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一種利用水提物快速簡(jiǎn)便檢測(cè)煙草中TMV的方法

2011-07-31 03:23:08楊金廣申莉莉錢(qián)玉梅王鳳龍段燕平林北森
中國(guó)煙草科學(xué) 2011年5期
關(guān)鍵詞:水提物瓊脂糖條帶

楊金廣,張 帥,申莉莉,錢(qián)玉梅,李 曉,王鳳龍*,段燕平,林北森,王 永,曹 娜

(1.煙草行業(yè)病蟲(chóng)害監(jiān)測(cè)與綜合治理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所,青島 266101;2.云南省煙草公司保山市公司,云南 保山 678000;3.廣西壯族自治區(qū)煙草公司百色市公司,廣西 百色 533000;4.山東中煙工業(yè)有限責(zé)任公司,濟(jì)南 250100)

作為煙草花葉病毒屬(Tobamovirus)的代表種,煙草普通花葉病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)是一種分布廣泛的植物病毒,可侵染煙草和番茄以及其他茄科植物等300多種植物,具有廣泛的寄主范圍,為正單鏈RNA(+ssRNA)病毒。其基因組由6 395 nt組成[1],至少編碼 4 個(gè)蛋白[2-4],126 kDa 和183 kDa兩個(gè)蛋白編碼病毒的復(fù)制酶基因,是病毒復(fù)制所必需的,30 kDa的運(yùn)動(dòng)蛋白(movement protein,MP)控制著病毒胞間運(yùn)動(dòng)。17 kDa的外殼蛋白(coat protein,CP)是病毒的包裝衣殼,對(duì)病毒在寄主維管束組織的長(zhǎng)距離運(yùn)輸具有重要的作用?;蚪M 5′ 端和 3′ 端非編碼區(qū)(untranslated regions,UTRs)具有調(diào)控RNA復(fù)制和轉(zhuǎn)錄的功能,并對(duì)RNA的穩(wěn)定也至關(guān)重要,具有RNA復(fù)制和合成起始的識(shí)別位點(diǎn)[4-7]。

TMV作為最早研究的病毒,其檢測(cè)體系已比較完善。常見(jiàn)的有電鏡檢測(cè)、血清學(xué)檢測(cè)和分子檢測(cè)(RT-PCR、real-time RT-PCR、PCR-ELISA 和Western-bloting),這些方法雖然對(duì) TMV檢測(cè)具有高度的特異性和靈敏性,但均需要專(zhuān)門(mén)昂貴的設(shè)備儀器和試劑,并且耗時(shí)較長(zhǎng),例如血清學(xué)檢測(cè)一般需要12 h以上,而RT-PCR也需要6 h左右。本研究對(duì)感染TMV的煙草葉片的水提物進(jìn)行了檢測(cè),能夠穩(wěn)定的檢測(cè)到與TMV相關(guān)的特異性條帶,為檢測(cè)煙草中的TMV侵染提供了更快捷、經(jīng)濟(jì)的檢測(cè)方法。

1 材料與方法

1.1 材料

2008年采自中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院煙草研究所青島市即墨試驗(yàn)基地呈典型煙草花葉病癥狀的煙草葉片,經(jīng)枯三生煙草單斑分離后,保存在云煙 85植株上,經(jīng)RT-PCR檢測(cè)確定為T(mén)MV,防蟲(chóng)條件下,置于溫室中,在14 h光照和10 h黑暗的光周期下進(jìn)行保存培養(yǎng)。

1.2 研究方法

1.2.1 煙草葉片水提物提取與檢測(cè) 取0.1 g新鮮的煙草葉片,置于100 μL無(wú)菌水中,研磨成勻漿,12 000 rpm,離心5 min,取上清液20 μL于1%的瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳檢測(cè),溴化乙錠染色后置于紫外凝膠成像系統(tǒng)(Pharmacia Biotech,Imagemaster VDS)采集圖像。

1.2.2 總RNA提取 取煙草TMV病葉0.05 g,于液氮中研磨成粉末狀,加入1 mL TRIzol reagent充分研磨,室溫放置5 min;加入氯仿200 μL,充分震蕩15 s,室溫放置5 min;12 000 rpm,4 ℃下離心 15 min;將上層水相轉(zhuǎn)入另一離心管中,加入0.5 mL異丙醇;12 000 rpm,4 ℃離心10 min(可見(jiàn)RNA沉淀),棄去上清;加入1 mL 70%乙醇(渦漩,7 000 rpm離心5 min);干燥RNA沉淀,加ddH2O 20 μL溶解即可。

1.2.3 RT-PCR檢測(cè) 取提取后的總RNA 3 μL,利用M-MLVEasyscriptReverse Transcriptase試劑盒(北京全式金生物技術(shù)有限公司,北京)進(jìn)行cDNA合成,具體方法均按照說(shuō)明書(shū)進(jìn)行操作。取 1 μL cDNA產(chǎn)物,利用用于PCR檢測(cè)反應(yīng),反應(yīng)體系由10 μL 5×PCR buffer,2 μL dNTP mixture (2.5 mM),正反向引物各 2 μL(10 μM)(CPF:5′-ATTAGACCCGCTAGTCACAGCAC-3′;CPR:5′-GTGGGGTTCGCCTGATTTT-3′)和 10 μL ddH2O組成,反應(yīng)在50 μL的體積中進(jìn)行反應(yīng)。反應(yīng)條件如下:第一步95 ℃,4 min;第二步95 ℃,15 s,62 ℃,35 s,共進(jìn)行40個(gè)循環(huán)。PCR結(jié)束后,取 8 μL反應(yīng)液在 1%的瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳檢測(cè),溴化乙錠染色后置于紫外凝膠成像系統(tǒng)(Pharmacia Biotech,Imagemaster VDS)采集圖像。

1.2.4 Northern-blotting分析 以TMV復(fù)制酶基因(accession number:AF395127; TMV-F:5′-GTTTCAGGATTCCCGTAC-3′; TMV-R:5′-ATCAGAAATATCGCCAGT-3′;)為靶基因,利用地高辛標(biāo)記的 dUTP (DIG DNA Labeling and Detection Kit,Roche Applied Science)通過(guò) RT-PCR合成一段600 bp的DNA探針。新鮮提取的TMV病葉水提物40 μL上樣于10%甲醛變性瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,然后通過(guò)電轉(zhuǎn)于硝酸纖維素膜上;然后65 ℃條件下,與探針?lè)磻?yīng)16 h;2 × SSC和0.1%SDS于50 ℃條件下,洗滌2次,每次15 min;0.5× SSC和0.1% SDS于65 ℃條件下,洗滌2次,每次20 min;最后根據(jù)顯色試劑盒操作說(shuō)明進(jìn)行顯色反應(yīng)(Roche Biochemicals)。

2 結(jié) 果

提取后的水提物經(jīng)過(guò) 1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),結(jié)果發(fā)現(xiàn)在TMV陽(yáng)性植株中能夠穩(wěn)定地檢測(cè)到6 000 bp左右的條帶,而在健康煙草葉片水提物中檢測(cè)不到任何電泳條帶(圖1)。為了進(jìn)一步驗(yàn)證結(jié)果的準(zhǔn)確性與特異性,利用TMV特異性引物,對(duì)相同材料進(jìn)行了RT-PCR檢測(cè)驗(yàn)證,結(jié)果表明,在TMV陽(yáng)性植株中能夠檢測(cè)到83 bp的片段,大小與預(yù)期相符(結(jié)果未顯示),而在健康煙草中,檢測(cè)不到任何條帶,說(shuō)明該方法具有較高的特異性。為了進(jìn)一步揭示水提物中的特異性電泳條帶,以TMV 復(fù)制酶基因?yàn)樘结?,通過(guò)Northern-blotting分析,結(jié)果顯示,水提物中電泳條帶與探針具有較強(qiáng)的雜交信號(hào),而在健康煙株、PVY病株和CMV病株3種水提物中均檢測(cè)不到任何雜交信號(hào)(圖2),暗示該電泳條帶可能為T(mén)MV的基因組RNA。值得注意的是在該檢測(cè)體系中,水提物在常溫下非常不穩(wěn)定,需要提取完畢后,立刻進(jìn)行電泳檢測(cè),在室溫條件下靜置 2 h,檢測(cè)的電泳條帶就變得非常微弱(圖1),而靜置3 h以上,就很難再檢測(cè)到任何電泳條帶(圖1)。

圖1 TMV煙草葉片水提物檢測(cè)結(jié)果Fig.1 The aqueous extract detection of tobacco leaves infected by TMV

圖2 不同煙草材料水提物的Northern-blotting分析Fig.2 Northern blot analysis of aqueous extract from TMV tobacco plant

3 討 論

在TMV煙草病葉中能夠檢測(cè)的6 000 bp左右的電泳條帶,推測(cè)該條帶可能為T(mén)MV基因組產(chǎn)物,因?yàn)門(mén)MV基因組大小為6 395 nt組成。同時(shí),室溫條件下,水提物的不穩(wěn)定性也暗示該條帶可能為RNA,因?yàn)?TMV為+ssRNA,RNA在沒(méi)有經(jīng)過(guò)DEPC處理的環(huán)境中,及RNase存在的條件下,極易被RNase降解,而TMV也是+ssRNA病毒。因此,綜合兩方面推測(cè)在TMV病葉水提物中檢測(cè)到6 000 bp的電泳條帶可能為T(mén)MV基因組RNA。

李凡等曾利用水作為提取液來(lái)檢測(cè)煙草叢頂病毒,能夠檢測(cè)到與病害特異性 900 bp小分子RNA,但是單純的水提物穩(wěn)定性差,重復(fù)性不好,為此研究者對(duì)方法進(jìn)行了修改,對(duì)水提物重新進(jìn)行了異丙醇或NaAC進(jìn)行沉淀,然后利用75%的乙醇對(duì)沉淀進(jìn)行洗滌,發(fā)現(xiàn)檢測(cè)結(jié)果非常穩(wěn)定和特異。但在本研究中,利用李凡等的異丙醇和NaAC沉淀法,檢測(cè)結(jié)果并不理想,推測(cè)李凡等檢測(cè)的900 bp的小分子RNA可能為雙鏈RNA(dsRNA)[8]。而在本研究中檢測(cè)到 6 000 bp左右的條帶可能為+ssRNA,dsRNA較+ssRNA在常溫下更穩(wěn)定。

同時(shí)該檢測(cè)方法還具有方便快速的特點(diǎn),在常規(guī)檢測(cè)中耗時(shí)均較長(zhǎng),例如生物學(xué)檢測(cè)需要5~10 d才能檢測(cè)出來(lái),并且易受周?chē)h(huán)境和寄主的影響,ELISA需要12 h左右,RT-PCR則需要3 h以上。而該方法只需15 min即可檢測(cè)到TMV的存在。同時(shí)較ELISA和RT-PCR更加經(jīng)濟(jì),不需要昂貴的儀器,僅需要一個(gè)電泳槽和紫外觀(guān)察裝置。

作為一種快速檢測(cè)的方法,也具有一定的局限性,就是在檢測(cè)過(guò)程中需要電泳裝置,這在實(shí)際生產(chǎn)中是很難進(jìn)行推廣應(yīng)用的。因此,生產(chǎn)中非常需要研究和開(kāi)發(fā)更加方便快捷的檢測(cè)方法與工具,當(dāng)前,在其他研究材料中常用的試紙條快速檢測(cè)是值得推薦的一種方法。

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