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昆明市祿勸縣櫻桃癌腫病病害調(diào)查及病原鑒定

2022-10-12 08:24:28楊康伍建榕王瑋瑋
熱帶林業(yè) 2022年3期
關鍵詞:祿勸縣癌腫離心管

楊康,伍建榕,王瑋瑋

1.貴州林業(yè)勘察設計有限公司,貴州貴陽 550000;

2.西南林業(yè)大學,云南昆明 650224

1 研究區(qū)概況

昆明市祿勸縣位于昆明市北部,距昆明市區(qū)90km,年平均氣溫15.6℃。境內(nèi)氣候垂直分布,最高海拔3000m,最低海拔746m。東西寬69km,南北長105km,總面積4249km2。其中,山區(qū)面積占全縣總面積的98.4%。屬亞熱帶氣候,日照充足,四季如春,氣候宜人,干濕季分明。祿勸縣的中國櫻桃成熟時間一般在4 月上中旬,要比北方產(chǎn)區(qū)提前1~2 個月上市,基本上在雨季到來前就已成熟,不會因為降雨導致裂果或大量落果。因此,適合發(fā)展櫻桃種植業(yè),種植出來的櫻桃在市場上深受廣大消費群體的喜愛,具有很大的競爭力[1]。

2 研究方法

2.1 病害的調(diào)查

該研究的樣本主要在櫻桃癌腫病病害發(fā)生明顯的樹木枝干部分上進行采集。病害標本采集后,置于黑色塑料袋內(nèi)密封保存,同時記載病害采集日期和地點、采集人姓名。將采集后的標本統(tǒng)一帶回實驗室,并放置于4℃的冰箱內(nèi)保存,以便于接下來對病原菌進行觀察、分離、純化以及病原菌鑒定等步驟。此次調(diào)查采用踏查的方法,于2020 年冬季對病害發(fā)生較為嚴重的昆明市祿勸縣做進一步的了解。采取分級調(diào)查的方式調(diào)查病害的發(fā)生情況,計算發(fā)病率、病情指數(shù)[2]。

2.2 病原菌的鑒定

通過對采集的病害標本進行形態(tài)學觀察、形態(tài)學鑒定、病原菌的分離培養(yǎng)和純化[3]、革蘭氏染色及油鏡鏡檢[4]、病原菌的鑒定等步驟確定病原菌種類。

2.2.1 病害癥狀的觀察

觀察病害時(見圖1),需要注意病害的形狀、色澤等。此外,借助放大鏡和解剖顯微鏡進行病害病癥的觀察,最好對病害癥狀拍攝照片并對其加注簡明而準確的描述。

圖1 野外采集的病害枝干Fig.1 Diseased Branches Collected in the Field Identification

2.2.2 形態(tài)學鑒定

(1)徒手切片:挑選病癥明顯的標本進行切片,好的切片要薄且透明、要有完整的組織結構。

(2)鏡檢:將切好的切片置于載玻片上,滴一滴蒸餾水,蓋上蓋玻片,先用低倍鏡觀察,看到切片組織后調(diào)到高倍鏡觀察(見圖2)。

圖2 形態(tài)學鑒定Fig.2 Morphological

(3)鑒定:結合病癥病狀,宏觀與微觀的形態(tài)特征,查閱相關資料進行分析。

2.2.3 病原菌的分離培養(yǎng)和純化

(1)病原菌的分離:采用分離法對病菌進行分離培養(yǎng)(見圖3),將分離出的病菌放置于LB 培養(yǎng)基內(nèi)培養(yǎng)。

圖3 分離培養(yǎng)的菌落Fig.3 Isolated and Cultured Colonies Colonies

(2)病原菌的純化和保存:在37℃培養(yǎng)箱中黑暗培養(yǎng)3d~5d 后待到培養(yǎng)基長出明顯的單個菌落,在無菌條件下挑選出明顯的單個菌落于LB 平板上劃線進行純化培養(yǎng)(見圖4)。制作試管斜面(見圖5):配置好的LB 培養(yǎng)液注入試管,約每支管的1/3體積,在滅菌后斜放于超凈工作臺中。在無菌條件下將LB 平板菌株的純菌落中挑取菌落接入試管斜面中劃線保存。實驗完畢后將純化的平板和斜面置于37℃恒溫培養(yǎng)箱中培養(yǎng),待長滿試管的斜面后置于4℃冰箱凍存。

圖4 純化培養(yǎng)的菌落Fig.4 Purified Cultured

圖5 試管斜面Fig.5 In Vitro Cant

2.2.4 革蘭氏染色及油鏡鏡檢

選擇生長試管斜面進行革蘭氏染色反應并在100 倍油鏡下鏡檢(見圖6、圖7)。

圖6 革蘭氏染色反應Fig.6 Gram Staining eaction

圖7 100 倍油鏡下觀察到的染色菌體Fig.7 Chromosome Seen under 100x Oil Lens

2.2.5 病原菌的鑒定

該研究主要以分子鑒定為主。其步驟按照細菌基因組DNA 試劑盒中文說明進行:

(1)將純化培養(yǎng)出來的菌種取1ml~5ml 放入離心管中,向菌體沉淀中加入200μl 緩沖液GA,將離心管放在渦漩儀上振蕩至菌體徹底懸浮。

(2)向管中加入20μl Proteinase K 溶液,混勻。

(3)向上述離心管中加入220μl 的緩沖液GB,振蕩15s,70℃放置10min,溶液應變清亮,簡短離心以去除管蓋內(nèi)壁的水珠。

(4)向上述離心管中加入220μl 的無水乙醇,充分振蕩15s 以混勻?qū)嶒灢牧?,若此時出現(xiàn)絮狀沉淀,放入離心機中離心30s 以去除管壁內(nèi)的水珠。

(5)將上述所得溶液和絮狀都加入一個吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),12000rpm(~13400×g)離心1min,倒掉廢液,將吸附柱CB3 放入收集管中。

(6)向吸附柱CB3 中加入500μl 緩沖液GD(使用前先檢查是否加入無水乙醇),12000rpm(~13400×g)離心1min,然后倒掉廢液,將吸附柱CB3放入收集管。

(7)向吸附柱CB3 中加入600μl 漂洗液PW(使用前先檢查是否加入無水乙醇),12000rpm(~13400×g)離心1min,倒掉廢液,將吸附柱CB3 放入收集管中。

(8)重復操作步驟7。

(9)將吸附柱CB3 放回收集管中,12000rpm(~13400×g)離心2min,倒掉廢液。將吸附柱CB3 置于室溫下放置數(shù)分鐘,以徹底晾干吸附材料中殘余的漂洗液。

(10)將吸附柱CB3 轉(zhuǎn)入一個干凈的離心管中,向吸附模的中間部位懸空滴加50ul 洗脫緩沖液TE,室溫擱置2min~5min,12000rpm(~13400×g)離心2min,將液體收集到離心管中。

注意:洗脫緩沖液體積不應少于50μl,體積過小影響回收率,洗脫液的pH 值對于洗脫效率有很大的影響。若用ddH2O 做洗脫效液應保證其PH 值在7.0~8.5 范圍內(nèi),pH 值低于7.0 會降低洗脫效率;且DNA 產(chǎn)物應保存在-20℃,以防止DNA 降解。為增加基因組DNA 的得率,可將離心得到的溶液再加入吸附柱CB3 中,室溫放置2min,12000rpm(×g)離心2min。

(11)進行PCR 反應[5],反應體系見表1。

表1 PCR 擴增反應體系Tab.1 PCR Amplification Reaction System

PCR 擴增條件:

(12)電泳:首端BM 2000 DNA Marker,后面樣本,點樣孔朝向負極,各4μl,90v,電流最大,拍照(凝膠:體積25ml,濃度1%(瓊脂糖0.25g,TAE 緩沖液25ml(為防止揮發(fā)加30ml)TAE 緩沖液:1000ml/50倍濃度)(見圖8)。

圖8 PCR 跑膠Fig.8 PCR Run Glue

(13)測序。

(14)比對:測序DNA 序列用序列在NCBI 上進行BLAST 比對。

3 結果與分析

3.1 病害調(diào)查情況

3.1.1 昆明市祿勸縣櫻桃癌腫病調(diào)查情況昆明市祿勸縣櫻桃樣地調(diào)查情況

表2 櫻桃癌腫病樣地調(diào)查情況Tab.2 Sample Site Investigation of Cherry Wart Disease

發(fā)病率=68.75%

從以上數(shù)據(jù)了解到,調(diào)查的昆明市祿勸縣櫻桃癌腫病發(fā)病率和病情指數(shù)分別為68.75%、28.13%,可以得出結論,調(diào)查的樣地發(fā)病率和病情指數(shù)都很高。

3.1.2 昆明市祿勸縣櫻桃癌腫病風險評估

通過建立指標遞階層次表,分層構造指標判斷矩陣,比較各層組內(nèi)的指標重要性,對各指標數(shù)值進行賦值,選出15 個指標作為林業(yè)有害生物風險評價指標,對櫻桃癌腫病風險評估得出每個指標的權重如表3。

表3 櫻桃癌腫病風險分析指標體系[6]Tab.3 Index System of Cherry Wart Disease Risk Analysis

目標層準則層Pij有害生物風險綜合評價值R受害寄主經(jīng)濟重要性P4=2.5指標層Pij受害寄主的類P41=0.05受害寄主的分布面積或產(chǎn)量P42=2.0受害寄主的特殊經(jīng)濟價值P43=2.5危險性管理難度P5=2.5333檢疫識別的難度P51=2.0除害處理的難度P52=2.8根除的難度P53=2.8權重等權等權

3.1.3 風險評估指標體系量化計算公式及風險分析等級劃分標準

表4 風險分析指標體系采用的量化計算公式Tab.4 Table of Quantitative Calculation Formulas Adopted by Risk Analysis Index System

表5 櫻桃癌腫病風險分析等級劃分標準Tab.5 Classification Standard for Risk Analysis of Cherry Wart Disease

通過計算得到風險綜合評價值R=2.4367,屬于高度危險程度,需要引起相關部門的重視,并作出相應的預防治療措施。

3.2 形態(tài)鑒定結果

觀察病害組織外觀時發(fā)現(xiàn)病癥處粗糙并龜裂,可輕輕將瘤狀物掰掉,瘤狀物呈現(xiàn)環(huán)狀出現(xiàn)在枝干部病,并且病部病癥無霉狀物,結合病害組織宏觀和微觀特征說明此種病害屬于細菌性畸形病。

3.3 分離培養(yǎng)實驗及植物表面滅菌效果

根據(jù)觀察表6,了解到處理1min 后菌落生長最好,單個菌落數(shù)量最多。2min~3min 菌落生長數(shù)量較多,4min~5min 幾乎無菌落生長。說明處理1min、2min 瘤體消毒效果好的同時又不至于殺死需要的病原菌,在分離病原菌的時候選擇處理1min 和2min 瘤體是最好的,能最大程度下保留想要獲得的病原菌。

表6 分離培養(yǎng)的實驗菌落生長個數(shù)情況Tab.6 Table of Growth Number of Isolated and Cultured Experimental Colonies

3.4 革蘭氏染色和油鏡鏡檢結果

對菌體進行革蘭氏染色反應后在100 倍油鏡下用光學顯微鏡觀察到菌體呈現(xiàn)為紅色,說明此種病原菌為革蘭氏陰性菌。

3.5 DNA 送檢以及序列比對的結果

1#送檢后獲得的堿基序列:

1#多重序列對比:經(jīng)過測序公司對送檢樣進行測序,得到的序列在NCBI 上進行BLAST 比對得到結果如下。

進一步分析致病菌的16S rDNA 序列結果表明,該菌株與Agrobacterium tumefaciens (登錄號為KP050793.1)同源性最高,并且與GenBank 數(shù)據(jù)庫中的Agrobacterium tumefaciens(登錄號為KP050793.1)的相似度達到了99%。綜合兩者的結果進行分析,初步判斷引起祿勸櫻桃癌腫病的病原菌為Agrobacterium tumefaciens。

4 結論與討論

4.1 結論

綜上所述,引起昆明市祿勸縣櫻桃癌腫病的病原菌是薄壁菌門瘤菌科農(nóng)桿菌屬及致瘤農(nóng)桿菌(Agrobacterium tumefaciens)。屬于好氧菌,菌體桿狀,大小1μm~3μm×0.4μm~0.8μm,鞭毛周生,有1~4 根鞭毛,革蘭氏染色陰性,無芽孢,能形成莢膜。只有攜帶Ti 質(zhì)粒的菌株才具有致病性,Ti 質(zhì)粒同時還控制對細菌素的抗感性和寄主范圍。Ti 質(zhì)??梢杂脽崽幚砘蚱渌蛩貋G失,使細菌失去致病力。

4.2 討論

4.2.1 侵染循環(huán)

據(jù)昆明市祿勸縣癌腫病病害年年發(fā)病并且有增長的趨勢及病原菌的生活習性可知,此病原菌存在侵染循環(huán)(包括初次侵染、再次侵染、傳播媒介、越冬場所)。

(1)初次侵染:病菌主要通過傷口侵入,隨后氣溫的升高和降雨的增多,到6~8 月份開始大面積的發(fā)病。

(2)再次侵染:在適宜的溫度范圍內(nèi),溫度18℃~22℃時,尤其是在降水偏多的6~8 月份,適合癌瘤的形成和發(fā)展,是病害爆發(fā)的高峰時期。

(3)傳播媒介:癌腫病病菌通過風、雨水、病殘體、蟲類、嫁接工具、作業(yè)農(nóng)具等進行傳播,帶病種苗和種條調(diào)運帶菌是遠距離傳播的重要途徑。

(4)越冬場所:病菌主要在病瘤內(nèi)或土壤和土壤中的寄主殘體內(nèi)越冬。

4.2.2 發(fā)病規(guī)律春季是櫻桃采摘的季節(jié),采摘過程中造成莖桿的損傷,易導致病菌侵入,而春季病害發(fā)生較少,沒有引起種植戶的重視,一般都沒有進行病害防治,為夏季病害的大爆發(fā)提供了條件。夏季6 月~8 月溫暖潮濕,特別是昆蟲活動頻繁易造成此病大爆發(fā),病害的傳播速度最快,是一年當中發(fā)病率最高的時期,是病害防治過程中的重點防治時期。秋季櫻桃生長緩慢并趨于停止,抗病能力較強,病害的發(fā)生同樣較少。冬季病原菌在腫瘤內(nèi)越冬,是來年病害發(fā)生的侵染源,然而種植戶冬季并沒有及時進行病株、病葉的清理,是導致來年發(fā)病更嚴重的主要原因。

4.3 綜合防治

通過對櫻桃癌腫病病害的調(diào)查、侵染循環(huán)、發(fā)病規(guī)律的研究得出綜合防治方案。在防治時,使用綜合防治方案進行科學的、合理的防治,處理好病害系統(tǒng)中各種因數(shù)之間的相互關系,櫻桃癌腫病的防治要遵照預防為主,綜合防治為輔的準則:主要包括農(nóng)業(yè)技術措施、物理機械防治和化學藥劑防治。

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