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從大規(guī)模泛癌擾動(dòng)篩選中發(fā)現(xiàn)合成致死相互作用

2023-04-16 10:21:50趙林
關(guān)鍵詞:樣本量靶標(biāo)畸變

癌癥治療的發(fā)展受藥物靶標(biāo)有限的限制。潛在的候選藥物靶標(biāo)可以基于合成致死(SL)的概念來鑒定。合成致死是指一對基因,其中任一基因單獨(dú)出現(xiàn)畸變都是非致死性的,但同時(shí)出現(xiàn)畸變對細(xì)胞是致死性的。在這里,研究人員提出了R中的合成致死識(shí)別(SLIdR),這是一種用于從大規(guī)模擾動(dòng)篩選中識(shí)別合成致死對(SL對)的統(tǒng)計(jì)框架。SLIdR 成功地預(yù)測了SL對,即使樣本量較小,同時(shí)最大限度地減少了假陽性靶標(biāo)的數(shù)量。研究將SLIdR應(yīng)用于Project DRIVE數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)已建立的和潛在的泛癌和癌癥類型特異性SL對,與文獻(xiàn)和藥物反應(yīng)篩選數(shù)據(jù)的結(jié)果一致。該研究通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了肝細(xì)胞癌中2種預(yù)測SL對的相互作用(ARID1ATEAD1和AXIN1-URI1),從而證實(shí)了SLIdR鑒定潛在藥物靶標(biāo)的能力。

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