谷曉玲(綜述),劉 建(審校)
(1.瀘州醫(yī)學(xué)院,四川 瀘州 646000; 2.瀘州醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院腎內(nèi)科,四川 瀘州 646000)
據(jù)報道,有3300~23000個蛋白編碼基因的單基因突變會引起人類疾病[1-2]。在過去的研究中,采用以家庭為基礎(chǔ)的連鎖研究,確定了常染色體顯性遺傳的多囊腎病,令人印象深刻的還有以孟德爾形式遺傳的基因變異所致的局灶節(jié)段型腎小球硬化(focal segmental glomerulosclerosis,F(xiàn)SGS)[3]。近年來利用群體遺傳學(xué)原理和全基因組關(guān)聯(lián)研究發(fā)現(xiàn),特定人群中的多基因非孟德爾形式單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)與非糖尿病腎病具有相關(guān)性[4]。該文將著重介紹載脂蛋白L1(apolipoprotein L1,APOL1)的SNPs與非裔血統(tǒng)人群中非糖尿病腎病相關(guān)性的研究進(jìn)展。
在人類遺傳學(xué)中,人群被描述為一組共享全基因或特異遺傳位點(diǎn)的人[5]。SNPs主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA 序列多態(tài)性。SNPs是由于復(fù)制的不精確性造成的,導(dǎo)致替代,然后傳送到子孫后代。在給定的基因位點(diǎn)不同的變異稱為等位基因變異。大多數(shù)這種變異不引起可檢測到的表型變化,也不易患病,它們通??梢杂脕碜鳛樘囟ǖ倪z傳標(biāo)記,與特定的涉及疾病表型的功能變異常在物理上接近,因此在這種情況下可以考慮作為疾病標(biāo)記[6]。在人類基因組,識別的SNPs迄今超過1500萬至32億[7]。其他引起基因多態(tài)性的過程是重組,即減數(shù)分裂中染色體互換的過程。重組改變不同的SNPs之間的關(guān)聯(lián)水平。當(dāng)一個等位基因變異功能性地引起疾病易患時,連鎖不平衡在致病變異鄰近的基因形成表型與SNPs有統(tǒng)計學(xué)的相關(guān)性,雖然這些SNPs本身不是功能性的,但是它們通過連鎖不平衡效應(yīng),充當(dāng)了實(shí)際致病變異的物理接近標(biāo)記。
人類APOL1基因產(chǎn)物是APOL1,存在于血清的高密度脂蛋白微粒上。這個蛋白的結(jié)構(gòu)可分成三個不同的結(jié)構(gòu)和功能區(qū)域:①陰離子孔隙形成域,被認(rèn)為參與溶酶體滲透和細(xì)胞死亡。②由pH敏感的發(fā)夾橋接兩個α螺旋組成的膜定位區(qū)域,它在中性pH時,可促進(jìn)其與血漿中高密度脂蛋白微粒相結(jié)合,在酸性pH時,與細(xì)胞內(nèi)的細(xì)胞器定位相關(guān)。③有亮氨酸拉鏈的C末端兩性分子的α螺旋,用于蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。最有名和最廣泛的關(guān)于APOL1的研究是它的溶錐蟲效應(yīng)。載脂蛋白有一個信號肽,使它可以作為循環(huán)蛋白表達(dá)。蛋白質(zhì)的這種特性可使人類避免布氏錐蟲指名亞種(T.b brucei)的感染。T.b brucei感染許多哺乳動物,但不能感染人類,因?yàn)槿说难逯泻幸粋€復(fù)雜的錐蟲裂解因子,包括APOL1、結(jié)合珠蛋白相關(guān)蛋白、APOA1,可對抗T.b brucei。血紅蛋白、結(jié)合珠蛋白相關(guān)蛋白一起作為共同因子促進(jìn)溶錐蟲的APOL1綁定到錐蟲表面,并促進(jìn)分解因子的內(nèi)化。APOL1導(dǎo)致了寄生蟲的溶酶體膜陰離子孔的形成,引起溶酶體腫脹和機(jī)體死亡。與T.b brucei同屬于布氏錐蟲的另外兩個亞種:布氏羅德西亞錐蟲和布氏岡比亞錐蟲,都獲得感染人類的能力,引起非洲昏睡病[8-9]。在布氏羅得西亞錐蟲感染的情況下,APOL1溶錐蟲的效應(yīng)被血清抗性相關(guān)蛋白(serum resistance associated protein,SRA)克服,SRA結(jié)合到它的C末端區(qū)域,中和它的溶解活性[10]。
通過混合連鎖不平衡繪圖鑒定出了位于染色體22q12.3包含30個基因的區(qū)域與終末期腎病有強(qiáng)相關(guān)性[11-12],包括非肌肉肌球蛋白重鏈9(nonmuscle myosin heavy chain 9,MYH9)基因。MYH9基因被挑選出來進(jìn)行研究,這種選擇的部分原因是以前的研究表明MYH9常染色體顯性突變引起巨型血小板綜合征組疾病,許多該疾病的患者隨著疾病進(jìn)展可出現(xiàn)腎小球疾病并導(dǎo)致腎衰竭[13]。根據(jù)連鎖不平衡和不同遺傳模型下的統(tǒng)計關(guān)聯(lián)強(qiáng)度,十大強(qiáng)相關(guān)性的SNPs被歸類為三個集群(稱為E、S和F)[14-15]。當(dāng)密集的測序沒能在MYH9鑒定出確切功能效應(yīng)的突變時,研究人員開始尋找MYH9以外的變異[14]。尋找MYH9以外變異的另一個刺激因素是觀察到在埃塞俄比亞人群中,盡管沒有人類免疫缺陷病毒相關(guān)性腎病(HIV associated nephropathy,HIVAN)患者,但該人群的MYH9基因中卻有高頻率的E和S群變異。
在隨后的研究發(fā)現(xiàn)了鄰近的APOL1基因變異,與疾病有更強(qiáng)的相關(guān)性,占大部分或全部分配給MYH9基因E單倍型SNPs的風(fēng)險[16-17]。APOL1的易患等位基因變異包含了兩個錯義突變的單倍型,幾乎完美的相互連鎖不平衡:rs73885319(Ser342Gly)和rs60910145(Ile384Met)稱為G1;第二個信號是APOL1中鄰近G1的6個堿基對的缺失,即rs71785313(388-389 Asn-Tyr del)稱為G2[16-18]。由于rs73885319、rs60910145和rs71785313非常接近,G1和G2兩個等位基因是互斥的,所以它們之間的重組是不可能的,也就是說它們從未一起出現(xiàn)在同一條染色體上。在控制G1和G2信號后,Genovese等[18]沒有發(fā)現(xiàn)其他重大關(guān)聯(lián),相反,控制MYH9的多種變異后,并沒有消除APOL1信號。在這個區(qū)域,連鎖不平衡模式顯示,G1、G2和MYH9的變異有較強(qiáng)的連鎖不平衡,特別是MYH9 E-1單倍型,在以前的研究中認(rèn)為其是腎臟疾病最好的預(yù)測,存在于含有G1和G2的大多數(shù)單倍型中,這就解釋了MYH9和腎臟疾病的相關(guān)性[12,19]。APOL1的S342G 變異被認(rèn)為修改了APOL1基因產(chǎn)物C末端結(jié)構(gòu)域的結(jié)合位點(diǎn)[20]。6 bp刪除也位于C末端,在生化分析中,類似的缺失實(shí)際上已經(jīng)被證實(shí)了能抑制SRA結(jié)合到APOL1(G1變異沒有這種效應(yīng))[10]。SRA結(jié)合的缺失有望恢復(fù)APOL1殺滅布氏羅得西亞錐蟲活性,從而賦予了在流行區(qū)域或在過去病原體爆發(fā)期間自適應(yīng)的優(yōu)勢,但是增加了腎臟疾病的風(fēng)險,這對于易患基因的地理分布是一個很好的解釋[18]。而在埃塞俄比亞,幾乎沒有發(fā)現(xiàn)APOL1易患基因[21],而非糖尿病腎病的患病率也非常低,表明腎臟疾病的高流行率與APOL1易患基因分布具有一致性。
Genovese等[18]將FSGS但沒有家族史的205例非裔美國人和180例正常非裔美國人進(jìn)行對照,結(jié)果顯示G1單倍型在FSGS病例中頻率為52%,對照組為18%,G2單倍型在FSGS病例組頻率為23%,對照組為15%。FSGS和易患基因相關(guān)性的OR為10.5(95%CI6.0~18.4)。當(dāng)比較0個易患基因組和有1個易患基因組時,觀察到FSGS風(fēng)險無差異(G1或G2,P=0.81,OR=1.04,95%CI0.63~2.13)。比較有0或1個易患基因組和有2個易患基因組的FSGS,OR為10.5(95%CI6.0~18.4),表明由G1和G2引起的腎臟疾病符合隱性遺傳模式。
在高血壓所致的終末期腎臟疾病(hypertension attributed ESRD,HA-ESRD)的病例對照研究中也得出了類似的結(jié)果:在對1030例HA-ESRD非裔美國患者和與之地理相匹配的1025名來自美國東南部的健康對照組的研究發(fā)現(xiàn)[18],G1標(biāo)記的SNPs rs73885319(S342G,P=1.1×10-39)與疾病的發(fā)生有極強(qiáng)的相關(guān)性;控制 rs73885319后,G2缺失rs71785313(P=8.8×10-18)也顯示了很強(qiáng)的相關(guān)性。G1-G2和HA-ESRD相關(guān)的OR為7.3(95%CI5.6~9.5),聯(lián)合的G1-G2P=10-63。這個P值在相同的研究人群中比MYH9強(qiáng)35個數(shù)量級,沒有重疊OR(OR=2.38; 95%CI1.93~2.95;P=1.22×10-15隱性,MYH9 E1單倍型)。
非裔美國人群的G1和G2等位基因的頻率大約為12%,在不同病因的ESRD中顯著升高,HA-ESRD占47%,F(xiàn)SGS占66%[16,22],而最顯著的HIVAN占67%[22]。G1/G2復(fù)合雜合狀態(tài),HIVAN風(fēng)險OR高達(dá)29[23]。如果假定在美國沒有接受抗反轉(zhuǎn)錄病毒治療的非洲美國人的HIVAN的終身風(fēng)險是10%,那么有0、1和2個APOL1易患基因的HIVAN終身風(fēng)險是2.5%,4.0%和50%[22]。最近Fine等[24]研究表明,APOL1的基因變異和感染HIV非HIVAN的腎臟疾病相關(guān),在一系列大量的非HIVAN,HIV感染者的腎臟疾病腎活檢中,兩個APOL1易患等位基因的存在與86%的FSGS和高血壓腎病相關(guān),有1個或0個APOL1易患基因變異的患者,40%有免疫復(fù)合物腎小球腎炎,而只有12%有FSGS。
以上研究表明,APOL1基因變異與FSGS、HA-ESRD、HIVAN以及非HIVAN的HIV感染患者的腎臟疾病具有相關(guān)性,并且這種相關(guān)性均具有統(tǒng)計學(xué)意義。
通過Northern blot分析發(fā)現(xiàn),編碼APOL1的mRNA大量表達(dá)于胎盤、肺、肝臟,而在心臟和胰腺表達(dá)很弱[25]。人類血管組織原位雜交揭示,APOL1表達(dá)在內(nèi)皮細(xì)胞,也可能在巨噬細(xì)胞[25]。Madhavan等[26]報道,APOL1基因產(chǎn)物表達(dá)于足細(xì)胞和正常腎臟近端小管,而在HIVAN和FSGS患者活檢中發(fā)現(xiàn),基因產(chǎn)物在足細(xì)胞染色和小管染色減少,并觀察到腎動脈的突出表達(dá)。未來的研究應(yīng)該描述,循環(huán)的APOL1,腎臟細(xì)胞表達(dá)的APOL1,特別是足細(xì)胞表達(dá)的APOL1,哪種APOL1或均作用于腎臟疾病的易患性。
關(guān)于哪種APOL1變異導(dǎo)致腎臟損傷的機(jī)制仍不清楚,可能與以下因素相關(guān):①表達(dá)于足細(xì)胞或其他腎臟細(xì)胞的 APOL1變異可能導(dǎo)致細(xì)胞關(guān)鍵功能的損傷或失去。APOL1分享了與Bcl-2家族蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的相似性,Bcl-2家族蛋白質(zhì)參與細(xì)胞凋亡,可能是由于腎毒性影響,包括APOL1觸發(fā)程序性細(xì)胞死亡導(dǎo)致腎小球硬化的作用。APOL1在自我吞噬方面也發(fā)揮重要作用,缺乏關(guān)鍵自噬蛋白的小鼠腎小球更易受損傷,這可能有助于解釋人類慢性腎臟病與這個基因的相關(guān)性[27]。②循環(huán)的APOL1在慢性腎臟病的發(fā)病機(jī)制中可能發(fā)揮重要作用。由于G1和G2的變異,形成功能失調(diào)的高密度脂蛋白顆粒,可能導(dǎo)致有動脈硬化的腎臟血管內(nèi)皮炎癥。在無糖尿病非裔美國人群中,這種血管的變化常常伴隨著FSGS和局灶球性腎小球硬化。③游離的APOL1可能表達(dá)于血漿中,因此APOL1在通過腎小球?yàn)V過屏障時可能被足細(xì)胞攝取。
隨著近幾年人類基因測序的顯著進(jìn)步和人類變異數(shù)據(jù)庫的不斷擴(kuò)展,使科學(xué)家可以著重研究常見疾病與非孟德爾群集遺傳模式的相關(guān)性。通過對腎臟疾病高流行率的非裔美國人群的研究,確定了染色體22q12.3區(qū)域的APOL1基因變異與腎臟疾病易患性相關(guān)。除非鑒定出APOL1基因變異直接顯示引起腎臟疾病,否則腎臟疾病仍然有可能是由其他原因引起的,如其他未被發(fā)現(xiàn)的緊密連鎖。致病基因的發(fā)現(xiàn)可進(jìn)一步深化對腎臟疾病的認(rèn)識,為腎臟疾病提供新的治療手段,并為個體化用藥提供依據(jù)。
[1] Online Mendelian Inheritance in Man.OMIM.McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine,Johns Hopkins University,Baltimore,MD.Available at:http://omim.org/.Accessed May,23,2012.
[2] Altshuler D,Daly MJ,Lander ES.Genetic mapping in human disease[J].Science,2008,322(5903):881-888.
[3] Harris PC,Torres VE.Polycystic kidney disease[J].Annu Rev Med,2009,60(1):321-337.
[4] D′Agati VD,Kaskel FJ,Falk RJ.Focal segmental glomerulosclerosis[J].N Engl J Med,2011,365(25):2398-2411.
[5] Behar DM,Yunusbayev B,Metspalu M,etal.The genomewide structure of the Jewish people[J].Nature,2010,466(7303):238-242.
[6] Goldstein DB.Common genetic variation and human traits[J].N Engl J Med,2009,360(17):1696-1698.
[7] Oetting WS.Exome and genome analysis as a tool for disease identification and treatment:the 2011 Human Genome Variation Society scientific meeting[J].Hum Mutat,2012,33(3):586-590.
[8] Luke? J,Raper J.Prophylactic antiparasitic transgenesis for human parasitic disease?[J].Mol Ther,2010,18(10):1745-1747.
[9] Brun R,Blum J,Chappuis F,etal.Human African trypanosomiasis[J].Lancet,2010,375(9709):148-159.
[10] Lecordier L,Vanhollebeke B,Poelvoorde P,etal.C-terminal mutants of apolipoprotein L-Ⅰ efficiently kill both Trypanosoma brucei brucei and Trypanosoma brucei rhodesiense[J].PLoS Pathog,2009,5(12):e1000685.
[11] Shlush LI,Bercovici S,Wasser WG,etal.Admixture mapping of end stage kidney disease genetic susceptibility using estimated mutual information ancestry informative markers[J].BMC Med Genomics,2010,3(1):47.
[12] Kopp JB,Smith MW,Nelson GW,etal.MYH9 is a majoreffect risk gene for focal segmental glomerulosclerosis[J].Nat Genet,2008,40(10):1175-1184.
[13] Kopp JB.Glomerular pathology in autosomal dominant MYH9 spectrum disorders:what are the clues telling us about disease mechanism?[J].Kidney Int,2010,78(2):130-133.
[14] Nelson GW,Freedman BI,Bowden DW,etal.Dense mapping of MYH9 localizes the strongest kidney disease associations to the region of introns 13 to 15[J].Hum Mol Genet,2010,19(9):1805-1815.
[15] Behar DM,Rosset S,Tzur S,etal.African ancestry allelic variation at the MYH9 gene contributes to increased susceptibility to non-diabetic end-stage kidney disease in Hispanic Americans[J].Hum Mol Genet,2010,19(9):1816-1827.
[16] Pollak MR,Genovese G,Friedman DJ.APOL1 and kidney disease[J].Curr Opin Nephrol Hypertens,2012,21(2):179-182.
[17] Freedman BI,Langefeld CD,Turner J,etal.Association of APOL1 variants with mild kidney disease in the first-degree relatives of African American patients with non-diabetic endstage renal disease[J].Kidney Int,2012,82(7):805-811.
[18] Genovese G,Friedman DJ,Ross MD,etal.Association of trypanolytic ApoL1 variants with kidney disease in African Americans[J].Science,2010,329(5993):841-845.
[19] Kao WH,Klag MJ,Meoni LA,etal.MYH9 is associated with nondiabetic end-stage renal disease in African Americans[J].Nat Genet Oct,2008,40(10):1185-1192.
[20] Tzur S,Rosset S,Shemer R,etal.Missense mutations in the APOL1 gene are highly associated with end stage kidney disease risk previously attributed to the MYH9 gene[J].Hum Genet,2010,128(3):345-350.
[21] Behar DM,Kedem E,Rosset S,etal.Absence of APOL1 risk variants protects against HIV-associated nephropathy in the Ethiopian population[J].Am J Nephrol,2011,34(5):452-459.
[22] Kopp JB,Nelson GW,Sampath K,etal.APOL1 genetic variants in focal segmental glomerulosclerosis and HIV-associated nephropathy[J].J Am Soc Nephrol,2011,22(11):2129-2137.
[23] Freedman BI,Spray BJ,Tuttle AB,etal.The familial risk of end-stage renal disease in African Americans[J].Am J Kidney Dis,1993,21(4):387-393.
[24] Fine DM,Wasser WG,Estrella MM,etal.APOL1 risk variants predict histopathology and progression to ESRD in HIV-related kidney disease[J].J Am Soc Nephrol,2011,34(5):452-459.
[25] Monajemi H,Fontijin RD,Pannekoek H,etal.The apolipoprotein L gene cluster has emerged recently in evolution and is expressed in human vascular tissue[J].Genomics,2002,79(4):539-546.
[26] Madhavan SM,O′Toole JF,Konieczkowski M,etal.APOL1 localization in normal kidney and nondiabetic kidney disease[J].J Am Soc Nephrol,2011,22(11):2119-2128.
[27] Hartleben B,Godel M,Meyer-Schwesinger C,etal.Autophagy influences glomerular disease susceptibility and maintains podocyte homeostasis in aging mice[J].J Clin Invest,2010,120(4):1084-1096.