李彩霞，賈竟，魏以梁，萬(wàn)立華，胡蘭，葉健

1. 公安部物證鑒定中心，北京 100038；

2. 重慶醫(yī)科大學(xué)，重慶 400016；

3. 天津醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中心，天津 300070

祖先信息位點(diǎn)(Ancestry informative markers,AIMs)是指在不同人群之間基因頻率差異非常大的多態(tài)性基因位點(diǎn)[1]。單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs)由于在基因組中數(shù)量多、分布廣，成為近年來(lái)篩選 AIMs位點(diǎn)、分析人群遺傳結(jié)構(gòu)的重要遺傳標(biāo)記之一[2,3]。一組祖先信息位點(diǎn)可以分析某一人群的遺傳成分構(gòu)成，也可以推斷某一個(gè)體的祖先來(lái)源[4]。這對(duì)于避免或降低遺傳學(xué)分析時(shí)由于人群分層現(xiàn)象導(dǎo)致的誤差具有重要意義，同時(shí)對(duì)于法醫(yī)學(xué)中推斷未知 DNA樣本的種族來(lái)源也具有重要意義。

不同的人群之間具有非常顯著的表型差異，如膚色、發(fā)色、虹膜顏色、體內(nèi)生化代謝等，這些表型的差異多與基因的多態(tài)性相關(guān)[5,6]。研究這些基因上頻率分布差異顯著的SNPs，通過(guò)評(píng)價(jià)族群間遺傳分化指數(shù)(Fixation index between subpopulation and total population,Fst)、δ值(人群兩兩之間的等位基因頻率的差值)等參數(shù)可獲得一組 AIMs，再通過(guò)STRUCTURE遺傳成分分析等可以實(shí)現(xiàn)人群遺傳結(jié)構(gòu)和個(gè)體的祖先來(lái)源推斷[7,8]。本研究針對(duì)東亞、歐洲和非洲人群的遺傳推斷，篩選了一組祖先信息位點(diǎn)，建立了一套有效的檢測(cè)和分析方法，以期分析DNA供者的祖先來(lái)源，為案件偵查提供線索。

1 材料和方法

1.1 研究對(duì)象

通過(guò)兩個(gè)途徑總共收集了14個(gè)人群的852份無(wú)關(guān)個(gè)體樣本：其中，5個(gè)人群的 194份無(wú)關(guān)個(gè)體樣本(3個(gè)人群124名無(wú)關(guān)個(gè)體外周靜脈血和干血片以及2個(gè)人群70名無(wú)關(guān)個(gè)體的DNA樣本)根據(jù)知情同意原則采集；9個(gè)人群的 658份無(wú)關(guān)個(gè)體的樣本信息由 HapMap數(shù)據(jù)庫(kù)下載并整理得到，根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)信息以及文獻(xiàn)報(bào)道對(duì)出現(xiàn)三聯(lián)或二聯(lián)家系的人群樣本(ASW、CEU、MEX和YRI)進(jìn)行數(shù)據(jù)過(guò)濾篩選(表1)。所有的采集樣本均有明確的人群來(lái)源信息。

1.2 方法

1.2.1 DNA提取

外周靜脈血 DNA根據(jù) QIAamp? DNA blood midi試劑盒(德國(guó) Qiagen公司)提?。桓裳?DNA根據(jù)QIAamp? DNA Mini M48試劑盒(德國(guó)Qiagen公司)提取。所有提取的DNA經(jīng)過(guò)NanoDrop 2000c分光光度計(jì)(美國(guó)Thermo公司)定量。

1.2.2 AIMs位點(diǎn)選擇

用于位點(diǎn)篩選的東亞、歐洲、非洲人群來(lái)自HapMap數(shù)據(jù)庫(kù)，其中東亞人群包含150名個(gè)體(76名CHB和74名JPT)；歐洲人群包含174名個(gè)體(104名CEU和70名TSI)；非洲人群包含175名個(gè)體(77名LWK和98名YRI)。從30個(gè)表型相關(guān)基因(DCST1、SLC45A2、HMGCR、COL4A3BP、EGFR、CYP3A4、TYRP1、PDLIM1、TYR、DRD2、VDR、HMGA2、DCT、SLC24A4、OCA2、HERC2、HERC2P9、APBA2、SLC24A5、SLC12A1、MYO5C、CYP1A2、FANCA、MC1R、PRDM7、CSH1、ASIP、AHCY、TNFRSF13C和NAGA)上總共選取了282個(gè)SNP位點(diǎn)。這些基因與膚色、瞳孔顏色、黑色素代謝、免疫反應(yīng)、泛素化以及脂質(zhì)合成代謝等相關(guān)[5,6]。通過(guò)δ值、Fst值等原則評(píng)估并篩選這些 SNPs位點(diǎn)，具體包括：(1) 去除不符合哈迪溫伯格平衡的位點(diǎn)(P＜0.001)；(2) 人群特異性位點(diǎn)根據(jù)δ＞0.5進(jìn)行篩選；(3) 通過(guò)Genepop 4.2計(jì)算3個(gè)大洲人群的Fst值，根據(jù)值的大小排序，從大到小選擇位點(diǎn)，通過(guò)Structure軟件評(píng)價(jià)位點(diǎn)區(qū)分效果，目標(biāo)是通過(guò)最少的位點(diǎn)獲得最佳區(qū)分效果；(4) 通過(guò)Haploview 4.2 進(jìn)行位點(diǎn)體系的連鎖平衡評(píng)價(jià)，保證體系內(nèi)的位點(diǎn)處于連鎖平衡的狀態(tài)(r2＜0.1)。

1.2.3 AIMs位點(diǎn)區(qū)分效果評(píng)價(jià)

使用篩選到的 AIMs位點(diǎn)區(qū)分 HapMap數(shù)據(jù)庫(kù)人群，驗(yàn)證評(píng)價(jià)位點(diǎn)區(qū)分效果。共 9個(gè)人群的 658份無(wú)關(guān)個(gè)體的樣本信息(YRI、LWK、ASW、CEU、TSI、GIH、MEX、CHB、JPT)。使用 Structure 2.3.4進(jìn)行人群的聚類(lèi)分析。使用Distruct 1.1繪制人群聚類(lèi)結(jié)果圖。最后將聚類(lèi)結(jié)果與 HapMap所提供的樣本來(lái)源信息進(jìn)行比較。使用Structure軟件進(jìn)行。

人群聚類(lèi)分析時(shí)，首先取3人群模式(即參數(shù)K= 3時(shí))對(duì)人群的成分構(gòu)成進(jìn)行分析。隨后根據(jù)K值的增加，觀察所構(gòu)建體系是否能對(duì)研究人群進(jìn)行細(xì)分。

表1 人群樣本及其東亞、歐、非3大人群主成分構(gòu)成表

1.2.4 復(fù)合檢測(cè)體系構(gòu)建與樣本檢驗(yàn)

以GenomeLabTMSNPstream?基因分型系統(tǒng)(美國(guó)Beckman公司)構(gòu)建30-plex SNPs復(fù)合檢測(cè)體系。對(duì)收集的來(lái)自 5個(gè)人群的 194份樣本進(jìn)行分型檢測(cè)(Nigeria、Dane、Indian、Uyghur、Han)，隨機(jī)抽取其中的50份樣本進(jìn)行30個(gè)位點(diǎn)的測(cè)序(博奧生物有限公司)驗(yàn)證SNP分型結(jié)果的準(zhǔn)確性。所獲得的SNP分型用STRUCTURE軟件進(jìn)行人群的成分構(gòu)成進(jìn)行分析，具體方法同1.2.3所述，分析結(jié)果同樣本的已知來(lái)源進(jìn)行比對(duì)，驗(yàn)證人群區(qū)分的準(zhǔn)確性。

2 結(jié)果與分析

2.1 AIMs位點(diǎn)的篩選結(jié)果

從來(lái)自于30個(gè)基因上總共282個(gè)SNP位點(diǎn)中最終篩選出了 30個(gè) AIMs位點(diǎn)(表 2)，這組位點(diǎn)針對(duì)東亞、歐洲、非洲來(lái)源人群的具有顯著且平衡的區(qū)分能力。并且AIMs體系中每一個(gè)SNP位點(diǎn)的等位基因頻率在3個(gè)人群間具有較大差異。其中10個(gè)位點(diǎn)可用作區(qū)分東亞人群(即這些位點(diǎn)在非洲/東亞人群以及歐洲/東亞人群間具有較大的δ值，δ=0.652±0.096)；10個(gè)位點(diǎn)區(qū)分歐洲人群(即這些位點(diǎn)在非洲/歐洲人群以及東亞/歐洲人群間具有較大的δ值，δ=0.648±0.136)；10個(gè)位點(diǎn)區(qū)分非洲人群(即這些位點(diǎn)在非洲/歐洲人群以及東亞/歐洲人群間具有較大的δ值，δ=0.647±0.071)。

所有位點(diǎn)都符合哈迪溫伯格平衡(P＞ 0.01)，位點(diǎn)間連鎖平衡(r2＜ 0.1)，所有位點(diǎn)的Fst＞ 0.35。

表2 30個(gè)AIMs位點(diǎn)的信息

2.2 AIMs位點(diǎn)的評(píng)估

HapMap 數(shù)據(jù)庫(kù)中 9個(gè)人群的聚類(lèi)結(jié)果如圖 1所示。從圖中可清楚的看出，9個(gè)人群在三人群模式(即參數(shù)K=3時(shí))下，被聚類(lèi)成 3個(gè)大的群體，擁有兩個(gè)或3個(gè)群體成分的混合人群也可區(qū)分出來(lái)，即非洲人群(YRI和LWK)、歐洲人群(CEU和TSI)和東亞人群(CHB和 JPT)以及非洲和歐洲的混合人群(ASW)、非洲、歐洲、東亞的混合人群(GIH和MEX)。在四人群模式(即參數(shù)K=4時(shí))下，新的人群即 GIH以獨(dú)立結(jié)構(gòu)顯示出來(lái)，ASW、MEX人群仍以混合人群結(jié)構(gòu)形式顯示。若繼續(xù)增加K值，未觀察到新的人群以獨(dú)特成分顯示。

圖1 HapMap數(shù)據(jù)庫(kù)中9個(gè)人群聚類(lèi)圖

2.3 體系構(gòu)建與樣本檢驗(yàn)結(jié)果

使用30-plex SNPs復(fù)合檢測(cè)體系，檢測(cè)5個(gè)人群(中國(guó)漢族、丹麥、尼日利亞、維吾爾族和印度)194份樣本分型，共獲得4762個(gè)SNP位點(diǎn)的分型，檢出率為99%，隨機(jī)抽取的50份樣本測(cè)序共獲得1487個(gè)SNP分型，所有測(cè)序分型結(jié)果與本研究構(gòu)建體系檢測(cè)結(jié)果一致。

結(jié)合HapMap的9個(gè)人群信息，將全部14個(gè)人群852份樣本聚類(lèi)。所有14個(gè)人群在Structure軟件三人群模式(即參數(shù)K=3時(shí))下，都可以三大人群(東亞、歐、非)成分的組合形式表示出來(lái)，即每一人群都擁有某一種或幾種祖先來(lái)源成分。并且具有相同或相似祖先來(lái)源的群體，我們能觀察到其結(jié)構(gòu)的一致性。由表1可見(jiàn)，CHB、JPT、Han群體東亞成分人種主成分超過(guò) 0.95；CEU、TSI、Dane群體歐洲人種主成分超過(guò)0.97；YRI、LWK、Nigeria群體非洲人種主成分超過(guò)0.96，ASW群體中摻入歐洲人種成分；Uyghur群體為東亞人與歐洲人種成分混合；GIH、Indian、MEX以歐洲人種成分為主，少量摻入東亞人種與非洲人種成分(圖2)。圖3進(jìn)一步展示了所有14個(gè)人群的成分構(gòu)成情況。以K=3的聚類(lèi)分析結(jié)果，我們將每一個(gè)人群的結(jié)構(gòu)用三大人群成分的百分比構(gòu)成表示。圖中所標(biāo)示的具體位置代表樣本采集地點(diǎn)。從圖中能清楚的看出，不同的人群擁有不同遺傳主成分，相似的人群或相同來(lái)源的人群其結(jié)構(gòu)具有相似性。當(dāng)K=4時(shí)，與HapMap的9人群驗(yàn)證時(shí)的結(jié)果相似，GIH和Indian以自己的獨(dú)特成分從其他人群中得以區(qū)分。若繼續(xù)增加K值，未觀察到新的人群以獨(dú)特成分顯示。通過(guò)上述分析獲得的所有樣本的種族結(jié)果與已知來(lái)源完全一致。

圖2 14個(gè)人群的聚類(lèi)圖

圖3 14個(gè)人群的遺傳成分圖

3 討 論

本研究針對(duì)東亞、歐洲、非洲三大人種，共篩選出30個(gè)AIMs位點(diǎn)，構(gòu)建了復(fù)合SNP檢測(cè)體系。該體系可以有效進(jìn)行三大人群和混合人群遺傳結(jié)構(gòu)成分的區(qū)分。30個(gè)位點(diǎn)具有較高的信息含量(Fst＞0.35)，在所有研究人群中滿(mǎn)足哈迪溫伯格平衡及連鎖平衡；并且在三個(gè)大洲來(lái)源人群的推斷能力上具有平衡性(30個(gè)位點(diǎn)中，每10個(gè)位點(diǎn)為一組人群特異性位點(diǎn)，兩兩人群間的δ值＞0.5)。

不同人群之間的皮膚顏色、頭發(fā)顏色、虹膜顏色、代謝等特征存在較大的差異，而相關(guān)基因上的SNPs位點(diǎn)是導(dǎo)致這些差異的原因之一[5,6]。從這些基因上選擇人群之間等位基因頻率分布差異大的一組SNP位點(diǎn)可以進(jìn)行人群遺傳結(jié)構(gòu)成分的區(qū)分[1,4,9]。本研究從 30個(gè)表型相關(guān)基因上初篩到 282個(gè)差異SNP位點(diǎn)。在實(shí)際檢驗(yàn)中，位點(diǎn)過(guò)多會(huì)直接影響到檢測(cè)體系構(gòu)建的難度和體系的靈敏度，所以需進(jìn)一步篩選并減少位點(diǎn)，同時(shí)又能保持最佳的人群區(qū)分效能。根據(jù)1.2.1中所述原則，最后篩選出30個(gè)AIMs位點(diǎn)。其中一些位點(diǎn)具有非常顯著的人群特異性，例如，rs28777位于SLC45A2基因的內(nèi)含子區(qū)內(nèi)，等位基因A在歐洲人群中占主導(dǎo)，等位基因頻率為0.989，而其在非洲和東亞人群中的頻率分別為0.156和0.133。為了達(dá)到3個(gè)人群區(qū)分的均衡性，每個(gè)人群 AIMs位點(diǎn)的數(shù)量也保持一致，通過(guò)δ值將每一位點(diǎn)和三大人群的特征對(duì)應(yīng)起來(lái)，30個(gè)AIMs位點(diǎn)共分為 3組。以東亞特征的 AIMs位點(diǎn)為例，其具有較大的非洲/東亞δ值和歐洲/東亞δ值。例如：rs885479的非洲/東亞δ值、歐洲/東亞δ值和非洲/歐洲δ值分別為0.683、0.678和0.005，說(shuō)明此位點(diǎn)在東亞與非、歐人群具有非常大的等位基因頻率分布差異，而在非、歐人群間的等位基因頻率差異很小。

對(duì)應(yīng)于人類(lèi)學(xué)上人種分類(lèi)的三分法，根據(jù)本課題的研究結(jié)果，某一人群的遺傳構(gòu)成可以東亞、歐、非三大人群成分所占的百分比表示；對(duì)于某一樣品的祖先信息推斷，可以用三大人群成分所占百分比來(lái)表示此樣品的遺傳成分構(gòu)成從而獲得其祖先來(lái)源信息。通過(guò) HapMap人群樣本和實(shí)驗(yàn)樣本的分析可以看出，相同來(lái)源的人群呈現(xiàn)出遺傳結(jié)構(gòu)上的相似性，而混合人群具有混合的遺傳成分。Han、CHB、JPT的主成分是東亞黃種人，CEU、TSI、Dane的主成分是歐洲白人，YRI、Nigeria、LWK的遺傳主成分為非洲黑人。ASW是美國(guó)西南部非裔人群，雖然有一些歐洲白人成分，但其基本的構(gòu)成還是以非洲黑人成分為主。而 Uyghur、MEX、Indian、GIH則為明顯的混合人群，人群的遺傳主成分與其地理分布具有一致性(圖 3)。例如，從中國(guó)新疆收集的Uyghur人群的主成分是東亞和歐洲，同其位于歐亞大陸間的地理位置具有一致性。而位于南亞的印度人群樣本則呈現(xiàn)出了三大人群的成分都占有一定比例的情況。但相比之下，其歐洲和非洲人群的成分較維族人群要多一些，這些都符合印度人的膚色及面部等外貌特征。另外，印度人群能以獨(dú)立成分在K=4的時(shí)候顯示出來(lái)，這是一個(gè)人群細(xì)分的現(xiàn)象，說(shuō)明印度人群在遺傳結(jié)構(gòu)上具有其特性，這一點(diǎn)從K=3時(shí)的印度人群結(jié)構(gòu)成分圖上就能得以體現(xiàn)。由此可見(jiàn)，本研究篩選的 AIMs位點(diǎn)可以有效的分析三大人群及混合人群的遺傳成分構(gòu)成。

本研究構(gòu)建的30-plex SNPs復(fù)合檢測(cè)體系是基于微測(cè)序-通用芯片技術(shù)構(gòu)建的，在本課題組前期研究中[10]，發(fā)現(xiàn)該技術(shù)方法在準(zhǔn)確性、靈敏度等方面能夠滿(mǎn)足研究需求。在本研究中，為確保分型結(jié)果準(zhǔn)確性，我們隨機(jī)抽取其中50份樣本進(jìn)行測(cè)序，結(jié)果表明體系檢測(cè)結(jié)果與測(cè)序結(jié)果完全一致。本研究的目的主要在于篩選一組 AIMs位點(diǎn)，并且建立一套祖先來(lái)源推斷的方法體系，所以在體系構(gòu)建方面并沒(méi)有做更進(jìn)一步的優(yōu)化。檢測(cè)結(jié)果表明，所篩選的位點(diǎn)和建立的區(qū)分方法體系，能夠很好的實(shí)現(xiàn)三大人群和混合人群遺傳成分的分析。但是，現(xiàn)有檢測(cè)體系的檢測(cè)時(shí)間較長(zhǎng)，需要10 h左右，而且需要專(zhuān)用的芯片檢測(cè)裝置和耗材，不利于廣泛應(yīng)用，在下一步研究中，我們將針對(duì)實(shí)際應(yīng)用，建立更簡(jiǎn)便的適合毛細(xì)管電泳儀檢測(cè)的復(fù)合體系。另外，本文篩選位點(diǎn)主要是針對(duì)洲際人群及其混合人群區(qū)分的，從法醫(yī)學(xué)應(yīng)用角度，該體系能夠用于日益增多的涉外案件中個(gè)體祖先來(lái)源的推斷。但是對(duì)于更多案件檢驗(yàn)的需求，還不能完全滿(mǎn)足遺傳連鎖分析中由于人群分層現(xiàn)象導(dǎo)致誤差的有效控制，更進(jìn)一步的亞人群的區(qū)分需要繼續(xù)進(jìn)行研究，例如東亞人群、中國(guó)南北方人群等。國(guó)內(nèi)學(xué)者的相關(guān)報(bào)道[11～13]為下一步亞人群的區(qū)分研究奠定了良好的基礎(chǔ)。

總之，本研究建立了30個(gè)AIMs位點(diǎn)的復(fù)合體系，該體系可以有效進(jìn)行東亞、歐洲、非洲三大人群和混合人群的遺傳主成分分析和個(gè)體的人種來(lái)源推斷，相關(guān)方法可以用于法醫(yī)DNA檢驗(yàn)中未知樣本的祖先來(lái)源推斷，為案件提供更多偵查線索。

[1]Phillips C, Salas A, Sánchez JJ, Fondevila M, Gómez-Tato A, Alvarez-Dios J, Calaza M, de Cal MC, Ballard D, Lareu MV, Carracedo A; SNPforID Consortium. Inferring ancestral origin using a single multiplex assay of ancestry-informative marker SNPs.Forensic Sci Int Genet,2007, 1(3–4): 273–280.

[2]Kayser M, Schneider PM. DNA-based prediction of human externally visible characteristics in forensics: motivations, scientific challenges, and ethical considerations.Forensic Sci Int Genet, 2009, 3(3): 154–161.

[3]Rosenberg NA, Pritchard JK, Weber JL, Cann HM, Kidd KK, Zhivotovsky LA, Feldman MW. Genetic structure of human populations.Science, 298(5602): 2381–2385.

[4]Halder I, Shriver M, Thomas M, Fernandez JR, Frudakis T.A panel of ancestry informative markers for estimating individual biogeographical ancestry and admixture from four continents: utility and applications.Hum Mutat, 2008,29(5): 648–658.

[5]Sabeti PC, Varilly P, Fry B, Lohmueller J, Hostetter E,Cot-sapas C, Xie X, Byrne EH, McCarroll SA, Gaudet R,Schaffner S F, Lander E S; International HapMap Consortium, Frazer KA, Ballinger DG, Cox DR, Hinds DA,Stuve LL, Gibbs RA, Belmont JW, Boudreau A, Hardenbol P, Leal SM, Pasternak S, Wheeler DA, Willis TD, Yu F,Yang H, Zeng C, Gao Y, Hu H, Hu W, Li C, Lin W, Liu S,Pan H, Tang X, Wang J, Wang W, Yu J, Zhang B, Zhang Q,Zhao H, Zhao H, Zhou J, Gabriel SB, Barry R, Blumenstiel B, Camargo A, Defelice M, Faggart M, Goyette M,Gupta S, Moore J, Nguyen H, Onofrio RC, Parkin M, Roy J, Stahl E, Winchester E,Ziaugra L, Altshuler D, Shen Y,Yao Z, Huang W, Chu X, He Y, Jin L, Liu Y, Shen Y, Sun W, Wang H, Wang Y, Wang Y, Xiong X, Xu L, Waye MM,Tsui SK, Xue H, Wong JT, Galver LM, Fan JB, Gunderson K, Murray SS, Oliphant AR, Chee MS, Montpetit A,Chagnon F, Ferretti V, Leboeuf M, Olivier JF, Phillips MS,Roumy S, Sallée C, Verner A, Hudson TJ, Kwok PY, Cai D, Koboldt DC, Miller RD, Pawlikowska L, Taillon-Miller P, Xiao M, Tsui LC, Mak W, Song YQ, Tam PK, Nakamura Y, Kawaguchi T, Kitamoto T, Morizono T, Nagashima A, Ohnishi Y, Sekine A, Tanaka T, Tsunoda T, Deloukas P, Bird CP, Delgado M, Dermitzakis ET, Gwilliam R,Hunt S, Morrison J, Powell D, Stranger BE, Whittaker P,Bentley DR, Daly MJ, de Bakker PI, Barrett J, Chretien YR, Maller J, McCarroll S, Patterson N, Pe'er I,Price A,Purcell S, Richter DJ, Sabeti P, Saxena R, Schaffner SF,Sham PC, Varilly P, Altshuler D, Stein LD, Krishnan L,Smith AV, Tello-Ruiz MK, Thorisson GA, Chakravarti A,Chen PE, Cutler DJ, Kashuk CS, Lin S, Abecasis GR,Guan W, Li Y, Munro HM, Qin ZS, Thomas DJ, McVean G,Auton A, Bottolo L, Cardin N, Eyheramendy S, Freeman C, Marchini J, Myers S, Spencer C, Stephens M, Donnelly P, Cardon LR, Clarke G, Evans DM, Morris AP, Weir BS,Tsunoda T,Johnson TA, Mullikin JC, Sherry ST, Feolo M,Skol A, Zhang H, Zeng C, Zhao H, Matsuda I, Fukushima Y, Macer DR, Suda E, Rotimi CN, Adebamowo CA, Ajayi I, Aniagwu T, Marshall PA, Nkwodimmah C, Royal CD,Leppert MF, Dixon M, Peiffer A, Qiu R, Kent A, Kato K,Niikawa N, Adewole IF, Knoppers BM, Foster MW,Clayton EW, Watkin J, Gibbs RA, Belmont JW,Muzny D, Nazareth L, Sodergren E, Weinstock GM,Wheeler DA, Yakub I, Gabriel SB, Onofrio RC, Richter DJ, Ziaugra L, Birren BW, Daly MJ, Altshuler D, Wilson RK, Fulton LL, Rogers J, Burton J, Carter NP, Clee CM,Griffiths M, Jones MC, McLay K, Plumb RW, Ross MT,Sims SK, Willey DL, Chen Z, Han H, Kang L, Godbout M,Wallenburg JC, L’Archevêque P, Bellemare G, Saeki K,Wang H, An D, Fu H, Li Q, Wang Z, Wang R,Holden AL,Brooks LD, McEwen JE, Guyer MS, Wang VO, Peterson JL, Shi M, Spiegel J, Sung LM, Zacharia LF, Collins FS,Kennedy K, Jamieson R, Stewart J. Genome-wide detection and characterization of positive selection in human populations.Nature, 2007, 449(7164): 913–918.

[6]Lao O, de Gruijter JM, van Duijn K, Navarro A, Kayser M.Signatures of positive selection in genes associated with human skin pigmentation as revealed from analyses of single nucleotide polymorphisms.Ann Hum Genet,2007, 71(Pt 3): 354–369.

[7]Cockerham CC. Analyses of gene frequencies. Genetics,1973, 74(4): 679–700.

[8]Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data.Genetics,2000, 155(2): 945–959.

[9]Fondevila M, Phillips C, Santos C, Freire Aradas A, Vallone PM, Butler JM, Lareu MV, Carracedo A. Revision of the SNPforID 34-plex forensic ancestry test: Assay enhancements, standard reference sample genotypes and extended population studies.Forensic Sci Int Genet, 2013, 7(1):63–74.

[10]李彩霞, 于子輝, 賈竟, 魏以梁, 胡蘭, 萬(wàn)立華. 法醫(yī)SNP復(fù)合檢測(cè)體系的構(gòu)建及應(yīng)用. 中國(guó)法醫(yī)學(xué)雜志,2012, 27(3): 193–196.

[11]Qin P, Li Z, Jin W, Lu D, Lou H, Shen J, Jin L, Shi Y, Xu S. A panel of ancestry informative markers to estimate and correct potential effects of population stratification in Han Chinese.Eur J Hum Genet, 2014, 22(2): 248–253.

[12]Xu S, Yin X, Li S, Jin W, Lou H, Yang L, Gong X, Wang H, Shen Y, Pan X, He Y, Yang Y, Wang Y, Fu W, An Y, Wang J, Tan J, Qian J, Chen X, Zhang X, Sun Y, Zhang X, Wu B, Jin L. Genomic dissection of population substructure of Han Chinese and its implication in association studies.Am J Hum Genet, 2009, 85(6): 762–774.

[13]Zhang F, Su B, Zhang Y, Jin L. Genetic studies of human diversity in East Asia.Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci,2007, 362(1482): 987–995.