2021年，在廣大作者、審稿專家、編委的大力支持和幫助下，《水科學進展》的論文水平和內容質量得到明顯提升。2019年11月，《水科學進展》入選“中國科技期刊卓越行動計劃(2019—2023年)。2021年，《水科學進展》榮獲第三屆江蘇省新聞出版政府獎，被評為第七屆“華東地區(qū)優(yōu)秀期刊”，連續(xù)第4年入選“中國科協(xié)優(yōu)秀科技論文遴選計劃”(2021年全國95篇)。

2020—2021年《水科學進展》共刊登論文184篇，根據(jù)論文引證指標及學術影響，經編委會推薦，共選出20篇優(yōu)秀論文，名單如下：

2020—2021年度《水科學進展》優(yōu)秀論文