(1)實驗室的規(guī)劃、布局和規(guī)模不到位。目前全國具有食品相關(guān)檢驗?zāi)芰Φ募夹g(shù)機構(gòu)有7000多家，多數(shù)隸屬于衛(wèi)生、農(nóng)業(yè)、質(zhì)檢、糧食等部門，從業(yè)人數(shù)近16萬人。因各部門分頭建設(shè)，導(dǎo)致資源分散、重復(fù)建設(shè)、利用率不高?？傮w來看，我國第三方食品檢測實驗室缺乏科學(xué)統(tǒng)籌安排，實驗室的結(jié)構(gòu)設(shè)置不盡合理，存在不少缺項和遺漏，實驗室的質(zhì)量和層次遠未能滿足現(xiàn)有工作的需要。

(2)管理體制和機制不夠靈活。目前，大多數(shù)實驗室名義上相對獨立，但實質(zhì)上還是處于行政管理的體制之下。這種管理體制缺乏有效的激勵機制和人員進出機制，好的人才引不進來或留不住的現(xiàn)象比較突出，在某種程度上制約了實驗室的發(fā)展。另外，行政干預(yù)過多，必然導(dǎo)致效率相對低下，并且容易產(chǎn)生重點投資不足、重復(fù)投資等問題。

(3)市場營銷能力、研發(fā)能力相對不足。目前，不少國內(nèi)的食品實驗室沒有專門的市場開拓部門和人員，實驗室所設(shè)立的部門往往都是根據(jù)所從事的具體檢測工作而設(shè)立，有的實驗室即使有部門去負(fù)責(zé)市場營銷，但很少有專人去深入研究市場的拓展。從業(yè)務(wù)構(gòu)成來看，特別是國有成分的實驗室，所開展的大部分業(yè)務(wù)是法定職責(zé)附帶而來。相比而言，國外的一些檢測機構(gòu)，以及個別的國內(nèi)商業(yè)實驗室，憑借其強有力的市場拓展能力，迅速地向整個食品供應(yīng)鏈滲透，擁有了相當(dāng)多的穩(wěn)定客戶群。此外，比較突出的一點就是，我們的實驗室研發(fā)能力相對不足，不能滿足檢測市場的需要。

(4)質(zhì)量意識、獨立性和公正性有待提高。近年來，第三方食品檢測實驗室出現(xiàn)了不少檢測質(zhì)量事故，個別事故影響面非常廣且造成嚴(yán)重后果，歸根到底，還是實驗室的質(zhì)量意識不夠強所致。