陳曦
美國華盛頓大學戴維·貝克教授團隊在《細胞》雜志上發(fā)表論文,利用人工智能(AI)技術平臺精準地設計出能夠穿過細胞膜的大環(huán)多肽分子,開辟了研發(fā)全新口服藥物的新途徑。
近年來,AI加速助力新藥研發(fā),幾乎參與了從藥物靶點發(fā)現(xiàn)到臨床試驗的全流程。在新冠肺炎疫情期間,多款藥物問世的背后也都有AI的身影,全球AI制藥產(chǎn)業(yè)實現(xiàn)加速跑。
AI融入藥物研發(fā)各個環(huán)節(jié)
“AI一詞是約翰·麥卡錫在1956年達特茅斯會議上提出的,用來描述‘制造智能機器的科學和工程。AI差不多也是在這個時候被引入藥物研發(fā)領域的?!蹦祥_大學藥學院教授林建平介紹,1964年,定量構效關系建模領域的建立成為AI開始用于藥物研發(fā)的標志。
如今,AI在藥物研發(fā)中發(fā)揮著越來越重要的作用,并與藥物研發(fā)的各個環(huán)節(jié)緊密結合。
一款藥物從無到有,要歷經(jīng)漫長且坎坷的過程。其中主要包括4個研發(fā)階段,即靶標選擇和驗證、化合物篩選和先導優(yōu)化、臨床前研究以及臨床試驗。而每一個階段又涉及許多具體環(huán)節(jié)。
林建平舉例說:“比如在靶標選擇和驗證階段,需要確定疾病相關的靶標。根據(jù)傳統(tǒng)實驗去確定靶標,既費時成本又高,而使用AI技術結合已有的組學大數(shù)據(jù),根據(jù)已知的以及新產(chǎn)生的實驗數(shù)據(jù),就可以快速分析出潛在候選靶標,節(jié)約時間和成本;或在已知先導化合物的功效,但是缺少明確靶標而導致具體作用機制和副作用不明確時,AI可以大范圍預測靶標,縮小候選靶標的范圍,最后結合實驗手段快速定位真正的靶標?!薄癆I幫助藥物研發(fā)者快速找到靶標,加快先導化合物向藥物轉(zhuǎn)化的進程。”林建平介紹。
對于已有的藥物,AI同樣可以通過靶標預測,發(fā)現(xiàn)新的靶標,從而發(fā)現(xiàn)新的藥物適應癥,這也是一個非常熱門的領域——藥物重定位。
在最重要的臨床試驗階段,AI的應用也起到了事半功倍的效果。“在這一階段,需要在患者身上評價藥物的安全性和有效性,AI可以參與到患者的招募、臨床試驗設計以及試驗結果數(shù)據(jù)分析等環(huán)節(jié)中?!绷纸ㄆ脚e例,“比如,可以通過AI技術從過去的臨床患者中,提取患者的個人特征、癥狀、治療效果等數(shù)據(jù),找到最匹配當前試驗的患者;試驗設計上,AI可以預測合適的藥物劑量、治療方案等;而試驗數(shù)據(jù)上,可以采用AI技術跟蹤和管理患者的實時情況,預測患者后續(xù)情況等?!?/p>
AI大大縮減藥物研發(fā)成本
一種新藥的誕生,通常需投入10億甚至數(shù)10億美元,研發(fā)周期一般超過10年,成功率卻低于10%。而由于AI的加入,如今的藥物研發(fā)成本減少了上億美元,同時也大大縮短了研發(fā)時間,一般來說可以縮短一半以上。例如,AI將臨床前候選化合物的研發(fā)時間從平均4年半縮短至約13.7個月,縮短了近75%。
此外,AI還提高了藥物研發(fā)的成功率?!巴ㄋ字v,藥物研發(fā)實際上是一個試錯的過程,AI可以幫助我們排除大量錯誤,最后留給我們的就是更大的成功機會?!绷纸ㄆ秸f。
正是由于AI制藥具有對傳統(tǒng)制藥碾壓式的優(yōu)勢,AI制藥產(chǎn)業(yè)在全球不斷發(fā)展壯大。目前,AI制藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展可概括為三大階段:第一個階段,AI制藥公司初步形成,主要針對某個階段的藥物研發(fā)提供AI技術服務;第二個階段,AI制藥公司開發(fā)了成熟的研發(fā)管線,并且開發(fā)的藥物進入臨床驗證,這一階段將吸引大量資本和初創(chuàng)企業(yè)加入;而第三階段,則進入關鍵的臨床Ⅱ期藥效性實驗,真正證明AI研發(fā)藥物的有效性。
“目前全球AI制藥產(chǎn)業(yè)已步入第三個發(fā)展階段。”林建平說。
我國AI制藥起步較晚,尚處于第二個階段。“但是國內(nèi)的AI制藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展速度非??欤鞔蠡ヂ?lián)網(wǎng)巨頭以及一些大型藥企均開始布局AI制藥賽道,當然還包括一些初創(chuàng)公司?!绷纸ㄆ奖硎?。
超算驅(qū)動現(xiàn)代藥物研發(fā)產(chǎn)業(yè)發(fā)展
隨著AI技術的不斷發(fā)展,AI藥物研發(fā)的進程也在“提速”。
此外,超級計算平臺在現(xiàn)代藥物研發(fā)中也發(fā)揮著日益強勁的驅(qū)動作用,特別是伴隨著“天河”等新一代超級計算機的研制成功,百億級虛擬藥物篩選、大規(guī)模全原子分子動力學模擬、大規(guī)模AI預訓練模型等計算和智能技術為現(xiàn)代藥物研發(fā)創(chuàng)新帶來新機遇。
目前天河超級計算平臺支撐了數(shù)十家機構、上百個研發(fā)團隊開展高性能計算支撐的虛擬藥物研發(fā)工作,取得了良好的成效。國家超級計算天津中心高性能計算部部長康波表示,超算團隊將基于天河新一代超級計算機,研發(fā)物理生化模型與人工智能結合的藥物設計新方法,構建計算機輔助藥物設計研發(fā)核心鏈條聚合機制,探索算數(shù)融合、藥工結合、研用協(xié)同的信創(chuàng)數(shù)字數(shù)值裝置模式,研制面向創(chuàng)新藥物發(fā)現(xiàn)的虛擬實驗室,提升超算驅(qū)動現(xiàn)代藥物創(chuàng)新發(fā)展的綜合支撐能力。
(選自2022年10月10日《科技日報》,本刊有刪改)