北伐戰(zhàn)爭是國共兩黨合作進行的革命的、正義的戰(zhàn)爭。戰(zhàn)爭形勢發(fā)展迅猛，取得了很好的效果，陳獨秀作為中共中央的領(lǐng)導(dǎo)人，對北伐是積極倡導(dǎo)和熱心支持的。他雖因病未能參加準備北伐的中共北京特別會議，但是從上海致電會議，表示“必須解決北伐問題”。

北伐戰(zhàn)爭以來，農(nóng)民運動有了迅猛發(fā)展。僅以農(nóng)協(xié)會員發(fā)展為例：在湖南，1926年12月第一次農(nóng)民代表大會召開時，只有會員130多萬，到1927年2月間就發(fā)展到200萬人，到4月底，激增至500多萬人；在湖北，1926年底只有28萬多會員，到1927年3月初增加到80萬人，以后又激增到250多萬；在江西，1927年2月間，農(nóng)協(xié)會員也由1926年底的5萬多發(fā)展到38萬多人。1927年春，全國已有5省成立了農(nóng)民協(xié)會。全國農(nóng)協(xié)會員曾發(fā)展到900多萬人。正如毛澤東同志所說：短短幾個月，造成了一個空前的農(nóng)村大革命，成就了40年乃至幾千年未曾成就過的奇勛，從根本上動搖了帝國主義和封建勢力的基礎(chǔ)。隨著革命高潮的到來和農(nóng)民運動的澎湃發(fā)展，陳獨秀錯誤地認為左派的活動過火，導(dǎo)致了共產(chǎn)黨與國民黨的摩擦，他由支持北伐轉(zhuǎn)向了質(zhì)疑北伐。

中山艦事件后，國民黨內(nèi)部逐漸形成蔣介石個人獨裁的局面。在北伐戰(zhàn)爭中國民黨內(nèi)部的矛盾有了新的發(fā)展。蔣介石集黨權(quán)、政權(quán)、軍權(quán)于一身，專橫跋扈，憑借武力指揮一切。共產(chǎn)國際對國民黨的革命性估計過高，同時過于相信蔣介石集團。特別是共產(chǎn)國際、聯(lián)共（布）對革命陣營內(nèi)部斗爭的尖銳性和蔣介石等人迅速叛變革命的可能性缺乏認識。這對中共中央的領(lǐng)導(dǎo)人陳獨秀產(chǎn)生很大的影響。在中山艦事件上，陳獨秀就沒有看清事件的本質(zhì)和蔣介石的陰謀，錯誤地認為是左派內(nèi)部的許多誤會造成的。當蔣介石反革命勢力隨著北伐的勝利進軍日益膨脹，國民革命戰(zhàn)線內(nèi)的斗爭愈演愈烈之際，陳獨秀為首的中共中央?yún)s很難適應(yīng)復(fù)雜多變的局面，以致在右傾的道路上越走越遠。