凡素華 武海 張文保
(阜陽師范學(xué)院化學(xué)化工學(xué)院 安徽阜陽 236041)
化學(xué)是一門以實(shí)驗(yàn)為基礎(chǔ)的學(xué)科?;瘜W(xué)專業(yè)的學(xué)生對(duì)所做實(shí)驗(yàn)的現(xiàn)象和結(jié)果應(yīng)該從理論的角度給予分析和解釋。這就要求學(xué)生很好地掌握理論課知識(shí)。然而,理論課中的一些內(nèi)容和概念是比較抽象的,易使學(xué)生感覺困惑。作為一名高校教師,怎樣才能在教學(xué)過程中使用較好的教學(xué)方式讓學(xué)生對(duì)于一些抽象的概念理解起來更容易呢?多媒體的使用為教師提供了很好的平臺(tái)。在教學(xué)過程中,教師可以借助很多軟件(如ChemDraw,Origin,Flash,Gaussian等)與多媒體技術(shù)相結(jié)合以收到更好的教學(xué)效果。本文探索Gaussian計(jì)算軟件在高?;瘜W(xué)教學(xué)中的應(yīng)用。
Gaussian是一個(gè)功能強(qiáng)大的量子化學(xué)計(jì)算軟件包,Gaussian 03是Gaussian系列電子結(jié)構(gòu)程序的最新版本。主要功能有對(duì)分子結(jié)構(gòu)和能量、過渡態(tài)的能量和結(jié)構(gòu)、化學(xué)鍵和反應(yīng)能量、分子軌道、原子電荷和電勢(shì)、紅外和拉曼光譜等的計(jì)算。GaussView是Gaussian的圖形用戶界面,是設(shè)計(jì)與Gaussian配套使用的軟件,主要用于觀察分子、設(shè)置和提交Gaussian計(jì)算任務(wù)、顯示Gaussian計(jì)算結(jié)果。因此,在GaussView的輔助下,Gaussian可應(yīng)用于化學(xué)、化工、生物化學(xué)、物理化學(xué)等化學(xué)相關(guān)領(lǐng)域。
有關(guān)GaussView在化學(xué)教學(xué)中可以顯示分子結(jié)構(gòu)的鍵長(zhǎng)、鍵角、紅外光譜等用途,劉曉東等[1]已經(jīng)給出介紹,在這里不再贅述。本文主要從以下幾個(gè)方面介紹Gaussian在高校教學(xué)中的應(yīng)用。
對(duì)于要用Gaussian研究的體系,首先要構(gòu)建輸入文件的分子結(jié)構(gòu)圖,然后才可以調(diào)入到Gaussian程序中進(jìn)行計(jì)算。所構(gòu)建分子結(jié)構(gòu)圖的合理性將直接影響計(jì)算結(jié)果的準(zhǔn)確性,所以,創(chuàng)建一個(gè)合理的分子結(jié)構(gòu)圖是Gaussian計(jì)算的重要環(huán)節(jié)。分子結(jié)構(gòu)圖通常可以通過晶體文件和繪圖軟件兩種方法產(chǎn)生??刹捎镁帉懗绦蛑苯永镁w數(shù)據(jù)產(chǎn)生分子結(jié)構(gòu)圖的方法,也可用ChemDraw 3D打開晶體數(shù)據(jù)的.cif文件,將構(gòu)建好的分子結(jié)構(gòu)圖保存為.gjf文件,最后在GaussView中修改成自己想要的分子結(jié)構(gòu)圖。以晶體數(shù)據(jù)構(gòu)建出的分子結(jié)構(gòu)圖可以很好地給出分子的初始構(gòu)型,保持晶體的原貌。對(duì)于沒有晶體數(shù)據(jù)的分子,若想利用Gaussian進(jìn)行計(jì)算,分子結(jié)構(gòu)圖的構(gòu)建主要是通過GaussView和ChemDraw 3D等繪圖軟件。利用軟件構(gòu)建分子結(jié)構(gòu)圖時(shí),一定要注意鍵長(zhǎng)、鍵角、空間結(jié)構(gòu)和對(duì)稱性等方面的準(zhǔn)確性。
高?;瘜W(xué)課程中的一些內(nèi)容是很抽象的,如無機(jī)化學(xué)中的雜化概念,有機(jī)化學(xué)中的構(gòu)象和對(duì)映異構(gòu),物理化學(xué)中的過渡態(tài),分析化學(xué)中的滴定原理和過程變化的解釋等。在講授這些抽象的內(nèi)容時(shí),一些想象力不是很豐富的學(xué)生通常是很難接受的。如果我們利用Gaussian優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)圖,結(jié)合多媒體的方式展示給學(xué)生,然后再解釋這些抽象概念,將可能收到更好的教學(xué)效果。
例如講授有機(jī)化學(xué)中手性構(gòu)型分子的R、S命名時(shí)(圖1),對(duì)于手性碳原子化合物Cabcd,先根據(jù)手性碳原子所連接的4個(gè)原子或基團(tuán)的順序排列(Br>Cl>CH3>H), 然后把最后的H放在離觀察者眼睛最遠(yuǎn)的方向,其他3個(gè)基團(tuán)指向觀察者,學(xué)生在第一次接觸到這樣抽象的概念時(shí)是很難理解的。然而,如果在教學(xué)過程中利用Gaussian優(yōu)化后的結(jié)果(圖1(下)),結(jié)合分子結(jié)構(gòu)圖中的立體效果,可大大提高學(xué)生的理解效果。因此,利用此結(jié)果進(jìn)行教學(xué),相對(duì)于圖1(上)的結(jié)構(gòu)式而言,學(xué)生的接受和理解效果將會(huì)更佳。
圖1 手性分子對(duì)映體構(gòu)型和R、S命名
再如在講授有機(jī)化學(xué)課程[2]中親核取代反應(yīng)雙分子歷程(SN2)時(shí),以溴甲烷與NaOH反應(yīng)為例,反應(yīng)的整個(gè)過程是一步完成的,親核試劑從離去基團(tuán)的背后向碳進(jìn)攻。在反應(yīng)過程中,O—C鍵的形成和C—Br鍵的斷裂是同時(shí)進(jìn)行的,整個(gè)反應(yīng)經(jīng)過一個(gè)過渡態(tài)(圖2)。在這個(gè)知識(shí)點(diǎn)的講解中,要注意到溴代甲烷被親核試劑進(jìn)攻前、進(jìn)攻后及過渡態(tài)這3個(gè)狀態(tài)的分子立體結(jié)構(gòu)圖的變化。溴代甲烷上的3個(gè)氫原子在被—OH進(jìn)攻前后的變化好像雨傘在大風(fēng)中被吹得向外翻轉(zhuǎn)一樣。過渡態(tài)時(shí)碳原子是同時(shí)與OH-及Br-部分鍵合,進(jìn)攻試劑羥基中的氧原子、中心碳原子和離去基團(tuán)差不多在同一條直線上,而碳和其他3個(gè)氫原子則處在垂直于這條線的面上,—OH和Br在平面的兩邊。整個(gè)過程的理解不是很難,若在教學(xué)過程中利用GaussView 畫出整個(gè)過程變化的立體圖,以此進(jìn)行講授整個(gè)變化過程的立體變化,則能更形象地表現(xiàn)出這種“如翻轉(zhuǎn)的雨傘”的意思 (圖2中的虛線框)。相對(duì)于圖2(上)圖中的變化過程,圖2(下)可使學(xué)生更加直觀地觀察到反應(yīng)的整個(gè)過程。
苯環(huán)是共軛體系,苯環(huán)中6個(gè)碳原子的π電子云分布都是一樣的。但是,當(dāng)苯環(huán)上有一個(gè)取代基時(shí),就會(huì)改變苯環(huán)的π電子云分布,使分子極化。這可以利用Gaussian優(yōu)化出的輸出文件(.out),在GaussView里顯示電荷的分布情況看出(圖3(a))。由圖3可看出當(dāng)苯環(huán)上沒有取代基時(shí),碳的電荷值為-0.129,連有取代基—CH3、—NO2時(shí),與取代基相連的碳原子的電荷值分別為0.177、0.271。由圖3可使學(xué)生清晰直觀地看出電荷分布情況,從而更好地理解分子的極性。另外,還可以從Gaussian優(yōu)化出的檢查點(diǎn)文件(.chk)分析優(yōu)化后分子前沿軌道的電子分布情況。如講解與苯環(huán)相連的取代基為推電子基時(shí)(圖3(b)),可使苯環(huán)的π電子云密度增加,從HOMO可以看出,—CH3的給電子能力使其電子云密度增加。反之,當(dāng)苯環(huán)上的取代基為拉電子基團(tuán)如—NO2、—COOH等,優(yōu)化后苯環(huán)HOMO的電子云密度將降低。這樣就可以把在苯環(huán)上引入不同取代基后對(duì)苯環(huán)本身電子云密度的影響清晰地講解出來,從而體現(xiàn)出Gaussian軟件在教學(xué)中的優(yōu)勢(shì)。另外還可以看出不同電子取代基對(duì)于LUMO軌道電子分布的影響。當(dāng)取代基為—CH3時(shí),LUMO軌道電子的分布情況與沒有取代基時(shí)相似;而取代基為—NO2時(shí),LUMO軌道的電子分布情況則受到較大的影響。
圖2 SN2反應(yīng)過程
圖3 不同取代基電荷和分子前沿軌道電子分布圖
Gaussian運(yùn)算的結(jié)果不僅可以在基礎(chǔ)化學(xué)課程的教學(xué)中應(yīng)用,而且在實(shí)驗(yàn)課程的教學(xué)中也可以用來解釋實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象和結(jié)果。例如武漢大學(xué)版《分析化學(xué)實(shí)驗(yàn)》[3]中的利用鄰菲啰啉(Phen)吸光光度法測(cè)定鐵。在鄰菲啰啉與鐵作用前,其溶液為無色;與Fe2+作用生成穩(wěn)定的橘紅色絡(luò)合物Fe(Phen)32+。關(guān)于溶液顏色的變化,可以利用Gaussian計(jì)算的結(jié)果給出如下解釋:根據(jù)優(yōu)化后分子前線軌道HOMO和LUMO電子分布情況,繪制出如圖4(b)的前線軌道能級(jí)差圖。Phen與Fe2+作用前,能級(jí)差ΔE=ELUMO-EHOMO=0.178;與Fe2+生成配合物后,可以清晰地看出,其HOMO軌道的能量從-0.229增加到-0.078,而LUMO能級(jí)從-0.051降低到-0.054,它的變化可以忽略。因此配位前后ΔE由0.178減小到0.024,即作用前能級(jí)差是作用后的7.4倍。如果預(yù)先測(cè)定Phen溶液的吸收波長(zhǎng),再根據(jù)公式ΔE=hν,就可以大致預(yù)測(cè)與Fe2+作用后的最大吸收波長(zhǎng)。從而從理論上給出溶液變色的解釋。這種理論的解釋對(duì)于普通高校高年級(jí)的學(xué)生來說并不難接受。
圖4 Phen與Fe2+配位前后前線軌道能量的變化(a) Phen和配合物Fe(Phen)32+;(b) 配體和配合物的能級(jí)差
綜上,將Gaussian軟件計(jì)算出的結(jié)果結(jié)合GaussView軟件提取計(jì)算結(jié)果的圖形應(yīng)用到高校的教學(xué)中。不僅對(duì)高校教師在講授抽象概念、反應(yīng)機(jī)理及解釋實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象等方面有很大幫助,而且還可以很好地培養(yǎng)學(xué)生的觀察力、創(chuàng)造力及科研能力。
[1] 劉曉東,胡宗球.大學(xué)化學(xué),2006,21(5):34
[2] 曾昭瓊.有機(jī)化學(xué).第4版.北京:高等教育出版社,2004
[3] 武漢大學(xué).分析化學(xué)實(shí)驗(yàn).第4版.北京:高等教育出版社,2001