Fenizia F, Wolstenholme N, Fairley J A,etal.Tumor mutation burden testing: a survey of the International Quality Network for Pathology(IQN Path).Virchows Arch, 2021,479(6):1067-1072.
腫瘤突變負荷(TMB)定義為腫瘤基因組編碼區(qū)體細胞突變的總數(shù),從幾個到成千上萬,差別較大。作為免疫檢查點抑制劑(ICI)可能的生物標志物,TMB可確定腫瘤中新抗原的數(shù)量,但檢測尚未標準化。ICI如PD-L1表達和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)的檢測是癌癥治療的重大突破,但其活性因腫瘤類型而異,若干因素包括抗腫瘤調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)復(fù)雜機制,可導(dǎo)致偏差,需對符合治療條件的患者進行分層。2019年4月~5月,國際病理質(zhì)量聯(lián)盟(IQN Path)啟動調(diào)查,通過支持機構(gòu)外部質(zhì)量評估(EQA)試點方案,對當前TMB檢測的實際情況進行評價。結(jié)果顯示,在7家不同EQA提供商參與的127個實驗項目中,69個(54.3%)將TMB用于研究和(或)臨床應(yīng)用;50個(72.5%)用于靶向測序。94.2%(65/69)使用福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)材料,而液體活檢(無細胞DNA、cfDNA)僅占26%。55個實驗室同時使用單核苷酸變異和插入缺失來計算TMB;20個中心僅包括非同義變體,但幾乎所有的中心都使用了靶向測序,一些還進行了全外顯子組測序估算(WES)、WGS和(或)RNA測序,至少含Illumina或ThermoFisher NGS平臺,其中包括華大智造科技公司的BGISEQ(BGI Genomics)。與成本高而組織量大的WES相比,數(shù)百基因組成的小組合(small panels)深受青睞,但迄今為止TMB測試和報告最佳工作流程尚未定義,缺乏標準化部分原因可能是報告中臨床試驗結(jié)果相互矛盾,如最近德國一項研究發(fā)現(xiàn)約25%的病例檢測組織樣本發(fā)生分類(TMB高與低)錯誤。IQN Path調(diào)查突出表明,許多實驗室能夠快速有效地引入TMB測試,有助于建立測試的標準化。
(方三高1摘譯,鄭 偉2審校/1上海金域醫(yī)學(xué)檢驗所有限公司病理科,上海 200120;2杭州金域醫(yī)學(xué)檢驗所有限公司實驗室,杭州 310053)