徐全壹,歐陽(yáng)利民,王望華,孫玉文,譚從娥,陳 康,王米渠

(1.寧夏醫(yī)科大學(xué)中醫(yī)學(xué)院,寧夏 銀川 750004；2.成都中醫(yī)藥大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,四川 成都 610072；3.陜西中醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院,陜西 咸陽(yáng) 712046)

隨著現(xiàn)代生命科學(xué)的不斷發(fā)展，寒證生物學(xué)基礎(chǔ)的研究進(jìn)展與之緊密結(jié)合，而高通量生物學(xué)技術(shù)、生物信息學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)等新興交叉的學(xué)科將寒證的研究向著生物分子網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)與功能的系統(tǒng)化研究方向發(fā)展[1]?？蒲袑W(xué)者認(rèn)識(shí)到寒證是由生物分子之間的相互作用，以及與外界環(huán)境之間的物質(zhì)、能量和信息的交換出現(xiàn)障礙或者缺陷而產(chǎn)生。具體而言就是基因、RNA、蛋白質(zhì)、micRNA等生物分子和生物學(xué)過(guò)程介導(dǎo)的過(guò)多層次復(fù)雜的相互作用而發(fā)生的特定的病理過(guò)程。寒證生物分子網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建將成為描述它們復(fù)雜的相互作用和系統(tǒng)行為的關(guān)鍵[1-2]。

1 生物信息與寒證研究

寒證是中醫(yī)證候研究中的一類(lèi)復(fù)雜的難題，目前研究大量借助高通量的基因芯片以及數(shù)據(jù)處理的生物信息技術(shù)。沈自尹等[3]在腎陽(yáng)虛的研究中發(fā)現(xiàn)自然衰老大鼠具有年齡依賴(lài)特征的199條表達(dá)基因，主要涉及神經(jīng)內(nèi)分泌免疫相關(guān)基因。呂誠(chéng)[4]在研究類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的寒熱證候生物學(xué)差異中發(fā)現(xiàn)類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎寒證候與熱證候之間有29個(gè)差異基因表達(dá)，其中7個(gè)基因在寒證高表達(dá)和22個(gè)基因在熱證高表達(dá)。潘玲等[5]研究溫補(bǔ)藥物治療腎陽(yáng)虛證兄妹療效的分子生物學(xué)特征結(jié)果顯示得到84條共同表達(dá)基因，其中34條基因?yàn)橐阎δ芑?，涉及到免疫、生長(zhǎng)發(fā)育、基礎(chǔ)代謝等6大類(lèi)。韓冰冰等[6]在虛寒證模型大鼠的肝全基因表達(dá)譜的研究中發(fā)現(xiàn)，虛寒證模型相關(guān)基因99條,其中涉及8個(gè)顯著性基因功能，包括免疫應(yīng)答，防御應(yīng)答，生物刺激應(yīng)答等；而虛寒治療后與虛寒模型組比較有212條基因差異表達(dá)，涉及31個(gè)顯著性基因功能，包括免疫應(yīng)答，炎癥應(yīng)答，防御應(yīng)答,趨化因子及受體活性,氧化還原酶活性等功能。楊麗萍等[7]在虛寒證家系研究中發(fā)現(xiàn)家系虛寒證差異表達(dá)的基因，其中只有2條基因與非家系組相同,家系虛寒證組差異功能分布相對(duì)集中,主要和能量代謝密切相關(guān)。楊紅亞等[8]對(duì)虛寒證的基因功能分析發(fā)現(xiàn)虛寒證的差異表達(dá)基因較集中在代謝與免疫2類(lèi)基因。筆者在寒淫致病的研究[9]中發(fā)現(xiàn)ATP6V0D1基因和氧化磷酸化代謝通路與輕度“寒淫致病”密切相關(guān)。袁卓臖[10]在脾胃虛寒證的代謝組研究中發(fā)脾胃虛寒證血液中的標(biāo)記物有現(xiàn)乳酸、低密度脂蛋白、丙氨酸、甘氨酸、葡萄糖、極低密度脂蛋白、高密度脂蛋白、不飽和脂肪酸、磷脂酰膽堿。陳冬梅[11]研究發(fā)現(xiàn)虛寒證機(jī)體代謝產(chǎn)物中的乳酸、檸檬酸、琥珀酸、不飽和脂類(lèi)、乙酰乙酸、谷氨酸、1.79 ppm處的未知化合物可作為虛寒證的生物標(biāo)志物,并可作為深入研究虛寒證本質(zhì)的切入點(diǎn)。這些研究都不約而同的面臨著這樣的一個(gè)難題——數(shù)據(jù)量巨大[12]。研究都處在多基因或多化合物的多數(shù)據(jù)庫(kù)功能分類(lèi)研究水平上進(jìn)行探討，缺乏基因或化合物內(nèi)在聯(lián)系的具體呈現(xiàn)，缺乏共調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的呈現(xiàn)。中醫(yī)寒證研究恰恰需要整體網(wǎng)絡(luò)的呈現(xiàn)，回歸并體現(xiàn)出中醫(yī)證候獨(dú)有的特征。

2 寒證生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

單個(gè)的不連續(xù)的生物學(xué)功能很少歸屬到單個(gè)細(xì)胞分子的作用。而大部分生物學(xué)特性是來(lái)自于細(xì)胞內(nèi)無(wú)數(shù)組分間的相互復(fù)雜作用，比如蛋白質(zhì)、DNA、RNA以及一些小分子間的相互作用[13]。因此，21世紀(jì)生物學(xué)的一個(gè)關(guān)鍵挑戰(zhàn)就是了解對(duì)構(gòu)建一個(gè)活細(xì)胞的結(jié)構(gòu)及功能起到作用的復(fù)雜細(xì)胞間相互作用網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)及其動(dòng)態(tài)。高通量數(shù)據(jù)收集技術(shù)的發(fā)展，即可概括為分子微探針的廣泛應(yīng)用，允許在任何一個(gè)給定時(shí)間對(duì)細(xì)胞的各組分的狀態(tài)做同時(shí)信號(hào)探詢(xún)分析。相反，新的技術(shù)平臺(tái)，例如蛋白質(zhì)芯片或半自動(dòng)酵母雙雜交篩選，能幫助確定這些分子是怎樣發(fā)生相互作用的。不同類(lèi)型的交互作用網(wǎng)絡(luò),或其他網(wǎng)絡(luò)(包括蛋白質(zhì)—蛋白質(zhì)相互作用、代謝、信號(hào)和轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)等),都是來(lái)自于這些上述相互作用的集合。這些網(wǎng)絡(luò)沒(méi)有一個(gè)是獨(dú)立的，它們以“網(wǎng)絡(luò)群中的一個(gè)網(wǎng)絡(luò)”的組成形式對(duì)細(xì)胞的行為發(fā)揮作用。當(dāng)代生物學(xué)的一個(gè)主要挑戰(zhàn)就是要登上一個(gè)集成理論與實(shí)驗(yàn)的程序平臺(tái)來(lái)構(gòu)建圖示，理解并建立控制細(xì)胞行為的不同網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵W(xué)及動(dòng)態(tài)特性的可計(jì)量條件下的模型。隨著這些復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論研究的快速發(fā)展，已經(jīng)向著對(duì)不同復(fù)雜的技術(shù)及社會(huì)網(wǎng)絡(luò)的形成與進(jìn)化起到控制作用的結(jié)構(gòu)原理邁進(jìn)。這項(xiàng)研究也已經(jīng)對(duì)細(xì)胞生物學(xué)領(lǐng)域產(chǎn)生了影響，它引導(dǎo)人們對(duì)很大程度上與其他復(fù)雜系統(tǒng)(如網(wǎng)絡(luò)、芯片、社會(huì))共享的單個(gè)細(xì)胞內(nèi)的結(jié)構(gòu)特性及分子相互作用的網(wǎng)絡(luò)加深了認(rèn)識(shí)。比如呂誠(chéng)[4]采用ICPA運(yùn)算法則構(gòu)建差異基因的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)了4個(gè)高聯(lián)接區(qū),GO功能分析寒證與Toll樣受體信號(hào)通路相關(guān)，而熱證與鈣離子信號(hào)通路、細(xì)胞黏附分子、PPAR信號(hào)通路以及脂肪酸代謝途徑相關(guān)。寒證證候研究者們，不但需要闡明不同細(xì)胞內(nèi)進(jìn)程中單個(gè)分子的作用，研究對(duì)形成細(xì)胞間網(wǎng)絡(luò)所需的特定生物學(xué)詳細(xì)資料及進(jìn)化起源，而且還需探究寒證網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)在實(shí)驗(yàn)可觀察到的功能及行為特性上的影響。網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建能夠顯示細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)的大規(guī)模的特性，完成對(duì)小的基因通路的最新的全面理解，使得寒證研究充分體現(xiàn)出中醫(yī)整體性。

3 結(jié)語(yǔ)

大部分生物學(xué)特性是來(lái)自于細(xì)胞內(nèi)無(wú)數(shù)組分間的相互復(fù)雜作用，想要準(zhǔn)確描繪出這些復(fù)雜的相互作用關(guān)系，僅僅依靠以往的研究方式[14]是很難成功的。生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建是當(dāng)代生物信息學(xué)技術(shù)中解決該問(wèn)題的主要手段，可以較為完整、全面的揭示各組分間是如何協(xié)同作用，共同完成一種生物學(xué)行為的[13]。這為寒證的生物分子網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建成為了可能，從而更能體現(xiàn)出功能模塊，在復(fù)雜的分子生物層面上使微觀分子與宏觀模塊有機(jī)地結(jié)合，這對(duì)深入認(rèn)識(shí)寒證的生物學(xué)內(nèi)涵具有積極的意義[1]，有利于將系統(tǒng)生物學(xué)和生物信息學(xué)與寒證研究相結(jié)合，為寒證研究提供了一條可行的途徑。

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