中國宋慶齡基金會與臺灣方面的公益合作涉及教育、醫(yī)療，緊急救災、心理援助等多個方面。

教育

喜舍基金：2000年，來自臺灣的邵秀華女士發(fā)起，在基金會設立“喜舍基金”，主要針對老、少、邊、窮地區(qū)的少年兒童及孤寡老人，開展教育、健康等方面的資助工作。捐贈主要來自臺灣和部分海外華人的企業(yè)及個人，其中有企業(yè)家、教育工作者和普通民眾。經過多年的努力，喜舍基金已在大陸18個省份42個縣建立了援建項目，援建學校48所，受益學生約2萬人次，有1000人次獲得獎助學金。

CPM兒童玩具圖書館：中國宋慶齡基金會所屬培訓交流中心率先與臺灣CPM教育聯(lián)盟合作，引進CPM兒童玩具圖書館，在北京的示范園和一級一類幼兒園普遍開展，幼兒通過自主學習，提高了主動觀察、動手思考的能力，促進智力培養(yǎng)和提升。

祈福彭磷基獎勵基金：2007年設立，獎助在大陸學中醫(yī)（藥）專業(yè)的臺灣大學生，并在每年舉辦兩岸中醫(yī)藥大學生夏令營，惠及近千人次。

“培羅成少數(shù)民族教師培訓”：2008年，在臺灣著名影視演員趙文碹支持下，啟動“培羅成少數(shù)民族教師培訓”項目，近五年來先后在內蒙古、廣西、新疆、云南、西藏、浙江六個省、自治區(qū)舉辦少數(shù)民族教師培訓，為1200余名鄉(xiāng)村少數(shù)民族教師提供公益培訓，為少數(shù)民族教育事業(yè)的發(fā)展起到了積極作用，獲得“中華慈善獎”之“最具影響力公益項目獎”。

醫(yī)療

“發(fā)展遲緩兒童早期療育”項目：從2001年開始，與臺灣富邦文教基金會持續(xù)開展此項目，項目以“奉獻愛心，幫助發(fā)展遲緩兒童回歸主流”為宗旨，資助發(fā)展遲緩兒童早期療育、開展社區(qū)宣教、醫(yī)療救治、康復培訓活動，設立智障兒童早期干預實驗班、特殊教育教材試用實驗班，召開康復專家研討會、特殊教育交流會，組織兩岸醫(yī)學專家學者互訪交流，在幫助發(fā)展遲緩兒童方面取得了非常顯著的社會效果，至今已有3萬多名發(fā)展遲緩兒童從中受益。

救災

2003年非典過后，組織兩岸醫(yī)護專家開展“抗擊非典”經驗交流活動；

2008年四川汶川發(fā)生特大地震災害以后，邀請兩岸心理學及生命教育領域專家多次赴災區(qū)進行心理援助，為“金色陽光工程”心理熱線及咨詢中心人員進行專業(yè)培訓，并兩次組派四川地震災區(qū)青少年赴臺休養(yǎng)交流；

2009年，臺灣發(fā)生“莫拉克”臺風災害后，捐款300萬元人民幣，用于災區(qū)恢復重建和青少年教育事業(yè)。