中國(guó)人民解放軍南京軍區(qū)南京總醫(yī)院建于1929年。1994年，該院進(jìn)入首批“三級(jí)甲等醫(yī)院”行列。1999年被評(píng)為“全國(guó)百佳醫(yī)院”。2000年經(jīng)國(guó)家人事部批準(zhǔn)，在全國(guó)醫(yī)院系統(tǒng)首家設(shè)立了博士后科研工作站。2002年該院全軍普通外科研究所躋身國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科。在經(jīng)歷了75個(gè)春秋后，現(xiàn)該院已成為一所醫(yī)、教、研協(xié)調(diào)發(fā)展的大型綜合性醫(yī)院。

該院設(shè)有51個(gè)臨床和醫(yī)技科室，擁有國(guó)家、全軍、軍區(qū)和江蘇省重點(diǎn)?？?8個(gè)。該院的兩名中國(guó)工程院院士，43名政府特殊津貼享受者，280多名高級(jí)醫(yī)學(xué)專家，250多名博士后、博士和碩士，傾情為患者提供高質(zhì)量的診療服務(wù)。

“九五”期間，該院獲得國(guó)家、軍隊(duì)科技進(jìn)步獎(jiǎng)288項(xiàng)，出版學(xué)術(shù)專著51部，其科技論文發(fā)表數(shù)量連續(xù)11年排行全國(guó)醫(yī)療機(jī)構(gòu)前10位（其中連續(xù)4年位居第二）。

特色專科——全軍普通外科研究所

該科為國(guó)家及江蘇省“135工程”重點(diǎn)學(xué)科，為全軍“重中之重”學(xué)科，為南京大學(xué)碩士、博士研究生授權(quán)學(xué)科，為第二軍醫(yī)大學(xué)碩士、博士研究生聯(lián)合招生點(diǎn)，博士后科研工作流動(dòng)站。此外，該科還是國(guó)家衛(wèi)生部臨床藥理基地（營(yíng)養(yǎng)支持專業(yè)）、全軍器官移植重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、江蘇省代謝與營(yíng)養(yǎng)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

現(xiàn)該科設(shè)有腸外瘺、胃腸外科、肝膽外科、腸移植、胃腸腫瘤、頸胸外科、重癥監(jiān)護(hù)、臨床營(yíng)養(yǎng)支持等專業(yè)組，還設(shè)有實(shí)驗(yàn)室和資料室。學(xué)科診療特色：1.腸衰竭的治療：(1)腸外瘺(現(xiàn)已成為全國(guó)治療腸外瘺的中心)；(2)營(yíng)養(yǎng)支持；(3)腸道炎性疾病。2.胃腸腫瘤的整體綜合治療。3.門(mén)脈高壓癥外科治療。4.重癥胰腺炎與胰腺癌。