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基于VIGS 技術(shù)干擾病毒RNA 防控?zé)煵蔹S瓜花葉病毒病

2023-07-17 07:36:36郭玉鴿張倩楊惠娟李俊營常棟張富生武兆云閻海濤楊鐵釗
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年6期
關(guān)鍵詞:花葉病毒煙株侵染

郭玉鴿,張倩,楊惠娟,李俊營,常棟,張富生,武兆云,閻海濤,楊鐵釗

(1. 河南農(nóng)業(yè)大學(xué)煙草學(xué)院,河南鄭州 450002;2. 河南省煙草公司平頂山市公司,河南平頂山 467000)

由黃瓜花葉病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)引起的花葉病是煙草上的重要病害,嚴(yán)重影響煙葉質(zhì)量[1,2]。 黃瓜花葉病毒是雀麥花葉病毒科(Bromoviridae)黃瓜花葉病毒屬(Cucumovirus)的典型成員,為三分體正義單鏈RNA 病毒[3],編碼5 種蛋白[4]。 RNA1 編碼1a 復(fù)制酶蛋白[5];RNA2 的5′端編碼2a 復(fù)制酶蛋白,3′端編碼2b 蛋白[6]。 前人研究發(fā)現(xiàn)植物受CMV 侵染后的癥狀表現(xiàn)是由1a 和2a 復(fù)制酶蛋白共同決定的,二者具有協(xié)同作用[7]。 RNA3 的5′端編碼胞間運(yùn)動(dòng)蛋白(MP),3′端編碼外殼蛋白(CP),與病毒擴(kuò)散、長距離運(yùn)輸和包被作用有關(guān)[8]。 目前生產(chǎn)上防治煙草黃瓜花葉病毒病通常以化學(xué)防治為主,容易造成藥劑殘留和環(huán)境污染等問題[9,10]。 培育抗病品種也是防治煙草黃瓜花葉病的有效方式之一[11],但至今還沒有從煙草上克隆出CMV 抗性基因[12],育種工作進(jìn)展緩慢,而生物防治技術(shù)已經(jīng)逐漸成為病害防治的新方法[13]。

病毒誘導(dǎo)基因沉默(virus-induced gene silence,VIGS)是一種對(duì)植物進(jìn)行反向遺傳操作的技術(shù)[14],是植物防御機(jī)制的表現(xiàn)[15]。 農(nóng)桿菌介導(dǎo)的VIGS 技術(shù)通過農(nóng)桿菌將攜帶目的基因片段的病毒載體轉(zhuǎn)移到植物細(xì)胞中[16],介導(dǎo)靶向同源基因的mRNA 降解,引起目的基因沉默[17]。 煙草脆裂病毒(Tobacco rattle virus, TRV)載體是使用最廣泛的VIGS 載體,具有沉默效率高、持久性長、不會(huì)對(duì)宿主造成明顯傷害等優(yōu)點(diǎn)[18]。 目前VIGS 技術(shù)多用于基因功能鑒定和抗病抗蟲[19,20]研究上:如龔攀[21]構(gòu)建的甜菜VIGS 體系驗(yàn)證了抗旱相關(guān)基因功能;劉天波等[22]沉默馬鈴薯Y 病毒脈壞死株系外殼蛋白基因有效防治馬鈴薯Y病毒病。 有研究表明,CMV 在不同作物中起關(guān)鍵作用的基因是不同的[23]。 因此本研究根據(jù)CMV基因組及其編碼蛋白的組成特征,構(gòu)建靶向相關(guān)基因片段的TRV 載體,比較煙株接種VIGS 載體后對(duì)CMV 的抗性,以期篩選適用于大田防治煙草黃瓜花葉病的最佳VIGS 體系。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

試驗(yàn)于2022 年4—5 月進(jìn)行。 參試烤煙品種為中煙100,由河南農(nóng)業(yè)大學(xué)煙草學(xué)院育種實(shí)驗(yàn)室提供。 pTRV2 載體購自武漢淼靈生物科技有限公司,根癌農(nóng)桿菌GV3101 感受態(tài)細(xì)胞購自上海唯地生物技術(shù)有限公司。 CMV 病毒葉片由河南農(nóng)業(yè)大學(xué)煙草學(xué)院育種實(shí)驗(yàn)室提供。

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 引物設(shè)計(jì) 根據(jù)已測(cè)定的CMV(GenBank登錄號(hào):GCA_000864745.1)序列,選取適合用來構(gòu)建VIGS 載體的片段,使用Oligo 7 軟件設(shè)計(jì)特異性引物,其序列如表1 所示。

表1 本研究使用的引物序列

1.2.2 VIGS 載體的構(gòu)建 利用TRIzol 法提取感染了CMV 病毒的煙葉總RNA,參照北京全式金生物技術(shù)有限公司TransScript One-Step gDNA Removal and cDNA Synthesis SuperMix 說明書反轉(zhuǎn)成cDNA。 以獲得的cDNA 為模板,按照表1 引物利用諾唯贊生物技術(shù)有限公司的P505 高保真酶進(jìn)行PCR 擴(kuò)增。 擴(kuò)增體系:2×Phanta Max Buffer 25 μL,dNTP Mix(10 mmol/L) 1 μL,Phanta Max Super-Fidelity DNA Polymerase 1 μL,上下游引物(10 μmol/L)各2 μL,cDNA(20 μmol/L)模版1 μL,ddH2O 補(bǔ)至50 μL。 反應(yīng)條件:95℃預(yù)變性3 min;95℃變性15 s,68℃退火15 s,72℃延伸30 s,35 個(gè)循環(huán);72℃終延伸5 min,瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后純化回收目的片段。 對(duì)pTRV2 空載體質(zhì)粒進(jìn)行EcoRⅠ/BamHⅠ雙酶切后獲得線性化載體。將擴(kuò)增產(chǎn)物與線性化載體進(jìn)行連接,隨后轉(zhuǎn)化至大腸桿菌DH5α 感受態(tài)細(xì)胞。 將測(cè)序正確的單克隆菌株擴(kuò)繁并提取質(zhì)粒保存。

1.2.3 重組表達(dá)載體轉(zhuǎn)化 參照上海唯地生物技術(shù)有限公司的農(nóng)桿菌GV3101 感受態(tài)細(xì)胞的使用說明書,將重組表達(dá)載體pTRV2-CMV-1a、pTRV2-CMV-2a、pTRV2-CMV-MP 和pTRV2-CMV-CP 轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌GV3101 感受態(tài)細(xì)胞。 將菌液均勻涂抹在LB(含有濃度為25 mg/mL 利福平和50 mg/mL 卡那霉素)固體培養(yǎng)基上,28℃下倒置培養(yǎng)48 h;挑取單菌落經(jīng)PCR 擴(kuò)增后,使用瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)驗(yàn)證后分別擴(kuò)繁。

1.2.4 農(nóng)桿菌轉(zhuǎn)化煙草 將pTRV1、pTRV2、pTRV2-CMV-1a、pTRV2-CMV-2a、pTRV2-CMVMP 和pTRV2-CMV-CP 分別接種到LB 液體培養(yǎng)基上,28℃、200 r/min 過夜培養(yǎng)后,調(diào)整濃度OD600值為0.8 ~1.0,用pTRV1 分別與pTRV2、pTRV2-CMV-1a、pTRV2-CMV-2a、pTRV2-CMV-MP和pTRV2-CMV-CP 等比混合,離心后棄上清液,將沉淀重懸于等體積的侵染緩沖液(50 mmol/L MgCl2、50 mmol/L MES、0.1 mmol/L 乙酰丁香酮)中。 選取長勢(shì)均勻一致的六葉一心煙苗,用1 mL注射器注射侵染液于煙株嫩葉背面,每株煙注射2 片葉,每片葉注射1 mL。

1.3 試驗(yàn)設(shè)計(jì)

共設(shè)置6 個(gè)處理,分別為CK:不注射煙株;空載:注射接種含pTRV2 的侵染液(空載體對(duì)照);C1:注射接種含pTRV2-CMV-1a 的侵染液;C2:注射接種含pTRV2-CMV-2a 的侵染液;C3:注射接種含pTRV2-CMV-MP 的侵染液;C4:注射接種含pTRV2-CMV-CP 的侵染液。 每個(gè)處理注射接種20 株煙,每株煙接種2 mL,接種載體后14 d各處理均用金剛砂摩擦接種CMV 病毒。

1.4 測(cè)定指標(biāo)

1.4.1 VIGS 載體接種效果及基因沉默效果的測(cè)定 在接種VIGS 載體后10 d,各處理隨機(jī)選擇兩株煙,取新長出的葉片,充分消毒后提取RNA,按照表1 中TRV2 擴(kuò)增引物進(jìn)行RT-PCR 檢測(cè)。在接種病毒后7、14、21 d 時(shí),各處理分別選擇3株煙,取心葉向下第二片葉,充分消毒后提取RNA,反轉(zhuǎn)錄成cDNA,以煙草26S rRNA 為內(nèi)參基因,根據(jù)GenBank 發(fā)布的相關(guān)基因序列設(shè)計(jì)擴(kuò)增引物(表2)。 按照Quant qRT-PCR kit (SYBR Green,TIANGEN 公司)使用說明在StepOneTMReal-Time PCR 儀(Life technologies 公司)上進(jìn)行qRT-PCR 檢測(cè)。 根據(jù)已得到的Ct 值,采用2-ΔΔCt法分析CMV 和TRV 基因的相對(duì)表達(dá)量。 基因沉默效率(%)計(jì)算公式:(對(duì)照組CMV 累積量-處理組CMV 累積量)/對(duì)照組CMV 累積量×100。

表2 qRT-PCR 所用引物

1.4.2 病毒濃度的測(cè)定 在接種病毒后30 d,各處理選擇發(fā)病情況一致的3 株煙,取心葉向下第二片葉,液氮速凍后保存于冰箱,使用黃瓜花葉病毒(CMV)酶聯(lián)免疫分析試劑盒(上海酶聯(lián)生物科技有限公司)測(cè)定煙株內(nèi)CMV 病毒濃度。

1.4.3 發(fā)病情況的測(cè)定 在接種病毒后第7 天觀察發(fā)病情況。 根據(jù)《煙草病蟲害分級(jí)及調(diào)查方法》(GB/T 23222—2008)以株為單位進(jìn)行病級(jí)鑒定,根據(jù)下列公式計(jì)算發(fā)病率、病情指數(shù)和防治效果。

發(fā)病率(%)=發(fā)病株數(shù)/調(diào)查總株數(shù)×100 ;

病情指數(shù)=(Σ 各級(jí)病株數(shù)×病級(jí)代表值)/(調(diào)查總株數(shù)×最高病級(jí)代表值)×100 ;

防治效果(%)=(對(duì)照病情指數(shù)-處理病情指數(shù))/對(duì)照病情指數(shù)×100 。

1.5 數(shù)據(jù)分析

采用SPSS 16.0 軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行差異顯著性分析(Duncan′s),采用Microsoft Excel 2007 整理分析數(shù)據(jù)。

2 結(jié)果與分析

2.1 VIGS 載體構(gòu)建

由圖1 可知,PCR 擴(kuò)增得到的基因片段大小與表1 一致。 分別將這些基因片段同pTRV2 的線性化載體相連接,獲得對(duì)應(yīng)的表達(dá)載體,將測(cè)序正確的表達(dá)載體轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌GV3101 感受態(tài)細(xì)胞。

圖1 目的基因的PCR 擴(kuò)增

2.2 VIGS 載體接種效果

以TRV2-F/TRV2-R 為引物,進(jìn)行RT-PCR檢測(cè)(圖2),產(chǎn)物大小約為744 bp,說明VIGS 載體成功導(dǎo)入煙株。

圖2 VIGS 載體接種煙株后的RT-PCR 檢測(cè)

2.3 基因沉默效果分析

從圖3 可以看出,空載體處理的CMV 相對(duì)表達(dá)量在接種病毒后7 d 和21 d 與對(duì)照相比有一定程度的降低。 接種病毒7 d 后,C2 處理的CMV相對(duì)表達(dá)量最低,基因沉默效率最高,為46.25%;接種病毒14 d 后,空載體處理的病毒相對(duì)表達(dá)量較對(duì)照有一定程度的升高,C2 和C3 處理的病毒相對(duì)表達(dá)量均顯著低于對(duì)照,基因沉默效率分別為39.38%和26.24%;接種病毒21 d 后,接種載體的處理CMV 相對(duì)表達(dá)量均顯著低于對(duì)照和空載體處理,C2 處理基因沉默效率仍最高,為36.8%,C4 處理次之。

圖3 接種病毒后CMV 相對(duì)表達(dá)量

從圖4 可以看出,TRV 相對(duì)表達(dá)量不同處理間差異顯著,C2 處理的TRV 表達(dá)量顯著高于空載體處理,C4 次之,C1 最少。

圖4 接種病毒后TRV 相對(duì)表達(dá)量

2.4 基因沉默后病毒濃度

接種病毒30 d 后,各處理CMV 濃度表現(xiàn)出與CMV 相對(duì)表達(dá)量相似的變化趨勢(shì),C2、C3、C4處理的CMV 濃度均顯著低于對(duì)照和空載體處理。其中C2 處理的病毒濃度最低,僅為對(duì)照的72.8%;C4 次之,病毒濃度為對(duì)照的86.5%;C3 處理為對(duì)照的91.3%(圖5)。

圖5 接種病毒后30 d CMV 濃度變化

2.5 基因沉默后抗病效果分析

由表3 可知,發(fā)病初期C2 處理的發(fā)病率、病情指數(shù)最低,防治效果最好;C4 處理次之;空載體的發(fā)病情況略輕于對(duì)照。 發(fā)病高峰期,除C2 處理發(fā)病率為95%外,其它處理的發(fā)病率均為100%,C2 的病情指數(shù)最低,防治效果最好。

表3 不同處理的發(fā)病情況

3 討論

Waterhouse 等[24]將馬鈴薯Y 病毒蛋白酶基因片段轉(zhuǎn)入煙草中,獲得抗馬鈴薯Y 病毒的轉(zhuǎn)基因煙草。 程英豪等[25]將黃瓜花葉病毒(CMV)外殼蛋白轉(zhuǎn)入煙草,獲得的轉(zhuǎn)基因煙草對(duì)CMV 抗性增強(qiáng)。 目前煙草的大多數(shù)抗病毒研究都是通過將病毒的外殼蛋白基因?qū)霟煵輥硖岣呖剐訹26,27],該過程會(huì)產(chǎn)生病毒蛋白,因此其安全性存在爭(zhēng)議[28]。 病毒誘導(dǎo)的基因沉默(VIGS)屬于轉(zhuǎn)錄后水平的基因沉默(posttranscriptional gene silencing,PTGS),利用植物固有的RNA 干擾和病毒免疫應(yīng)答機(jī)制[29],避免了翻譯為蛋白的安全性問題。 目前VIGS 技術(shù)已成功應(yīng)用到病蟲害防治中,也被稱為寄主誘導(dǎo)的基因沉默(host-induced gene silencing,HIGS)。 Nowara 等[30]首次發(fā)現(xiàn),將病原體基因?qū)氩《据d體并感染寄主植物后,寄主植物細(xì)胞中會(huì)產(chǎn)生dsRNA,并在病原體感染寄主時(shí)進(jìn)入病原體中,從而引發(fā)病原體發(fā)生PTGS。前人將線蟲基因片段導(dǎo)入TRV 載體后侵染擬南芥,成功抑制了根部寄生線蟲體內(nèi)目標(biāo)基因的表達(dá)[31]。

基因沉默的關(guān)鍵是找到起關(guān)鍵作用的靶標(biāo)基因。 CMV 的1a 和2a 蛋白共同組成RNA 聚合酶,并與寄主因子結(jié)合形成復(fù)合物,在病毒的復(fù)制中起作用[32]。 位于胞間連絲的胞間運(yùn)動(dòng)蛋白(MP)參與了CMV 的胞間運(yùn)轉(zhuǎn)和系統(tǒng)運(yùn)轉(zhuǎn)[33]。 外殼蛋白(CP)是一個(gè)多功能蛋白,其主要功能是組裝病毒,此外該蛋白還是關(guān)鍵的致病因子,參與復(fù)制、翻譯、運(yùn)動(dòng)、蚜傳等多個(gè)過程[34]。 由于CMV 在不同作物中起關(guān)鍵作用的基因不同,因此本研究分別在CMV 的4 個(gè)關(guān)鍵蛋白上構(gòu)建VIGS 載體。

本研究建立的VIGS 體系中CMV-2a(C2)的基因沉默效果最好,接種病毒后7 d 基因沉默效率最高,病毒累積量最低。 這與前人的研究結(jié)果相似:將CMV 的2a 基因轉(zhuǎn)化入煙草,獲得的煙草植株發(fā)病率降低,發(fā)病時(shí)間推遲[35]。 此外,空載體處理的CMV 累積量與對(duì)照相比也有所下降,接種病毒后21 d 達(dá)到顯著性差異。 前人研究認(rèn)為病毒是植物的應(yīng)激因素,推測(cè)接種空載體后引起了植物一系列的防御反應(yīng)[36],抑制了CMV 病毒在煙株內(nèi)的傳播。 接種病毒30 d 后,C2 處理的CMV 病毒濃度最低,即CMV-2a VIGS 載體對(duì)CMV 的抑制作用最好,且TRV 載體的含量在各處理中最高。 C2 處理發(fā)病初期的發(fā)病率最低,僅為對(duì)照的40%,發(fā)病時(shí)間推遲,有效抑制了CMV在煙株內(nèi)的傳播。

通過VIGS 技術(shù)沉默CMV-2a 基因可以很好地防治煙草黃瓜花葉病,下一步將進(jìn)行大規(guī)模田間試驗(yàn),為后期大田應(yīng)用提供理論基礎(chǔ)。 VIGS 技術(shù)具有成本低、方法操作簡(jiǎn)單等優(yōu)點(diǎn)[37],并且對(duì)植物無傷害,對(duì)環(huán)境無污染,是一種具有較好應(yīng)用前景的方法。 然而溫度是限制VIGS 技術(shù)應(yīng)用的主要因素[38],因此開發(fā)出耐高溫的載體是VIGS技術(shù)未來需要努力的重點(diǎn)和方向。

4 結(jié)論

本研究建立的CMV-2a VIGS 體系能夠有效沉默外源侵入的CMV 基因的表達(dá),基因沉默效率高達(dá)46.25%,有效抑制了CMV 在煙株內(nèi)的傳播,發(fā)病時(shí)間推遲,防治效果最好,為防治煙草黃瓜花葉病毒病提供了新的思路與方法。

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