。因此對(duì)于難治性肺炎患者行宏觀基因組檢測(cè)對(duì)指導(dǎo)臨床精準(zhǔn)化治療合理選擇抗生素具有重要的指導(dǎo)價(jià)值。

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