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昆津病毒和巴馬哈森林病毒雙重RT-PCR檢測(cè)方法的建立

2014-11-03 10:13:50林二妹白紅巖孫肖紅徐寶梁
關(guān)鍵詞:庫(kù)蚊拷貝數(shù)引物

林二妹 白紅巖 孫肖紅 徐寶梁*

(1.河北省承德醫(yī)學(xué)院 河北承德 067000;2.中國(guó)檢驗(yàn)檢疫科學(xué)研究院)

1 前言

昆津病毒(Kunjin virus,KUNV)是黃病毒科黃病毒屬成員,1960年在澳大利亞昆士蘭北部的環(huán)喙庫(kù)蚊(Culex Annulirostris)中分離并以該地區(qū)一個(gè)土著部落名字命名[1],其他蚊種如偽雜鱗庫(kù)蚊(Culex preudovishnui),致倦庫(kù)蚊、Cx australicus 和Cx Squamosus等蚊種也曾分離出KUNV[2,3]。人感染KUNV后大多數(shù)無臨床癥狀,少數(shù)與一些非腦炎性疾病有關(guān),伴有發(fā)熱、頭痛、肌痛和身體不適,有時(shí)還伴有關(guān)節(jié)粘連[4]。巴馬哈森林病毒(Barmah Forest virus,BFV)屬于甲病毒,首次分離于1974年[5],主要傳播媒介是伊蚊屬和致倦庫(kù)蚊[6]。BFV感染可出現(xiàn)發(fā)熱、頭痛及肌肉和關(guān)節(jié)疼痛等癥狀,有時(shí)出疹,通常是在身軀或四肢上[7,8]。

隨著中國(guó)與世界其他國(guó)家之間的貿(mào)易、旅游、人員往來日益頻繁,KUNV、BFV通過各種途徑傳入的可能性很大,雖然我國(guó)尚未分離到這兩種病毒,但是存在有相關(guān)媒介蚊蟲,人群中也曾檢測(cè)有BFV抗體,如貴州省健康人群BFV IgG抗體陽(yáng)性率為1.49%,不明原因發(fā)熱患者中檢出BFV IgM陽(yáng)性率為1.96%[9],提示我國(guó)人群可能存在該病毒的感染。目前,針對(duì)KUNV的檢測(cè)方法有血清學(xué)、組織免疫學(xué)檢測(cè),可作為KUNV病毒病的診斷依據(jù),及分子生物學(xué)檢測(cè)[10];針對(duì)BFV的檢測(cè)方法有IgM抗體和IgG抗體檢測(cè)[9],但是能同時(shí)檢測(cè)這兩種病毒的具體方法尚無報(bào)道。鑒于這兩種病毒均主要分布于澳大利亞,傳播媒介以致倦庫(kù)蚊為主,建立能同時(shí)檢測(cè)這兩種病毒的雙重RTPCR方法,能有效作為口岸傳染病監(jiān)測(cè)的技術(shù)儲(chǔ)備。

2 材料與方法

2.1 材料

2.1.1 儀器

生物安全柜:美國(guó)NUAIR;普通PCR儀:美國(guó)ABI 2720;超微量分光光度計(jì):美國(guó)NanoDrop ND-1000;電泳系統(tǒng):美國(guó)Bio-Rad;組織研磨儀:日本TOMY;臺(tái)式冷凍離心機(jī):德國(guó)Eppendorf;CO2培養(yǎng)箱,振蕩器,制冰機(jī),-80℃冰箱,-40℃冰箱,水浴槽。

2.1.3 試劑

RNA提取試劑盒:Qiagen公司;轉(zhuǎn)錄試劑盒及反轉(zhuǎn)錄試劑盒:Promega公司。

2.2 方法

2.2.1 引物設(shè)計(jì)

從GenBank中檢索KUNV病毒34株,BFV病毒26株全基因序列,通過DNAstar軟件進(jìn)行序列比對(duì)分析,選擇其高度保守的E基因?yàn)槟康幕?,用Beacon Designer7.0軟件設(shè)計(jì)引物(表1)。KUNV和BFV的E基因片段及引物序列由英濰捷基(上海)貿(mào)易有限公司的合成。

表1 KUNV和BFV引物序列

2.2.2 模板的制備

將合成的KUNV和BFV的E基因片段構(gòu)建質(zhì)粒,搖菌,酶切,純化,然后進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄及反轉(zhuǎn)錄,按試劑盒說明操作,所得RNA于-80℃保存,cDNA于-20℃保存。

Lacross病毒(LAC)的S基因、雪靴野兔病毒(SSH)的S基因、瑪雅羅病毒(MAYV)的NS-5基因片段由上海英濰捷基貿(mào)易有限公司合成,構(gòu)建質(zhì)粒,搖菌,酶切,純化,然后進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄及反轉(zhuǎn)錄,均按試劑盒說明操作,所得RNA于-80℃保存,cDNA于-20℃保存。黃熱病毒(YFV)疫苗本實(shí)驗(yàn)室留存。

2.2.3 單模板單引物擴(kuò)增

以KUNV的cDNA為模板,用KUNV-F、KUNV-R進(jìn)行擴(kuò)增,以BFV的cDNA為模板,用BFV-F、BFV-R進(jìn)行擴(kuò)增。PCR反應(yīng)體系:10×Buffer 2.5μL,10mM的dNTP 2μL,Taq DNA聚合酶0.3μL,KUNV-F/R(200nM)、及BFV-F/R(200nM)各0.5μL,模板cDNA 2μL,其余用無菌去離子水補(bǔ)足,總體積25μL。擴(kuò)增條件為94℃、5min,94℃、30s,56℃、30s,72℃、1min,72℃、10min,4℃,∞。35個(gè)循環(huán)。

2.2.4 反應(yīng)條件的優(yōu)化

固定模板cDNA濃度為400nM,優(yōu)化確定最佳引物濃度和退火溫度。引物濃度:KUNV-F/R,BFV-F/R 分別為200nM,400nM,600nM,反應(yīng)體系同2.2.3,退火溫度為49℃、50℃、51℃、52℃、53℃、54℃、55℃、56℃(表2)。反應(yīng)條件:94℃、5min,94℃ 30sec,(49℃、50℃、51℃、52℃、53℃、54℃、55℃、56℃)30sec,72℃、1min,72℃、10min,4℃,∞。35個(gè)循環(huán)。

表2 KUNV、BFV引物濃度、退火溫度優(yōu)化

2.2.5 敏感性實(shí)驗(yàn)

用公式(R N A拷貝數(shù)=R N A濃度×6.02×1014/330×RNA的長(zhǎng)度)計(jì)算拷貝數(shù)。

從KUNV的RNA濃度(4604 ng/μL),BFV的RNA濃度(4550ng/μL),得出KUNV拷貝數(shù)為1.83×1013copies/μL,BFV拷貝數(shù)為2.02×1013copies/μL。

取K U N V R N A 1 0 μ L進(jìn)行1 0倍稀釋為模板,即從1.83×1013copies/μL-1.83×100copies/μL;取BFV RNA 10μL進(jìn)行10倍稀釋為模板,即從2.02×1013copies/μL-2.02×100copies/μL。PCR反應(yīng)體系:Buffer 12.5μL,KUNV-F/R(200nM)、及BFV-F/R(200nM)各0.5μL,KUNV RNA 3μL ,BFV RNA 3μL,EnzymeMix 1μL,無RNA酶水3.5μL??傮w積25μL。反應(yīng)條件:50℃,30min,94℃,2min,94℃ 30sec,56℃ 30sec,72℃,1min,72℃,10min。35個(gè)循環(huán)。

2.2.6 特異性實(shí)驗(yàn)

用優(yōu)化的最佳引物濃度和退火溫度,以KUNV和BFV、KUNV、BFV、LAC、SSH、MAYV、YFV的cDNA為模板。PCR反應(yīng)體系及反應(yīng)條件同2.2.3。

3 結(jié)果

3.1 反應(yīng)條件的優(yōu)化

固定模板cDNA濃度為400nM,引物濃度:KUNV-F/R,BFV-F/R 分別為200nM,400nM,600nM,退火溫度從49℃-56℃,經(jīng)優(yōu)化后確定最佳引物KUNV-F/R、BFV-F/R的終濃度相同,均為200 nM,最佳退火溫度為56℃(圖1)。

圖1 KUNV-F/R、BFV-F/R濃度,退火溫度優(yōu)化結(jié)果

3.2 單模板單引物擴(kuò)增

用引物KUNV-F/R擴(kuò)增KUNV的E基因,出現(xiàn)了177bp條帶,與預(yù)期的擴(kuò)增片段大小相符;用引物BFV-F/R擴(kuò)增BFV的E基因,出現(xiàn)了337bp條帶,與預(yù)期的擴(kuò)增片段大小相符(圖2)。

圖2 KUNV和BFV的單引物單模板擴(kuò)增

3.3 敏感性實(shí)驗(yàn)

用不同稀釋度的K U N V和B F V的R N A為模板,最低檢測(cè)限均為1 0-7,對(duì)應(yīng)的拷貝數(shù)為KUNV:1.83×106copies/μL,BFV:2.02×106copies/μL(圖3)。

圖3 KUNV和BFV的敏感性實(shí)驗(yàn)結(jié)果

3.4 特異性實(shí)驗(yàn)

以LAC,SSH,MAYV,YFV cDNA為模板進(jìn)行擴(kuò)增,均未出現(xiàn)擴(kuò)增條帶(圖4)。

圖4 KUNV和BFV的特異性實(shí)驗(yàn)結(jié)果

4 討論

蟲媒病毒是由吸血節(jié)肢動(dòng)物傳播的病毒,蟲媒病毒病屬于自然疫源性疾病,這其本身就存在于自然界,隨時(shí)都有可能造成感染或流行。目前,全世界已發(fā)現(xiàn)500余種蟲媒病毒,其中100余種可致人、畜疾病,傳播媒介中蚊蟲達(dá)300余種[9]。隨著全球經(jīng)濟(jì)一體化、貿(mào)易自由化,中國(guó)與世界其他國(guó)家之間的貿(mào)易、旅游、人員往來日益頻繁,蚊蟲攜帶的病毒在宿主間極易進(jìn)行傳播??诎缎l(wèi)生檢疫部門應(yīng)加強(qiáng)監(jiān)測(cè),防止蚊媒在口岸生存和擴(kuò)散,及時(shí)發(fā)現(xiàn)疫情,對(duì)來自KUNV,BFV病毒病疫區(qū)的交通工具、行李、貨物和集裝箱等加強(qiáng)衛(wèi)生檢查[11]。秦皇島檢驗(yàn)檢疫局曾從來自17個(gè)國(guó)家和地區(qū)的入境外籍貨輪上捕獲的蚊蟲中分離到13株蟲媒病毒[12],提示應(yīng)加強(qiáng)醫(yī)學(xué)媒介攜帶蟲媒病毒的監(jiān)測(cè)及檢測(cè)工作,建立快速、敏感的方法用于國(guó)境口岸蟲媒病毒的監(jiān)測(cè)與檢測(cè)。

目前針對(duì)KUNV的檢測(cè)方法有血清學(xué)、組織免疫學(xué)及分子生物學(xué)檢測(cè)[10],常見的血清和組織免疫學(xué)檢測(cè)方法主要有表位封閉ELISA (an epitope blocking ELISA)法[13,14]、中和試驗(yàn)(微量法)[14,15]、血凝抑制試驗(yàn)[14]和組織中病毒抗原的檢測(cè)[14,16]。近年來,KUNV 蛋白單克隆抗體(MAb)3.1112G[13,14]、10A1(8153)[17]、3.67G 和3.91D 等已先后研制出來廣泛應(yīng)用于KUNV 的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)[17], 其中除3.1112G 是針對(duì)NS1 蛋白外, 其余都是針對(duì)E蛋白的;分子生物學(xué)檢測(cè):逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT- PCR)法應(yīng)用于RNA 病毒的診斷, 針對(duì)不同的擴(kuò)增片段、結(jié)構(gòu)區(qū)、非結(jié)構(gòu)區(qū)、NS5 末端和3’UTR 等[18]設(shè)計(jì)不同的引物, 用一步法RT- PCR檢測(cè)KUNV RNA[19],針對(duì)BFV的檢測(cè)方法有IgM抗體和IgG抗體檢測(cè)[9], 但這些方法比較耗時(shí)費(fèi)力,對(duì)標(biāo)本要求高,本研究建立的KUNV和BFV雙重RT-PCR方法具有高靈敏度、高特異性、低污染及耗時(shí)短等特點(diǎn),并且最低檢測(cè)限為KUNV:1.83×106copies/μL,BFV:2.02×106copies/μL。雖然我國(guó)到目前為止還未發(fā)現(xiàn)KUNV病和BFV病,但鑒于這兩種病毒的傳播媒介在我國(guó)也有分布[9,12],并且我國(guó)有多種庫(kù)蚊屬的蚊蟲,傳入的風(fēng)險(xiǎn)很大,因此建立KUNV和BFV雙重RT-PCR方法能為邊境口岸病原體的快速檢測(cè)提供先進(jìn)的技術(shù)保障。

5 結(jié)論

本研究建立的昆津病毒和巴馬哈森林病毒雙重RT-PCR檢測(cè)方法靈敏度高,特異性好,檢測(cè)限低(最低檢測(cè)限KUNV為1.83×106copies/μL,BFV為2.02×106copies/μL),可為邊境口岸昆津病毒和巴馬哈森林病毒的快速檢測(cè)提供先進(jìn)的技術(shù)保障。

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