呂冬梅,黃 原,文 慧,趙曉鈴,黃 沖
(陜西師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,陜西 西安 710062)
DNA條形碼技術(shù)在食品鑒定中的應(yīng)用
呂冬梅,黃 原*,文 慧,趙曉鈴,黃 沖
(陜西師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,陜西 西安 710062)
近年來,國內(nèi)外不斷出現(xiàn)有關(guān)食品摻假造假等食品安全問題的報道。產(chǎn)品與標簽不符,肉類摻假,以次充好等商業(yè)欺詐問題影響著人們的利益與健康。食品摻假造假問題越來越受到重視,而傳統(tǒng)的檢測方法已不能滿足食品鑒定的需要。DNA條形碼技術(shù)是從分子水平上對食品進行鑒定,彌補了傳統(tǒng)鑒定方法的不足,其準確、高效、簡單的特點為食品鑒定領(lǐng)域帶來了新的革命。本文在簡要介紹DNA條形碼研究現(xiàn)狀的基礎(chǔ)上,主要總結(jié)目前國內(nèi)外關(guān)于DNA條形碼技術(shù)在食品鑒定中的應(yīng)用情況,包括在漁類產(chǎn)品、肉類產(chǎn)品、可食用植物、加工食品鑒定中的應(yīng)用,最后討論DNA條形碼技術(shù)在食品鑒定中的優(yōu)缺點以及發(fā)展趨勢。
食品鑒定;DNA條形碼;復(fù)合條形碼;微型條形碼
近年來關(guān)于食品造假的新聞層出不窮,如2013年,席卷歐洲的“馬肉風(fēng)波”;在國內(nèi)早就有經(jīng)化學(xué)藥物處理的“假魚翅”、以牛肉膏處理的豬肉和鴨肉冒充“假牛肉”以及魚肉制品的標簽存在標識錯誤等不法事件的報道。這樣的行為不僅損害了消費者的利益,而且也造成了不正當?shù)纳虡I(yè)競爭。
食品摻假造假的準確判定和標簽制度的有效實施,必須建立在行之有效的食品物種鑒定方法之上。對加工食品而言,物種的原始特征消失,這使得物種鑒別變得相對困難,因此迫切需要一些靈敏和可靠的檢測方法來鑒定加工食品的物種來源。
傳統(tǒng)上食品來源物種主要依靠生物的表型及解剖特征等進行鑒定。然而,由于許多生物在不同的發(fā)育時期形態(tài)特征各異且形態(tài)特征易受環(huán)境影響,同一類群的生物可能會因為生境條件的差異或反應(yīng)和適應(yīng)能力的不同而呈現(xiàn)顯著的形態(tài)學(xué)特征差異,影響正確的分類鑒定,且該方法鑒定周期長,還需要研究人員具有較高的專業(yè)知識,因此傳統(tǒng)分類學(xué)在現(xiàn)在的物種鑒定中受到很大的限制。
隨著科學(xué)的發(fā)展,食品鑒定已從傳統(tǒng)形態(tài)學(xué)方法發(fā)展到分子生物學(xué)方法。目前廣泛應(yīng)用的分子生物學(xué)方法主要分為兩類:一類是蛋白質(zhì)鑒定方法,該法主要采用電泳分析、酶聯(lián)免疫吸附、高效液相色譜等技術(shù),這些技術(shù)通常適用于新鮮或冰凍組織,對于蛋白質(zhì)的生化特性和結(jié)構(gòu)完整性都被破壞的加工食品不適用;第二類是DNA鑒定方法,用于食品物種鑒定的DNA技術(shù)主要是DNA芯片技術(shù)、DNA指紋圖譜技術(shù)等,能夠?qū)崿F(xiàn)對新鮮、冰凍、腌制或罐裝食品物種進行鑒定。然而不同的技術(shù)在食品鑒定中存在不同的缺陷:DNA芯片技術(shù)不能準確的進行定量分析;指紋圖譜技術(shù)程序復(fù)雜,成本較高,鑒定結(jié)果精確性低,定量分析問題尚待解決等[1-2]。
DNA條形碼是當今可用于物種分類、食品鑒定等多種領(lǐng)域的一門新興技術(shù),它利用短的DNA序列對物種進行鑒定。這種DNA序列還具有標準、有足夠變異、易擴增、片段自身在物種種內(nèi)具有特異性和種間的多樣性等特點。DNA條形碼就是利用這些特點創(chuàng)建的一種新的身份識別系統(tǒng),它可以對物種進行快速的自動鑒定[3]。DNA條形碼由加拿大動物學(xué)家Hebert等首次提出,其思想產(chǎn)生于現(xiàn)代商品零售業(yè)的條形碼系統(tǒng)Universal Product Code(UPC),就像以超市條形碼識別產(chǎn)品一樣,利用A、T、C、G這4 個堿基在基因中的排列順序識別物種。簡單來說,即通過對不同生物個體上的短的同源DNA序列(COⅠ基因)進行聚合酶鏈式反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)擴增和測序,再經(jīng)序列的多重比對和分析建立起物種名稱和生物實體之間一一對應(yīng)的關(guān)系。
自Hebert等[3-4]提出使用線粒體基因細胞色素C氧化酶(COⅠ)基因片段(一段長約650 bp的DNA序列)作為動物的DNA條形碼后,DNA條形碼技術(shù)在動物、植物、微生物的分類與鑒定中獲得迅速發(fā)展[5]。動物主要以COⅠ基因作為條形碼片段[6-7],目前主要運用于鳥類[8-11]、魚類[12]、昆蟲[13]的分類鑒定。在植物方面,2009年國際生命條形碼聯(lián)盟植物工作組(Consortium for the Barcode of Life Plant Working Group)初步確定并推薦使用的DNA條形碼片段是葉綠體基因片段的rbcL和matK[14]。目前,微生物DNA條形碼研究工作主要集中在真菌類群上[15],首要選擇作為真菌DNA條形碼的是核糖體DNA內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(internal transcribed spacer,ITS)[16]。
本文對國內(nèi)外DNA條形碼技術(shù)在食品鑒定中的研究現(xiàn)狀進行具體介紹。
DNA條形碼技術(shù)為漁類產(chǎn)品的分類鑒定開辟了新道路。截止到2014年3月30日,F(xiàn)ISH-BOL數(shù)據(jù)庫(www. fishbol.org)已收錄了10 267 種魚類的75 249 條DNA條形碼,這使得絕大多數(shù)常見的魚類可以用DNA條形碼技術(shù)進行鑒定。
在國外,Wong等[17]利用DNA條形碼技術(shù)對北美市場上的91個海產(chǎn)品樣品進行分析,推斷出可能有25%的海產(chǎn)品的標簽與實物不符,認為DNA條形碼技術(shù)是一種經(jīng)濟的、有效的、可將海產(chǎn)品鑒定到種的分子鑒別技術(shù)。Maralita等[18]利用DNA條形碼技術(shù)對菲律賓市場上的有標簽的漁類產(chǎn)品(沙丁魚、海魴、羅非魚、旗魚、蝦)進行鑒定,發(fā)現(xiàn)金槍魚與標簽不符合,還發(fā)現(xiàn)一種標簽為銀鱈魚排(gindara steaks)的魚類產(chǎn)品里含有一種有害人類身體健康的魚類,強調(diào)了DNA條形碼技術(shù)是一種能夠?qū)κ袌錾萧~類產(chǎn)品進行有效地檢測與鑒定的方法。Haye等[19]利用DNA條形碼技術(shù)對智利市場上7 種螃蟹制品進行鑒別發(fā)現(xiàn)一種螃蟹制品與其商品標簽不符,表明標準的DNA條形碼與系統(tǒng)發(fā)育分析一樣可用于規(guī)范蟹肉加工產(chǎn)品。DNA條形碼技術(shù)還應(yīng)用于南非[20]、意大利[21]的海產(chǎn)品市場,成功地檢測與鑒定了市場上與商標不符合和假冒的海產(chǎn)品。除了在海產(chǎn)品鑒別中的應(yīng)用外DNA條形碼技術(shù)也能夠有效地對淡水魚尤其是小規(guī)模種群關(guān)系復(fù)雜的魚群進行分類鑒定[22]。
在我國李新光等[23]對市場上20 種冷凍魚、10 種凍鱈魚片和15 種烤魚片樣品進行鑒定,結(jié)果表明DNA條形碼技術(shù)是一種簡單的、有效的分子鑒別技術(shù),可用于冷凍魚、凍魚片和烤魚片中魚肉成分的鑒定。邱德義等[24]抽檢的16 份魚肉、魚丸等水產(chǎn)制品運用DNA條形碼技術(shù)進行鑒定結(jié)果顯示約有31.25%的樣品與產(chǎn)品標簽標示不符,其結(jié)果表明DNA條形碼作為一種簡單、快速、有效的分子鑒定技術(shù)可以直接應(yīng)用于魚肉等動物源性食品的種類鑒定。有研究運用DNA條形碼技術(shù)鑒定了鱧的19 個種,比較它們之間的種內(nèi)差異和種間差異,證明了部分COⅠ基因能夠作為鱧種(Channa species)的 DNA條形碼[25]。上述研究表明了DNA條形碼技術(shù)對漁類及漁類制品的檢測與鑒定上具有可行性。
國內(nèi)外的大量研究表明DNA條形碼技術(shù)在對魚、螃蟹、蝦等漁類產(chǎn)品的檢測與鑒別中的應(yīng)用是比較成熟的。相較于其他物種(豬、牛、羊、馬)來說,魚類本身物種種類頗為豐富,且具有巨大的DNA條形碼數(shù)據(jù)庫作為支撐,為DNA條形碼技術(shù)的應(yīng)用提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ);其次相較于傳統(tǒng)的檢測方法,DNA條形碼技術(shù)從分子水平對水產(chǎn)品進行檢測,檢測范圍更加廣泛,鑒定結(jié)果更加精確;此外,魚類的種類遠遠多于其他生物,分子水平更有利于對地方物種進行鑒定,確定產(chǎn)品的來源地。DNA條形碼技術(shù)用于檢測市場上標簽與實物不符及摻假的漁類產(chǎn)品,這對于水產(chǎn)品市場的規(guī)范是一次革新。
市場上的所出售的肉類產(chǎn)品主要是家禽和家畜,消費者在購買肉類產(chǎn)品時僅依靠銷售標簽以及肉類的外觀形態(tài)、氣味已無法對其真實成分進行準確鑒定。因此,一種較為可靠有效的食品鑒定系統(tǒng)的出現(xiàn)與應(yīng)用,對于解決肉類摻假等食品問題維護消費者與生產(chǎn)者的利益是十分必要。在家禽的研究上,線粒體COⅠ已被證明對鑒定不同雞品種具有有效性和可行性[26-27],能夠?qū)Σ煌胤诫u種的進行分類[28]。其中高玉時等[29]以我國6 個地方雞品種為研究對象,測定了COⅠ基因的兩段序列,研究發(fā)現(xiàn)線粒體COⅠ基因中的Bar1序列(Bar1:712~1 359 位)更適合作為條形碼鑒定地方雞品種。徐向明[30]測定3 個地方品種鴨的線粒體COⅠ基因,表明其種間的多態(tài)性高于種內(nèi)多態(tài)性,利用COⅠ基因序列可以進行品種鑒定。COⅠ基因作為DNA條形碼對家禽類產(chǎn)品進行鑒定被證明是具有可行性的,但還缺乏實際應(yīng)用。
國內(nèi)對如豬、牛、馬、兔等飼養(yǎng)最廣泛的家畜DNA條形碼的研究依然處于空缺狀態(tài)。主要是應(yīng)用DNA序列(如線粒體D-loop區(qū)和線粒體基因)研究家畜的群體遺傳多樣性和系統(tǒng)進化關(guān)系,探討其遺傳資源保護策略,而能否應(yīng)用這些片段作為家畜種群鑒定和系統(tǒng)發(fā)育分析的DNA條形碼還有待更深入的研究與探討[31]。Cai Yansen等[32]利用COⅠ對18 種牛進行研究,結(jié)果驗證了COⅠ基因作為鑒別??苿游顳NA條形碼的有效性。此外,歐陽解秀等[31]討論了DNA條形碼技術(shù)在地方豬種質(zhì)資源保護中應(yīng)用及其可行性。Luo Arong等[33]對真哺乳動物亞綱1 179 條線粒體基因組序列中各蛋白質(zhì)編碼基因評估其作為DNA條形碼的效力,結(jié)果表明COⅠ基因5’端是真哺乳動物亞綱的物種識別研究中首選的DNA條形碼。
COⅠ基因作為公認的DNA條形碼被認為能夠很好地對動物進行分類鑒定。然而,DNA條形碼技術(shù)在肉類產(chǎn)品的鑒定中存在很大的局限與缺陷。首先,數(shù)據(jù)庫中關(guān)于家禽家畜的DNA條形碼序列很少,缺乏大量數(shù)據(jù)作為支撐;對于某些類群各線粒體基因片斷依然存在種內(nèi)與種間變異相重疊的問題,這些線粒體基因片斷對種以上較高級分類階元水平的解決能力有限[34]。其次,DNA條形碼技術(shù)只能對單一的物種成分進行鑒別。市場上許多肉類產(chǎn)品都摻雜了兩種或兩種以上肉類成分,應(yīng)用DNA條形碼技術(shù)難以進行鑒定。此外,現(xiàn)今市場上所銷售的家畜和家禽大都來自于專業(yè)養(yǎng)殖場動物經(jīng)過了大量的雜交育種篩選,發(fā)生基因滲入現(xiàn)象,使得一些不同物種和品種間具有相同的DNA,DNA條形碼技術(shù)在該類產(chǎn)品的鑒別上受到限制。
雖然DNA條形碼技術(shù)在禽畜肉類鑒定中存在局限性,但其作為一種可靠、有效的禽畜肉類鑒定方法依然具有廣闊的應(yīng)用前景。目前急需要進行的工作包括:首先構(gòu)建主要禽畜類動物的標準DNA條形碼數(shù)據(jù)庫,為DNA條形碼技術(shù)的應(yīng)用提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ);尋找有較強特異性和通用性的基因片段作為標準DNA條形碼;對于一些含有多個物種基因的混合產(chǎn)品或者是基因雜交的種類,可以采用基于新一代測序技術(shù)的復(fù)合條形碼(metabarcoding)技術(shù)。
隨著經(jīng)濟的全球化各國之間貿(mào)易的發(fā)展,市場上的植物產(chǎn)品種類越來越多,來源越來越廣泛。PCR技術(shù)和多重DNA微陣列或芯片技術(shù)等分子水平的鑒定方法,在種間鑒定中受到了限制。此外,轉(zhuǎn)基因技術(shù)的發(fā)展使市場上出現(xiàn)了大量的轉(zhuǎn)基因農(nóng)作物產(chǎn)品,因此需要發(fā)展一種可靠通用的分子技術(shù)對可食用植物產(chǎn)品從基因水平進行檢測與鑒定[35]。DNA條形碼技術(shù)對鑒定者的專業(yè)知識背景要求不高,不受植物發(fā)育時期和形態(tài)特征的限制,且只需要通過一個或少數(shù)幾個通用標記就能對植物的進行鑒定[36]。另外DNA條形碼標記是基于線粒體基因或質(zhì)體基因的一段較短的基因片段,其在進化過程中具有較高保守性,且更有利于擴增。因此,在植物的鑒定中,DNA條形碼因為其更快速、高效、精確和經(jīng)濟的特點逐步取代了傳統(tǒng)分類學(xué)以及DNA指紋圖譜技術(shù)[37]。目前植物DNA條形碼技術(shù)的研究已經(jīng)從分析不同標記的性能轉(zhuǎn)向更多的實際應(yīng)用。
國外DNA條形碼技術(shù)在可食用植物的鑒定中已有初步的研究應(yīng)用。de Mattia等[38]對市場作為香料的唇形科植物6 個屬(包括:Mentha、Ocimum、Origanum、Salvia、Thymus和Rosmarinus)共64 個樣本,利用rpoB、rbcL、matK和trnH-psbA基因間隔序列等4 個基因片段作為DNA條形碼對其進行分類鑒定。Bruni等[39]應(yīng)用DNA條形碼技術(shù)對3 個集合植物樣本進行鑒別:含有不同有毒物質(zhì)的被子植物、同一個屬中含有不同程度毒性的物種、同一個屬中的可食用植物和有毒植物,結(jié)果表明DNA條形碼技術(shù)是一種強有力的有毒植物鑒別工具。此外,Jaakola等[40]結(jié)合DNA條形碼技術(shù)和高分辨率溶解(highresolution melt,HRM)分析技術(shù),成功地對來自不同野生漿果品種且在市場上易混淆的歐洲越橘(Vaccinium myrtillus L.)樣本進行鑒定,最后提出了DNA條形碼技術(shù)與HRM分析技術(shù)結(jié)合不僅能夠很好地應(yīng)用于市場上的野生漿果的分類鑒定,隨著進一步的優(yōu)化,該項技術(shù)還能夠作為一種快速有效的高通量方法用于辨別其他食物原料的真?zhèn)巍?/p>
在我國DNA條形碼技術(shù)主要是用于植物的分類與鑒定,尤其是藥用植物資源的鑒定。已有相關(guān)研究應(yīng)用DNA條形碼對威靈仙的基原植物[41]、黨參[42]、石斛蘭屬植物的6 個物種[43];人參[44]、羌活藥材[45]、藥用蕨類植物的多個物種[46],以及豆科[47]、菊科[48]、忍冬科[49]、五茄科[50]等多種藥用植物的基原成功進行鑒定。DNA條形碼技術(shù)在藥用植物的鑒定中得到較多的應(yīng)用,但對于日??墒秤玫闹参镏羞€需要進一步進行研究與利用。
目前DNA條形碼技術(shù)在植物鑒定中的應(yīng)用已經(jīng)被證明是可行的,但也還存在一些問題。缺乏一段能夠?qū)λ兄参镂锓N進行鑒定的DNA條形碼;而且單一片段植物DNA條形碼具有局限性,制約了植物DNA條形碼技術(shù)的發(fā)展。為克服這個限制,Kress等[51]提出了條形碼片段組合的理念,即通過不同的DNA片段的組合,對植物進行分類鑒定。此外,Kane等[52]提出了超級條形碼(ultrabarcoding)方法,這種方法以質(zhì)體基因組(plastidial genome)為基礎(chǔ),伴隨著大部分核基因的參與。這樣可以克服栽培品種遺傳變異少,品種雜交過程的復(fù)雜性對采用通用條形碼標記的限制。
通過DNA條形碼技術(shù)在植物分類鑒定中的應(yīng)用與研究,可看到其在可食用的植物食品鑒定中具有巨大潛力。市場上最主要的可食用植物是農(nóng)作物產(chǎn)品包括谷類、蔬菜、水果、香料等,而一些普通的農(nóng)作物一般不會存在摻假問題,主要針對經(jīng)濟價值較高、較難區(qū)分的可食用植物,或者是一些易混于可食用植物中的有毒植物進行鑒定。應(yīng)用DNA條形碼的目的是在通過形態(tài)學(xué)無法進行鑒定的基礎(chǔ)上,鑒定未知物種,區(qū)分近似種,而并不是用于區(qū)分所有的可食用植物種類。因此,從這個角度來看,目前篩選出的DNA條形碼已能夠基本滿足可食用植物鑒定的要求。
加工食品主要是指在食品工業(yè)鏈上對動物及其副產(chǎn)品、蔬菜、谷物、水果等可食用生物部分或整體用物理或化學(xué)方法進行加工,制做成的罐頭、零食等。加工食品在制作過程中對原材料進行高溫滅菌、煎、炸等處理,還加入一些食品添加劑以及食品防腐劑等。這不僅導(dǎo)致其形態(tài)、口感、味道等方面發(fā)生改變,還破壞了DNA的結(jié)構(gòu)。Aslan等[53]研究表明,經(jīng)過加工的肉類核基因已經(jīng)大量降解,線粒體基因相對而言保存地更為完整。Smith等[54]從熏魚產(chǎn)品中獲得完整線粒體COⅠ片段并成功對熏魚產(chǎn)品進行鑒別,表明了在魚類及其產(chǎn)品的分類鑒定中,DNA條碼技術(shù)有望成為一個標準的鑒別工具。
在國外,DNA條形碼標記成功地應(yīng)用于加工食品中某些植物成分的檢測。主要是選用植物最普遍的DNA條形碼——質(zhì)體rbcL基因,運用PCR技術(shù)成功鑒定了市場上所出售的商品茶[55],檢測許多加工食品中所含有的水果種類[56-57]。此外還能夠運用該種方法對牛奶中所含的植物進行鑒定從而獲得奶牛的食物種類,以此來檢測哺乳動物奶制品的質(zhì)量[58]。
上述研究表明動物DNA條形碼COⅠ基因和植物DNA條形碼rbcL基因片段能夠很好地應(yīng)用于部分加工食品的鑒定。對于含有幾種混合物質(zhì)的產(chǎn)品使用限制性片段長度多態(tài)性或者電泳分析等PCR技術(shù)能夠?qū)旌衔镏懈魑锓N的DNA條形碼片段進行分離[59-61]。對于含有多種混合物的產(chǎn)品,454焦磷酸測序法(454 pyrosequencing methodology)能夠有效地對其原材料的DNA條形碼片段進行分析[62-63]。此外,Rasmussen等[64]提出使用更短的片段——微型條形碼(mini-barcodes)能夠?qū)庸な称愤M行鑒定。微型條形碼是指長度明顯小于COⅠ標準條形碼(650 bp)的一段序列,這個概念是針對博物館標本的研究而提出的[63]。微型條形碼的出現(xiàn)不僅在一定程度上彌補了焦磷酸測序技術(shù)的缺陷,還能夠有效地對經(jīng)深加工DNA已大量降解的食品進行鑒定[63]。此外較于標準DNA條形碼序列微型條形碼更為經(jīng)濟。在我國,程鵬等[65]研究表明適當?shù)腄NA微型條碼可用于魚類的鑒定。與海產(chǎn)品的鑒定一樣,微型條形碼也能夠為其他物種的分類鑒定提供足夠的信息[66-67]。然而,相較于完整的COⅠ基因微型條形碼基因片段明顯減少,這對于區(qū)分近緣物種和基因相似度較高的物種來說還有爭議。
DNA條形碼技術(shù)在加工食品鑒定中的應(yīng)用其實質(zhì)是對該技術(shù)在動植物分類鑒定研究的進一步擴展和應(yīng)用。DNA條形碼片段能夠有效地對加工食品或者加工食品中的某些成分進行分類鑒定。復(fù)合條形碼技術(shù)、微型條形碼的出現(xiàn)在一定程度上解決了加工食品DNA片段降解、混合有多個物種的問題,為DNA條形碼技術(shù)在加工食品鑒定中的廣泛應(yīng)用奠定了理論和技術(shù)基礎(chǔ)。同時也反映了要針對不同的鑒定內(nèi)容和目的不斷地對DNA條形碼技術(shù)進行改進,使其能夠更有效地應(yīng)用不同食品的鑒定??傊珼NA條形碼技術(shù)快速、高效、經(jīng)濟等特點為相關(guān)部門實現(xiàn)對食品工業(yè)和食品市場監(jiān)督管理走向高效、信息化開啟了道路。
DNA條形碼技術(shù)旨在對現(xiàn)存生物類群和未知生物材料進行識別和鑒定,為人們了解和探索生物界提供了新的方式和新的理念。DNA條形碼技術(shù)有著檢測范圍較廣,操作簡單,準確度高,鑒別效率高,信息化等優(yōu)點,使其在食品安全領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。
目前針對各種商業(yè)欺詐對人們利益和健康以及社會安定造成的威脅,DNA條形碼技術(shù)有必要作為一種標準的鑒定方法應(yīng)用于食品安全領(lǐng)域。但是DNA條形碼技術(shù)在食品鑒定中的應(yīng)用還存在諸多困難與挑戰(zhàn):首先,國內(nèi)外商家交易,消費的食品物種豐富,突變可能性大,而且很多物種具有相似基因圖譜就使得鑒別異常復(fù)雜[2];其次,對于加工過的食品以及混合食品較難獲得單一的DNA條形碼片段;此外,該技術(shù)依賴參考的數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建不夠完善存在太多不確定因素;另外,關(guān)于DNA 條形碼的一些技術(shù)問題還存在很大爭議[68-70]:近緣物種共享線粒體多態(tài)性以及同屬物種間的線粒體DNA修復(fù)機制,這些將給近期快速分化物種和通過雜交產(chǎn)生的新種的鑒定帶來一定困難;而同屬種間較低的差異也會使物種分類鑒定存在疑慮;除此之外,研究者們尚未探明線粒體基因在一個物種中不會有太大變化的原因,而且用作動物條形編碼的線粒體基因并不會在所有動物物種中都準確地分化;同時也不能確定該方法能否適用于近緣和近期分化的物種。盡管DNA條形碼技術(shù)還存在很多的問題,但是與實時熒光PCR、物種特異性PCR等技術(shù)相比較,DNA條形碼技術(shù)有著無可比擬的優(yōu)勢。實時熒光PCR技術(shù)具有高準確性、低假陽性,特異性好,靈敏度、精確性以及自動化程度高,并且能縮短反應(yīng)時間,快速測定產(chǎn)物大小等優(yōu)點,但是熒光標記材料有限,數(shù)據(jù)分析軟件不完善。而物種特異性PCR除具有高靈敏度和精確性外,還具有簡單易行、耗時少、成本低等優(yōu)點,但是在選取引物時需要設(shè)計合理、特異性強的引物存在較大困難,在鑒定親緣系數(shù)較近的物種時有更大的挑戰(zhàn)。DNA條形碼的穩(wěn)定性較強,而且采用數(shù)字化的形式,能夠在較短時間內(nèi)形成并建立易于利用的系統(tǒng),從而使樣本鑒定過程能夠?qū)崿F(xiàn)標準化和自動化[68]。
DNA條形碼技術(shù)的使用并不意味著脫離形態(tài)學(xué)鑒定而是在形態(tài)學(xué)的基礎(chǔ)上進一步擴展。隨著研究的深入,DNA條形碼鑒別技術(shù)還可以與基因芯片技術(shù)、限制性片段長度多態(tài)性技術(shù)(restriction fragment length polymorphism,RFLP)、時間溫度梯度電泳(temporal temperature gradient gel electrophoresis,TTGE)等技術(shù)相結(jié)合達到對食品更準確、更快速的鑒別[24]。在不久的將來通過對軟硬件的改進以及技術(shù)的進一步完善,相信DNA條形碼技術(shù)將更加廣泛的應(yīng)用于食品安全鑒定領(lǐng)域,成為食品物種來源鑒定的基本方法。
[1] 張麗, 張良, 劉書成, 等. DNA 技術(shù)在海洋食品物種鑒定中的應(yīng)用[J].遺傳, 2010, 32(6): 555-560.
[2] ZHANG Jia, ZHANG Xiaoshuan, DEDIU L, et al. Review of the current application of fingerprinting allowing detection of food adulteration and fraud in China[J]. Food Control, 2011, 22(8): 1126-1135.
[3] HEBERT P D N, CYWINSKA A, BALL S L, et al. Biological identifications through DNA barcodes[J]. Proceedings Biological Sciences, 2003, 270: 313-321.
[4] HEBERT P D N, RATNASINGHAM S, de WAARD J R. Barcoding animal life: cytochrome coxidase subunit 1 divergences among closely related species[J]. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2003, 270(1): 96-99.
[5] 裴男才, 陳步峰. 生物DNA條形碼: 十年發(fā)展歷程、研究尺度和功能[J]. 生物多樣性, 2013, 21(5): 616-627.
[6] WAUGH J. DNA barcoding in animal species: progress, potential and pitfalls[J]. BioEssays, 2007, 29(2): 188-197.
[7] KWONG S, SRIVATHSAN A, MEIER R. An update on DNA barcoding: low species coverage and numerous unidentified sequences[J]. Cladistics, 2012, 28(6): 639-644.
[8] HENERT P D N, STOECKLE M Y, ZEMLARK T S, et al. Identification of birds through DNA barcodes[J]. PLoS Biology, 2004,2(10): 1657-1663.
[9] 蔡延森, 張修月, 岳碧松, 等. 我國 8 種猛禽的 DNA 條形碼技術(shù)研究[J]. 四川動物, 2009, 28(3): 334-340.
[10] LIJTMAER D A, KERR K C R, BARREIRA A S, et al. DNA barcode libraries provide insight into continental patterns of avian diversification[J]. PLoS ONE, 2011, 6(7): e20744. doi: 10.1371/ journal.pone.0020744.
[11] 馬明義, 閆穎, 王譯偉, 等. 我國32種鳥類DNA條形碼分析[J]. 四川動物, 2012, 31(5): 729-733.
[12] WARD R D, ZEMLAK T S, INNES B H, et al. DNA barcoding Australia’s fish species[J]. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2006, 360: 1847-1857.
[13] HAJIBAEI M, JANZEN D H, BURNS J M, et al. DNA barcodes distinguish species of tropical Lepidoptera[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2006, 103(4): 968-971.
[14] CBOL Plant Working Group. A DNA barcode for land plants[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2009,106(31): 12794-12797.
[15] 陳念, 趙樹進, 韓麗萍. DNA條形碼真菌鑒定技術(shù)[J]. 國際檢驗醫(yī)學(xué)雜志, 2008, 29(8): 703-707.
[16] 張宇, 郭良棟. 真菌DNA條形碼研究進展[J]. 菌物學(xué)報, 2012, 31(6): 809-820.
[17] WONG E H K, HANNER R H. DNA barcoding detects market substitution in North American seafood[J]. Food Research International, 2008, 41(8): 828-837.
[18] MARALITA B A, AGUILA R D, VENTOLEROA M F H, et al. Detection of mislabeled commercial fishery by-products in the Philippines using DNA barcodes and its implications to food traceability and safety[J]. Food Control, 2013, 33(1): 119-125.
[19] HAYE P A, SEGOVIA N I, VERA R, et al. Authentication of commercialized crab-meat in Chile using DNA Barcoding[J]. Food Control, 2012, 25(1): 239-244.
[20] CAWTHOM D M, STEINMAN H A, WITTHUHN R C. DNA barcoding reveals a high incidence of fish species misrepresentation and substitution on the South African market[J]. Food Research International, 2012, 46(1): 30-40.
[21] CUTARELLI A, AMOROSO M G, de ROMA A, et al. Italian market fish species identification and commercial frauds revealing by DNA sequencing[J]. Food Control, 2014, 37: 46-50.
[22] HUBERT N, HANNER R, HOLM E, et al. Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes[J]. PLoS ONE, 2008, 3(6): e2490. doi:10.1371/journal.pone.0002490.
[23] 李新光, 王璐, 趙峰, 等. DNA條形碼技術(shù)在魚肉及其制品鑒別中的應(yīng)用[J]. 食品科學(xué), 2013, 34(18): 337-342. doi: 10.7506/spkx1002-6630-201318069.
[24] 邱德義, 胡佳, 劉德星, 等. DNA條形碼技術(shù)在肉品防欺詐鑒別中的應(yīng)用[J]. 肉類研究, 2013, 27(4): 40-43.
[25] ZHU Shuren, FU Jianjun, WANG Qun, et al. Identification of Channa species using the partial cytochrome coxidase subunitⅠ(COⅠ) gene as a DNA barcoding marker[J]. Biochemical Systematics and Ecology,2013, 51: 117-122.
[26] 高玉時, 唐修君, 屠云潔, 等. 基于線粒體COⅠ基因15個雞種的DNA編碼研究[J]. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué), 2011, 44(3): 587-594.
[27] 唐修君, 高玉時, 屠云潔, 等. 基于線粒體COⅠ基因的2個新發(fā)現(xiàn)雞種資源DNA編碼研究[J]. 中國畜牧, 2011, 38(1): 133-136.
[28] 屠云潔, 陳國宏, 高玉時, 等. 3個地方雞種線粒體DNA COⅠ基因條形碼遺傳多樣性研究[J]. 家畜生態(tài)學(xué)報, 2009, 30(1): 16-19.
[29] 高玉時, 屠云潔, 童海兵, 等. 6個地方雞種線粒體COⅠ基因的DNA條形碼[J]. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報, 2007, 15(6): 924-930.
[30] 徐向明. 我國3個地方品種鴨線粒體DNA COⅠ基因的DNA條形碼初步分析[J]. 畜牧與獸醫(yī), 2008, 40(11): 51-53.
[31] 歐陽解秀, 王立賢. DNA條形碼技術(shù)在地方豬種質(zhì)資源保護中的應(yīng)用[J]. 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報, 2013, 21(3): 348-354.
[32] CAI Yansen, ZHANG Liang, SHEN Fujun, et al. DNA barcoding of 18 species of Bovidae[J]. Chinese Science Bulletin, 2011, 56(2): 164-168.
[33] LUO Arong, ZHANG Aibing, HO S Y W, et al. Potential efficacy of mitochondrial genes for animal DNA barcoding: a case study using eutherian mammals[J]. BMC Genomics, 2011, 12(1): 1-13.
[34] FRANCIS C M, BORISENKO A V, IVANOVA N V, et al. The role of DNA barcodes in understanding and conservation of mammal diversity in Southeast Asia[J]. PLoS ONE, 2010, 5(9): e12575. doi: 10.1371/journal.pone.0012575.
[35] AUER C A. Tracking genes from seed to supermarket: techniques and trend[J]. Trends in Plant Science, 2003, 8(12): 591-597.
[36] HOLLINGSWORTH P M, GRAHAM S W, LITTLE D P. Choosing and using a plant DNA barcode[J]. PLoS ONE, 2011, 6(5): e19254. doi: 10.1371/journal.pone.0019254.
[37] GALIMBERTI A, de MATTIA F, LOSE A, et al. DNA barcoding as a new tool for food traceability[J]. Food Research International, 2013,50(1): 55-63.
[38] de MATTIA F, BRUNI I, GALIMBERTI A, et al. A comparative study of different DNA barcoding markers for the identification of some members of Lamiacaea[J]. Food Research International, 2011,44(3): 693-702.
[39] BRUNI I, de MATTIA F, GALIMBERTI A, et al. Identification of poisonous plants by DNA barcoding approach[J]. International Journal of Legal Medicine, 2010, 124(6): 595-603.
[40] JAAKOLA L, SUOKAS M, HAGGMAN H. Novel approaches based on DNA barcoding and high-resolution melting of amplicons for authenticity analyses of berry species[J]. Food Chemistry, 2010,123(2): 494-500.
[41] 曾旭, 李莉, 業(yè)寧, 等. 基于ITS2條形碼的中藥材威靈仙與其易混偽品的鑒定[J]. 環(huán)球中醫(yī)藥, 2011, 4(4): 264-269.
[42] 劉美子, 劉萍, 李美妮, 等. 黨參及其易混偽品的ITS2分子鑒定[J].世界科學(xué)技術(shù): 中醫(yī)藥現(xiàn)代化, 2011, 13(2): 412-417.
[43] ASAHINA H, SHINOZAKI J, MASUDA K, et al. Identification of medicinal Dendrobium species by phylogenetic analyses using matK and rbcL sequences[J]. Journal of Natural Medicines, 2010, 64(2): 133-138.
[44] 孫濤, 滕少娜, 孔德英, 等. DNA條形碼技術(shù)應(yīng)用于人參鑒定[J]. 中國生物工程雜志, 2013, 33(4): 143-148.
[45] 辛天怡, 姚輝, 羅焜, 等. 羌活藥材ITS/ITS2條形碼鑒定及其穩(wěn)定性與準確性研究[J]. 藥學(xué)學(xué)報, 2012, 47(8): 1098-1105.
[46] MA Xinye, XIE Caixiang, LIU Chang, et al. Species identification of medicinal pteridophytes by a DNA barcode marker, the chloroplast psbA-trnH intergenic region[J]. Biological Pharmaceutical Bulletin,2010, 33(11): 1919-1924.
[47] GAO Ting, YAO Hui, SONG Jingyuan, et al. Identification of medicinal plants in the family Fabaceae using a potential DNA barcode ITS2[J]. Journal of Ethnopharmacology, 2010, 130(1): 116-121.
[48] GAO Ting, YAO Hui, SONG Jingyuan, et al. Evaluating the feasibility of using candidate DNA barcodes in discriminating species of the large Asteraceae family[J]. BMC Evolutionary Biology, 2010, 10. doi: 10.1186/1471-2148-10-324.
[49] 劉震, 陳科力, 羅焜, 等. 忍冬科藥用植物 DNA 條形碼通用序列的篩選[J].中國中藥雜志, 2010, 35(19): 2527-2532.
[50] LIU Zhihua, ZENG Xu, YANG Dan, et al. Applying DNA barcodes for identification of plant species in the family Araliaceae[J]. Gene,2012, 499(1): 76-80.
[51] KRESS W J, WURDACK K J, ZIMMER E A, et al. Use of DNA barcodes to identify flowering plants[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 2005, 102(23): 8369-8374.
[52] KANE N C, CRONK Q. Botany without borders, barcoding in focus[J]. Molecular Ecology, 2008, 17(24): 5175-5176.
[53] ASLAN O, HAMILL R M, SWEENEY T, et al. Integrity of nuclear genomic deoxyribonucleic acid in cooked meat: implications for food traceability[J]. Journal of Animal Science, 2009, 87(1): 57-61.
[54] SMITH P J, McVEAGH S M, STEINKE D. DNA barcoding for the identification of smoked fish products[J]. Journal of Fish Biology,2008, 72(2): 464-471.
[55] STOECKLE M Y, GAMBLE C C, KIRPEKAR R, et al. Commercial teas highlight plant DNA barcode identification successes and obstacles[J]. Nature Scientific Reports, 2011, 1: doi:10.1038/ srep00042.
[56] ORTOLA-VIDAL A, SCHNERR H, ROJMYR M, et al. Quantitative identification of plant genera in food products using PCR and Pyrosequencing?technology[J]. Food Control, 2007, 18(8): 921-927.
[57] SAKAI Y, ISHIHATA K, NAKANO S, et al. Specific detection of banana residue in processed foods using polymerase chain reaction[J]. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2010, 58(14): 8145-8151.
[58] ELENA P, FRANCESSCO M, SILVIA G. Traceability of plant diet contents in raw cow milk samples[J]. Nutrients, 2009, 1(2): 251-262.
[59] COLOMBO F, CHESS S, CATTANEO P, et al. Polymerase chain reaction products (PCR) on “DNA barcode zone” resolved by temporal temperature gradient electophoresis: a tool for species identification of mixed meat specimens: a technical note on preliminary results[J]. Food Control, 2011, 22(8): 1471-1472.
[60] MANE B G, MENDIRATTA S K,TIWARI A K. Polymerase chain reaction assay for identification of chicken in meat and meat products[J]. Food Chemistry, 2009, 116(3): 806-810.
[61] TELETCHEA F. Molecular identification methods of fish species: reassessment and possible applications[J]. Reviews in Fish Biology and Fisheries, 2009, 19(3): 265-293.
[62] HAJIBABAEI M, SHOKRALLA S, ZHOU Xin, et al. Environmental barcoding: a next-generation sequencing approach for biomonitoring applications using river benthos[J]. PLoS ONE, 2011, 6(4): e17497. doi: 10.1371/journal.pone.0017497.
[63] HAJIBABAEI M, SMITH M A, JANZEN D H, et al. A minimalist barcode can identify a specimen whose DNA is degraded[J]. Molecular Ecology Notes, 2006, 6(4): 959-964.
[64] RASMUSSEN R S, MORRISSEY M T, HEBERT P D N. DNA barcoding of commercially important salmon and trout species (Oncorhynchus and Salmo) from North America[J]. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2009, 57(18): 8379-8385.
[65] 程鵬, 張愛兵, 王忠鎖. 微型DNA條形碼在魚類識別上的應(yīng)用[J].首都師范大學(xué)學(xué)報, 2012, 33(2): 47-52.
[66] HAJIBABAEI M, SINGER G A, CLARE E L, et al. Design and applicability of DNA arrays and DNA barcodes in biodiversity monitoring[J]. BMC Biotechnology, 2007, 5: 24. doi:10.1186/1741-7007-5-24.
[67] MEUSNIER I, SINGER G A, LANDRY J F, et al. A universal DNA mini-barcode for biodiversity analysis[J]. BMC Genomics, 2008, 9: 214. doi: 10.1186/1471-2164-9-214.
[68] 馬英, 魯亮. DNA條形碼技術(shù)研究新進展[J]. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志, 2010, 21(3): 275-280.
[69] 程佳月, 王麗華, 彭克美, 等. 國際生命條形碼計劃: DNA Barcoding[J].中國畜牧獸醫(yī), 2009, 36(8): 49-53.
[70] 傅美蘭, 彭建軍, 王瑩, 等. DNA條形碼技術(shù)的應(yīng)用與分析[J]. 河南師范大學(xué)學(xué)報, 2010, 38(4): 118-122.
Application of DNA Barcoding in Authentication of Food Product
L? Dongmei, HUANG Yuan*, WEN Hui, ZHAO Xiaoling, HUANG Chong
(College of Life Science, Shaanxi Normal University, Xi’an 710062, China)
In recent years, there are constant reports about food adulteration problems all over the world. Inconsistent labeling of food products, adulteration of meat products, passing off inferior products as superior ones, and other commercial fraud problems affect consumer health and interests. Although the problem of food adulterations has gained more and more attention, traditional detection methods have many weaknesses for the authentication of food products. DNA barcoding is a technique for authenticating food products at the molecular level that can make up for the shortcomings of traditional identification methods. Its characteristics of accuracy, high efficiency and simplicity have brought about a new revolution in the field of food identification. This paper reviews the current situation of DNA barcoding studies and summarizes the applications of DNA barcoding to identify fishery products, meat products, edible plants, and processed foods. Finally, the strengths and weaknesses of DNA barcoding and its development trend in the future are also discussed.
food identification; DNA barcoding; meta-barcoding; mini-barcoding
TS207.3
A
1002-6630(2015)09-0248-06
10.7506/spkx1002-6630-201509046
2014-04-08
陜西師范大學(xué)勤助科研創(chuàng)新基金項目(QZZD13016)
呂冬梅(1993—),女,本科,研究方向為食品鑒定技術(shù)。E-mail:873842584@qq.com
*通信作者:黃原(1962—),男,教授,博士,研究方向為分子進化與分子系統(tǒng)學(xué)。E-mail:yuanh@snnu.edu.cn