黃健+++吳華+++蔡金洪+等
[摘要] 目的 為了獲得湖南漢族人群D1S1656基因座遺傳多態(tài)性信息及其法醫(yī)學(xué)參數(shù)。 方法 采用Powerplex 21 system試劑盒檢測湖南漢族無關(guān)個體451例,對D1S1656基因座進行Hardy-weinberg平衡檢驗,并計算其法醫(yī)學(xué)參數(shù)。 結(jié)果 D1S1656基因座符合Hardy-weinberg平衡(P>0.05),共發(fā)現(xiàn)16個等位基因,個體識別力(Power of Discrimination,DP)0.954,非父排除率(Power of Exclusion,PE) 0.667。 結(jié)論 D1S1656基因座在湖南漢族人群中具有良好多態(tài)性,有法庭科學(xué)應(yīng)用價值。
[關(guān)鍵詞] 法醫(yī)物證;D1S1656;遺傳多態(tài)性;湖南漢族人群
[中圖分類號] DF795.2 [文獻標(biāo)識碼] B [文章編號] 1673-9701(2014)26-0131-02
隨著法庭科學(xué)親權(quán)鑒定、個體識別技術(shù)的不斷深入,為了達到更高的系統(tǒng)效能,商品化試劑盒所采用的短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats,STR)遺傳標(biāo)記數(shù)目不斷增加。最初商品化試劑盒由美國FBI認(rèn)可的13個聯(lián)合索引系統(tǒng)(Combined DNA Index System,CODIS)STR基因座組成,之后發(fā)展到2000年之后普遍采用的16個STR基因座[1,2]。2011年美國promega公司推出PowerPlex 21 System(PP21)商品化試劑盒,其STR基因座增加為21個,該體系引進了新的STR基因座D1S1656。對于新引入的基因座D1S1656,雖然2000年之后相繼有一些該基因座群體多態(tài)性的報道[3-6],然而相對于其他STR基因座,該基因座的群體多態(tài)性研究相當(dāng)有限。自2011年至今,每年司法部上海司法技術(shù)研究所開展的全國法醫(yī)DNA實驗室能力驗證,均未提供能夠用于計算該遺傳標(biāo)記的法醫(yī)學(xué)個體識別力及非父排除率數(shù)值,信息的不足導(dǎo)致DNA實驗室間比對困難。由于D1S1656基因座的群體數(shù)據(jù)不足,當(dāng)親權(quán)鑒定評估系統(tǒng)效能及計算個案的親權(quán)指數(shù)時,常常只能粗略地參考美國亞裔人或是中國某一地區(qū)人群的數(shù)據(jù)。
為了能夠逐漸補充、完善D1S1656基因座在中國群體中的等位基因信息,促進親權(quán)鑒定及個體識別的嚴(yán)謹(jǐn)性,本次研究調(diào)查了湖南群體D1S1656基因座的遺傳多態(tài)性,為今后法醫(yī)學(xué)應(yīng)用提供參考依據(jù)。
1資料與方法
1.1 臨床資料
2013~2014年期間湖南地區(qū)漢族無關(guān)個體血痕451例(男313例,女138例),均知情同意,所有樣本均來源于湖南省腦科醫(yī)院法醫(yī)物證科。
1.2 儀器與試劑
ABI公司9700 PCR擴增儀,3130遺傳分析儀,GeneMapper 3.2基因分析軟件;所用擴增試劑盒為 promaga 公司的Plower Plex 21(批號0000094593),電泳為POP4分離膠(批號:1401130)。
1.3 DNA提取及檢測
DNA提取采用chelex-100法,PCR體系及條件根據(jù)試劑盒說明。10 μL體系:Master mix 2 μL,引物2 μL,模板DNA 2 μL(2 ng),去離子水4 μL。PCR 的反應(yīng)循環(huán)參數(shù)為:96℃,1 min;94℃,10 sec;59℃,60 sec;72℃,30 sec,29個循環(huán);60℃ 10 min。
1.4統(tǒng)計學(xué)分析
Hardy-weinberg 平衡檢驗及法醫(yī)學(xué)參數(shù)多態(tài)信息量(polymorphism information content, PIC);觀測雜合度(observed heterozygosity,Ho);匹配概率(Matching probability, PM);個體識別力DP[7];非父排除率PE的計算采用Powerstats V12.xls軟件[8]。
2 結(jié)果
D1S1656基因座在無關(guān)個體中符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),湖南漢族人群451個無關(guān)個體中共檢測到16個等位基因,其中等位基因15分布頻率最高為0.284;等位基因10、14.3、15.3、19.3均檢測到其頻率均為0.001;等位基因18、19其頻率也較低,均小于0.01。湖南漢族人群D1S1656基因座多態(tài)信息量PIC為0.820,個體識別力 DP 為0.954, 非父排除率PE 為0.667。
3 討論
STR基因座由于其信息含量豐富已成為法庭科學(xué)親權(quán)鑒定及個體識別首選遺傳標(biāo)記。然而STR基因座相對于插入/缺失(Insertion/Deletion, InDel)和單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)其突變率較高,約為0.002[9],并且隨著親權(quán)鑒定技術(shù)規(guī)范要求日益嚴(yán)謹(jǐn),法庭科學(xué)所采用商品化試劑盒中所含有的STR基因座近兩年已達到20個以上。2011年,美國研發(fā)了21個基因座的商品化試劑盒PP21,并于2012年進入中國法庭科學(xué)實驗室。通常一個STR基因座要科學(xué)、準(zhǔn)確地應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,必須首先建立該遺傳標(biāo)記群體遺傳數(shù)據(jù)。針對PP21試劑盒中引入的新基因座D1S1656,國內(nèi)先后報道過浙江漢族人群、北京地區(qū)漢族人群多態(tài)性調(diào)查[5,6],但目前為止其不同地區(qū)群體的多態(tài)性研究還是相當(dāng)有限,常常使其實際應(yīng)用受限。
D1S1656基因座位于1號染色體,系四核苷酸重復(fù)STR基因座,為了研究該基因座在湖南漢族人群中是否具有較豐富的多態(tài)性并評估其法醫(yī)學(xué)應(yīng)用價值,本次研究采用商品化試劑盒PP21對基因座D1S1656進行湖南漢族人群多態(tài)性調(diào)查。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)該基因座在湖南漢族人群中共檢測到16個等位基因,相比于浙江漢族人群中所發(fā)現(xiàn)的13個等位基因[5],湖南漢族人群中還檢測到等位基因10、15.3和19。其中10、14.3、15.3、19.3表現(xiàn)為稀有等位基因,頻率均為0.001。本研究湖南漢族人群D1S1656基因座個體識別力DP為0.954、非父排除率PE 為0.667,略高于浙江漢族人群的DP 0.945、PE 0.650[5],湖南漢族人群顯示出更豐富的信息含量。同時D1S1656基因座法醫(yī)學(xué)各參數(shù)值高于法醫(yī)學(xué)常用STR基因座體系的平均參數(shù)值[1,2],表明該基因座含有較豐富的信息量,具有良好的法醫(yī)學(xué)應(yīng)用前景。endprint
[參考文獻]
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(收稿日期:2014-06-19)endprint
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