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基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證探討藤黃酸抑制膀胱癌的作用及機(jī)制

2024-03-14 03:48:42陳瑞琦熊洪劉宏偉廣東醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院泌尿外科研究室廣東湛江524001
中南藥學(xué) 2024年2期
關(guān)鍵詞:藤黃劃痕膀胱癌

陳瑞琦,熊洪,劉宏偉(廣東醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院泌尿外科研究室,廣東 湛江 524001)

膀胱癌(bladder cancer,BC)是泌尿系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤之一,是世界上第十大常見癌癥[1]。數(shù)據(jù)顯示,近年來我國膀胱癌的總發(fā)病率呈上升趨勢[2]。膀胱癌根據(jù)其浸潤深度可分為肌層浸潤性膀胱癌(muscle-invasive bladder cancer,MIBC)和非肌層浸潤性膀胱癌(non muscle-invasive bladder cancer,NMIBC)[3]?,F(xiàn)階段,新輔助化療聯(lián)合根治性膀胱切除術(shù)是目前治療MIBC的標(biāo)準(zhǔn)方案,然而部分無法接受手術(shù)的患者只能采用化療、放療等方法,在治療過程中會(huì)出現(xiàn)較大的不良反應(yīng)[4]。經(jīng)尿道膀胱腫瘤切除術(shù)聯(lián)合術(shù)后膀胱灌注化療或免疫治療是NMIBC的常規(guī)治療方案之一,但是治療效果有限,具有很高的復(fù)發(fā)率[5]。因此,有必要尋找具有更好療效且不良反應(yīng)較小的治療膀胱癌的潛在藥物。

研究發(fā)現(xiàn),中藥在抗腫瘤方面具有多靶點(diǎn)、不良反應(yīng)小、不易產(chǎn)生耐藥性等特點(diǎn)[6]。藤黃是藤黃科植物藤黃(GarciniahanburyiHook.F.)分泌出的樹脂,具有治療癰疽、損傷出血、牙疳蛀齒等作用[7]。藤黃酸(gambogic acid,GA)是從藤黃中提取的主要化合物之一,具有抗氧化、抗炎等多種功能。研究發(fā)現(xiàn),GA可抑制多種腫瘤細(xì)胞的增殖、遷移、侵襲能力,并促進(jìn)其凋亡[8]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是建立在藥物-基因-疾病的多層次網(wǎng)絡(luò)基礎(chǔ)上的新興學(xué)科,可以從整體上預(yù)測藥物的作用靶點(diǎn)[9]。本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)篩選GA抑制膀胱癌的潛在作用靶點(diǎn),通過細(xì)胞實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,探討GA抑制膀胱癌的作用及可能機(jī)制,為篩選出膀胱癌的潛在輔助治療藥物提供理論基礎(chǔ)。

1 材料

1.1 數(shù)據(jù)庫與軟件

PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)數(shù)據(jù)庫,PharmMapper(http://www.lilabecust.cn/pharmmapper/)數(shù)據(jù)庫,UniProt(https://www.uniprot.org/)數(shù)據(jù)庫,GeneCards(https://www.genecards.org)數(shù)據(jù)庫,STRING(https://cn.string-db.org/),David(https://david.ncifcrf.gov)數(shù)據(jù)庫,數(shù)據(jù)分析軟件Cytoscape 3.9.1,在線網(wǎng)站Venny 2.1.0(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/),在線網(wǎng)站微生信(http://www.bioinformatics.com.cn)。

1.2 材料

人膀胱癌UM-UC-3細(xì)胞(中科院上海細(xì)胞庫),DMEM培養(yǎng)基(貨號(hào):C11995500BT)、胰蛋白酶(貨號(hào):25200072)(美國 Gibco 公司),藤黃酸(成都植標(biāo)化純生物技術(shù)有限公司,貨號(hào):PCS0866),Annexin V-FITC凋亡分析試劑盒、SDS-PAGE 凝膠配制試劑盒、BCA 蛋白濃度測定試劑盒(上海碧云天生物技術(shù)有限公司),胎牛血清(貨號(hào):Z7185FBS-500)、ECL-Western blot化學(xué)發(fā)光液(貨號(hào):310208)(美國 Zeta Life 公司),PI3 Kinase(PI3K)兔多克隆抗體、AKT 鼠單克隆抗體、Phospho-AKT(p-AKT)鼠單克隆抗體(美國Proteintech公司),Phospho-PI3 Kinase(p-PI3K)兔多克隆抗體(美國GeneTex公司),Cell counting Kit-8試劑盒(日本同仁化學(xué)研究所),Transwell小室(美國Corning公司),基質(zhì)膠(廣州市沃德生物科技有限公司)。

2 方法

2.1 獲取GA的作用靶點(diǎn)

在PubChem數(shù)據(jù)庫以“gambogic acid”為關(guān)鍵詞獲取GA 的3D結(jié)構(gòu)式的sdf文件,將文件上傳至 PharmMapper 數(shù)據(jù)庫,得到GA作用靶點(diǎn),再將靶點(diǎn)上傳至 UniProt 數(shù)據(jù)庫,通過ID mapping匹配靶點(diǎn)的基因名稱。

2.2 獲取膀胱癌的靶基因

以 “bladder cancer”為關(guān)鍵詞,在GeneCards數(shù)據(jù)庫檢索膀胱癌的相關(guān)靶基因。

2.3 獲取GA抑制膀胱癌的潛在靶基因

通過在線網(wǎng)站 Venny 2.1.0,取前兩步獲取的GA作用靶點(diǎn)和膀胱癌相關(guān)靶基因的交集,得到GA抑制膀胱癌的潛在靶基因。

2.4 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

將GA抑制膀胱癌的潛在靶基因上傳至 STRING數(shù)據(jù)庫,設(shè)置物種為“Homo sapiens”,最低互動(dòng)分?jǐn)?shù)要求>0.400,隱藏網(wǎng)絡(luò)中斷開的節(jié)點(diǎn),并將tsv數(shù)據(jù)文件導(dǎo)入Cytoscape 3.9.1分析,通過Betweeness Centrality算法得到潛在靶基因的中介中心性。

2.5 GO和KEGG分析

將得到的中介中心性最高的20個(gè)潛在靶基因上傳至 DAVID 數(shù)據(jù)庫,限制物種為“Homo sapiens”,選擇GO 生物過程(BP)、細(xì)胞組分(CC)、分子功能(MF),KEGG 通路進(jìn)行分析,將所得結(jié)果通過在線網(wǎng)站微生信進(jìn)行可視化處理。

2.6 GA溶液的制備

將GA粉末配制成1000 μmol·L-1的GA水溶液,避光儲(chǔ)存于-20℃冰箱,實(shí)驗(yàn)時(shí)稀釋成實(shí)驗(yàn)所需濃度。

2.7 細(xì)胞培養(yǎng)和分組

將UM-UC-3細(xì)胞接種于培養(yǎng)皿,使用DMEM完全培養(yǎng)基(10%濃度胎牛血清),置于37℃、5%CO2細(xì)胞培養(yǎng)箱中培養(yǎng),待細(xì)胞生長至80%以上時(shí)傳代。實(shí)驗(yàn)時(shí)按照GA藥物濃度(0、40、80、160 μmol·L-1)分為4組,0 μmol·L-1組為對照組。

2.8 CCK-8實(shí)驗(yàn)

取對數(shù)生長期UM-UC-3細(xì)胞,接種于96孔板,每孔3×103個(gè)細(xì)胞,置于細(xì)胞培養(yǎng)箱中培養(yǎng),24 h后棄舊培養(yǎng)基,分別加入含有不同濃度GA的培養(yǎng)基,每組設(shè)置3個(gè)復(fù)孔,繼續(xù)培養(yǎng)24、48、72 h,取出96孔板,每孔加入10 μL CCK-8 試劑,避光孵育2 h后檢測各孔在 450 nm 波長處的光密度(OD)值,計(jì)算細(xì)胞增殖抑制率。增殖抑制率(%)=(對照組OD值-實(shí)驗(yàn)組OD值)/對照組OD值×100%。

2.9 細(xì)胞克隆形成實(shí)驗(yàn)

取對數(shù)生長期UM-UC-3細(xì)胞,以每孔1×103個(gè)細(xì)胞接種于6孔板,24 h后棄舊培養(yǎng)基,分別加入含有不同濃度GA的培養(yǎng)基,10 d后棄培養(yǎng)基,用PBS清洗,4%多聚甲醛固定,0.1%結(jié)晶紫染液染色,沖洗、晾干后拍照,計(jì)算克隆形成數(shù)目。

2.10 細(xì)胞劃痕實(shí)驗(yàn)

取對數(shù)生長期UM-UC-3細(xì)胞,接種于6孔板,待細(xì)胞生長濃度超過90%后用200 μL規(guī)格的移液槍頭劃痕,棄舊培養(yǎng)基,分別加入含有不同濃度GA的培養(yǎng)基,顯微鏡下隨機(jī)選取3個(gè)視野拍照,繼續(xù)培養(yǎng)24 h后取出,在相同位置拍照,用Image J軟件測量劃痕面積,計(jì)算劃痕愈合率。劃痕愈合率(%)=(0 h劃痕面積-24 h劃痕面積)/0 h劃痕面積×100%。

2.11 Transwell遷移實(shí)驗(yàn)

取對數(shù)生長期UM-UC-3細(xì)胞,接種于6孔板,待細(xì)胞完全貼壁后棄舊培養(yǎng)基,分別加入含有不同濃度GA的培養(yǎng)基,24 h后棄培養(yǎng)基,胰蛋白酶消化后用不含血清的DMEM培養(yǎng)基制成細(xì)胞懸液,調(diào)整細(xì)胞濃度,取200 μL細(xì)胞懸液(含4×104個(gè)細(xì)胞)加入上室,下室加入600 μL DMEM完全培養(yǎng)基,繼續(xù)培養(yǎng)24 h后取出小室,4%多聚甲醛固定,0.1%結(jié)晶紫染液染色,沖洗、晾干后隨機(jī)選取3個(gè)視野拍照,計(jì)算細(xì)胞遷移數(shù)。

2.12 Transwell侵襲實(shí)驗(yàn)

用無血清DMEM培養(yǎng)基按8∶1的比例稀釋基質(zhì)膠,取50 μL稀釋后的基質(zhì)膠鋪于Transwell小室并放入培養(yǎng)箱,待基質(zhì)膠凝固后取出,其余步驟同“2.1.1”項(xiàng)下Transwell 遷移實(shí)驗(yàn)。

2.13 流式細(xì)胞術(shù)檢測細(xì)胞凋亡

取對數(shù)生長期UM-UC-3細(xì)胞接種于6孔板,待細(xì)胞完全貼壁后棄舊培養(yǎng)基,分別加入含有不同濃度GA的培養(yǎng)基,繼續(xù)培養(yǎng)24 h后取出,收集培養(yǎng)基和貼壁細(xì)胞,重懸,取1×106個(gè)細(xì)胞,PBS清洗,離心后棄PBS,使用195 μL Annexin V-FITC結(jié)合緩沖液制成細(xì)胞懸液并移入流式管,分別加入5 μL Annexin V和10 μL PI,避光孵育20 min,使用流式細(xì)胞儀分析。

2.14 Western blot 實(shí)驗(yàn)

取對數(shù)生長期UM-UC-3細(xì)胞接種于培養(yǎng)皿,分別加入含有不同濃度GA的培養(yǎng)基,繼續(xù)培養(yǎng)24 h后棄培養(yǎng)基,PBS清洗,提取總蛋白,BCA法測蛋白濃度,加熱變性,置于-20℃冰箱保存。SDSPAGE凝膠配制試劑盒配置凝膠,每孔上樣30 μg,經(jīng)電泳、電轉(zhuǎn)、封閉、切膜后加入對應(yīng)一抗(GAPDH 1∶10 000,F(xiàn)oxO1 1∶2000,AKT 1∶2000,p-AKT 1∶2000,PI3K 1∶500,p-PI3K 1∶500),置于4℃冰箱孵育過夜。次日取出條帶,洗膜3次后分別加入對應(yīng)二抗,孵育1 h,洗膜3次,化學(xué)發(fā)光法曝光成像,Image J軟件統(tǒng)計(jì)分析蛋白相對表達(dá)水平。

2.15 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

使用 SPSS 26.0和GraphPad Prism 8.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,所有實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次,實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差表示,兩組均數(shù)比較采用t檢驗(yàn),P<0.05表示差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

3 結(jié)果

3.1 GA抑制膀胱癌的潛在靶點(diǎn)

通過PubChem獲得GA的3D結(jié)構(gòu)式(見圖1),通過PharmMapper數(shù)據(jù)庫和UniProt數(shù)據(jù)庫獲得有效靶點(diǎn)219個(gè);通過GeneCards數(shù)據(jù)庫獲取膀胱癌相關(guān)基因11 618個(gè)。將兩者上傳至Venny 2.1.0,取交集,得到GA抑制膀胱癌的潛在靶點(diǎn)57個(gè)。

圖1 藤黃酸的3D結(jié)構(gòu)式Fig 1 3D structural formula of gambogic acid

3.2 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和核心靶點(diǎn)分析

通過使用STRING數(shù)據(jù)庫,得到GA抑制膀胱癌潛在靶點(diǎn)的蛋白互作圖(見圖2),其中節(jié)點(diǎn)數(shù)量55個(gè),邊數(shù)60條,平均節(jié)點(diǎn)度2.18,平均局部聚類系數(shù)為0.416,蛋白互作富集P值為0.007 48。Betweeness Centrality算法得到中介中心性最高的20個(gè)靶點(diǎn),見表1。

表1 藤黃酸抑制膀胱癌的潛在靶點(diǎn)(前20)Tab 1 Potential targets of inhibition of bladder cancer induced by gambogic acid (Top 20)

圖2 藤黃酸抑制膀胱癌的潛在靶點(diǎn)的蛋白互作圖Fig 2 Protein-protein interaction diagram of the potential targets of inhibition of bladder cancer induced by gambogic acid

3.3 GO和KEGG分析

將中介中心性最高的20個(gè)靶點(diǎn)進(jìn)行GO和KEGG通路富集分析,得到GO分析條目66條,其中包括維持中性粒細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)態(tài)等26個(gè)BP;囊泡膜等17個(gè)CC;參與氧氣轉(zhuǎn)運(yùn)等28個(gè)MF,見圖3;KEGG 通路富集分析顯示GA抑制膀胱癌可能與PI3K/AKT、FoxO1、HIF-1等信號(hào)通路相關(guān),見圖4。通過查閱文獻(xiàn)得知FoxO1作為FoxO家族的成員可以抑制膀胱癌,故后續(xù)選擇FoxO1進(jìn)行驗(yàn)證。

圖3 藤黃酸抑制膀胱癌的20個(gè)潛在靶基因的GO富集分析Fig 3 GO enrichment analysis of 20 potential target genes which inhibit bladder cancer by gambogic acid

圖4 藤黃酸抑制膀胱癌的20個(gè)潛在靶基因的KEGG通路富集分析Fig 4 KEGG pathway enrichment analysis of 20 potential target genes which inhibit bladder cancer by gambogic acid

3.4 GA抑制UM-UC-3細(xì)胞的增殖能力

CCK-8實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,GA處理24 h后,與對照組相比,各實(shí)驗(yàn)組UM-UC-3細(xì)胞的增殖均受到抑制,見表2;細(xì)胞克隆形成實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,與對照組相比,各實(shí)驗(yàn)組的克隆形成數(shù)目均降低,見圖5。提示GA可抑制UM-UC-3細(xì)胞的增殖能力。

表2 藤黃酸對UM-UC-3細(xì)胞增殖能力的影響(±s,n=3)Tab 2 Effect of gambogic acid on the proliferation ability of UM-UC-3 cells (±s,n=3)

表2 藤黃酸對UM-UC-3細(xì)胞增殖能力的影響(±s,n=3)Tab 2 Effect of gambogic acid on the proliferation ability of UM-UC-3 cells (±s,n=3)

注:與對照組相比,*P<0.05,**P<0.01,***P<0.001。Note:Compared with the control group,*P<0.05,**P<0.01,***P<0.001.

組別藥物作用時(shí)間OD值增殖抑制率/%對照組GA 40 μmol·L-1組GA 80 μmol·L-1組GA 160 μmol·L-1組24 h1.64±0.11-24 h1.43±0.08*13.79±1.23 24 h1.30±0.12**21.52±2.79 24 h1.08±0.05***36.92±3.40對照組GA 40 μmol·L-1組GA 80 μmol·L-1組GA 160 μmol·L-1組48 h3.46±0.02-48 h2.59±0.04***22.67±3.52 48 h2.11±0.10***37.01±2.41 48 h1.42±0.18***55.05±0.94 72 h4.22±0.08-72 h2.59±0.05***38.54±0.61 72 h1.98±0.05***53.09±2.12 72 h1.44±0.01***65.76±0.47對照組GA 40 μmol·L-1組GA 80 μmol·L-1組GA 160 μmol·L-1組

圖5 藤黃酸對UM-UC-3細(xì)胞克隆形成能力的影響Fig 5 Effect of gambogic acid on the colony formation of UM-UC-3 cells

3.5 GA抑制UM-UC-3細(xì)胞的遷移和侵襲能力

細(xì)胞劃痕實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,GA處理24 h后,與對照組相比,各實(shí)驗(yàn)組UM-UC-3細(xì)胞的劃痕愈合面積降低,見圖6;Transwell實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,GA處理24 h后,與對照組相比,各實(shí)驗(yàn)組UMUC-3細(xì)胞的遷移和侵襲數(shù)均降低,見圖7。提示GA抑制UM-UC-3細(xì)胞的遷移和侵襲能力。

圖6 藤黃酸對UM-UC-3細(xì)胞遷移能力的影響(×200)Fig 6 Effect of gambogic acid on the migration of UM-UC-3 cells(×200)

圖7 藤黃酸對UM-UC-3細(xì)胞遷移和侵襲能力的影響(×200)Fig 7 Effect of gambogic acid on the migration and invasion ability of UM-UC-3 cells(×200)

3.6 GA促進(jìn)UM-UC-3細(xì)胞的凋亡

細(xì)胞凋亡檢測實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,GA處理24 h后,與對照組相比,各實(shí)驗(yàn)組UM-UC-3細(xì)胞的凋亡率均增加,見圖8。提示GA可促進(jìn)UM-UC-3細(xì)胞的凋亡。

圖8 藤黃酸對UM-UC-3細(xì)胞凋亡的影響Fig 8 Effect of gambogic acid on the apoptosis of UM-UC-3 cells

3.7 GA調(diào)控UM-UC-3細(xì)胞PI3K/AKT/FoxO1信號(hào)通路的表達(dá)

Western blot 實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,GA處理24 h后,與對照組相比,各實(shí)驗(yàn)組UM-UC-3細(xì)胞的AKT蛋白表達(dá)水平未見變化,PI3K、p-PI3K均下調(diào),F(xiàn)oxO1表達(dá)量上調(diào);與對照組相比,GA 80、160 μmol·L-1組 UM-UC-3細(xì)胞的p-AKT表達(dá)量下調(diào),見圖9。提示GA可以下調(diào)PI3K、p-PI3K、p-AKT的表達(dá),上調(diào)FoxO1的表達(dá)。

圖9 藤黃酸對UM-UC-3細(xì)胞PI3K/AKT/FoxO1信號(hào)通路相關(guān)蛋白表達(dá)的影響Fig 9 Effect of gambogic acid on the expression of PI3K/AKT/FoxO1 signaling pathway-related proteins in UM-UC-3 cells

4 討論

研究表明,中藥可以直接抑制腫瘤的進(jìn)展,也能減少化療、放療引起的不良反應(yīng),目前已經(jīng)被廣泛運(yùn)用于腫瘤的輔助治療上,具有一定的療效[10]。GA是近年的研究熱點(diǎn)之一,有多項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)GA具有抗腫瘤作用。例如GA以劑量依賴的方式抑制前列腺癌細(xì)胞的增殖能力,并誘導(dǎo)其凋亡[11]。此外,GA可以抑制結(jié)腸癌HCT116和CT26細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲,并引發(fā)抗腫瘤免疫反應(yīng)[12]。本研究發(fā)現(xiàn),與對照組相比,GA處理后UM-UC-3細(xì)胞的增殖、遷移、侵襲能力均下降,提示GA可以抑制UM-UC-3細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲能力;流式細(xì)胞術(shù)結(jié)果顯示,GA處理后UM-UC-3細(xì)胞的凋亡率高于對照組,提示GA可以促進(jìn)UM-UC-3細(xì)胞的凋亡。

本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析,篩選出57個(gè)GA抑制膀胱癌的潛在靶點(diǎn),其中EP300和NOS2是中介中心性最高的兩個(gè)靶點(diǎn)。研究表明,EP300在膀胱癌中易發(fā)生突變,引起抗腫瘤免疫反應(yīng)[13]。NOS2已被證明在多種癌癥中高表達(dá),并且可作為癌癥預(yù)后的不良預(yù)測因子[14]。KEGG通路富集分析顯示GA抑制膀胱癌與PI3K/AKT、HIF-1和FoxO1信號(hào)通路具有較高相關(guān)性。HIF-1是一個(gè)在生物體代謝過程中起關(guān)鍵作用的調(diào)節(jié)因子,在多種良性或惡性腫瘤的表達(dá)均上調(diào)[15]。FoxO是一個(gè)可調(diào)節(jié)多種生物過程的轉(zhuǎn)錄因子,在細(xì)胞的衰老、凋亡、分化、DNA損傷修復(fù)等方面都能發(fā)揮功能,并且具有抑癌作用[16]。PI3K/AKT信號(hào)通路是細(xì)胞內(nèi)最重要的信號(hào)通路之一,參與多種細(xì)胞功能;但PI3K/AKT信號(hào)通路在癌癥的發(fā)展過程中往往會(huì)過度激活,促進(jìn)癌癥的發(fā)展[17]。研究發(fā)現(xiàn),F(xiàn)oxO轉(zhuǎn)錄因子在多種癌癥的發(fā)展過程中會(huì)作為PI3K/AKT信號(hào)通路的下游靶點(diǎn)而受到抑制[18]。例如PI3K/AKT信號(hào)通路通過抑制FoxO1的磷酸化,調(diào)控hnRNP-F蛋白的表達(dá),進(jìn)而促進(jìn)膀胱癌的增殖[19]。因此,本研究選擇PI3K/AKT/FoxO1通路,通過Western blot進(jìn)行驗(yàn)證,結(jié)果顯示GA可以下調(diào)PI3K、p-PI3K、p-AKT的表達(dá),并上調(diào)FoxO1的表達(dá),所以推測GA抑制膀胱癌的作用可能和PI3K/AKT/FoxO1信號(hào)通路有關(guān)。

綜上所述,本研究基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)方法,探討了GA抑制膀胱癌的作用及可能機(jī)制。研究表明,GA可以抑制膀胱癌UM-UC-3細(xì)胞的增殖、遷移、侵襲能力,并促進(jìn)其凋亡;其機(jī)制可能與調(diào)控PI3K/AKT/FoxO1信號(hào)通路有關(guān)。但本研究存在一定的不足之處,研究機(jī)制不夠深入,后續(xù)需通過挽救實(shí)驗(yàn)及動(dòng)物實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步驗(yàn)證。

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