于彤 蘇大明 尹仁芳 張竹綠 田野
中醫(yī)藥知識(shí)服務(wù)平臺(tái)構(gòu)建的研究*
于彤①蘇大明①尹仁芳①?gòu)堉窬G①田野①
近年來(lái),在互聯(lián)網(wǎng)上已出現(xiàn)了UpToDate、MD Consult和DynaMed等一系列醫(yī)學(xué)知識(shí)服務(wù)平臺(tái),面向廣大醫(yī)師提供綜合性的知識(shí)服務(wù)和現(xiàn)有的最佳證據(jù),推動(dòng)了循證醫(yī)學(xué)的發(fā)展。這些國(guó)外的知識(shí)服務(wù)平臺(tái)已得到廣泛使用,而我國(guó)目前類似的知識(shí)服務(wù)平臺(tái)尚不成熟,有關(guān)中醫(yī)藥循證臨床綜述數(shù)據(jù)庫(kù)和知識(shí)服務(wù)平臺(tái)的研發(fā)也屬空白。在本文中,介紹了TCMKS這一實(shí)驗(yàn)性的中醫(yī)藥知識(shí)服務(wù)平臺(tái),闡述了TCMKS的體系結(jié)構(gòu)、數(shù)據(jù)模型、主要功能和技術(shù)特點(diǎn),并討論該平臺(tái)在乙型肝炎中的適用性與使用情況,以期為中醫(yī)藥工作者在該領(lǐng)域中推廣使用循證知識(shí)服務(wù)提供參考。
循證醫(yī)學(xué); 信息資源; 數(shù)字圖書館; 知識(shí)服務(wù); 中醫(yī)藥
近年來(lái),循證醫(yī)學(xué)(Evidence-based Medicine,EBM)正在成為主流[1-3]。循證保健服務(wù)的成功倚重于最佳證據(jù)的可及性,這些證據(jù)應(yīng)覆蓋疾病的診斷、治療、預(yù)防等方面,并與患者個(gè)人、群體和醫(yī)療資源的特點(diǎn)具有相關(guān)性[4-5]。為醫(yī)學(xué)決策提供證據(jù)支持的實(shí)用資源,在EBM的實(shí)施和發(fā)展中發(fā)揮了重要的作用[5]。為循證醫(yī)學(xué)提供知識(shí)服務(wù)正在成為醫(yī)學(xué)圖書館的一大發(fā)展方向。近年來(lái),在互聯(lián)網(wǎng)上出現(xiàn)了Clinical Evidence、DynaMed、Essential Evidence Plus、MD Consult、UpToDate等一系列網(wǎng)站[6-10],它們利用數(shù)字圖書館所積累的海量數(shù)字資源,面向廣大醫(yī)師提供綜合性的知識(shí)服務(wù)和良好的證據(jù)支持。這些系統(tǒng)因其知識(shí)全面、定期更新、檢索便捷等特點(diǎn),成為臨床醫(yī)師的常用的決策支持工具[4]。但我國(guó)目前類似的知識(shí)服務(wù)平臺(tái)尚不成熟,在中醫(yī)藥領(lǐng)域的研究和開發(fā)工作也屬空白。
中醫(yī)界存在著對(duì)循證知識(shí)服務(wù)平臺(tái)的迫切需求。近年來(lái),許多學(xué)者在中醫(yī)藥領(lǐng)域引入“循證醫(yī)學(xué)”的思想,以開展中醫(yī)藥臨床試驗(yàn)、構(gòu)建中醫(yī)臨床評(píng)價(jià)體系、研究中醫(yī)證候[1,11-13],循證中醫(yī)藥臨床研究的發(fā)展方興未艾。在此背景下,中醫(yī)臨床人員也同樣需要獲得循證的臨床信息,以解決臨床研究和實(shí)踐中面臨的問題。
中醫(yī)藥領(lǐng)域具有顯著的文化特色,循證中醫(yī)藥臨床研究也具有獨(dú)特的發(fā)展路徑。因此,中醫(yī)循證知識(shí)服務(wù)平臺(tái)與一般的知識(shí)服務(wù)平臺(tái)具有不同之處。在中醫(yī)藥領(lǐng)域,優(yōu)秀的中醫(yī)典籍占據(jù)著權(quán)威的地位,是中醫(yī)臨床實(shí)踐的重要依據(jù)來(lái)源。如何從中醫(yī)古籍文獻(xiàn)中獲取臨床相關(guān)的最佳證據(jù),是中醫(yī)循證知識(shí)服務(wù)平臺(tái)建設(shè)中需要解決的問題。我國(guó)中醫(yī)界經(jīng)過了20多年的數(shù)字化建設(shè),初步實(shí)現(xiàn)了中醫(yī)古籍的數(shù)字化和中醫(yī)文獻(xiàn)的結(jié)構(gòu)化,積累豐富的中醫(yī)藥科學(xué)數(shù)據(jù)資源,建成了文獻(xiàn)庫(kù)、方劑庫(kù)、藥理庫(kù)等一大批數(shù)據(jù)庫(kù),為中醫(yī)循證知識(shí)服務(wù)平臺(tái)的建設(shè)奠定了數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。
鑒于此,筆者借鑒UpToDate、DynaMed等系統(tǒng)的成功經(jīng)驗(yàn),分析循證中醫(yī)藥臨床研究的獨(dú)特需求,結(jié)合中醫(yī)中醫(yī)藥文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)的特點(diǎn),研制了TCMKS(Traditional Chinese Medicine Knowledge Services)這一實(shí)驗(yàn)性的中醫(yī)藥知識(shí)服務(wù)平臺(tái),以期為中醫(yī)藥工作者在該領(lǐng)域推廣循證知識(shí)服務(wù)提供參考。
TCMKS的核心功能就是實(shí)現(xiàn)與主題相關(guān)的知識(shí)資源的整合,并輔助專家撰寫主題綜述。其中,主題是指“甲型病毒性肝炎”、“乙型病毒性肝炎”等用戶關(guān)心的醫(yī)學(xué)概念;知識(shí)資源包括與主題相關(guān)的科技文獻(xiàn)及其摘要、博文、新聞、搜索結(jié)果等;綜述(或稱主題綜述)是關(guān)于某個(gè)主題一篇綜合性的文章,其格式為HTML文件(其中嵌入了相關(guān)圖片,并含有指向其他知識(shí)資源的超鏈接)。該平臺(tái)為瀏覽器/服務(wù)器架構(gòu)的Web應(yīng)用程序,以Web的方式提供服務(wù),允許多個(gè)用戶同時(shí)在線使用。領(lǐng)域?qū)<铱梢酝ㄟ^注冊(cè)成為該平臺(tái)的用戶(即會(huì)員)。平臺(tái)用戶分為讀者、編審人員和超級(jí)管理員等3類。其中,編審人員能對(duì)綜述進(jìn)行編輯、審校和發(fā)布;超級(jí)管理員具有添加、刪除用戶等超級(jí)權(quán)限,負(fù)責(zé)系統(tǒng)的后臺(tái)管理工作;讀者則具有綜述和知識(shí)資源的檢索、瀏覽、下載等權(quán)限。
如圖1所示,中醫(yī)藥知識(shí)服務(wù)平臺(tái)由“綜述管理”、“知識(shí)圖譜”、“Web服務(wù)”這3大部分構(gòu)成。其中,(1)“綜述管理”模塊用于實(shí)現(xiàn)綜述的創(chuàng)建、編審、管理和索引等功能;(2)“知識(shí)圖譜”模塊用于實(shí)現(xiàn)詞表、數(shù)據(jù)庫(kù)等結(jié)構(gòu)性知識(shí)的融合和管理;(3)“Web服務(wù)”模塊用于實(shí)現(xiàn)綜述和結(jié)構(gòu)性知識(shí)的檢索和瀏覽。系統(tǒng)通過ETL(抽取、轉(zhuǎn)換、裝載)工具將詞表和數(shù)據(jù)庫(kù)中的結(jié)構(gòu)性知識(shí)導(dǎo)入知識(shí)圖譜之中,與綜述之間建立知識(shí)關(guān)聯(lián)。平臺(tái)用戶通過Web來(lái)獲取綜述和知識(shí)服務(wù),并查閱綜述中引用的各種參考文獻(xiàn)。
圖1 中醫(yī)藥知識(shí)服務(wù)平臺(tái)系統(tǒng)的體系結(jié)構(gòu)圖
如圖2所示,該系統(tǒng)通過關(guān)系型數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)綜述的標(biāo)題、類別、著作權(quán)、內(nèi)容、標(biāo)簽、參考文獻(xiàn)和內(nèi)嵌圖片進(jìn)行統(tǒng)一存儲(chǔ)和管理。其中,一篇綜述的內(nèi)容分成若干個(gè)段落存儲(chǔ)(并非存為一整塊文本),便于段落在綜述之間共享,使知識(shí)組合變得更加靈活?!爸R(shí)圖譜”以“主體-謂詞-客體”三元組的形式來(lái)存儲(chǔ)中醫(yī)藥領(lǐng)域的結(jié)構(gòu)性知識(shí)。通過對(duì)段落添加主體標(biāo)簽,將綜述段落與領(lǐng)域概念關(guān)聯(lián)起來(lái),從而建立了綜述內(nèi)容與結(jié)構(gòu)性知識(shí)之間的關(guān)聯(lián)。
圖2 系統(tǒng)后臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)的實(shí)體-關(guān)系模型
3.1 綜述編審和管理 系統(tǒng)提供了一套完整的綜述編審和管理工具,支持用戶以Web的方式完成綜述的創(chuàng)建、編輯、審校、發(fā)布和更新的一整套流程。如圖3所示,用戶以“所見即所得”的方式,通過一個(gè)Web編輯器完成綜述的編輯和預(yù)覽任務(wù)。其中,一篇綜述圍繞某個(gè)主題(如中醫(yī)藥防治乙型肝炎),從疾病基礎(chǔ)、臨床證據(jù)、中醫(yī)藥古代文獻(xiàn)證據(jù)、最新治療與研究進(jìn)展、患者服務(wù)信息以及最新動(dòng)態(tài)等方面,為臨床醫(yī)務(wù)醫(yī)務(wù)人員和患者提供最權(quán)威的信息與知識(shí)。綜述內(nèi)容以HTML格式直接存儲(chǔ)于服務(wù)器上,以保證綜述格式的規(guī)范性以及數(shù)據(jù)安全。該系統(tǒng)提供了遠(yuǎn)程協(xié)作加工能力,支持來(lái)自不同單位、不同地點(diǎn)的領(lǐng)域?qū)<彝瑫r(shí)編輯一篇綜述。某位專家對(duì)綜述內(nèi)容的更新結(jié)果,可以即時(shí)顯示在同作者的瀏覽器上,從而保證了協(xié)同編輯的流暢性。
在綜述編輯中,可以使用‘#’對(duì)綜述的各項(xiàng)主題進(jìn)行標(biāo)注,標(biāo)注對(duì)象包括主題詞、重要話題、圖表引用、文獻(xiàn)引用等。例如,通過“#慢性乙型肝炎#的發(fā)病呈世界性分布,是一種進(jìn)展性疾病,如治療不當(dāng),其產(chǎn)生的肝硬化、肝癌等后遺癥危害更大”標(biāo)注綜述的主題詞;通過“詳見#表1#”或“詳見#圖1#”標(biāo)注某一圖表;“#于彤等2012a#提出了某某模型……”標(biāo)注某一參考文獻(xiàn)。系統(tǒng)在綜述展示的時(shí)候,將根據(jù)用戶添加的主題標(biāo)注來(lái)自動(dòng)生成相關(guān)概念信息、圖表和文獻(xiàn)資源的超鏈接。
圖3 中醫(yī)藥主題綜述編審界面
任何系統(tǒng)用戶都可以創(chuàng)建一篇新的綜述。由綜述的創(chuàng)建者來(lái)確定綜述的題目、類別和主題內(nèi)容,并指定綜述的編輯、審校和發(fā)布人員。某位系統(tǒng)用戶,若被指定為綜述的編輯、審校人員,則在系統(tǒng)中具有了對(duì)該綜述的編輯或?qū)徯?quán)限;若被指定為綜述的發(fā)布人員,則不僅具有編審權(quán)限,而且將視綜述的完成情況來(lái)決定是否對(duì)綜述進(jìn)行發(fā)布(或取消發(fā)布)。在綜述發(fā)布之后,系統(tǒng)用戶即可瀏覽綜述內(nèi)容,或下載綜述全文。綜述創(chuàng)建者還有權(quán)決定是否刪除這篇綜述。系統(tǒng)會(huì)先將用戶刪除的綜述放入回收站,再由用戶進(jìn)入回收站進(jìn)行徹底刪除,以減少誤刪事件的發(fā)生。
系統(tǒng)在支持用戶進(jìn)行綜述編審的同時(shí),也支持用戶上傳相關(guān)的知識(shí)資源(如文獻(xiàn)、圖片等)。系統(tǒng)包括一個(gè)知識(shí)資源管理模塊,提供知識(shí)資源的上傳、更新、維護(hù)、標(biāo)引和刪除等功能。用戶可以在綜述編輯的過程中,隨時(shí)檢索并插入知識(shí)資源的引用,從而簡(jiǎn)化了參考文獻(xiàn)和圖表的插入過程。
3.2 知識(shí)資源的整合與檢索 如圖4所示,系統(tǒng)能向注冊(cè)用戶提供綜述及相關(guān)知識(shí)資源的檢索服務(wù)。用戶在檢索框中輸入檢索詞后,系統(tǒng)將列出相關(guān)綜述以及其他的知識(shí)資源,用戶可進(jìn)一步瀏覽所關(guān)心的綜述,并下載綜述參考文獻(xiàn)的原文。
系統(tǒng)還提供與綜述主題相關(guān)的知識(shí)(這些知識(shí)來(lái)自中藥庫(kù)、方劑庫(kù)等數(shù)據(jù)庫(kù))的展示功能。系統(tǒng)通過知識(shí)圖譜(Knowledge Graph)來(lái)封裝各種結(jié)構(gòu)性知識(shí)。通過數(shù)據(jù)預(yù)處理程序預(yù)先將詞表和關(guān)系型數(shù)據(jù)導(dǎo)成知識(shí)圖譜。知識(shí)圖譜可以表達(dá)為RDF圖或一般的圖結(jié)構(gòu)。其優(yōu)點(diǎn)是能夠提高系統(tǒng)的通用性和性能,降低編程的復(fù)雜性。
系統(tǒng)還通過Web服務(wù)等方式,實(shí)現(xiàn)了外部系統(tǒng)中知識(shí)資源的訪問。系統(tǒng)通過萬(wàn)方等文獻(xiàn)庫(kù)的Web服務(wù)接口,獲取了與綜述主題相關(guān)的文獻(xiàn)題錄信息;系統(tǒng)還與Wikipedia等外部知識(shí)系統(tǒng)建立了連接,從而豐富了呈獻(xiàn)給用戶的知識(shí)內(nèi)容。
圖4 中醫(yī)藥知識(shí)資源檢索界面
在國(guó)際上,知識(shí)服務(wù)平臺(tái)正成為衛(wèi)生決策所依賴的重要工具。這些平臺(tái)所使用的主流語(yǔ)言是英語(yǔ),也出現(xiàn)了某些非英語(yǔ)的版本,但我國(guó)自主研發(fā)的中文知識(shí)服務(wù)平臺(tái)尚不多見。我國(guó)中醫(yī)界尚未出現(xiàn)類似的系統(tǒng),對(duì)其背后的理念、方法和技術(shù)亦缺乏足夠的了解。我國(guó)需要借鑒UpToDate等相關(guān)系統(tǒng)開發(fā)的成功經(jīng)驗(yàn),結(jié)合中醫(yī)藥領(lǐng)域的特點(diǎn),開發(fā)基于循證的中醫(yī)藥知識(shí)服務(wù)平臺(tái),以填補(bǔ)中醫(yī)界在這一方面的空白,滿足國(guó)內(nèi)外中醫(yī)學(xué)者的信息需求,支持循證中醫(yī)臨床研究的發(fā)展。
為此,筆者構(gòu)建了TCMKS這一實(shí)驗(yàn)性的中醫(yī)藥知識(shí)服務(wù)平臺(tái),在此領(lǐng)域積累了一定的經(jīng)驗(yàn)和技術(shù)。在未來(lái)的工作中,將進(jìn)一步研究對(duì)中醫(yī)臨床證據(jù)進(jìn)行分級(jí)和評(píng)價(jià)的方法,從中醫(yī)古籍中挖掘證據(jù)和知識(shí)的方法,以及對(duì)中醫(yī)臨床證據(jù)進(jìn)行存儲(chǔ)和管理的知識(shí)庫(kù)構(gòu)建方法等[13-14]。并進(jìn)一步研究中醫(yī)專家的用戶行為,設(shè)計(jì)中醫(yī)證據(jù)獲取的工作程序,從而提高知識(shí)服務(wù)的可信性和可用性,同時(shí),加強(qiáng)相關(guān)的宣傳和推廣工作,推進(jìn)知識(shí)服務(wù)平臺(tái)技術(shù)在中醫(yī)藥領(lǐng)域的應(yīng)用。
[1]劉建平.循證醫(yī)學(xué)與中醫(yī)療效評(píng)價(jià)[J].中醫(yī)雜志,2007,48(1):26-28.
[2] Sackett D L,Rosenberg W M,Gray J A,et al.Evidence based medicine:what it is and what it isn’t[J].BMJ:British Medical Journal,1996,312(7023):71.
[3] Guyatt G,Cook D,Haynes B.Evidence based medicine has come a long way:the second decade will be as exciting as the first[J].BMJ:British Medical Journal,2004,329(7473):990.
[4] Alper B S.Practical evidence-based Internet resources[J].Family Practice Management,2002,10(7):49-52.
[5] Haynes R B.Of studies,syntheses,synopses,summaries,and systems:the “5S” evolution of information services for evidence-based healthcare decisions[J].Evidence Based Medicine,2006,11(6):162-164.
[6]賴世隆,郭新峰.循證醫(yī)學(xué)與中醫(yī)藥臨床研究[J].廣州中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào),2000,17(1):1-8.
[7]劉保延.循證醫(yī)學(xué)與中醫(yī)藥現(xiàn)代化[J].中國(guó)循證醫(yī)學(xué),2001,1(1):3-4.
[8]楊志新,石學(xué)敏.循證醫(yī)學(xué)與中醫(yī)藥發(fā)展述評(píng)[J].中華中醫(yī)藥雜志,2010,25(1):7-9.
[9]劉建平.循證中醫(yī)藥臨床研究方法學(xué)[M].北京:人民衛(wèi)生出版社,2006:1-4.
[10]劉建平.中醫(yī)藥臨床試驗(yàn)的方法學(xué)問題與挑戰(zhàn):循證醫(yī)學(xué)的觀點(diǎn)[J].中西醫(yī)結(jié)合學(xué)報(bào),2006,4(1):1-6.
[11]劉建平.傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)證據(jù)體的構(gòu)成及證據(jù)分級(jí)的建議[J].中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合雜志,2008,27(12):1061-1065.
[12]史楠楠,王思成,韓學(xué)杰,等.證據(jù)分級(jí)體系的演進(jìn)及其對(duì)中醫(yī)臨床實(shí)踐指南的啟示[J].北京中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào),2011,34(2):87-91,94.
[13]劉清泉,程發(fā)峰,楊保林.病證結(jié)合研究是中醫(yī)循證醫(yī)學(xué)實(shí)現(xiàn)的基礎(chǔ)[J].北京中醫(yī)藥,2009,28(2):101-104.
[14]劉毅.中醫(yī)古籍?dāng)?shù)字化與知識(shí)挖掘[J].圖書館工作與研究,2010,178(12):92-94.
Research on the Construction of Knowledge Services Platforms for Traditional Chinese Medicine
YU Tong,SU Da-ming,YIN Ren-fang,et al.
In recent years,a series of knowledge services platforms,such as UpToDate,MD Consult,DynaMed were established to provide synthesized knowledge services and the best evidence for clinical physicians,whichaccelerated the progress of evidence-based medicine.The knowledge service platform has been widely used abroad.But similar knowledge service platform in our country at present is not yet mature.About evidence-based clinical review of traditional Chinese medicine database and development of knowledge service platform is also a blank.This paper introduces TCMKS,an experimental knowledge services platform for Traditional Chinese Medicine,articulates the architecture,data model,functions and technical characteristics of this platform,and discusses the applicability of this platform with a use case in Hepatitis B,in order to provide useful information for those who want to apply knowledge services platforms in Traditional Chinese Medicine.
Evidence-based medicine; Information resource; Digital library; Knowledge services;Traditional Chinese Medicine
Information Institute of Traditional Chinese Medicine,China Academy of Chinese Medical Sciences,Beijing 100700,China
10.3969/j.issn.1674-4985.2014.15.043
//Medical Innovation of China,2014,11(15):120-123
中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)自主選題項(xiàng)目(ZZ050307、ZZ070303)
①中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)藥信息研究所 北京 100700
于彤
2014-03-07) (本文編輯:歐麗)