蔣介石的國(guó)民黨讓章太炎成了民國(guó)遺民，章太炎的弟子們則讓他成為中國(guó)傳統(tǒng)文化的遺民。
　　早年為鼓動(dòng)更多人革命，章太炎在破除國(guó)人信仰或既有觀念上，下了很大功夫：反復(fù)強(qiáng)調(diào)六經(jīng)皆史，把孔子從先圣降為優(yōu)秀的歷史學(xué)家、教育家，甚至“激而詆孔”，撰《新方言》主張“言文一致”。這些都發(fā)了新文化運(yùn)動(dòng)的先聲。
　　他東京時(shí)期的弟子，辛亥后紛紛占據(jù)了文化界的顯要位置，并與《新青年》勢(shì)力合流，鼓吹文學(xué)革命，其中得意弟子錢(qián)玄同出力至巨。胡適晚年回憶說(shuō)：“錢(qián)氏（錢(qián)玄同）原為國(guó)學(xué)大師章太炎的門(mén)人，他對(duì)這篇由一位留學(xué)生執(zhí)筆討論中國(guó)文學(xué)改良問(wèn)題的文章（《文學(xué)改良芻議》），大為賞識(shí)，倒使我受寵若驚……實(shí)在使我們聲勢(shì)一振。”錢(qián)玄同更是激烈主張廢除漢字，妄誕程度令人咋舌，例如“人過(guò)了40歲就該死，不死也該槍斃”。
　　弟子們“不可控”的發(fā)展，讓章太炎感到“太阿倒持”的威脅迫在眉睫，開(kāi)始意識(shí)到傳統(tǒng)文化有“被顛覆的危險(xiǎn)”。
　　1921年，柳詒徵在《史地學(xué)報(bào)》創(chuàng)刊號(hào)上發(fā)表《論近人講諸子之學(xué)者之失》，批評(píng)章太炎的詆孔觀點(diǎn)——章太炎曾在《民報(bào)》上撰文稱，孔子早年問(wèn)學(xué)于老子，學(xué)成后欲加害于老子，老子恐懼，于是出關(guān)，寫(xiě)下了《道德經(jīng)》。
　　章太炎致公開(kāi)信表示接受批評(píng)，稱贊柳詒徵對(duì)胡適等人的批評(píng)為“鳳鳴高岡”，還說(shuō)自己詆孔是“十?dāng)?shù)年前狂妄逆詐之論”，敦請(qǐng)柳詒徵“提挈后進(jìn)，使就樸質(zhì)，毋但依據(jù)新著，恣為浮華”。
　　人們眼中的章太炎，變得守舊、頑固了。他開(kāi)始提倡尊孔、讀經(jīng)，對(duì)趨新的風(fēng)氣提出批評(píng)，褒貶人物依舊毫不留情。
　　章太炎晚年寓居蘇州時(shí)，東吳大學(xué)法學(xué)院法學(xué)士周劭曾和林語(yǔ)堂等人到蘇州拜訪。那時(shí)章太炎身體欠佳，不能長(zhǎng)談，但仍抽煙不輟，口沫橫飛，不容旁人置喙。當(dāng)周劭、林語(yǔ)堂等人提到胡適時(shí)，章太炎哈哈一笑，“哲學(xué)，胡適之也配談么？康、梁多少有些‘根’，胡適之，他連‘根’都沒(méi)有?！?br/>　　對(duì)于老師晚年的姿態(tài)，引領(lǐng)新風(fēng)潮的弟子表達(dá)了不同意見(jiàn)。魯迅說(shuō)：“太炎先生雖先前也以革命家現(xiàn)身，后來(lái)卻退居于寧?kù)o的學(xué)者，用自己所手造的和別人所幫造的墻，和時(shí)代隔絕了?！濒斞高€說(shuō)，“因?yàn)槲抑鲝埌自?，不敢再去?jiàn)他了?！?br/>　　但主張的不同，并不妨礙弟子對(duì)他的尊敬。
　　1932年，章太炎到北平敦促?gòu)垖W(xué)良抗日，此外還在北京大學(xué)、燕京大學(xué)等高校作學(xué)術(shù)演講，盛況空前。據(jù)親歷者之一錢(qián)穆回憶，章氏演講現(xiàn)場(chǎng)座無(wú)虛席，當(dāng)時(shí)的章門(mén)弟子早已是北平名校的風(fēng)云人物，在乃師講座皆環(huán)立四側(cè)。由于章氏口音重，須有一人“翻譯”，“翻譯”者為錢(qián)玄同，抄寫(xiě)黑板的則是新風(fēng)潮另一領(lǐng)軍人物劉半農(nóng)。
　　錢(qián)穆慨嘆，盡管當(dāng)時(shí)新文化運(yùn)動(dòng)已臻極盛，但這些引領(lǐng)新潮的人，遇上章氏這種大師，都要拘守舊禮貌，足見(jiàn)風(fēng)氣轉(zhuǎn)變，不是“咄嗟（霎時(shí)）間事”。
　　而章太炎對(duì)弟子也甚為愛(ài)護(hù)。他喜歡“獨(dú)行赴淵之士”，看重弟子是否有孤傲不羈的性情，像黃侃、錢(qián)玄同、魯迅，都具有這方面的特質(zhì)。劉文典因頂撞蔣介石，也被章太炎贊賞。1932年，劉文典在北平見(jiàn)了老師章太炎。見(jiàn)面時(shí)，章太炎摸著他的頭，說(shuō)：“叔雅，你真好?！彪x別時(shí)，章太炎贈(zèng)送劉文典一副對(duì)聯(lián)：“養(yǎng)生未羨嵇中散，疾惡真推禰正平。”上聯(lián)勸誡弟子不要再吸食鴉片，下聯(lián)贊揚(yáng)他敢于頂撞蔣介石。
　　1935年10月，與章太炎持有同樣學(xué)問(wèn)立場(chǎng)的章門(mén)大弟子黃侃，先于老師8個(gè)月去世，死前留下絕筆詩(shī)：“秋氣侵懷正郁陶。茲辰倍欲卻登高。應(yīng)將叢菊霑雙淚，漫藉清樽慰二毛。青冢霜寒驅(qū)旅雁，蓬山風(fēng)急抃靈鰲。神方不救群生厄，獨(dú)佩萸囊未足豪?！?br/>　　“蓬山風(fēng)急抃靈鰲”喻日軍侵凌，最后兩句說(shuō)自己空有一身絕世學(xué)問(wèn)，但對(duì)如斯國(guó)運(yùn)，卻又如此無(wú)力——晚年章太炎，何嘗沒(méi)有這種復(fù)雜荒蕪的心境。
　　章太炎晚年不乏知音者。日軍進(jìn)逼，他感覺(jué)國(guó)之將亡。有人問(wèn)，可有永久寶貴的國(guó)粹？他回答：“有之，即其國(guó)以往之歷史也?！睂?duì)此，錢(qián)穆沉痛寫(xiě)道，“（章太炎）僅此一言，足以百世矣