謝帆 龔順 王澤瓊 肖玉雄 杜志強(qiáng) 仝鑄 何秀娟 邱文明 孫中海 潘志勇 肖翠
果蔬園藝作物種質(zhì)創(chuàng)新與利用全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,?武漢?430070;?3.?宜昌三峽百景宜農(nóng)業(yè)科技發(fā)展有限公司,?宜昌?443600)
摘要
柑橘黃龍病是對(duì)柑橘產(chǎn)業(yè)最具毀滅性的病害,目前沒有可用的有效藥劑和抗病品種,分子檢測(cè)對(duì)黃龍病有效防控至關(guān)重要。本研究對(duì)國(guó)內(nèi)外常用的常規(guī)PCR和巢式PCR檢測(cè)引物進(jìn)行評(píng)價(jià),針對(duì)多拷貝的nrdB和16S?rDNA基因,構(gòu)建質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品并篩選適用于絕對(duì)定量PCR的最佳質(zhì)粒。結(jié)果表明,使用Es?Taq?MasterMix對(duì)感染?Candidatus?Liberibacter?asiaticus?(CLas)的柑橘樣品進(jìn)行常規(guī)PCR檢測(cè)時(shí),在評(píng)價(jià)的16對(duì)引物中,OI1/OI2c、Las606/LSS和HLBF468/R877靈敏度最高,推薦同時(shí)使用檢測(cè)黃龍病菌含量低的樣品;各組巢式PCR檢測(cè)引物有其適用擴(kuò)增體系,部分引物用Es?Taq?MasterMix擴(kuò)增時(shí)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增,F(xiàn)1/B1→F3/B3則適用Es?Taq?MasterMix體系,且最高可穩(wěn)定特異檢出105倍稀釋感染CLas柑橘總DNA樣品(2×10-3?ng/μL),是靈敏度最高的引物組,OI1/OI2c→S3/S4在Es?Taq?MasterMix和Ex?Taq?DNA聚合酶體系中均可穩(wěn)定特異檢出104倍稀釋感染CLas柑橘總DNA樣品(2×10-2?ng/μL),是適用擴(kuò)增體系最廣的引物組;構(gòu)建的5個(gè)絕對(duì)定量PCR質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品中,pnrdB83擴(kuò)增效率最接近100%,且在2次重復(fù)試驗(yàn)中波動(dòng)最小,穩(wěn)定性最強(qiáng),并且作為標(biāo)準(zhǔn)品對(duì)黃龍病待測(cè)樣品進(jìn)行絕對(duì)定量時(shí),各樣品在2次重復(fù)試驗(yàn)中的拷貝數(shù)差值最小,是本研究篩選的最佳質(zhì)粒。本研究的結(jié)果將為柑橘黃龍病菌的定性和定量分子檢測(cè)提供參考。
關(guān)鍵詞
柑橘黃龍病;?常規(guī)PCR;?巢式PCR;?絕對(duì)定量PCR;?引物評(píng)價(jià)
中圖分類號(hào):
S?436.661.12
文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:?A
DOI:?10.16688/j.zwbh.2023396
Molecular?detection?primer?evaluation?and?absolute?quantitative?PCR?system?optimization?of?Candidatus?Liberibacter?asiaticus?(CLas)
XIE?Fan1,2#,?GONG?Shun1,2#,?WANG?Zeqiong1,?XIAO?Yuxiong1,?DU?Zhiqiang3,?TONG?Zhu1,HE?Xiujuan1,?QIU?Wenming1,?SUN?Zhonghai1,?PAN?Zhiyong2,?XIAO?Cui1*
(1.?Hubei?Key?Laboratory?for?Germplasm?Innovation?and?Utilization?of?Fruit?Trees,?Institute?of?Fruit?and?Tea,?Hubei?Academy
of?Agricultural?Sciences,?Wuhan?430064,?China;?2.?National?Key?Laboratory?for?Germplasm?Innovation?and?Utilization?of
Horticultural?Crops,?College?of?Horticulture?and?Forestry?Sciences,?Huazhong?Agricultural?University,?Wuhan?430070,?China;
3.?Yichang?Three?Gorges?Baijingyi?Agricultural?Science?and?Technology?Development?Co.,?Ltd.,?Yichang?443600,?China)
Abstract
Citrus?Huanglongbing?(HLB)?is?the?most?devastating?disease?for?the?citrus?industry.?Currently,?there?are?no?effective?cure?and?diseaseresistant?varieties?available.?Molecular?detection?is?crucial?for?the?effective?prevention?and?management?of?Huanglongbing.?In?this?study,?we?evaluated?the?commonly?and?worldwidely?employed?primers?for?conventional?PCR?and?nested?PCR?detection,?and?constructed?plasmid?standards?based?on?multiplecopy?nrdB?and?16S?rDNA?genes,?and?then?screened?the?best?plasmids?suitable?for?absolute?quantitative?PCR.?The?results?showed?that?among?the?16?pairs?of?primers?evaluated?in?this?study,?OI1/OI2c,?Las606/LSS?and?HLBF468/R877?had?the?highest?sensitivity?when?using?Es?Taq?MasterMix?for?conventional?PCR?detection?of?Candidatus?Liberibacter?asiaticus?(CLas)?infecting?citrus?samples,?which?was?recommended?to?detect?samples?with?low?CLas?titer.?Each?nested?PCR?detection?primer?had?their?applicable?amplification?systems,?and?some?primers?showed?strong?nonspecific?amplification?when?amplified?with?Es?Taq?MasterMix,?while?F1/B1→F3/B3?were?suitable?for?Es?Taq?MasterMix?system,?and?could?stably?and?specifically?detect?the?105fold?diluted?citrus?total?DNA?samples?(2×10-3?ng/μL)?infected?with?CLas,?which?was?the?primer?set?with?the?highest?sensitivity.?OI1/OI2c→S3/S4?could?stably?and?specifically?detect?104fold?diluted?citrus?total?DNA?samples?(2×10-2?ng/μL)?infected?with?CLas?both?in?Es?Taq?MasterMix?and?Ex?Taq?DNA?polymerase?systems,?which?was?the?primer?set?with?the?widest?applicable?amplification?systems.?Among?the?five?plasmid?standards?constructed?for?absolute?quantitative?PCR,?pnrdB83?was?the?best?plasmid?whose?amplification?efficiency?was?closest?to?100%?and?with?the?least?fluctuation?and?strongest?stability?between?two?repeated?experiments.?Besides,?when?used?pnrdB83?as?a?standard?for?absolute?quantification?of?Huanglongbing?samples,?the?copy?number?difference?of?each?sample?between?the?two?repeated?experiments?is?the?smallest.?The?results?will?provide?a?reference?for?qualitative?and?quantitative?molecular?detection?of?CLas.
Key?words
citrus?Huanglongbing;?conventional?PCR;?nested?PCR;??absolute?quantitative?PCR;?primer?evaluation
柑橘是世界第一大水果[1],目前我國(guó)柑橘產(chǎn)業(yè)規(guī)模位居世界首位,產(chǎn)量占世界的1/3左右[2],是我國(guó)南方鄉(xiāng)村振興的支柱產(chǎn)業(yè)[3]。柑橘黃龍病是對(duì)柑橘產(chǎn)業(yè)最具毀滅性的病害,其病原菌是無(wú)法在培養(yǎng)基上分離培養(yǎng)的韌皮部桿菌屬Candidatus?Liberibacter細(xì)菌[4]。柑橘受到黃龍病菌侵染后樹體長(zhǎng)勢(shì)嚴(yán)重削弱,植株表現(xiàn)葉片斑駁黃化,果實(shí)畸形且著色不均等癥狀[57],目前沒有針對(duì)黃龍病的有效藥劑和抗病品種[8],主要通過嚴(yán)格檢疫、及時(shí)砍除病樹、應(yīng)用無(wú)病苗木、防治傳播媒介柑橘木虱進(jìn)行防控[3,910]。
嚴(yán)格檢疫和及時(shí)砍除病樹等黃龍病防控措施均需依靠對(duì)黃龍病的準(zhǔn)確診斷。黃龍病田間診斷多以葉片斑駁黃化、“紅鼻子果”等典型癥狀作為判斷依據(jù),但除結(jié)果期的“紅鼻子果”外,葉片癥狀也可能由缺素等引起,故田間診斷只能作為初步判斷依據(jù)。處于黃龍病潛伏期和早期無(wú)癥狀的柑橘植株,則需要使用更為有效的分子檢測(cè)進(jìn)行診斷。常規(guī)PCR、巢式PCR、熒光定量PCR是目前各實(shí)驗(yàn)室常用的柑橘黃龍病菌分子檢測(cè)方法。16S?rDNA基因、β操縱子(rplKAJLrpoBC)和外膜蛋白基因(OMP)等保守看家基因被作為分子檢測(cè)靶標(biāo)廣泛用于柑橘黃龍病菌常規(guī)PCR和巢式PCR檢測(cè)的特異引物設(shè)計(jì)[10]。常規(guī)PCR和巢式PCR可以對(duì)黃龍病菌進(jìn)行定性檢測(cè),但由于黃龍病菌在柑橘植株體內(nèi)分布不均,各分子檢測(cè)所用組織部位不同,引物靈敏度各異,PCR反應(yīng)受模板DNA質(zhì)量和濃度、擴(kuò)增反應(yīng)體系和程序等影響,易導(dǎo)致同一樣品在不同實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)結(jié)果不一致而出現(xiàn)假陽(yáng)性或假陰性。相比常規(guī)PCR和巢式PCR,定量PCR靈敏度更高,且可對(duì)病原菌含量進(jìn)行定量。Li等以16S?rDNA基因?yàn)榉肿影袠?biāo),設(shè)計(jì)了柑橘黃龍病菌亞洲種、非洲種和美洲種特異的熒光定量PCR引物和探針[11],并建立了絕對(duì)定量PCR體系[12]。為了提高檢測(cè)靈敏度,Zheng等針對(duì)具有5個(gè)拷貝的nrdB基因設(shè)計(jì)了RNRf/RNRr引物,檢測(cè)靈敏度可提高3倍[13],但基于該引物的qPCR體系僅通過Ct值分析進(jìn)行黃龍病菌的定量,沒有建立相應(yīng)的絕對(duì)定量PCR體系。
本研究固定取樣部位和模板DNA濃度,經(jīng)qPCR檢測(cè)后,篩選陽(yáng)性樣品DNA并混合為單一黃龍病菌陽(yáng)性樣品,用此樣品對(duì)國(guó)內(nèi)外常用的常規(guī)PCR和巢式PCR分子檢測(cè)引物進(jìn)行評(píng)價(jià),分別篩選靈敏度高、特異性好、穩(wěn)定性強(qiáng)的檢測(cè)引物,為柑橘黃龍病菌常規(guī)定性分子檢測(cè)提供參考。同時(shí)針對(duì)具有5個(gè)拷貝的nrdB基因和3個(gè)拷貝16S?rDNA基因,分別構(gòu)建質(zhì)粒和絕對(duì)定量PCR體系并進(jìn)行評(píng)價(jià),篩選適用于定量檢測(cè)黃龍病菌的最佳質(zhì)粒及引物,為柑橘黃龍病菌定量分子檢測(cè)提供參考。
1?材料與方法
1.1?供試樣品
常規(guī)PCR和巢式PCR檢測(cè)引物評(píng)價(jià)試驗(yàn)所用柑橘黃龍病陽(yáng)性樣品采集自廣西壯族自治區(qū)北海市合浦縣沙田鎮(zhèn)柑橘黃龍病重癥果園,品種為‘愛媛28號(hào),植株具有典型黃龍病癥狀。取植株上黃龍病菌高度富集的主葉脈和葉柄,參考本實(shí)驗(yàn)室改良的CTAB法[14]提取樣本DNA。用超微量核酸濃度測(cè)定儀測(cè)定樣品DNA濃度,并統(tǒng)一定量至200?ng/μL,用1%瓊脂糖凝膠電泳檢查DNA濃度定量準(zhǔn)確性以及DNA質(zhì)量。用高靈敏度引物RNRr/RNRf[13]對(duì)樣品DNA進(jìn)行qPCR檢測(cè),以本實(shí)驗(yàn)室人工氣候箱中實(shí)生播種,經(jīng)qPCR檢測(cè)為黃龍病陰性的桃葉橙DNA作為陰性對(duì)照,以超純水作為清水對(duì)照,每樣品設(shè)置3個(gè)重復(fù)。根據(jù)qPCR檢測(cè)結(jié)果,將Ct值≤20,且熔解曲線吸收峰為單峰的樣品確定為黃龍病陽(yáng)性樣品,并將這些陽(yáng)性樣品DNA混合,以獲得足量單一黃龍病菌陽(yáng)性樣品DNA用于后續(xù)試驗(yàn)。
1.2?常規(guī)PCR檢測(cè)引物評(píng)價(jià)
根據(jù)黃龍病菌常規(guī)PCR檢測(cè)相關(guān)國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn)以及國(guó)家發(fā)明專利,收集了16對(duì)PCR檢測(cè)引物進(jìn)行比較,引物由武漢天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司合成(表1)。對(duì)上述黃龍病陽(yáng)性樣品DNA進(jìn)行10倍梯度稀釋,取101,102,103,104,105,106,107,108,109倍稀釋的黃龍病陽(yáng)性樣品DNA分別作為模板進(jìn)行常規(guī)PCR擴(kuò)增,以本實(shí)驗(yàn)室人工氣候箱中實(shí)生播種,經(jīng)qPCR檢測(cè)為黃龍病陰性的桃葉橙DNA作為陰性對(duì)照,以超純水作為清水對(duì)照。反應(yīng)體系:2×Es?Taq?MasterMix(Dye)12.5?μL,10?μmol/L上、下游引物各1?μL,模板DNA?1.25?μL,ddH2O補(bǔ)足至總體積25?μL。反應(yīng)條件為:94℃預(yù)變性2?min;94℃變性30?s,53~67℃退火30?s(各引物退火溫度見表1),72℃延伸15~45?s(延伸時(shí)間根據(jù)各引物擴(kuò)增片段大小進(jìn)行調(diào)整,各引物擴(kuò)增片段大小見表1),35個(gè)循環(huán);72℃延伸2?min。反應(yīng)完成后,取10?μL?PCR產(chǎn)物于1.2%瓊脂糖凝膠中電泳,并于凝膠成像儀中觀察拍照。
1.3?巢式PCR檢測(cè)引物評(píng)價(jià)
根據(jù)黃龍病菌巢式PCR檢測(cè)相關(guān)國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn),收集了5組巢式/半巢式PCR檢測(cè)引物,此外根據(jù)βoperon基因序列對(duì)P535f/r、P400f/r兩對(duì)引物序列進(jìn)行糾正,設(shè)計(jì)P535CORf/r、P400CORf/r兩對(duì)引物,引物由武漢天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司合成(表2)。分別采用Es?Taq?MasterMix(Dye)和Ex?Taq?DNA?Polymerase(TaKaRa)反應(yīng)體系進(jìn)行比較。Es?Taq?MasterMix(Dye)的反應(yīng)體系和反應(yīng)條件參照1.2常規(guī)PCR檢測(cè)。Ex?Taq?DNA?Polymerase(TaKaRa)反應(yīng)體系:TaKaRa?Ex?Taq(5?U/μL)?0.125?μL,10×Ex?Taq?Buffer(Mg2+?plus)(20?mmol/L)?2.5?μL,dNTPs(各2.5?mmol/L)?2?μL,10?μmol/L上、下游引物各1?μL,模板DNA?1.25?μL,ddH2O補(bǔ)足至總體積25?μL;反應(yīng)條件為:98℃變性10?s,53~62℃退火30?s(各引物退火溫度見表2),72℃延伸30~60?s(延伸時(shí)間根據(jù)各引物擴(kuò)增片段大小進(jìn)行調(diào)整,各引物擴(kuò)增片段大小見表2),35個(gè)循環(huán)。兩種反應(yīng)體系第1輪PCR擴(kuò)增模板為10倍梯度稀釋系列(101~109)黃龍病陽(yáng)性樣品DNA、黃龍病陰性對(duì)照和清水對(duì)照,第2輪PCR擴(kuò)增模板為第一輪PCR產(chǎn)物的25倍稀釋液。反應(yīng)完成后,取10?μL?PCR產(chǎn)物于1.2%瓊脂糖凝膠中進(jìn)行電泳(TaKaRa?Ex?Taq?DNA?Polymerase?PCR產(chǎn)物需加入2?μL?6×Loading?buffer混勻后再上樣),電泳結(jié)束后于凝膠成像儀中觀察拍照。
1.4?絕對(duì)定量PCR質(zhì)粒構(gòu)建及標(biāo)準(zhǔn)曲線建立
圍繞具有5個(gè)拷貝的nrdB基因以及具有3個(gè)拷貝的16S?rDNA基因構(gòu)建質(zhì)粒。針對(duì)nrdB基因設(shè)計(jì)2對(duì)新引物RNRn1f/RNRn1r和RNRn2f/RNRn2r進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增片段大小分別為?83?bp?和113?bp,同時(shí)對(duì)文獻(xiàn)已報(bào)道的引物RNRf/RNRr[13],HLBas/HLBr[1112],OI1/OI2c[15]進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增片段大小分別為81、76?bp和1?160?bp。將PCR擴(kuò)增獲得的目的片段,經(jīng)膠回收純化后,通過TA克隆,克隆到pCloneEZTA(1?865?bp)載體中,挑取陽(yáng)性克隆經(jīng)測(cè)序確定后獲得用于絕對(duì)定量PCR的重組質(zhì)粒,分別命名為pnrdB83(1?948?bp),pnrdB113(1?978?bp),pnrdB81(1?946?bp),p16SrDNA76?(1?941?bp),p16SrDNA1160(3?025?bp),其質(zhì)粒濃度分別為123.35,118.55,140.25,255.00,121.05?ng/μL。根據(jù)公式每微升拷貝數(shù)(拷貝/μL)=[質(zhì)粒濃度(ng/μL)×10-9×6.02×1023]/(質(zhì)粒DNA長(zhǎng)度×660),計(jì)算上述質(zhì)粒的拷貝數(shù),進(jìn)而計(jì)算出質(zhì)??截悢?shù)的對(duì)數(shù)值分別為10.76,10.74,10.82,11.08,10.56。對(duì)上述各質(zhì)粒進(jìn)行10倍梯度稀釋,取102~107倍梯度稀釋的pnrdB83、pnrdB113、pnrdB81質(zhì)粒DNA分別作為模板進(jìn)行qPCR擴(kuò)增,取103~108倍梯度稀釋的p16SrDNA76質(zhì)粒DNA作為模板進(jìn)行qPCR擴(kuò)增,取103~107倍梯度稀釋的p16SrDNA1160質(zhì)粒DNA作為模板進(jìn)行qPCR擴(kuò)增,以本實(shí)驗(yàn)室人工氣候箱中實(shí)生播種,經(jīng)qPCR檢測(cè)為黃龍病陰性的桃葉橙DNA作為陰性對(duì)照,以超純水作為清水對(duì)照,設(shè)置3孔機(jī)械重復(fù),兩次重復(fù)試驗(yàn)(第2次重復(fù)試驗(yàn)將p16SrDNA76質(zhì)粒稀釋為133.85?ng/μL,其質(zhì)??截悢?shù)的對(duì)數(shù)值為10.80,取102~107倍梯度稀釋的質(zhì)粒DNA作為模板進(jìn)行qPCR擴(kuò)增)。pnrdB83,pnrdB113,pnrdB81,p16SrDNA76質(zhì)粒構(gòu)建的目的片段擴(kuò)增引物直接用于它們的qPCR反應(yīng),p16SrDNA1160質(zhì)粒的qPCR反應(yīng)引物為HLBas/HLBr。qPCR反應(yīng)體系:2×SYBR?Green?qPCR?Mix(莫納生物)5μL,10?μmol/L上、下游引物各0.2?μL,質(zhì)粒DNA?1?μL,ddH2O補(bǔ)足至總體積10?μL。qPCR反應(yīng)條件為:95℃預(yù)變性30s;95℃變性10?s,60~62℃退火10?s(各引物退火溫度見表3),72℃延伸15?s,40個(gè)循環(huán);熔解曲線分析:95℃?15?s(1.6℃/s),60℃?1?min(1.6℃/s),95℃?15?s(0.15?℃/s)。反應(yīng)完成后,以質(zhì)??截悢?shù)的對(duì)數(shù)值為縱坐標(biāo)(Y),Ct值為橫坐標(biāo)(X),利用Excel進(jìn)行線性回歸分析繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,獲得線性回歸方程并計(jì)算相關(guān)系數(shù)R2,根據(jù)公式(10-斜率-1)計(jì)算擴(kuò)增效率(AE:amplification?efficiency)。
1.5?絕對(duì)定量PCR體系在田間樣品黃龍病菌含量分析中的應(yīng)用
對(duì)實(shí)驗(yàn)室前期經(jīng)常規(guī)PCR(引物:OI1/OI2c)和qPCR(引物:RNRf/RNRr)Ct值分析確定的19個(gè)黃龍病陽(yáng)性DNA樣品[14]進(jìn)一步進(jìn)行絕對(duì)定量PCR分析。分別對(duì)pnrdB83,pnrdB113,pnrdB81,p16SrDNA76,p16SrDNA1160等5個(gè)質(zhì)粒進(jìn)行10倍梯度稀釋,利用各質(zhì)粒對(duì)應(yīng)的qPCR引物對(duì)各質(zhì)粒的梯度稀釋液和19個(gè)黃龍病陽(yáng)性DNA樣品(200?ng/μL)進(jìn)行qPCR反應(yīng),反應(yīng)體系和反應(yīng)條件參考1.4,設(shè)置3孔機(jī)械重復(fù),2次重復(fù)試驗(yàn)。反應(yīng)完成后,以質(zhì)??截悢?shù)的對(duì)數(shù)值為縱坐標(biāo)(Y),Ct值為橫坐標(biāo)(X),利用Excel進(jìn)行線性回歸分析繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,獲得線性回歸方程,將各待測(cè)樣品的Ct值代入線性回歸方程中計(jì)算出各待測(cè)樣品DNA拷貝數(shù)的對(duì)數(shù)值。
2?結(jié)果與分析
2.1?常規(guī)PCR檢測(cè)引物特異性和靈敏度比較
以同一黃龍病陽(yáng)性柑橘總DNA的10倍梯度稀釋樣品為模板,使用Es?Taq?MasterMix(Dye)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,評(píng)價(jià)本研究收集的柑橘黃龍病菌常規(guī)PCR檢測(cè)引物。結(jié)果如圖1所示:?1)Hlbsf/Hlbsr有很強(qiáng)的非特異性擴(kuò)增且不能擴(kuò)增到目的條帶(507?bp),HLBF/R和CalsppsecF/R在陰性對(duì)照、清水對(duì)照以及所有梯度稀釋樣品中均能擴(kuò)增到目的條帶,這3對(duì)引物不適宜使用Es?Taq?MasterMix(Dye)進(jìn)行柑橘黃龍病菌PCR檢測(cè)。2)其余13對(duì)引物中,OI1/OI2c、Las606/LSS、HLBF468/R877靈104倍稀釋(濃度為2×101~2×10-2?ng/μL)感染CLas柑橘總DNA樣品。?3)引物組OI1/OI2c→S3/S4在兩種反應(yīng)體系中均可穩(wěn)定特異檢出101~104倍稀釋(濃度為2×101~2×10-2?ng/μL)樣品,用Ex?Taq?DNA?Polymerase進(jìn)行擴(kuò)增時(shí)偶爾可檢出濃度低于2×10-2?ng/μL?的樣品。4)引物組fD1/rD1→OI1/OI2c利用Es?Taq?MasterMix(Dye)進(jìn)行擴(kuò)增時(shí)最高可穩(wěn)定特異檢出104倍稀釋樣品(2×10-2?ng/μL),利用Ex?Taq?DNA聚合酶進(jìn)行擴(kuò)增時(shí)最高可穩(wěn)定特異檢出103倍稀釋樣品(2×10-1?ng/μL),偶爾可檢出濃度低于2×10-1?ng/μL?的樣品。5)引物組F1/B1→F3/B3利用Es?Taq?MasterMix(Dye)進(jìn)行擴(kuò)增時(shí)最高可穩(wěn)定特異檢出105倍稀釋樣品(2×10-3?ng/μL),偶爾可檢出濃度低于2×10-3?ng/μL?的樣品,利用Ex?Taq?DNA聚合酶進(jìn)行擴(kuò)增時(shí)最高可穩(wěn)定檢出104倍稀釋樣品(2×10-2?ng/μL),但有非特異性擴(kuò)增條帶。
2.3?絕對(duì)定量PCR質(zhì)粒和引物穩(wěn)定性比較
對(duì)構(gòu)建的質(zhì)粒經(jīng)10倍梯度稀釋后進(jìn)行qPCR反應(yīng),經(jīng)2次重復(fù)試驗(yàn)獲得各質(zhì)粒的標(biāo)準(zhǔn)曲線和線性回歸方程并計(jì)算相關(guān)系數(shù)R2、擴(kuò)增效率(AE),平均ΔCt值,如表4和圖3所示,2次重復(fù)試驗(yàn)下,pnrdB81質(zhì)粒的相關(guān)系數(shù)分別為0.996?9、0.998?2,擴(kuò)增效率分別為111.35%、101.28%,平均ΔCt值分別為2.97、3.25;pnrdB83質(zhì)粒的相關(guān)系數(shù)分別為0.995?2、0.994,擴(kuò)增效率分別為99.34%、98.29%,平均ΔCt值分別為3.29、3.26;pnrdB113質(zhì)粒的相關(guān)系數(shù)分別為0.995?7、0.991?8,擴(kuò)增效率分別為105.49%、91.87%,平均ΔCt值分別為3.08、3.69;p16SrDNA76質(zhì)粒的相關(guān)系數(shù)分別為0.994?1、0.992?1,擴(kuò)增效率分別為97.61%、100.26%,平均ΔCt值分別為3.26、3.15;p16SrDNA1160質(zhì)粒的相關(guān)系數(shù)分別為0.999?6、0.998,擴(kuò)增效率分別為66.19%、62.97%,平均ΔCt值分別為4.51、4.75。上述結(jié)果表明,p16SrDNA1160質(zhì)粒的擴(kuò)增效率未能達(dá)到qPCR反應(yīng)擴(kuò)增效率范圍90%~110%,不適宜用于絕對(duì)定量qPCR分析;pnrdB83質(zhì)粒的擴(kuò)增效率最接近于理想擴(kuò)增效率100%,其平均ΔCt值也最接近于理想值3.33,且在2次重復(fù)試驗(yàn)下的波動(dòng)最小,穩(wěn)定性最強(qiáng),因此pnrdB83為本研究篩選的最佳質(zhì)粒。
敏度最高,最高可檢出104倍稀釋感染CLas柑橘總DNA樣品(2×10-2?ng/μL);Omp1218f/2026r、16sf/16sr最高可檢出103倍稀釋樣品(2×10-1?ng/μL);UP2/DP2、CQULA03F/03R、SEQIDNO.1/NO.2最高可檢出102倍稀釋樣品(2×100?ng/μL);P1/P2、P535f/r、OI2/23S1最高可檢出的稀釋倍數(shù)雖然為102,但102倍稀釋樣品(2×100?ng/μL)擴(kuò)增條帶微弱;S3/S4、A2/J5最高可檢出的稀釋倍數(shù)雖然為102,但能擴(kuò)增出非特異條帶且102倍稀釋樣品(2×100?ng/μL)擴(kuò)增條帶微弱;因此13對(duì)引物的靈敏度由高到低依次為:OI1/OI2c=Las606/LSS=HLBF468/R877>Omp1218f/2026r=16sf/16sr>UP2/DP2=CQULA03F/03R=SEQIDNO.1/NO.2>P1/P2=P535f/r=OI2/23S1>S3/S4=A2/J5。
2.2?巢式PCR檢測(cè)引物特異性和靈敏度比較
以同一黃龍病陽(yáng)性柑橘總DNA的10倍梯度稀釋樣品為模板,使用Es?Taq?MasterMix(Dye)和Ex?Taq?DNA?Polymerase分別進(jìn)行PCR擴(kuò)增,評(píng)價(jià)本研究收集的柑橘黃龍病菌巢式PCR檢測(cè)引物。結(jié)果如圖2所示:1)A2/J5→A2/J5n這一組引物用兩種反應(yīng)體系進(jìn)行擴(kuò)增,均在陰性對(duì)照、清水對(duì)照以及所有梯度稀釋樣品中擴(kuò)增到目的條帶,因此不適宜用本研究的柑橘黃龍病菌巢式PCR檢測(cè)體系。2)引物組P535CORf/r→P400CORf/r以及P535f/r→P400f/r不宜使用Es?Taq?MasterMix(Dye)進(jìn)行擴(kuò)增(陰性對(duì)照、清水對(duì)照以及所有梯度
2.4?絕對(duì)定量PCR體系在田間樣品黃龍病菌含量分析中的比較
利用實(shí)驗(yàn)室前期鑒定到的19個(gè)黃龍病陽(yáng)性柑橘DNA樣品對(duì)5個(gè)質(zhì)粒的絕對(duì)定量分析效果進(jìn)行比較,根據(jù)2次重復(fù)試驗(yàn)結(jié)果,如表5所示,以pnrdB81質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品制作標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算各樣品拷貝數(shù),2次重復(fù)試驗(yàn)之間樣品拷貝數(shù)最大差值為4.14,最小差值為2.93;以pnrdB83質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品,樣品拷貝數(shù)最大差值為0.88,最小差值為0.83;以pnrdB113質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品,樣品拷貝數(shù)最大差值為4.32,最小差值為2.61;以p16SrDNA76質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品,樣品拷貝數(shù)最大差值為4.38,最小差值為4.05;以p16SrDNA1160質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品,樣品拷貝數(shù)最大差值為1.37,最小差值為1.22;上述結(jié)果表明用pnrdB83質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品對(duì)待測(cè)樣品中黃龍病菌含量進(jìn)行定量分析的穩(wěn)定性最強(qiáng),因此pnrdB83為本研究篩選的最佳質(zhì)粒。
3?結(jié)論與討論
柑橘黃龍病是對(duì)柑橘產(chǎn)業(yè)最具毀滅性的病害,目前沒有可用的有效藥劑和抗病品種,通過分子檢測(cè)進(jìn)行黃龍病診斷對(duì)黃龍病有效防控至關(guān)重要。本研究利用同一黃龍病陽(yáng)性柑橘樣品DNA,在高效便捷且價(jià)格低廉的Es?Taq?MasterMix體系中,對(duì)16對(duì)常規(guī)PCR檢測(cè)引物進(jìn)行了評(píng)價(jià)。Las606/LSS和HLBF468/R877是研究人員設(shè)計(jì)的用于常規(guī)PCR的高靈敏度新引物[1617]。梁亮等[17]研究表明感染黃龍病菌的柑橘葉片DNA稀釋103倍,引物HLBF468/R877仍然可以擴(kuò)增出特異性條帶,在本研究中該引物不僅可對(duì)103倍稀釋感染CLas柑橘總DNA樣品(2×10-1?ng/μL)擴(kuò)增出明亮條帶,還可對(duì)104倍稀釋樣品(2×10-2?ng/μL)擴(kuò)增出微弱條帶,說(shuō)明該引物的靈敏度確實(shí)高,同時(shí)利用本研究的擴(kuò)增體系可將該引物的靈敏度提高10倍。Fujikawa?等[16]研究表明對(duì)田間樣品進(jìn)行檢測(cè)時(shí),Las606/LSS檢出的黃龍病陽(yáng)性率高于使用OI1/OI2c檢測(cè),且對(duì)某些樣品Las606/LSS僅用微量DNA模板即可檢出黃龍病菌,OI1/OI2c則不能檢出。在本研究中,OI1/OI2c、Las606/LSS和HLBF468/R877雖然均可檢出104倍稀釋樣品(2×10-2?ng/μL),但OI1/OI2c對(duì)103倍稀釋樣品(2×10-1?ng/μL)擴(kuò)增條帶微弱,而Las606/LSS和HLBF468/R877對(duì)103倍稀釋樣品(2×10-1?ng/μL)進(jìn)行擴(kuò)增時(shí),條帶仍然非常明亮;以此來(lái)看,針對(duì)病原菌含量低的樣品,使用Las606/LSS和HLBF468/R877的檢出可能性可能比使用OI1/OI2c高,因此針對(duì)田間病原菌含量低的樣品,利用常規(guī)PCR進(jìn)行檢測(cè)時(shí),為了避免漏檢,建議同時(shí)使用OI1/OI2c、Las606/LSS和HLBF468/R877進(jìn)行檢測(cè)。相比16S?rDNA基因在黃龍病菌亞洲種和非洲種之間高達(dá)97.5%的同源性,外膜蛋白OMP基因和β操縱子rplAJ位點(diǎn)在亞洲種和非洲種之間的同源性只有78.4%和70%,因此這2個(gè)基因除了可用于常規(guī)PCR檢測(cè)外,還可用于黃龍病菌的分子分型檢測(cè)[18]?;贠MP基因的Omp1218f/2026r引物在本研究中的檢測(cè)靈敏度僅次于前3對(duì)引物,Deng等[18]還根據(jù)其在不同菌系之間的SNPs,對(duì)源自柚子上的黃龍病菌菌系進(jìn)行了分型分析?;趓plAJ位點(diǎn)的A2/J5引物可根據(jù)擴(kuò)增片段大小不同區(qū)分亞洲種(703?bp)和非洲種(669?bp),且該引物可檢測(cè)稀釋103倍的黃龍病感病柑橘樣品DNA[27],但在本研究中該引物僅可在稀釋101~102倍的感病柑橘樣品DNA中擴(kuò)增到微弱的703?bp條帶,且伴隨一條500?bp左右的非特異擴(kuò)增條帶,結(jié)果不一致的原因可能是本研究所用擴(kuò)增體系與Hocquellet等[27]的體系不同。CalsppsecF/R、HLBF/R、Hlbsf/Hlbsr等引物也因其非特異性擴(kuò)增,不適宜使用本研究的常規(guī)PCR擴(kuò)增體系。
通常巢式PCR的靈敏度較常規(guī)PCR高,因此針對(duì)田間病原菌含量低的樣品,使用巢式PCR可以提高檢出率。本研究利用同一黃龍病陽(yáng)性柑橘樣品DNA,對(duì)6組巢式PCR檢測(cè)引物進(jìn)行了評(píng)價(jià)。本研究常規(guī)PCR大部分引物僅可檢出102倍以內(nèi)稀釋樣品,但巢式PCR引物,除A2/J5→A2/J5n外,其他引物至少在一種適用體系中可穩(wěn)定特異檢出104倍以內(nèi)稀釋樣品,少數(shù)引物組還可檢出105倍稀釋樣品,說(shuō)明巢式PCR比常規(guī)PCR靈敏度高102~103倍。本研究常規(guī)PCR中引物靈敏度最高的OI1/OI2c雖然可檢出稀釋104倍的樣品,但稀釋103~104倍以后的樣品擴(kuò)增條帶微弱;S3/S4引物經(jīng)常規(guī)PCR僅可檢出102倍以內(nèi)稀釋樣品,且擴(kuò)增條帶微弱;但以O(shè)I1/OI2c作為第1輪PCR引物,以S3/S4作為第2輪PCR引物的巢式PCR,在Es?Taq?MasterMix和TaKaRa?Ex?Taq?DNA聚合酶體系中均可穩(wěn)定特異檢出104倍稀釋樣品,且擴(kuò)增條帶明亮;說(shuō)明此巢式PCR體系比常規(guī)PCR靈敏度至少高100倍。根據(jù)本研究巢式PCR的結(jié)果發(fā)現(xiàn),不同巢式PCR引物組適用的擴(kuò)增體系不同,需要根據(jù)引物組選擇合適的擴(kuò)增體系。本研究利用A2/J5引物進(jìn)行常規(guī)PCR時(shí)有非特異性擴(kuò)增,利用A2/J5→A2/J5n進(jìn)行半巢式PCR擴(kuò)增時(shí),不論Es?Taq?MasterMix還是Ex?Taq?DNA聚合酶體系,均出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增,該引物不適宜使用本研究的擴(kuò)增體系。此外,我們對(duì)丁芳等[24]設(shè)計(jì)的P535f/r→P400f/r引物組與黃龍病菌基因組進(jìn)行比對(duì)時(shí),發(fā)現(xiàn)引物序列有多處堿基錯(cuò)誤,因此對(duì)其進(jìn)行了修正,設(shè)計(jì)了修正引物組,但結(jié)果表明2組引物均不適宜用Es?Taq?MasterMix體系,在Ex?Taq?DNA聚合酶體系中兩者靈敏度相當(dāng)。
常規(guī)PCR和巢式PCR僅能對(duì)黃龍病菌的有無(wú)進(jìn)行定性判斷,定量PCR不僅靈敏度高,可以對(duì)早期病原菌含量低的樣品進(jìn)行檢測(cè),而且可對(duì)黃龍病菌的含量進(jìn)行定量分析。為了進(jìn)一步提高檢測(cè)靈敏度,研究人員基于多拷貝基因位點(diǎn)開發(fā)了高靈敏度定量PCR引物RNRf/RNRr[13]和4CPf/4CPr[32],并進(jìn)一步研發(fā)了基于雙引物的雙重定量PCR檢測(cè)方法[33],但這些研究均僅通過Ct值分析進(jìn)行黃龍病診斷,沒有進(jìn)一步開發(fā)基于高靈敏度引物的絕對(duì)定量PCR體系。由于不同批次的qPCR反應(yīng),即便同一樣品,其Ct值也經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)系統(tǒng)性的波動(dòng),同一批次內(nèi)的qPCR反應(yīng)也會(huì)因樣品初始模板量不同而導(dǎo)致Ct值不可比較,因此通過Ct值分析做不到精準(zhǔn)定量分析,而基于標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒的絕對(duì)定量PCR,可在不同批次上利用同一標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒作為內(nèi)標(biāo)構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)曲線,進(jìn)而通過線性回歸方程計(jì)算待測(cè)樣品病原菌含量,從而剔除qPCR反應(yīng)在不同批次之間的系統(tǒng)誤差而做到精準(zhǔn)定量分析,因此標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒在不同批次之間的擴(kuò)增穩(wěn)定性直接影響絕對(duì)定量PCR分析的準(zhǔn)確度。本研究針對(duì)具有5個(gè)拷貝的nrdB基因,分別構(gòu)建了標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒pnrdB81、pnrdB83和pnrdB113,同時(shí)針對(duì)具有3個(gè)拷貝的16S?rDNA基因,分別構(gòu)建了標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒p16SrDNA76和p16SrDNA1160,并對(duì)上述5個(gè)標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒在不同批次之間的穩(wěn)定性進(jìn)行了評(píng)價(jià)。根據(jù)本研究的結(jié)果,影響質(zhì)粒和引物穩(wěn)定性的核心因素為質(zhì)粒和引物的擴(kuò)增效率,2次重復(fù)試驗(yàn)中,pnrdB83質(zhì)粒擴(kuò)增效率最接近100%,且波動(dòng)最小,穩(wěn)定性最強(qiáng),因此用于田間樣品含量分析時(shí),樣品拷貝數(shù)差值也最??;而pnrdB81、pnrdB113、p16SrDNA76質(zhì)粒的擴(kuò)增效率波動(dòng)相對(duì)大,穩(wěn)定性相對(duì)弱,因此用于田間樣品含量分析時(shí),樣品拷貝數(shù)差值也相對(duì)大;p16SrDNA1160質(zhì)粒的擴(kuò)增效率雖然波動(dòng)較小,用于田間樣品含量分析時(shí)樣品拷貝數(shù)差值也相對(duì)小,但是該質(zhì)粒擴(kuò)增效率極低(66.19%、62.97%),未達(dá)到qPCR反應(yīng)擴(kuò)增效率范圍(90%~110%),原因可能是該質(zhì)粒為長(zhǎng)片段質(zhì)粒。此外基于同一基因nrdB構(gòu)建的3個(gè)質(zhì)粒(pnrdB83、pnrdB81、pnrdB113)穩(wěn)定性存在差異,其可能的原因是pnrdB81在擴(kuò)增片段上游多出9?bp序列且在另一位點(diǎn)存在1個(gè)SNP,pnrdB113在擴(kuò)增片段上游多出3?bp序列,且該序列包含1個(gè)SNP,而pnrdB83的擴(kuò)增片段與目的基因片段100%匹配。綜上,以pnrdB83質(zhì)粒作為標(biāo)準(zhǔn)品,以RNRn1f/RNRn1r進(jìn)行定量PCR的體系為本研究中最穩(wěn)定的絕對(duì)定量PCR體系,可應(yīng)用于需要進(jìn)行黃龍病病原菌含量測(cè)定和比較的各項(xiàng)試驗(yàn)。
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