邱建雄,陳安琪,,閆明月,支鵬翔,李剛強(qiáng),,聞路紅,
(1.寧波大學(xué)高等技術(shù)研究院,浙江 寧波 315211;2.寧波華儀寧創(chuàng)智能科技有限公司,浙江 寧波 315100)
精密顯微操控技術(shù)在生命科學(xué)領(lǐng)域中具備顯著的應(yīng)用潛力[1]。近年來,精密顯微操控技術(shù)的發(fā)展引領(lǐng)了單細(xì)胞質(zhì)譜分析技術(shù)的革新,推動(dòng)了單細(xì)胞代謝組學(xué)的進(jìn)步[2],在藥物代謝監(jiān)測[3]、細(xì)胞精準(zhǔn)分型[4]、腫瘤脂質(zhì)研究[5]等方面作出了重要貢獻(xiàn)。在單細(xì)胞質(zhì)譜分析的應(yīng)用場景下,毛細(xì)針是一種被廣泛應(yīng)用的顯微操控末端執(zhí)行器,其自身特性直接影響了單細(xì)胞分離[6]、代謝物提?。?]、微液滴分配[8]等核心環(huán)節(jié)的精度和可靠性。
端部口徑是毛細(xì)針的關(guān)鍵參數(shù),不同類型的研究對(duì)毛細(xì)針口徑均有著嚴(yán)苛的要求[8~10]。傳統(tǒng)的毛細(xì)針口徑檢查方法依賴于人工操作,要求實(shí)驗(yàn)人員在顯微鏡下目視判定毛細(xì)針的口徑尺寸。該方法效率低下,且受主觀經(jīng)驗(yàn)影響,判讀誤差大,難以滿足高通量的單細(xì)胞分析需求。因此,研發(fā)自動(dòng)化的毛細(xì)針口徑檢查技術(shù)可大幅提升毛細(xì)針口徑判讀的效率和精度,具有巨大的實(shí)用價(jià)值。
毛細(xì)針口徑識(shí)別算法是自動(dòng)化毛細(xì)針口徑檢查技術(shù)的根基,通常通過識(shí)別毛細(xì)針端部的幾何特征來實(shí)現(xiàn)。霍夫(Hough)變換是一種常用的檢測算法,但其存在消耗內(nèi)存大、運(yùn)算速度慢等問題[11]。邊緣追蹤可以有效解決Hough變換的問題,但是會(huì)受到噪聲和圖像質(zhì)量影響[12]。深度學(xué)習(xí)是一種表現(xiàn)出色的對(duì)圖像進(jìn)行端到端學(xué)習(xí)的方法,但需要大量標(biāo)注數(shù)據(jù)和計(jì)算資源,同時(shí)對(duì)模型的可解釋性較差[13]。
針對(duì)上述問題,本文提出了一種基于自適應(yīng)感興趣區(qū)域(region of interest,ROI)提取的口徑識(shí)別算法。該算法無需采集額外背景圖像,通過準(zhǔn)確鎖定針尖ROI并進(jìn)行雙向同步點(diǎn)掃,完成針尖端部兩個(gè)特征端點(diǎn)的定位,實(shí)現(xiàn)毛細(xì)針口徑的快速、精準(zhǔn)判讀,為精密顯微操控技術(shù)奠定了良好的算法基礎(chǔ)。
將采集到的毛細(xì)針尖圖像進(jìn)行Mean-Shift[14]圖像分割處理,可以得到一個(gè)顏色漸變、紋理平緩的圖像,由于所關(guān)注的特征區(qū)域可以僅由執(zhí)行器的外部輪廓確定,因此細(xì)節(jié)的紋理信息并不是必要的。對(duì)分割好的圖像進(jìn)行Canny邊緣提?。?5],因?yàn)镃anny提取的邊緣受雙閾值影響連續(xù)性無法保證,故對(duì)邊緣進(jìn)行圖像閉運(yùn)算使得小范圍內(nèi)離散的邊緣連續(xù)。最后通過對(duì)連續(xù)輪廓進(jìn)行外接矩形操作,以外接矩形周長為判斷條件,篩選出外接矩形面積最大的輪廓為目標(biāo)輪廓。將最大外接矩形的左下頂點(diǎn)設(shè)為ROI 中心,獲取80 像素×80 像素的ROI,圖1 為ROI提取算法的流程。
圖1 ROI算法流程
采用1.1節(jié)ROI自動(dòng)定位方法定位ROI。在本文中的ROI即為以特征點(diǎn)為中心的80 像素×80 像素鄰域。如圖2所示,分別為不同口徑毛細(xì)針以特征點(diǎn)構(gòu)建的最大外接矩形示意。從圖中可以看出:毛細(xì)針尖處的幾何輪廓與最大外接矩形在空間上呈相切關(guān)系,因此可利用特征點(diǎn)進(jìn)行自下而上,自左而右的雙向同步掃描確定切點(diǎn)位置。
圖2 不同口徑毛細(xì)針示意
通過計(jì)算兩切點(diǎn)的歐氏距離及像素點(diǎn)與空間長度映射關(guān)系,可實(shí)現(xiàn)毛細(xì)針口徑的數(shù)值化。其數(shù)學(xué)模型如式(1)~式(3)所示
其中,α為映射系數(shù)在成像條件固定情況下為常數(shù),在本文中α =1.6 pixel/μm。
為驗(yàn)證針尖ROI定位算法的可靠性,實(shí)驗(yàn)采用了針尖口徑5~10 μm 毛細(xì)針進(jìn)行ROI 選取,圖像分辨率為1 920像素×1 200像素,通過Python 3.7編程實(shí)現(xiàn)。
根據(jù)ROI 定位算法實(shí)現(xiàn)流程,結(jié)果如圖3 所示。圖3(a)為原始拍攝的三原色(RGB)通道圖像;圖3(b)為經(jīng)過Mean-Shift圖像分割之后的圖像;圖3(c)為Mean-Shift后采用Canny算法的特征輪廓;圖3(d)為Canny后采用圖像閉運(yùn)算的效果圖;圖3(e)為輪廓最大周長外接矩形;圖3(f)為經(jīng)過ROI 提取算法后的ROI 圖像。通過結(jié)果可以看出針尖ROI定位算法可以準(zhǔn)確提取毛細(xì)針尖區(qū)域。
圖3 ROI提取可視化
Wang W H等人[16]將640像素×480 像素的顯微圖像通過每幀圖像中減去未變化的背景來區(qū)分運(yùn)動(dòng)物體,將ROI縮小至100像素×80像素,閆明月等人[17]采用的點(diǎn)掃法在獲取ROI時(shí)要求具備毛細(xì)針的背景圖像。雖然都成功獲取了針尖處的ROI,但是其ROI提取需要多幀圖像信息輔助,該項(xiàng)工作中,通過圖像分割策略緩和整幅圖像在色彩上的差異,假設(shè)外輪廓為ROI 提取中的主要特征,通過Canny邊緣提取與輪廓最大外接矩形,確定ROI特征點(diǎn),在不需要額外信息的情況下得到80 像素×80 像素的ROI圖像。
針尖口徑大小的確定依賴于針尖口徑兩端的特征端點(diǎn),因此對(duì)特征端點(diǎn)的坐標(biāo)定位進(jìn)行誤差分析,采用不同基質(zhì)背景與不同口徑的毛細(xì)針進(jìn)行誤差分析實(shí)驗(yàn),特征端點(diǎn)選定及距離示意如圖4 所示,誤差分析結(jié)果如表1 所示。其中,定義左側(cè)點(diǎn)為特征點(diǎn)1,右側(cè)點(diǎn)為特征點(diǎn)2。特征點(diǎn)誤差分析為人為標(biāo)定點(diǎn)與算法標(biāo)定點(diǎn)的歐氏距離差??梢钥闯銎骄罘秶?個(gè)像素點(diǎn)以內(nèi)。毛細(xì)針口徑大小的識(shí)別誤差在百納米級(jí)別,且適用于不同口徑大小的毛細(xì)針。
表1 毛細(xì)針口徑識(shí)別算法誤差分析
圖4 不同環(huán)境下的多孔徑毛細(xì)針口徑識(shí)別
表2為該方法關(guān)鍵步驟的平均運(yùn)行時(shí)間,處理關(guān)鍵步驟的平均計(jì)算時(shí)間為240.1 ms,其中口徑識(shí)別耗時(shí)10.8 ms,這表明所提出的方法是實(shí)時(shí)的。
表2 關(guān)鍵步驟平均計(jì)算時(shí)長
本文針對(duì)顯微視野中的毛細(xì)針空間定位與口徑大小進(jìn)行研究,針對(duì)針尖的二維平面定位提出自適應(yīng)ROI提取算法,通過圖像分割策略提取毛細(xì)針外輪廓最大外接矩形特征點(diǎn),減少ROI獲取先驗(yàn)條件與后續(xù)應(yīng)用計(jì)算量;針對(duì)毛細(xì)針口徑識(shí)別提出基于雙向同步點(diǎn)掃描的口徑識(shí)別算法,實(shí)現(xiàn)亞微米級(jí)口徑大小識(shí)別。
實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明:本文方法既可以有效解決毛細(xì)針尖的高精度定位,又能實(shí)現(xiàn)像素級(jí)針尖口徑大小識(shí)別,為后續(xù)單細(xì)胞操作、顯微注射、毛細(xì)管電泳等系統(tǒng)研究奠定良好的基礎(chǔ)。